BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G46060.1 Length=2779 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg483751 jgi|Araly1|483751|fgenesh2_kg.4__2811__AT2G46060.1 4385 0.0 > Ahg483751 jgi|Araly1|483751|fgenesh2_kg.4__2811__AT2G46060.1 Length=2727 Score = 4385 bits (2374), Expect = 0.0 Identities = 2610/2726 (96%), Gaps = 7/2726 (0%) Strand=Plus/Plus Query 60 AGTCTAAAACCCTTAATTCTCAGAGAAAGTTTCACCTACAATGGCAGAGATTTTGTTTCT 119 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| Sbjct 3 AGTCTAAAACCCTTAATTCTCAGAAAAAGTTTCACCTACAATGGCTGAGATTTCGTTTCT 62 Query 120 GCTTTTAAGAACTCTCGTCGTGTTTTCATGTGCTCTTTCGATCTGTAATTGTCTTCAAGA 179 | |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 63 GGTTTTAACAACTCTCGTCGTTTTTTCATGGGCTCTTTCGATCTGTAATTGTCTTCAAGA 122 Query 180 TGCT--G-CGGACAATAATGGAAACTTTTTCACGGTCTCGAGCTTCAGGTACCCTGAATC 236 | || | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 123 TTCTGGGTTGGACAATTATGGAAGCTTTTTCACGGTCTCGAGCTTCAGGTACCCTGAATC 182 Query 237 CGAAGTCAGACCCTACGATACACGTTACATCAGAGTTGATTTGCCTCCATGGTTCTCATC 296 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 183 CCAAGTCAGACCCTACGATACACGTTACATCAGAGTTGATTTGCCTCCATGGTTCTCATC 242 Query 297 ATTGAATGTTGCTATTGAATCTGATGTAGACATCACTGCAAAGAGCATTTCGAAGATTTC 356 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 243 ATTGAATGTTGCTATCGAATCTGATGTAGACATCACTGCAAAGAGCATTTCGAAGATTTC 302 Query 357 CAAAAGTCTTCTTCCTGTTATATGCTTTCGAGATGGTAGTCCTCCTCTGCCTGATGCCTC 416 |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 303 GAAAAGTCTTCTTCCTGTTATTTGCTTTAGAGATGGTAGTCCTCCTCTGCCTGATGCCTC 362 Query 417 AACCAACGCTCTTCAAGGATTAGAGCTAGGACGGTTCTTTAATGGATCTTTTGAAAGAGC 476 ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||| Sbjct 363 AACCAACGCTCTTGAAGGTTTAGAGCTAGGACAATTCTTCAATGGATCTTTCCAAGGAGC 422 Query 477 TCAAGATAGTGAGATTGCACAACAGTGTTACCCTATGCAGAAGAATATAACCTTGAGATT 536 | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| Sbjct 423 TGAAGATATTGAGATTGCAGAACAGTGTTACCCTATGCAGAAGAACATATCCCTGAGATT 482 Query 537 GACCAATGAACAGATATCTCCTGGAGCTTGGTATGTTGGTCTCTTTAACGGAATTGGGGC 596 |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 483 GACCAATGAACAGATATCACCGGGAGCTTGGTATATTGGTCTTTTTAACGGAATTGGGGC 542 Query 597 GACTAGGACTCAGGGGAAAATGATTGTTCGCTCCTCTGCGTTTTCATTTAGTGCCAACAT 656 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 543 TACGAGGACTCAGGGGAAAATGATTGTTCGCTCCTCTGCCTTTTCATTTAGTGCCAACAT 602 Query 657 TAGTGTTGAAGGTTGTAAAACCGCTACAATGTGGGGGCCTTTCTGCAACCAGACTATTTA 716 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 603 TAGTGTTGAAGGTTGTAAAACCGCTACAATGTGGGGGCCTTCCTGCAACCAGACTATTTA 662 Query 717 TCCGCTTTCATGTTCTCGGTTCGATAACCAGACAGCAAGTGTTATTTCTTGCGCTGATTC 776 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| Sbjct 663 TCCGCTTTCATGTTCTCGGTTTGATAACCAGACAGGAAGTGTTATTTCTTGCTCTGATTC 722 Query 777 TTTTCCTAGTTCTTGTCTGACTGGTGCTGAAACGAAGACATATGCTTTAGATGTAGATGG 836 | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 723 TATTCCTAGTTCTTGTCTGACCCATGCTGAAACAAAGACATATGCTTTAGATGTAGATGG 782 Query 837 AATAGCTGAACAGTTAGTTATTATGGCATCCAATGTCAAAGTAGATTCCAATGAAAGTTA 896 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 783 GATAGCTGAACAATTAGTTATTATGGCATCCAATGTCAAAGTAGATTCCAATGAAAGTTA 842 Query 897 TCTCATGTGTTACGCCCGTTTTGAAGCCTTTGCTTCAGAGACTCTGCATGATTACGCTGC 956 ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 843 TCTCATGTGTTACGCCCGTTTTGGAGCCATTGCTTCAGAGACTCTGCATGATTACGCTGG 902 Query 957 TGATATACATAAAGTTCCCTTAATTGTTAACAAACCGAAAGCTGGTCGATGGTATATAGT 1016 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 903 TGATATACATAAAGTTCCCTTAGTTGTTAACAAACCGAAAGCTGGTCGATGGTATATCGT 962 Query 1017 TATTAGTTTATCTGGACGGGAGAAC-CGGTTTGCACAGGGCACAAATTCCAGTTCTAGGG 1075 |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 963 TATTAGTTTATCTGGACGGGAG-ACTCGGTTTGTACAGGGCACAAATTCTGGTTCTAGGG 1021 Query 1076 TCTGCTTTTCCATTAATGTTAAAGTACTCGGATGTCCTGTAGGAAAAGCAGGACCAAATT 1135 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1022 TCTGCTTTTCAATTAATGTTAAAGTACTCGGATGTCCCATAGGAAAAGCAGGACCAAATT 1081 Query 1136 GTGGGCAGCAAATCTACATTCTTCAGGCAGTTATGAGGAGAGGATGGTTGACACCTTTTC 1195 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1082 GTGGGCAGCAAATCTACATGCTTCAGGCAGTTATGAGGAGGGGATGGTTGACACCTTTTG 1141 Query 1196 AATCATATTATTTTCCGGTCAATGACGCTTCACTTTCAGGCTCGAGCACAAATTTCCCCC 1255 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| Sbjct 1142 AATCATATTATTTTCCGGTCAATGACGCTTCACCTTCAGGCTCGAGCACAGTTTTCTCCC 1201 Query 1256 TCGAACCCATCGTCAGCAACTTTTCCTCTATTCCAGAATTAGACACAAGCACATGGACTT 1315 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1202 TCGAGCCCATCGTCAGCAACTTTTCCTCTATTCCAGAATTAGACACAAGCACATGGACTT 1261 Query 1316 ATTTTCTCATGAACATCCCTCAAGGTGGTTCTGGTGGACATATCCATTTCAGATTATTAT 1375 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 1262 ATTTTCTCATGAACATCCCTCAAGGAGGTTCTGGTGGGCATATCCATTTCAGATTAACAT 1321 Query 1376 CAGATTCCACAATACAGTATGAAGTATATCTTAGATTTGGTGGATTGCCCACTATTGACG 1435 ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1322 CAGATTCCACAATGCAATATGAAGTATATCTTAGAATTGGTGGATTGCCCACTATTGACG 1381 Query 1436 ACCGGGATTACTATTATGTAAATCGAACAAGTGCCAGCCGCTCAATGTTCTTCTCATTGT 1495 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1382 ACCGGGATTATTATTATGTAAATCGAACAAGTGCCAGCCGCTCAATGTTCTTCTCATTGT 1441 Query 1496 ATAATTCTAGCAAAGAAATGGTTGATTTCTACATCTTGTATGCTCGAGAAGGAACCTGGT 1555 ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1442 ATAATTCTAGCCAAGAAAAGGTTGATTTCTACATCTTGTATGCTCGAGAAGGAACATGGT 1501 Query 1556 CATTTGGGTTAAGGCAGCTCATTGACTCTAATACTCCTGCTGCTTCCAGAGGTTCACCTA 1615 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1502 CATTTGGTTTAAGGCAGCTCATTGACTCTAATACTCCTGCTGCTTCCAGAGGTCCACCTA 1561 Query 1616 CTTTAGTATCTCTTTCTCTCGAAAGATGCCCGAGAGGGTGTTCGTCTTATGGGCAATGCC 1675 || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1562 CTCTAGTATCTCTTTCTCTCGAAAGATGCCCGAGAAGGTGTTCGTCTTATGGGCAATGCC 1621 Query 1676 GATATGCTTTTGACGCTAATGGATTGACATCTTACAGCTTTTGTTCTTGTGACAGAACCC 1735 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1622 GATATGCTTTTGACGCTAGTGGATTGACATCTTACAGCTTTTGTTCTTGTGACAGAACCC 1681 Query 1736 ACGGAGGCTTTGACTGCAGCATTGAAATTGTGTCACACCAAGAACATATTGTTCAGTCTA 1795 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1682 ACGGAGGCTTTGACTGCAGCATTGAAATTGTGTCACACCAAGAACATATTGTTCAGTCTA 1741 Query 1796 TTGCTCTCATCGCATCAAATGCAGCGGCTCTTTTGCCAGCTTACTGGGCTCTTCGGCAGC 1855 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1742 TTGCTCTCATTGCATCAAATGCAGCGGCTCTTTTGCCAGCTTACTGGGCTCTTCGGCAGC 1801 Query 1856 GGGAGTATCCAGAGTGGGTTCTGTTTACATCCAGCGGAATCTCGAGCGCTCTGTATCATG 1915 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1802 GGGAGTATCCAGAGTGGGTTCTGTTCACATCCAGCGGAATCTCGAGCGCTCTGTATCATG 1861 Query 1916 CATGTGATGTAGGCACCTGGTGTGTTTTAAGTTACAATGTTTTACAGTTCATGGATTTCT 1975 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1862 CATGTGATGTAGGCACCTGGTGTGTTTTAAGTTACAACGTTTTACAGTTCATGGATTTCT 1921 Query 1976 GGCTCTCTTTCATGGCCGTGGTTGGTACATTTGTGTACTTATCCACGGCTGGTGAAGCAG 2035 |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1922 GGCTCTCTTTCATGGCGGTGGTTGGTACCTTTGTGTACTTATCCACGGCTGGTGAAGCAG 1981 Query 2036 TTAAAAGGACAATACACACAGTTGTTGCCATTCTCACAGCTTTATTGGCCTTGACTCAAG 2095 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1982 TTAAGAGGACAATACACACAGTTGTTGCCATTCTCACAGCTTTATTGGCCTTGACTCAAG 2041 Query 2096 CAACAAGGGCGTCAAATATTATCATTGTGTTAGCAATCGGTTCACTCGGTCTCCTCATCG 2155 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2042 CAACAAGGGCGTCAAATATTATCATTGTGTTAGCAATCGGTTCACTAGGTCTCCTCATCG 2101 Query 2156 GATTTTTGGTAGAATTTGTTACCAAGTATCGATCATACTGCGGGTCGGCTGGATTTTCAT 2215 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2102 GATTTTTGGTAGAATTTGTTACCAAGTATCGATCATACTGCGGGTCGGCTGGATTTTCAT 2161 Query 2216 TGAACATGCTCGACAGGCCACGGGCAGTCAAAGAATGGTTTAGTAATTTGATCAAGACGC 2275 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2162 TGAACATGCTCGACAGGCCACGGGCAGTCAAAGAATGGTTTAGTAATTTGATCAAGACGC 2221 Query 2276 TCAAGAAACGGTTTCGTTGGGGCTTTGTGGCGGCTGGTCTTGTAGCCTTCACCATGGCAG 2335 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2222 TCAAGAAACGGTTTCGTTGGGGCTTTGTGGCGGCTGGTCTTGTAGCCTTCACCATGGCAG 2281 Query 2336 CCATAAGTTTCAAAGTAGAAACCAGTTCGAGCTACTGGATGTGGCACAGTATTTGGCATT 2395 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2282 CCATAAGTTTCAAAGTAGAAACCAGTTCGAGCTACTGGATTTGGCACAGTATTTGGCATT 2341 Query 2396 TCACAATCTACACATCTTCTTTCTTCTTCCTCTGTTCGAAGATTGCAATTGTAAATCACG 2455 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2342 TCACAATCTACACATCTTCCTTCTTCTTCCTCTGTTCGAAGATTGCAATTGTAAATAACG 2401 Query 2456 AGAACCTAGCCCACAACGGAGCTGACAACTACGAGTTAACAAGGCAAGACTCGCTATCAA 2515 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2402 AGAACCTAGCCCACCACGGAGCTGACAACTACGAGTTAACAAGGCAAGACTCGCTACCAA 2461 Query 2516 GAAACTAAGATAAGCATAAAGAGAG-GCCTTT-ACTGAttttttttGTATCTTGTAACAA 2573 |||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 2462 GAAACTAAGAAAAGCATAAAGAGAGAGGCTTTTACTGATTCTTTCTGTATCTTGTAACAA 2521 Query 2574 GACATGGTGATGGGTAAATATTCTCTCCCTTACTTAGATTCTTTCGATATAGAATCTGAA 2633 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| Sbjct 2522 GACATGGTGATGGGTAAATATTCTCTCTCTTACTTAGATTGTTTCGATATGGAATCTGAA 2581 Query 2634 CCTCACTTTCAACTTGTATCTGTAATCTTGTATGTTTATACACTCATAGTGACATGAAAA 2693 ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| Sbjct 2582 CCTCACTGTCAACTTGTGTCTGTAATCATGTATGTTTATACGCTCATAGTGACATAAAAA 2641 Query 2694 GATCACTGGAGTTGTCCAGTTGCATCATTTATCTTAGGCCTAGGCTATGTAATGTTTTGG 2753 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2642 GATCACTGGAGTTGTCCAGTTGCATCATTTATCTTAGGCCTAGGCAATGTAATGTTTTGG 2701 Query 2754 TACAATGGGAGGCTTTGGCGTTCTTG 2779 ||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2702 TACAATGAGAGGCTTTGGCGTTCTTG 2727 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 104862444485 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5