BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G46060.1
Length=2779
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483751 jgi|Araly1|483751|fgenesh2_kg.4__2811__AT2G46060.1 4385 0.0
> Ahg483751 jgi|Araly1|483751|fgenesh2_kg.4__2811__AT2G46060.1
Length=2727
Score = 4385 bits (2374), Expect = 0.0
Identities = 2610/2726 (96%), Gaps = 7/2726 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 60 AGTCTAAAACCCTTAATTCTCAGAGAAAGTTTCACCTACAATGGCAGAGATTTTGTTTCT 119
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 3 AGTCTAAAACCCTTAATTCTCAGAAAAAGTTTCACCTACAATGGCTGAGATTTCGTTTCT 62
Query 120 GCTTTTAAGAACTCTCGTCGTGTTTTCATGTGCTCTTTCGATCTGTAATTGTCTTCAAGA 179
| |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 GGTTTTAACAACTCTCGTCGTTTTTTCATGGGCTCTTTCGATCTGTAATTGTCTTCAAGA 122
Query 180 TGCT--G-CGGACAATAATGGAAACTTTTTCACGGTCTCGAGCTTCAGGTACCCTGAATC 236
| || | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 TTCTGGGTTGGACAATTATGGAAGCTTTTTCACGGTCTCGAGCTTCAGGTACCCTGAATC 182
Query 237 CGAAGTCAGACCCTACGATACACGTTACATCAGAGTTGATTTGCCTCCATGGTTCTCATC 296
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 CCAAGTCAGACCCTACGATACACGTTACATCAGAGTTGATTTGCCTCCATGGTTCTCATC 242
Query 297 ATTGAATGTTGCTATTGAATCTGATGTAGACATCACTGCAAAGAGCATTTCGAAGATTTC 356
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 ATTGAATGTTGCTATCGAATCTGATGTAGACATCACTGCAAAGAGCATTTCGAAGATTTC 302
Query 357 CAAAAGTCTTCTTCCTGTTATATGCTTTCGAGATGGTAGTCCTCCTCTGCCTGATGCCTC 416
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 GAAAAGTCTTCTTCCTGTTATTTGCTTTAGAGATGGTAGTCCTCCTCTGCCTGATGCCTC 362
Query 417 AACCAACGCTCTTCAAGGATTAGAGCTAGGACGGTTCTTTAATGGATCTTTTGAAAGAGC 476
||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 363 AACCAACGCTCTTGAAGGTTTAGAGCTAGGACAATTCTTCAATGGATCTTTCCAAGGAGC 422
Query 477 TCAAGATAGTGAGATTGCACAACAGTGTTACCCTATGCAGAAGAATATAACCTTGAGATT 536
| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||
Sbjct 423 TGAAGATATTGAGATTGCAGAACAGTGTTACCCTATGCAGAAGAACATATCCCTGAGATT 482
Query 537 GACCAATGAACAGATATCTCCTGGAGCTTGGTATGTTGGTCTCTTTAACGGAATTGGGGC 596
|||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 483 GACCAATGAACAGATATCACCGGGAGCTTGGTATATTGGTCTTTTTAACGGAATTGGGGC 542
Query 597 GACTAGGACTCAGGGGAAAATGATTGTTCGCTCCTCTGCGTTTTCATTTAGTGCCAACAT 656
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 543 TACGAGGACTCAGGGGAAAATGATTGTTCGCTCCTCTGCCTTTTCATTTAGTGCCAACAT 602
Query 657 TAGTGTTGAAGGTTGTAAAACCGCTACAATGTGGGGGCCTTTCTGCAACCAGACTATTTA 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 603 TAGTGTTGAAGGTTGTAAAACCGCTACAATGTGGGGGCCTTCCTGCAACCAGACTATTTA 662
Query 717 TCCGCTTTCATGTTCTCGGTTCGATAACCAGACAGCAAGTGTTATTTCTTGCGCTGATTC 776
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 663 TCCGCTTTCATGTTCTCGGTTTGATAACCAGACAGGAAGTGTTATTTCTTGCTCTGATTC 722
Query 777 TTTTCCTAGTTCTTGTCTGACTGGTGCTGAAACGAAGACATATGCTTTAGATGTAGATGG 836
| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 TATTCCTAGTTCTTGTCTGACCCATGCTGAAACAAAGACATATGCTTTAGATGTAGATGG 782
Query 837 AATAGCTGAACAGTTAGTTATTATGGCATCCAATGTCAAAGTAGATTCCAATGAAAGTTA 896
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 GATAGCTGAACAATTAGTTATTATGGCATCCAATGTCAAAGTAGATTCCAATGAAAGTTA 842
Query 897 TCTCATGTGTTACGCCCGTTTTGAAGCCTTTGCTTCAGAGACTCTGCATGATTACGCTGC 956
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 TCTCATGTGTTACGCCCGTTTTGGAGCCATTGCTTCAGAGACTCTGCATGATTACGCTGG 902
Query 957 TGATATACATAAAGTTCCCTTAATTGTTAACAAACCGAAAGCTGGTCGATGGTATATAGT 1016
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 903 TGATATACATAAAGTTCCCTTAGTTGTTAACAAACCGAAAGCTGGTCGATGGTATATCGT 962
Query 1017 TATTAGTTTATCTGGACGGGAGAAC-CGGTTTGCACAGGGCACAAATTCCAGTTCTAGGG 1075
|||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 963 TATTAGTTTATCTGGACGGGAG-ACTCGGTTTGTACAGGGCACAAATTCTGGTTCTAGGG 1021
Query 1076 TCTGCTTTTCCATTAATGTTAAAGTACTCGGATGTCCTGTAGGAAAAGCAGGACCAAATT 1135
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TCTGCTTTTCAATTAATGTTAAAGTACTCGGATGTCCCATAGGAAAAGCAGGACCAAATT 1081
Query 1136 GTGGGCAGCAAATCTACATTCTTCAGGCAGTTATGAGGAGAGGATGGTTGACACCTTTTC 1195
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1082 GTGGGCAGCAAATCTACATGCTTCAGGCAGTTATGAGGAGGGGATGGTTGACACCTTTTG 1141
Query 1196 AATCATATTATTTTCCGGTCAATGACGCTTCACTTTCAGGCTCGAGCACAAATTTCCCCC 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1142 AATCATATTATTTTCCGGTCAATGACGCTTCACCTTCAGGCTCGAGCACAGTTTTCTCCC 1201
Query 1256 TCGAACCCATCGTCAGCAACTTTTCCTCTATTCCAGAATTAGACACAAGCACATGGACTT 1315
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 TCGAGCCCATCGTCAGCAACTTTTCCTCTATTCCAGAATTAGACACAAGCACATGGACTT 1261
Query 1316 ATTTTCTCATGAACATCCCTCAAGGTGGTTCTGGTGGACATATCCATTTCAGATTATTAT 1375
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1262 ATTTTCTCATGAACATCCCTCAAGGAGGTTCTGGTGGGCATATCCATTTCAGATTAACAT 1321
Query 1376 CAGATTCCACAATACAGTATGAAGTATATCTTAGATTTGGTGGATTGCCCACTATTGACG 1435
||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 CAGATTCCACAATGCAATATGAAGTATATCTTAGAATTGGTGGATTGCCCACTATTGACG 1381
Query 1436 ACCGGGATTACTATTATGTAAATCGAACAAGTGCCAGCCGCTCAATGTTCTTCTCATTGT 1495
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 ACCGGGATTATTATTATGTAAATCGAACAAGTGCCAGCCGCTCAATGTTCTTCTCATTGT 1441
Query 1496 ATAATTCTAGCAAAGAAATGGTTGATTTCTACATCTTGTATGCTCGAGAAGGAACCTGGT 1555
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1442 ATAATTCTAGCCAAGAAAAGGTTGATTTCTACATCTTGTATGCTCGAGAAGGAACATGGT 1501
Query 1556 CATTTGGGTTAAGGCAGCTCATTGACTCTAATACTCCTGCTGCTTCCAGAGGTTCACCTA 1615
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1502 CATTTGGTTTAAGGCAGCTCATTGACTCTAATACTCCTGCTGCTTCCAGAGGTCCACCTA 1561
Query 1616 CTTTAGTATCTCTTTCTCTCGAAAGATGCCCGAGAGGGTGTTCGTCTTATGGGCAATGCC 1675
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 CTCTAGTATCTCTTTCTCTCGAAAGATGCCCGAGAAGGTGTTCGTCTTATGGGCAATGCC 1621
Query 1676 GATATGCTTTTGACGCTAATGGATTGACATCTTACAGCTTTTGTTCTTGTGACAGAACCC 1735
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 GATATGCTTTTGACGCTAGTGGATTGACATCTTACAGCTTTTGTTCTTGTGACAGAACCC 1681
Query 1736 ACGGAGGCTTTGACTGCAGCATTGAAATTGTGTCACACCAAGAACATATTGTTCAGTCTA 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 ACGGAGGCTTTGACTGCAGCATTGAAATTGTGTCACACCAAGAACATATTGTTCAGTCTA 1741
Query 1796 TTGCTCTCATCGCATCAAATGCAGCGGCTCTTTTGCCAGCTTACTGGGCTCTTCGGCAGC 1855
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 TTGCTCTCATTGCATCAAATGCAGCGGCTCTTTTGCCAGCTTACTGGGCTCTTCGGCAGC 1801
Query 1856 GGGAGTATCCAGAGTGGGTTCTGTTTACATCCAGCGGAATCTCGAGCGCTCTGTATCATG 1915
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 GGGAGTATCCAGAGTGGGTTCTGTTCACATCCAGCGGAATCTCGAGCGCTCTGTATCATG 1861
Query 1916 CATGTGATGTAGGCACCTGGTGTGTTTTAAGTTACAATGTTTTACAGTTCATGGATTTCT 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 CATGTGATGTAGGCACCTGGTGTGTTTTAAGTTACAACGTTTTACAGTTCATGGATTTCT 1921
Query 1976 GGCTCTCTTTCATGGCCGTGGTTGGTACATTTGTGTACTTATCCACGGCTGGTGAAGCAG 2035
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 GGCTCTCTTTCATGGCGGTGGTTGGTACCTTTGTGTACTTATCCACGGCTGGTGAAGCAG 1981
Query 2036 TTAAAAGGACAATACACACAGTTGTTGCCATTCTCACAGCTTTATTGGCCTTGACTCAAG 2095
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 TTAAGAGGACAATACACACAGTTGTTGCCATTCTCACAGCTTTATTGGCCTTGACTCAAG 2041
Query 2096 CAACAAGGGCGTCAAATATTATCATTGTGTTAGCAATCGGTTCACTCGGTCTCCTCATCG 2155
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2042 CAACAAGGGCGTCAAATATTATCATTGTGTTAGCAATCGGTTCACTAGGTCTCCTCATCG 2101
Query 2156 GATTTTTGGTAGAATTTGTTACCAAGTATCGATCATACTGCGGGTCGGCTGGATTTTCAT 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 GATTTTTGGTAGAATTTGTTACCAAGTATCGATCATACTGCGGGTCGGCTGGATTTTCAT 2161
Query 2216 TGAACATGCTCGACAGGCCACGGGCAGTCAAAGAATGGTTTAGTAATTTGATCAAGACGC 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 TGAACATGCTCGACAGGCCACGGGCAGTCAAAGAATGGTTTAGTAATTTGATCAAGACGC 2221
Query 2276 TCAAGAAACGGTTTCGTTGGGGCTTTGTGGCGGCTGGTCTTGTAGCCTTCACCATGGCAG 2335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2222 TCAAGAAACGGTTTCGTTGGGGCTTTGTGGCGGCTGGTCTTGTAGCCTTCACCATGGCAG 2281
Query 2336 CCATAAGTTTCAAAGTAGAAACCAGTTCGAGCTACTGGATGTGGCACAGTATTTGGCATT 2395
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2282 CCATAAGTTTCAAAGTAGAAACCAGTTCGAGCTACTGGATTTGGCACAGTATTTGGCATT 2341
Query 2396 TCACAATCTACACATCTTCTTTCTTCTTCCTCTGTTCGAAGATTGCAATTGTAAATCACG 2455
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2342 TCACAATCTACACATCTTCCTTCTTCTTCCTCTGTTCGAAGATTGCAATTGTAAATAACG 2401
Query 2456 AGAACCTAGCCCACAACGGAGCTGACAACTACGAGTTAACAAGGCAAGACTCGCTATCAA 2515
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2402 AGAACCTAGCCCACCACGGAGCTGACAACTACGAGTTAACAAGGCAAGACTCGCTACCAA 2461
Query 2516 GAAACTAAGATAAGCATAAAGAGAG-GCCTTT-ACTGAttttttttGTATCTTGTAACAA 2573
|||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2462 GAAACTAAGAAAAGCATAAAGAGAGAGGCTTTTACTGATTCTTTCTGTATCTTGTAACAA 2521
Query 2574 GACATGGTGATGGGTAAATATTCTCTCCCTTACTTAGATTCTTTCGATATAGAATCTGAA 2633
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2522 GACATGGTGATGGGTAAATATTCTCTCTCTTACTTAGATTGTTTCGATATGGAATCTGAA 2581
Query 2634 CCTCACTTTCAACTTGTATCTGTAATCTTGTATGTTTATACACTCATAGTGACATGAAAA 2693
||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 2582 CCTCACTGTCAACTTGTGTCTGTAATCATGTATGTTTATACGCTCATAGTGACATAAAAA 2641
Query 2694 GATCACTGGAGTTGTCCAGTTGCATCATTTATCTTAGGCCTAGGCTATGTAATGTTTTGG 2753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2642 GATCACTGGAGTTGTCCAGTTGCATCATTTATCTTAGGCCTAGGCAATGTAATGTTTTGG 2701
Query 2754 TACAATGGGAGGCTTTGGCGTTCTTG 2779
||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2702 TACAATGAGAGGCTTTGGCGTTCTTG 2727
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104862444485
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5