BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G46570.1
Length=1710
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg902707 jgi|Araly1|902707|Al_scaffold_0004_3357 2848 0.0
> Ahg902707 jgi|Araly1|902707|Al_scaffold_0004_3357
Length=1710
Score = 2848 bits (1542), Expect = 0.0
Identities = 1655/1711 (97%), Gaps = 2/1711 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACCAG-TTCAGCTGTCCCGTCCTTGTTCCGGCTTAGCTTTCTCTTGTTCACTCTTCA 59
|||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACC-GATTCAGCTGCCCCTTGCTTGTTCCGGCTTAGCTTTTTCTTGTTCACTCTTCA 59
Query 60 AGTAATGAATATTGGCAGGATTGGCGCTGCAACTAGATTCTACCAATTCAAGGTACAAAC 119
||| |||||| |||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 AGTCATGAATGTTGGCAGGGTTAGCGCTACAACTAGGTTCTACCAATTCAAGGTACAAAC 119
Query 120 AATAAGACTCACCAGGCTATGCCAAACAAACGAGATTGTAACAGTCAACAAGAAATTCCC 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 120 AATAAGACTCACCAGGCTATGCCAAACAAACGAGATTGTAACAGTCAACGGGAAATTCCC 179
Query 180 TGGCCCGGCGATATCTGCTCAAGAAGATGACAGAATTGTCATTAAAGTCATCAACATGAC 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 180 TGGCCCGGCGATATCTGCTCAAGAAGATGACAGAATTGTCGTTAAAGTCATCAATATGAC 239
Query 240 TCCCTATAATACCACAATTCATTGGCATGGTATTAAGCAAAAACGATCATGTTGGTATGA 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 240 CCCCTATAATACCACAATTCATTGGCATGGTATTAAGCAAAAATTATCATGTTGGTATGA 299
Query 300 TGGTCCATCTTATATCACACAATGTCCAATTCAGAGTGGACAAAGTTTCACATACAACTT 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGGTCCATCTTATATCACACAATGTCCAATTCAGAGTGGACAAAGTTTCACATACAACTT 359
Query 360 CAAAGTGGCACAACAAAAGGGCACATTTTTATGGCATGCACACTTTTCTTGGCTTAGAGC 419
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CAAAGTGGCACAACAAAAGGGCACCTTTTTATGGCATGCACACTTTTCTTGGCTTAGAGC 419
Query 420 TACAGTATATGGTCCGCTTATTGTATATCCTAAAGCATCTGTTCCTTACCCATTCAAGAA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TACAGTATATGGTCCGCTTATTGTATATCCTAAAGCATCTGTTCCTTACCCATTCAAGAA 479
Query 480 ACCCTTCAACGAGCATACAATTCTCCTAGGAGAGTATTGGCTTAAGAACGTGGTAGAGCT 539
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ACCCTTCAACGAGCATACAATTCTTCTAGGAGAGTATTGGCTTAAGAACGTGGTAGAGCT 539
Query 540 TGAACAACATGTACTGGAAAGTGGAGGACCTCCTCCTCCAGCAGATGCATTCACAATTAA 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 540 GGAACAACATGTACTGGAAAGTGGAGGACCTCCTCCTCCAGCAGACGCATTCACAATTAA 599
Query 600 TGGTCAACCAGGACCTAACTACAATTGCTCCTCTAAAGATGTTTATGAGATTCAGATAGT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGGTCAACCAGGACCTAACTACAATTGCTCCTCTAAAGATGTTTATGAGATTCAGATAGT 659
Query 660 ACCAAGGAAGATATACCTGCTAAGACTGATAAATGCTGGTATTAACATGGAGACCTTCTT 719
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 660 ACCAAGGAAGACATACCTGCTAAGGCTGATAAATGCTGGCATTAACATGGAGACATTCTT 719
Query 720 CACCATAGCTAATCACAGGTTGACCATAGTGGAAGTAGATGGCGAATACACCAAGCCTTA 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 720 CACCATAGCTAATCACAGGTTGACCATAGTGGAAGTAGATGGCGAATACACCAAACCTTA 779
Query 780 TACAACAGAGCGTGTGATGCTTGTACCTGGACAGACAATGAACATTCTTGTCACAGCTGA 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TACAACAGAGCGTGTGATGCTTGTACCTGGACAGACAATGAACATTCTTGTCACAGCTGA 839
Query 840 TCAAACCGTTGGGAGATACTCCATGGCCATGGGTCCGTACGAGTCTGCAAAGAACGTCAA 899
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 840 TCAAGCCGTTGGGAGATACTCCATGGCCATGGGTCCATACGAGTCTGCAAAGAACGTCGA 899
Query 900 GTTTCAAAACACATCAGCAATAGCTAATTTCCAATACATTGGTGCATTGCCTAACAATGT 959
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |
Sbjct 900 GTTTCAAAACACATCAGCGATAGCTAATTTCCAATACATTGGTGCATTGCTTAACAGTAT 959
Query 960 AACAGTACCAGCTAAGTTACCTATTTTCAATGATAATATTGCTGTTAAGACTGTCATGGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AACAGTACCAGCTAAGTTACCTATTTTCAATGATAATATTGCTGTTAAGACTGTCATGGA 1019
Query 1020 TGGGCTCAGAAGTCTAAATGCAGTTGATGTTCCAAGAAACATTGACGCTCATCTCTTTAT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TGGGCTCAGAAGTCTAAATGCAGTTGATGTTCCAAGAAACATTGACGCTCATCTCTTTAT 1079
Query 1080 CACAATCGGGCTAAATGTAAACAAATGCAACTCTGAAAATCCAAACAACAAGTGCCAAGG 1139
|||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CACAATCGGGATAAATGTAAACAAGTGTAACTCTGAAAATCCAAACAACAAGTGCCAAGG 1139
Query 1140 GCCCAGAAAAGGAAGACTAGCAGCTTCAATGAACAACATAAGCTTCATCGAACCTAAAGT 1199
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |
Sbjct 1140 GCCCAGAAAAGGACGACTAGCAGCTTCAATGAACAACATCAGCTTCGTCGAACCTAAAAT 1199
Query 1200 CTCGATTTTGGAAGCATATTACAAGCAACTGGAAGGTTACTTCACTTTAGATTTCCCAAC 1259
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CTCGATTTTAGAAGCTTATTACAAGCAACTGGAAGGTTACTTCACTTTAGATTTCCCAAC 1259
Query 1260 CACGCCGGAAAAAGCCTATGACTTTGTCAATGGGGCACCCAATGACATAGCCAATGACAC 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CACGCCGGAAAAAGCCTATGACTTTGTCAATGGGGCACCTAATGACATAGCCAATGACAC 1319
Query 1320 GCAGGCTGCAAATGGGACCAGAGCAATAGTTTTCGAGTATGGGAGCAGGATACAAATCAT 1379
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCAGGCTGCAAATGGGACAAGAGCAATAGTTTTCGAGTATGGGAGCAGGATACAAATCAT 1379
Query 1380 CTTCCAGAATACTGGCACACTCACAACAGAAAATCATCCAATTCATCTTCATGGACACAG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CTTCCAGAATACTGGCACACTCACAACAGAAAATCATCCAATTCATCTTCATGGACACAG 1439
Query 1440 CTTTTATGTCATTGGCTATGGCACAGGAAACTATGATCAACAAACAGCAAAATTTAACCT 1499
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1440 CTTTTATGTTATTGGCTATGGCACAGGTAACTATGATCAACAGACAGCACAATTTAACCT 1499
Query 1500 GGAGGATCCTCCTTACTTGAACACTATTGGAGTCCCAGTAGGAGGTTGGGCGGCAATTCG 1559
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1500 GGAGGATCCTCCTTACATGAACACTATTGGAGTCCCAGTAGGAGGATGGGCGGCAATTCG 1559
Query 1560 GTTTGTTGCCAACAATCCAGGGCTCTGGTTATTGCATTGTCATTTTGACATCCATCAAAC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1560 GTTTGTTGCCAACAATCCAGGGCTCTGGTTATTGCATTGTCATTTCGACATCCATCAAAC 1619
Query 1620 ATGGGGAATGAGCACAATGTTTATAGTGAAAAATGGCAAGAAGGTGCAAGAGAGTTTGCC 1679
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1620 ATGGGGAATGAGCACGATGTTTATAGTGAAAAATGGCAAGAAGGTGCAAGAGAGTCTACC 1679
Query 1680 TCATCCTCCTGCAGATCTACCAAAGTGCTAG 1710
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TCATCCTCCTGCAGATCTACCAAAGTGCTAG 1710
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64143972580
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5