BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G46880.1
Length=1577
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483855 jgi|Araly1|483855|fgenesh2_kg.4__2915__AT2G46880.1 2111 0.0
Ahg951812 jgi|Araly1|951812|scaffold_18100001.1 1999 0.0
> Ahg483855 jgi|Araly1|483855|fgenesh2_kg.4__2915__AT2G46880.1
Length=1410
Score = 2111 bits (1143), Expect = 0.0
Identities = 1262/1320 (96%), Gaps = 5/1320 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 TTTCATAGTCACTAACCTAAAAGAATTAATGGAGGAAACTCGGAGGAGGTTTGTCATATC 66
||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||| |||
Sbjct 1 TTTCATAGTCACTAACCTAAAAG----AATGGAGGAAGCTTGGAGGAGATTTGTTTTATT 56
Query 67 CTCTGTTCTAAGTGTTTCTTTGATCTACTTATGTCTTTCGACATGTCACGTTTCCGCCTT 126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 57 CTCTGTTCTAAGTGTTTCTTTGATCTACTTATGTCTTTCAACATGTCACGTTTCCGCCTA 116
Query 127 CGACTTCGGTAGAAGGCAGCTCCGGTTTAATACTGATGGTCGGTTCAAGATACTGCAAGT 186
|| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 CGGCTTCGGTAGAAGGCAGCTCCGGTTTAATACAGATGGTCGGTTCAAGATACTGCAAGT 176
Query 187 GTCAGATATGCACTACGGTTTTGGCAAAGAGACGCAATGCTCAGACGTTTCACCTGCAGA 246
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 177 GTCAGATATGCACTACGGTTTTGGCAAAGAGACGCAATGCTCAGACGTATCACCTGCAGA 236
Query 247 ATTTCCTTACTGCTCCGATCTCAATACTACCTCCTTTTTACAGCGAACTATCGCTTCCGA 306
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 237 ATTTCCTTACTGCTCCGATCTCAACACCACCTCCTTTTTAAAGCGAACTATCGCTTCCGA 296
Query 307 GAAGCCCGATCTCATCGTCTTCTCTGGAGACAATGTATATGGATTGTGCGAGACAAGTGA 366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 297 GAAGCCCGATCTCATCGTCTTCTCTGGAGACAATGTATATGGATTGTGCGAGACAAGAGA 356
Query 367 CGTGGCAAAATCGATGGACATGGCATTTGCTCCTGCGATCGAATCGGGGATTCCATGGGT 426
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 CGTGGCAAAATCGATGGACATGGCATTTGCTCCTGCCATCGAATCGGGGATTCCATGGGT 416
Query 427 GGCTATTTTGGGGAATCACGACCAAGAATCCGACATGACTAGAGAAACAATGATGAAATA 486
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 GGCCATTTTGGGGAATCACGACCAAGAATCCGACATGACTAGAGAAACAATGATGAAATA 476
Query 487 CATCATGAAACTCCCAAACTCGTTGTCTCAAGTAAACCCTCCCGATGCTTGGCTATACCA 546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 CATCATGAAACTCCCAAACTCGTTGTCTCAAGTAAACCCTCCCGATGCTTGGCTATACCA 536
Query 547 AATCGACGGTTTTGGTAATTACAATCTACAAATCGAGGGTCCTTTTGGCTCCCCTCTCTT 606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 537 AATCGACGGTTTTGGTAATTACAATCTACAAATCGAGGGTCCTTTTGGCTCGCCTCTCTT 596
Query 607 CTTCAAATCCATTCTCAATCTCTATCTACTAGACGGTGGATCTTACACGAAGCTTGATGG 666
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||
Sbjct 597 CTTCAAATCCATTCTCAATCTCTATCTACTCGACGGTGGAGCTTACACCAAGCTCGATGG 656
Query 667 TTTTGGTTACAAATATGATTGGGTCAAAACCTCTCAACAGAATTGGTATGAACACACTTC 726
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 CTTTGGTTACAAATATGATTGGGTCAGAACCTCTCAACAGAATTGGTATGAACACACTTC 716
Query 727 TAAATGGCTTGAGATGGAACACAAGAGGTGGCCATTTCCACAGAATAGTACGGCACCAGG 786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 717 TAAATGGCTTGAGATGGAACACAAGAGGTGGCCATTTCCACAGAATAGTACGGCACCGGG 776
Query 787 ATTGGTTTACCTCCACATTCCGATGCCGGAATTTGCATTGTTCAACAAATCGACGGAGAT 846
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 777 ATTGGTTTACCTCCACATTCCAATGCCGGAATTTGCATTGTTCAACAAATCGACCGAGAT 836
Query 847 GACTGGAGTAAGACAAGAATCTACTTGTTCTCCACCTATCAACTCTGGTTTCTTTACCAA 906
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 837 GACTGGAGTTAGACAAGAATCTACATGTTCTCCACCTATCAACTCTGGTTTCTTCACCAA 896
Query 907 ACTTGTCGAAAGAGGTGAAGTCAAAGGTGTTTTCAGTGGTCACGACCACGTCAACGACTT 966
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 ACTTGTCGAAAGAGGTGAAGTCAAGGGTGTTTTCAGCGGTCACGACCACGTCAACGACTT 956
Query 967 CTGTGCCGAACTCCATGGGATCAACCTTTGTTACGCAGGCGGAGCCGGGTATCATGGGTA 1026
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 957 CTGTGCCGAACTCCATGGGATCAACCTTTGTTACGCAGGCGGTGCCGGGTATCATGGGTA 1016
Query 1027 CGGACAGGTTGGTTGGGCAAGGAGAGTAAGAGTAGTTGAGGCTCAGCTTGAGAAGACTAT 1086
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TGGAAAGGTTGGTTGGGCAAGGAGAGCAAGAGTAGTTGAGGCTCAGCTTGAGAAGACTAA 1076
Query 1087 GTATGGACGTTGGGGAGCTGTTGATACAATCAAAACTTGGAAACGGCTCGATGATAAGAA 1146
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 GTATGGACGTTGGGGAGCTGTTGCTACAATCAAAACTTGGAAACGGCTCGATGATAAGAA 1136
Query 1147 TCATTCTTTGATTGATACTCAACTTCTCTGGACCAAGAACACAACTCTTGAGCCAAATTT 1206
||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1137 TCATTCTTTAATTGATACTCAACTTCTTTGGTCCAAGAACACAACTCTTGAACCAAATTT 1196
Query 1207 TGGGTTTAGTTGCTCTACTATACCACAACACTGATCATTAAGCAGAGTTGTTGTACAATG 1266
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||| ||||||||||
Sbjct 1197 TGGGTTTACTTGCTCTACTATACCACAACACTAATCATGAATCTGAGTACTTGTACAATG 1256
Query 1267 ATATGATAT-TTTCATTTTCTTTATTTATGCTTTACTATCTATTATTTTGTTTAGAATAA 1325
|| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1257 ATTTGATATGTTTCATTTTCTTTATTTATGATTTACCATCTATTATTTTGTCTAGAATAA 1316
> Ahg951812 jgi|Araly1|951812|scaffold_18100001.1
Length=1248
Score = 1999 bits (1082), Expect = 0.0
Identities = 1192/1246 (96%), Gaps = 4/1246 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 TCATAGTCACTAACCTAAAAGAATTAATGGAGGAAACTCGGAGGAGGTTTGTCATATCCT 68
||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||| ||| ||
Sbjct 1 TCATAGTCACTAACCTAAAAG----AATGGAGGAAGCTTGGAGGAGATTTGTTTTATTCT 56
Query 69 CTGTTCTAAGTGTTTCTTTGATCTACTTATGTCTTTCGACATGTCACGTTTCCGCCTTCG 128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 57 CTGTTCTAAGTGTTTCTTTGATCTACTTATGTCTTTCAACATGTCACGTTTCCGCCTACG 116
Query 129 ACTTCGGTAGAAGGCAGCTCCGGTTTAATACTGATGGTCGGTTCAAGATACTGCAAGTGT 188
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 GCTTCGGTAGAAGGCAGCTCCGGTTTAATACAGATGGTCGGTTCAAGATACTGCAAGTGT 176
Query 189 CAGATATGCACTACGGTTTTGGCAAAGAGACGCAATGCTCAGACGTTTCACCTGCAGAAT 248
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 177 CAGATATGCACTACGGTTTCGGCAAAGAGACACAATGCTCAGACGTCTCACCAGCAGAAT 236
Query 249 TTCCTTACTGCTCCGATCTCAATACTACCTCCTTTTTACAGCGAACTATCGCTTCCGAGA 308
||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TTCCTTACTGCTCTGATCTCAACACCACCTCCTTTTTACAGCGAACTATCGCTTCCGAGA 296
Query 309 AGCCCGATCTCATCGTCTTCTCTGGAGACAATGTATATGGATTGTGCGAGACAAGTGACG 368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 297 AGCCCGATCTCATCGTCTTCTCTGGAGACAATGTATATGGATTGTGCGAGACAAGAGACG 356
Query 369 TGGCAAAATCGATGGACATGGCATTTGCTCCTGCGATCGAATCGGGGATTCCATGGGTGG 428
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 TGGCAAAATCGATGGACATGGCATTTGCTCCAGCCATCGAATCGGGGATTCCATGGGTGG 416
Query 429 CTATTTTGGGGAATCACGACCAAGAATCCGACATGACTAGAGAAACAATGATGAAATACA 488
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 CCATTTTGGGGAATCACGACCAAGAATCCGACATGACTAGAGAAACAATGATGAAATACA 476
Query 489 TCATGAAACTCCCAAACTCGTTGTCTCAAGTAAACCCTCCCGATGCTTGGCTATACCAAA 548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TCATGAAACTCCCAAACTCGTTGTCTCAAGTAAACCCTCCCGATGCTTGGCTATACCAAA 536
Query 549 TCGACGGTTTTGGTAATTACAATCTACAAATCGAGGGTCCTTTTGGCTCCCCTCTCTTCT 608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 537 TCGACGGTTTTGGTAATTACAATCTACAAATCGAGGGTCCTTTTGGCTCGCCTCTCTTCT 596
Query 609 TCAAATCCATTCTCAATCTCTATCTACTAGACGGTGGATCTTACACGAAGCTTGATGGTT 668
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |
Sbjct 597 TCAAATCCATTCTCAATCTCTATCTACTCGACGGTGGAGCTTACACGAAGCTCGATGGCT 656
Query 669 TTGGTTACAAATATGATTGGGTCAAAACCTCTCAACAGAATTGGTATGAACACACTTCTA 728
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 TTGGTTACAAATATGATTGGGTCAGAACCTCTCAACAGAATTGGTATGAACACACTTCTA 716
Query 729 AATGGCTTGAGATGGAACACAAGAGGTGGCCATTTCCACAGAATAGTACGGCACCAGGAT 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 717 AATGGCTTGAGATGGAACACAAGAGGTGGCCATTTCCACAGAATAGTACGGCACCGGGAT 776
Query 789 TGGTTTACCTCCACATTCCGATGCCGGAATTTGCATTGTTCAACAAATCGACGGAGATGA 848
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TGGTTTACCTCCACATTCCAATGCCGGAATTTGCATTGTTCAACAAATCGACGGAGATGA 836
Query 849 CTGGAGTAAGACAAGAATCTACTTGTTCTCCACCTATCAACTCTGGTTTCTTTACCAAAC 908
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 837 CTGGAGTGAGACAAGAATCTACATGTTCTCCACCTATCAACTCTGGTTTCTTCACCAAAC 896
Query 909 TTGTCGAAAGAGGTGAAGTCAAAGGTGTTTTCAGTGGTCACGACCACGTCAACGACTTCT 968
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TTGTCGAAAGAGGTGAAGTCAAAGGTGTTTTCAGCGGTCACGACCACGTCAACGACTTCT 956
Query 969 GTGCCGAACTCCATGGGATCAACCTTTGTTACGCAGGCGGAGCCGGGTATCATGGGTACG 1028
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 957 GTGCCGAACTCCATGGGGTCAACCTTTGTTACGCAGGCGGTGCCGGGTATCATGGATATG 1016
Query 1029 GACAGGTTGGTTGGGCAAGGAGAGTAAGAGTAGTTGAGGCTCAGCTTGAGAAGACTATGT 1088
|| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1017 GAAAGGTTGGTTGGGCGAGGAGAGCAAGACTAGTTGAAGCTCAGCTTGAGAAGACTAAGT 1076
Query 1089 ATGGACGTTGGGGAGCTGTTGATACAATCAAAACTTGGAAACGGCTCGATGATAAGAATC 1148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 ATGGACGTTGGGGAGCTGTTGATACAATCAAAACTTGGAAACGGCTCGATGATAAGAATC 1136
Query 1149 ATTCTTTGATTGATACTCAACTTCTCTGGACCAAGAACACAACTCTTGAGCCAAATTTTG 1208
||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1137 ATTCTTTAATTGATACTCAACTTCTTTGGTCCAAGAACACAATTCTTGAGCCAAATTTTG 1196
Query 1209 GGTTTAGTTGCTCTACTATACCACAACACTGATCATTAAGCAGAGT 1254
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1197 GGTTTACTTGCTCTACTATACCACAACACTGATCATGAAGCTGAGT 1242
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 59077969995
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5