BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G46920.1
Length=3513
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg935676 jgi|Araly1|935676|scaffold_403664.1 4242 0.0
> Ahg935676 jgi|Araly1|935676|scaffold_403664.1
Length=2620
Score = 4242 bits (2297), Expect = 0.0
Identities = 2515/2622 (96%), Gaps = 7/2622 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 717 GTGTTTGTAGTATTGCCTGAGTGATGGGAAACGGGACTTCCCGTGTTGTTGGTTGTTTCG 776
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 GTGTTTGTAGTATTGCCTGAGTGATGGGAAACGGTACTTCCCGTGTTGTCGGTTGTTTCG 60
Query 777 TGCCGTCTAATGACAAAAACGGTGTTGATTTGGAGTTTCTGGAACCTTTAGATGAAGGTT 836
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGCCGTCCAATGAGAAAAACGGTGTTGATTTGGAGTTTCTGGAACCTTTAGATGAAGGTT 120
Query 837 TAGGCCATTCCTTTTGCTACGTTAGGCCAAGCATCTTTGAGTCTCCTGATATTACTCCGT 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 TAGGCCATTCCTTTTGCTACGTTAGGCCAAGCATTTTTGAGTCTCCGGATATTACTCCGT 180
Query 897 CTAACTCGGAGAGGTTCACCATTGATTCAAGCACTATTGATTCTGAGACACTCACTGGGT 956
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 181 CTAACTCGGAGAGGTTCACGATTGATTCAAGCACCCTTGATTCTGAGACACTCAGTGGGT 240
Query 957 CTTTTCGAAACGATATCGTTGATGATCCTTCTTTCTTGAATAGACACAACAGTAAAGGTT 1016
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTTTCGAAACGAGGTCGTTGATGATCCTTCTTTCTTGAATAGACACAACAGTAAAGGTT 300
Query 1017 TGGCGGAAACTACGTTTAAGGCAATCTCAGGTGCTTCGGTTAGTGCCAATGTTTCCACGG 1076
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGGCTGAAACTACGTTTAAGGCAATCTCAGGTGCTTCGGTTAGTGCCAATGTTTCCACGG 360
Query 1077 CTAGGACTGGGAATCAAATGGCATTGTGTTCAAGTGACGTTTTGGAGCCTGCTGCTTCAT 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTAGGACTGGGAATCAAATGGCATTGTGTTCAAGTGATGTTTTGGAGCCTGCTGCTTCAT 420
Query 1137 TTGAGAGCACTTCCTCGTTTGCTTCTATTCCTTTGCAGCCGCTCCCTCGTGGTGGTTCGG 1196
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGAGAGCACATCCTCGTTTGCTTCAATTCCTTTGCAGCCGCTCCCTCGTGGTGGTTCGG 480
Query 1197 GACCCTTAAACGGATTCATGTCCGGGCCTCTAGAGAGAGGTTTTGCATCTGGTCCTTTGG 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GACCCTTAAACGGATTCATGTCCGGGCCTCTAGAGAGAGGTTTTGCATCTGGTCCTTTGG 540
Query 1257 ATAGAAACAACGGTTTCATGTCTGGGCCTATTGAAAAAGGAGTAATGTCTGGACCCCTTG 1316
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATAGAAACAACGGTTTCATGTCAGGGCCTATTGAAAAAGGAGTAATGTCTGGACCCCTTG 600
Query 1317 ATGTATCTGATAGATCTAATTTCTCTGCGCCTCTTTCTTTTAGACGTAAAAAGCCTCGGT 1376
|||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATGTATCTGATAAATCTAATTTCTCGGCGCCTCTTTATTTTAGACGTAAAAAGCCTCGGT 660
Query 1377 TTCAGCGTTTTATGAGGAGTGTGAGCGGACCAATGAAAAGTACATTAGCAAGGACATTTT 1436
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 661 TTCAGCGGTTTATGAGGAGTGTGAGCGGACCAATGAAAAGTACATTAGCAAGAACATTTT 720
Query 1437 CTAGACGATCTGGAGGGTTAAGTTGGATGCATCGCTTCTTCTTGCATCCAGAGACTAGGG 1496
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTAGACGGTCTGGAGGGTTAAGTTGGATGCATCGCTTCTTCTTGCATCCAGAGACTAGGG 780
Query 1497 TTTCCTGGGCTGTTGGAAAGGACGGTAAGCTACATGGTGAAGACCCTGAAAGTTGTCTAG 1556
|||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 781 TTTCCTGGCCTGTTGGAAAGGACGGTAAGTTACAGGGTGAAGACCCAGAAAGTTGTTTAG 840
Query 1557 AGAGCAACCGTAACTTGCAATGGGCTCATGGGAAAGCTGGAGAAGATAGGGTTCACGTTG 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 841 AGAGCAACCGTAACTTGCAATGGGCTCATGGGAAAGCTGGAGAAGACAGGGTTCATGTTG 900
Query 1617 TGCTTTCGGAGGAACAAGGATGGCTCTTTATCGGGATATATGATGGGTTTAGTGGACCGG 1676
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 901 TGCTTTCGGAGGAACAAGGATGGCTCTTTATTGGGATATATGATGGGTTTAGTGGACCAG 960
Query 1677 ATGCTCCAGATTTCGTAATGAGTCATCTTTATAAAGCTATTGACAAGGAATTGGAAGGTC 1736
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATGCTCCAGATTTCGTAATGAGTCATCTGTATAAAGCTATCGACAAGGAATTGGAAGGTC 1020
Query 1737 TTCTTTGGGATTATGAAGAGCCATCTGAAGATAATCAATTGCAGCCT-GACCAGGAACCT 1795
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||
Sbjct 1021 TTCTTTGGGATTATGAAGAGTCATCTGTAGATAATCAATTGCTGC-TAGACCAGGAACCT 1079
Query 1796 CCTACAGAAGAGAACATGTGTGATCCAGAATCTATCAGTGAGCAGCATTCAAAGTCAGTA 1855
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CCTACAGAAGAGAACTTGTGTGATCCAGAAACTATCAGTGAGCAGCATTCAAAGTCAGTA 1139
Query 1856 GTGGCAGAAAGTGAGGAGGTTATGATTGATGATATCAGTAGCCTTGGAAATACCGATACT 1915
||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1140 GTGGCAGGAAGTGAGGAGGTTATGATTGATAATAACAGTAGCCTTGGAAATGCCGATACT 1199
Query 1916 CAGATTGCTGATGGTCCACCTGGAGACTCAGCTGGTCCTGGCAAGAAAAGCATGAGACTT 1975
|||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1200 CAGATTGCTGATGGTCCACCTGGAAATTTAGCAGGTCCTGGCAAGAAAAGCACGAGACTT 1259
Query 1976 TACGAGCTACTTCAATTGGAACAGTGGGAAGGAGAAGAAATCGGGCTTAAACGAT----A 2031
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1260 TACGAGCTACTTCAATTGGAACGGTGGGAAGGAGAAGAAATCGGGCTTAAA-GATTCTCA 1318
Query 2032 TGGAGGGAATGTCGCTCTAAACAATATGACCAATCAGGTTGAAAATCCATCTACTTCAGG 2091
|||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TGGAGGGAGTGTGGCTCTAAACGATATGACCAATCAGTTTGAAAATCCATCTACTTCAGG 1378
Query 2092 TGGAGGAGCTGGAAATGATCCTTGTACCACCGACCGTAGTGCTCTTGATGGGATTCCGAA 2151
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1379 TGGAGGAGCTGGAAATGATCCGTGTACCACCGACCGTAGTGTTCTTGATGGGATTCCGAC 1438
Query 2152 CTCGGGACAAAGGCATGGGACTAAAAAATCACAGATAAGCTCTAAGATAAGAAGAATGTA 2211
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CTCGGGACAAATCCATGGGACTAAAAAATCACAGATAAGCTCTAAGATAAGAAGAATGTA 1498
Query 2212 TCAAAAACAGAAGTCTTTGCGGAAAAAACTGTTTCCATGGAGTTATGATTGGCACAGGGA 2271
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TCAAAAGCAGAAGTCTTTGCGGAAAAAGCTGTTTCCTTGGAGTTATGATTGGCACAGGGA 1558
Query 2272 AGAAGGGATTTGCGTTGAAGAGAAGATAGTGGAGTCATCGGGACCGATTAGGAGACGCTG 2331
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AGAAGGGACTTGCGTTGAAGAGAAGATAGTGGAGTCACCGGGACCGATTAGGAGACGCTG 1618
Query 2332 GTCAGGGACTGTGGACCATGATGCTGTTCTAAGAGCAATGGCTAGAGCACTAGAGAGTAC 2391
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1619 GTCAGGAACTGTAGACCATGATGCTGTTCTAAGAGCAATGGCTAGAGCACTAGAAAGTAC 1678
Query 2392 TGAAGAGGCGTACATGGATATGGTAGAGAAGTCTCTTGACATAAACCCAGAGCTCGCGCT 2451
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1679 TGAAGAGGCTTACATGGAAATGGTAGAGAAGTCTCTTGACATAAACCCAGAGCTTGCGCT 1738
Query 2452 AATGGGTTCATGTGTTCTTGTAATGCTAATGAAAGATCAAGATGTTTACGTGATGAACGT 2511
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AATGGGTTCATGTGTTCTTGTAATGCTAATGAAGGATCAAGATGTTTACGTGATGAACGT 1798
Query 2512 TGGGGATAGTCGGGCTATCTTAGCCCAAGAAAGGCTCCATGATCGTCACTCTAATCCTGG 2571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1799 TGGGGATAGTCGGGCTATCTTAGCCCAAGAAAGGCTCCATGATCGTCACTCCAATCCCGG 1858
Query 2572 TTTTGGGAATGATGAGGGTATCGGGCATAAGAGTAGGTCTCGAGAATCACTTGTGCGTAT 2631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TTTTGGGAATGATGAGGGTATCGGGCATAAGAGTAGGTCTCGAGAATCACTTGTGCGTAT 1918
Query 2632 TGAACTGGATAGAATATCAGAGGAATCTCCAATACACAATCAAGCAACTCCAATCAGTGT 2691
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1919 GGAACTGGATAGAATATCAGAGGAATCTCCAATACACAACCAAACAACTCCAATCAGTGT 1978
Query 2692 GTCAAACAAAAACAGAGATGTGACCTCTTACCGGTTAAAGATGAGAGCAGTTCAACTATC 2751
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1979 CTCAAACAAAAACAGAGATGTGACCTCATACCGGTTAAAGATGAGAGCAGTTCAACTCTC 2038
Query 2752 AAGTGACCATAGCACAAGTGTGGAAGAGGAAATTTGGCGGATTAGATCTGAACATCCGGA 2811
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 AAGTGACCATAGCACAAGTGTGGAAGAGGAAATTTTGCGGATTAGATCTGAACATCCGGA 2098
Query 2812 AGATGACCAGTCGATACTTAAAGATAGAGTCAAAGGCCAACTAAAAGTCACTCGAGCTTT 2871
|||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AGATGACCAGTCCATACTCAAAGATAGAGTAAAAGGCCAACTAAAAGTCACTCGAGCTTT 2158
Query 2872 CGGTGCTGGATTTCTCAAAAAGCCAAATTTCAATGAAGCTTTGCTTGAGATGTTCCAAGT 2931
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2159 TGGTGCCGGATTTCTCAAAAAGCCGAATTTCAATGAAGCTTTGCTAGAGATGTTCCAAGT 2218
Query 2932 AGAGTACATTGGAACAGACCCGTACATCACATGCGAACCGTGTACCGTCCATCACAGACT 2991
|||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AGAGTATATTGGAACAGACCCGTACATCACCTGTGAACCGTGTACCGTCCATCACAGACT 2278
Query 2992 GACTTCAAGCGATCGTTTCATGGTTTTATCCTCGGATGGATTGTATGAATACTTCAGCAA 3051
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CACTTCAAGCGATCGTTTCATGGTTTTATCCTCGGATGGATTGTATGAATACTTCAGCAA 2338
Query 3052 CGAAGAGGTTGTTGCTCACGTGACTTGGTTCATCGAAAACGTTCCTGAAGGCGATCCTGC 3111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2339 CGAAGAGGTTGTTGCTCACGTGACTTGGTTCATCGAAAACGTTCCTGAAGGGGATCCTGC 2398
Query 3112 TCAATACCTCATTGCAGAGCTTCTCTCTCGTGCTGCCACCAAGAACGGAATGGAGTTTCA 3171
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2399 TCAATACCTCATTGCAGAGCTACTCTCTCGTGCAGCCACCAAGAACGGGATGGAGTTTCA 2458
Query 3172 TGATCTGTTGGATATTCCTCAAGGAGATAGAAGGAAGTACCATGATGATGTCTCTGTCAT 3231
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TGATCTGTTGGATATTCCGCAAGGAGATCGAAGGAAGTACCATGATGATGTCTCTGTCAT 2518
Query 3232 GGTTGTGTCACTTGAAGGAAGGATTTGGCGCTCGTCTGGACAATATTATCCAGAGAGAAA 3291
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GGTTGTGTCACTTGAAGGAAGGATTTGGCGTTCGTCTGGACAATATTATCCAGAGAGAAA 2578
Query 3292 ACAAAAATTCAATAGATAAATTAACCAAACACaaaaaaaaaa 3333
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2579 ACAAAAATTCAATAGATGAATTAACCAAACACAACCAAAAAA 2620
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132668699478
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5