BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G47330.1
Length=2572
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483908 jgi|Araly1|483908|fgenesh2_kg.4__2968__AT2G47330.1 2785 0.0
> Ahg483908 jgi|Araly1|483908|fgenesh2_kg.4__2968__AT2G47330.1
Length=2501
Score = 2785 bits (1508), Expect = 0.0
Identities = 1700/1794 (95%), Gaps = 8/1794 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 12 AAAAAACACGAAGCCCTAAATTTCGTCGTAATTGGCAACAGTTAAGCTCTTTGCTAAAAG 71
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1 AAAAAACACGAAACCCTAAATTTCGTCGTAATTGGCAACAGTTGAGCTCTTTGCTCAAAG 60
Query 72 C---TCTAGCTGAGAAGCGAAATTCGAAGTGAAGAATGTCTAATCGCAAATTCGGAATGG 128
| | ||||||||||| ||||||| | ||||| |||||| ||||| || ||||| || |
Sbjct 61 CTATTATAGCTGAGAAGAGAAATTCTATGTGAATAATGTCAAATCGGAAGTTCGGTATTG 120
Query 129 AAGGATTCGGCATTAATCGGCAAACTAGCTACAGTTTCGAGCGATCTCAAGCACCGCAAC 188
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 AAGGATTCGGCATAAATCGGCAAACTAGCTACAGTTTCGAGCGATCTCAAGCACCTCAAC 180
Query 189 GTCTCTACGTCCCTCCCTCGTCTCGCGGCGGAGACAACTCCGAAGATGCCGATCTTGATA 248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 181 GTCTCTACGTCCCTCCCTCGTCTCGCGGCGGAGACAACTCCGAAGATGCCGATCTAGATA 240
Query 249 ACATTGATTACATGGAAAACGAAGAAGCTGAGGAAGATATTGAGGAAGGCGGTTCTGCTG 308
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACATTGATTACATAGAAAACGAAGAAGCAGAGGAAGACATTGAGGAAGGCGGTTCTGCTG 300
Query 309 CGGCTAGCGGTGGCGAGGTTGATGAGATCGATCCATTAGATGCTTTTATGGAGGGAATTC 368
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CGGCTAACGGTGGCGAGGATGATGAGATCGATCCATTAGATGCTTTTATGGAGGGAATTC 360
Query 369 ACCAGGAGATGAAATCTGCTCCACCTCCTAAGCCAAAGGAGAAACTAGAGAGGTACAAGG 428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 361 ACCAGGAGATGAAATCTGCTCCACCTCCTAAGCCAAAGGAGAAATTGGAGAGGTACAAGG 420
Query 429 ACGAC---GATGACGATCCTGTTGAGAGTTACCTCAAGGCCAAGAAGGATTTGGGCCTGA 485
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ACGACGAAGATGACGATCCTGTTGAGAGTTTCCTCAAGGCCAAGAAGGATTTGGGCCTGA 480
Query 486 CACTAGCCGCCGATGCACTTAACGCCGGTTATAACTCCGACGAGGAGGTGTATGCTGCAG 545
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 481 CACTAGCCGCCGATGCGCTTAACGCAGGTTATAACTCCGACGAGGAGGTTTACGCTGCAG 540
Query 546 CTAAGGCGGTCGATGCAGGGATGCTAGATTATGATTCCGATGATAATCCGATTGTTGTGG 605
| |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCAAGGCGGTGGATGCAGGGATGCTGGAGTACGATTCCGATGATAATCCGATTGTTGTGG 600
Query 606 ATAAAAGGAAGATTGAGCCTATTACAGCTCTGGATCATAGCTCCATCGATTATGAACCTA 665
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 601 ATAAAAGGAAGATTGAGCCGATTACAGCTCTGGATCATAGCTCCATCGATTACGAACCAA 660
Query 666 TTAATAAGGACTTTTACGAGGAGCTAGAATCAATATCAGGAATGACTGAGCAAGAAACCA 725
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||| ||| ||||||||
Sbjct 661 TTAATAAGGACTTTTACGAGGAGGTGGAATCAATATCGGGCATGAGTGAACAAGAAACTT 720
Query 726 CGGATTACCGTCAGAGATTAGGGATTCGGGTCTCGGGTTTTGATGTTCATAGGCCAGTTA 785
|||||||||| ||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 CGGATTACCGACAGAGATTAGGAATCCGTGTGTCGGGTTTTGATGTTCATCGGCCAGTTA 780
Query 786 AGACCTTTGAGGATTGTGGATTTTCCTCACAGATTATGAGTGCTATCAAAAAGCAAGCTT 845
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGACCTTTGAGGATTGTGGTTTTTCCTCACAGATTATGAGTGCTATCAAAAAGCAAGCTT 840
Query 846 ATGAAAAACCTACAGCAATCCAATGTCAGGCTTTACCTATTGTGTTGTCTGGTCGAGATG 905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 841 ATGAAAAACCTACAGCAATCCAATGTCAGGCTTTACCTATTGTGCTATCTGGTCGAGATG 900
Query 906 TTATTGGCATAGCCAAAACTGGTTCAGGTAAGACTGCAGCGTTTGTTCTTCCAATGATTG 965
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 901 TTATTGGCATAGCCAAAACTGGTTCAGGTAAGACTGCAGCGTTTGTTCTTCCCATGATTG 960
Query 966 TTCATATTATGGATCAGCCTGAACTTCAGAGAGATGAAGGTCCAATTGGTGTCATATGTG 1025
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTCATATTATGGATCAGCCGGAACTTCAGAAAGATGAAGGTCCAATTGGTGTCATATGTG 1020
Query 1026 CTCCAACCAGAGAATTGGCTCATCAAATCTTCTTGGAAGCCAAGAAATTTTCGAAAGCAT 1085
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CCCCAACCAGAGAATTGGCTCATCAAATCTTCTTGGAAGCGAAGAAATTTTCGAAAGCAT 1080
Query 1086 ATGGCTTACGAGTCTCTGCTGTGTATGGTGGAATGTCTAAACATGAACAGTTTAAGGAAC 1145
|||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATGGTTTACGAGCCTCTGCTGTGTACGGTGGAATGTCTAAACATGAACAGTTTAAGGAAC 1140
Query 1146 TCAAGGCAGGATGCGAAATAGTTGTTGCTACTCCTGGAAGGTTGATAGACATGCTGAAGA 1205
||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1141 TCAAGGCGGGTTGCGAGATAGTTGTTGCTACTCCTGGAAGGTTAATAGACATGCTGAAGA 1200
Query 1206 TGAAGGCTTTGACAATGATGAGAGCCAGTTATTTGGTTCTTGATGAGGCAGATCGGATGT 1265
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTAAGGCTTTGACAATGATGAGAGCCAGTTATTTGGTTCTTGATGAGGCAGATCGGATGT 1260
Query 1266 TTGACCTTGGCTTTGAGCCACAAGTAAGGTCTATTGTTGGCCAGATTCGTCCTGATCGCC 1325
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTGACCTTGGTTTTGAGCCACAAGTAAGGTCTATCGTTGGCCAGATTCGTCCTGATCGCC 1320
Query 1326 AGACTTTACTATTTTCAGCCACTATGCCTTGGAAAGTTGAAAAGTTAGCTAGGGAAATCC 1385
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AGACTTTACTCTTTTCAGCCACTATGCCTTGGAAAGTTGAAAAGTTAGCTAGGGAAATCC 1380
Query 1386 TTTCAGATCCTATTAGAGTCACAGTTGGTGAAGTGGGGATGGCCAATGAAGATATTACGC 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TTTCAGATCCTATTAGAGTCACAGTTGGTGAAGTGGGGATGGCCAATGAAGATATTACGC 1440
Query 1446 AGGTTGTCAATGTCATACCTTCTGATGCTGAAAAACTTCCCTGGCTACTTGAAAAGCTCC 1505
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1441 AGGTTGTCAATGTAATACCTTCGGATGCTGAAAAACTTCCCTGGCTACTTGAGAAGCTCC 1500
Query 1506 CTGGAATGATTGATGAGGGTGACGTATTAGTGTTTGCATCTAAAAAGGCCACTGTTGATG 1565
|||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CTGGAATGATAGATGAGGGTGACGTTTTAGTCTTTGCTTCTAAAAAGGCCACTGTTGATG 1560
Query 1566 AGATTGAAGCTCAACTTACTCTAAATTCCTTCAAAGTTGCTGCTCTTCACGGTGATAAAG 1625
|||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AGATCGAAGCTCAGCTTACTCTAAATTCCTTTAAAGTTGCTGCTCTTCACGGTGATAAAG 1620
Query 1626 ACCAAGCATCACGAATGGAAACTCTGCAGAAGTTCAAATCTGGAGT-TCACCATGTGCTG 1684
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||||
Sbjct 1621 ACCAAGCATCACGAATGGAAACTTTGCAGAAGTTCAAATCTGGAATCT-ACCATGTGCTG 1679
Query 1685 ATTGCCACTGATGTTGCTGCCCGAGGTCTTGACATCAAATCGCTTAAGACAGTGGTTAAC 1744
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1680 ATTGCCACTGATGTTGCTGCGCGAGGTCTTGACATCAAATCGCTTAAGACAGTTGTTAAC 1739
Query 1745 TATGACATCGCAAAAGATATGGACATGCATGTACATCGTATTGGTAGAACAGGC 1798
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1740 TATGACATTGCAAGAGATATGGACATGCATGTACATCGTATTGGTAGAACTGGC 1793
Score = 1038 bits (562), Expect = 0.0
Identities = 669/719 (93%), Gaps = 13/719 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1860 CTGGTGAATTGGTAAAC-AGTCTGGTTGCTGCTGGTCAAAATGTGCCTCCAGAACTCACA 1918
|||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1789 CTGGCGAATTGGT-GACTAGTCTGGTTGCAGCTGGTCAAATTGTGCCGCCAGAACTCATG 1847
Query 1919 GATCTTGCCATGAAGGATGGACGATTCAAGTCCAAGCGTGACGGGAGAAAAGGAGGTAAG 1978
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 GATCTCGCCATGAAGGATGGACGATTCAAGTCCAAGCGTGACGGGAGAAAAGGAGGTAAG 1907
Query 1979 AAAGGCCGAGGAGGAGGTGGTGGAAACAAAGGAGTACGTGGAGTTGATTTTGGTCTTGGT 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 AAAGGCCGAGGAGGAGGTGGTGGAAACAAAGGAGTACGTGGAGTTGATTTTGGTCTTGGT 1967
Query 2039 ATTGGATTTAGCTCGGAATCTAGTAGGACACCTTCTTCTAAAGCTGCACCAAGTAGAAGT 2098
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 ATTGGATTTAGCTCGGAATCTAGTGGGACACCATCTTCTAAAGCTGCACCAAGTAGAAGC 2027
Query 2099 GGGGCAATCAATTCAGTGAGAACTGGAGTAATGGCCCAATTCAAGAATAGTTTTGTCGCT 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||
Sbjct 2028 GGGGCAATCAATTCAGTGAGAACTGGAGTAATGGCCCAATTCAAGAGTAGCTTTGTTGCT 2087
Query 2159 GCAACGCCATCAAATCCACAAAACCAAGCTTATCCAAACAAGAGACCATCCCTAATGGGC 2218
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 GCAACGCCATCGAATCCACAAAGCCAAGCTTATCCAAACAAGAGACCATCCCTAATGGGC 2147
Query 2219 TTTGTCTCAGGTGGTACTATTGGTGGAGACATGGGTAGAACTCAGAGTCAAGCTCCCCCA 2278
|||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 TTTGTCTCGGGTGGTACCATTGGTGGGGACATGGGTAGAACTCAGAGTCAAGCTCCCCCA 2207
Query 2279 GTAGCACCTACTCAAAACGCCTCATCACACAACTCCAGCCAGAATCACTCACAGAGTTCT 2338
|||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2208 GTAGCACCTACTCAAAACGCTTCATTACATAACTCGAGCCAGAATCATTCACAGAGTTCT 2267
Query 2339 GAGAATCGGCCTAGAGAGAGGAAGAGAAGATCTGGTTGGGATAATTGAGTGAGCCACGTT 2398
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2268 GAGAATCGGCCTAGAGAGAGGAAGAGGAGATCTGGTTGGGATAATTGACTGAGCCACGTT 2327
Query 2399 TTGCATGATGATAGTGGAAGTGTTTTGCAC-AACAATGTAATGAATGTTGTATAATTTGT 2457
||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2328 TTGCATG-T--TAGTGGAAGTGTTTTGCATGAACAATGTAATGAATGTTGTATAATTTGT 2384
Query 2458 TTTATCCTTTCCCGTTTCAGCCTTTGAATATATAAATTTTCCATTTC-TTGTTAGGATCT 2516
||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||
Sbjct 2385 TTTATTCTT-CTCGTTTCAACCTTCAAATATATAAATTTTCCATT-CGTTGTTAGGAACT 2442
Query 2517 AATT----CTTCGTATGAGACATGATATGGAAAATAGATGATAAAAAGGGTTTCAAATT 2571
|||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 AATTAATTCTTCGTACAAGAAATGATGTGGAAAATAGATGATAAAAAGGGTTTCAAATT 2501
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96977763770
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5