BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G47390.1
Length=3284
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg322384 jgi|Araly1|322384|fgenesh1_pm.C_scaffold_4002441 4857 0.0
Ahg483915 jgi|Araly1|483915|fgenesh2_kg.4__2975__AT2G47380.1 78.7 3e-13
> Ahg322384 jgi|Araly1|322384|fgenesh1_pm.C_scaffold_4002441
Length=2889
Score = 4857 bits (2630), Expect = 0.0
Identities = 2800/2885 (97%), Gaps = 0/2885 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 113 ATGATGCGCTTTCATAAAGCTTGTCATCGTTTCTCTCTTTCACCTCTCTGCCATTTATCT 172
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATGCGCTTTCACAAAGCTTGTCATCGTTTCTCTCTTTCACCTCTCTGCCATTTATCT 60
Query 173 CCGCCGTCTCCGTCACCGGCTTCTTCTCTCCTTCTACTTCCCAAGCTTTCCGGATTCTCG 232
|| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCACCGTCTCCGTCGCCGGCTGCTTCTCTCCTTCTACTTCCCAAGCTTTCCGGATTCTCT 120
Query 233 ACTCTGAGTACACGACGTTGCGTAAGAGTTCGCCGATTCTCCGAAAACCCGTTGACCACT 292
|| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 ACGCTGTGTACACGCCGTTGCGCAAGAGTTCGCCGATTCTCCGATAACCCGTTGACCACT 180
Query 293 GTCATGGCTTCACGTTCTGCTTCTAGGCTTCGTTCTCTCGCATCTGCCTGTTCTGGAGGT 352
|||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 181 GTCATGTCTTCACGTGCTGCTGCTAGGCTTCGTTGTCTCGCATCTGTCTGTCCTGGAGGT 240
Query 353 GCTGAAGACGGTGGTGGAACCTCTAATGGCTCCCTATCAGCCTCTGCTACTGCAACTGAA 412
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 GCTGAAGACGGTGGTGGCACCTCTAATGGCTCAGTATCAGCCTCTGCTACTACAACTGAA 300
Query 413 GATGATGAATTGGCTATAGGCACTGGATATCGTCTGCCTCCACCTGAGATCAGAGATATT 472
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GATGATGAATTGGCTTTAGGCACTGGATATCGTCTGCCTCCACCTGAGATCAGAGATATT 360
Query 473 GTAGATGCTCCACCAGTCCCGGCTTTATCATTTTCACCACATAGGGATAAGATATTGTTT 532
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 361 GTAGATGCTCCACCAGTCCCGGCATTATCATTTTCACCACATAGGGATAAGATACTGTTT 420
Query 533 CTCAAGCGGAGAGCATTGCCTCCGCTCGCAGATTTAGCTAGACCAGAGGAGAAGCTTGCT 592
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 421 CTCAAGCGGAGAGCATTGCCTCCCCTCGCTGATTTAGCTAGACCAGAGGAAAAGCTTGCT 480
Query 593 GGTGTTCGAATTGATGGATACTGCAATACCAGAAGCAGAATGTCATTCTATACTGGTTTA 652
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 481 GGTGTTCGAATTGATGGACACTGCAATACCAGAAGCAGGATGTCTTTCTATACTGGTTTA 540
Query 653 GGAATCCATCAGTTATTGCCTGATGGTACATTGAGTCCTGAGAAGGAGATCACTGGCATT 712
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGAATCCATCAGCTATTGCCTGATGGTACATTGAGTCCAGAGAAGGAGATCACTGGCATT 600
Query 713 CCAGATGGTGGTAAGATTAACTTTGTTACATGGTCCAATGACGGTAAGCATCTGGCTTTC 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CCAGATGGTGGTAAGATTAACTTTGTTACATGGTCTAATGACGGTAAGCATCTGGCTTTC 660
Query 773 AGCATCCGGGTCGATGAGAACGGAAATAGTAGTAAGCCAGTGGTATGGGTAGCTGATGTT 832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGCATCCGGGTCGATGAGAACGGAAATAGTAGTAAGCCAGTAGTATGGGTAGCTGATGTT 720
Query 833 GAGACTGGAGTAGCTAGACCATTGTTTAACTCGCAAGATATTTTTCTGAATGCGATTTTT 892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 721 GAGACTGGAGTAGCTAGACCATTGTTTAACTCGCAAGATATTTATCTGAATCCGATTTTT 780
Query 893 GAGAGTTTTGTTTGGATTGATAATTCCACTTTGTTGGTGAGCACAATCCCTTCATCTCGT 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAGAGTTTTGTTTGGATTGATAATTCCACTTTGTTGGTGAGCACAATCCCTTCATCTCGT 840
Query 953 GGAGAACCACCAAAGAAACCTTTGGTGCCATCTGGTCCCAAAACTCTGTCAAACGAGACG 1012
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GGAGACCCACCAAAGAAACCTTTGGTGCCATCTGGTCCCAAAACTCTGTCAAACGAGACG 900
Query 1013 AAGACTGTTGTCCAAGTTAGAACATTCCAAGATTTGCTTAAGGATGAGTATGATGCTGAT 1072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AAGACTGTTGTCCAAGTTAGAACATTCCAAGATTTGCTTAAGGATGAGTATGATGCTGAT 960
Query 1073 TTATTTGACTACTACGCTTCATCACAACTAGTATTGGCTTCTTTGGATGGTACTGTGAAG 1132
||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 961 TTATTCGACTACTACGCCACATCACAATTAGTATTGGCTTCTTTGGATGGCACAGTGAAG 1020
Query 1133 GAAGTAGGGGTTCCTGCAGTGTATACATCGTTAGACCCTTCGACAGACCATAAGTACTTG 1192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1021 GAAGTAGGGGTTCCTGCAGTGTATACATCGTTAGACCCTTCGACAGACCATAAATACTTG 1080
Query 1193 TTGGTGTCATCACTTCACAGGCCATATTCCTTCATTGTACCTTGTGGTAGATTTCCAAAG 1252
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTAGTGTCATCACTTCACAGGCCATATTCCTTCATTGTACCCTGTGGTAGATTTCCAAAG 1140
Query 1253 AAGGTGGAAGTCTGGACAACTGATGGTAGATTTGTAAGACAGCTATGTGACTTGCCCTTG 1312
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAGGTGGAAGTCTGGACAACTGATGGTAGATTTGTAAGACAGCTATGTGACTTGCCCTTA 1200
Query 1313 GCTGAAGATATCCCCATTGCCTCCAATAGTGTGCGGAAAGGAATGCGTTCAATAAACTGG 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GCTGAAGATATCCCCATTGCCTCCAATAGTGTGCGGAAAGGAATGCGTTCAATAAACTGG 1260
Query 1373 CGAGCAGACAAGCCTTCAACCCTCTACTGGGCAGAAACACAAGATGGAGGTGATGCCAAA 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CGAGCAGACAAGCCTTCAACCCTCTACTGGGCAGAAACACAAGATGGAGGTGATGCCAAA 1320
Query 1433 ATGGAAGTTTCACCGCGTGATATAGTTTATATGCAGTCTGCTGAACCATTGGCAGGAGAA 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATGGAAGTTTCACCGCGTGATATAGTTTATATGCAGTCTGCGGAACCATTGGCAGGAGAA 1380
Query 1493 GAACCAGAAGTGTTACACAAGCTCGATCTTCGTTATGGAGGGATTTCTTGGTGTGATGAT 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1381 GAACCAGAAGTGTTACACAAGCTCGATCTTCGTTATGGAGGGATTTCTTGGTGTGATAAT 1440
Query 1553 ACATTAGCTCTGGTTTATGAATCATGGTATAAAACACGACGAACAAGGACGTGGGTTATC 1612
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1441 ACGTTAGCTCTAGTTTATGAATCATGGTATAAAACACGACGAACAAGGACATGGGTTATC 1500
Query 1613 TCTCCTGGATCTAACGATGTCAGTCCACGCATCTTGTTTGATAGATCATCGGAAGATGTG 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TCTCCTGGATCTAACGATGTCAGTCCACGCATCTTGTTTGATAGATCATCGGAAGATGTG 1560
Query 1673 TACTCAGACCCTGGCTCAACCATGCTGAGAAGGACCGATGCTGGAACGTATGTAATAGCA 1732
||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TACTCAGACCCTGGCTCAACCATGCTGAGGAGAACCGCTGCTGGAACGTATGTAATAGCA 1620
Query 1733 AAGATAAAGAAGGAAAATGATGAAGGCACTTATGTATTACTGAACGGAAGTGGGGCTACA 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AAGATAAAGAAGGAAAATGATGAAGGCACTTATGTATTACTGAACGGAAGTGGGGCTACA 1680
Query 1793 CCACAAGGGAATGTGCCCTTCCTTGACTTGTTTGACATAAATACAGGCAACAAAGAACGA 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CCACAAGGGAATGTGCCCTTCCTTGACTTGTTTGACATAAATACAGGCAACAAAGAACGA 1740
Query 1853 ATCTGGGAGAGCGACAAGGAAAAGTATTTCGAGACAGTTGTTGCCTTGATGTCTGACCAA 1912
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1741 ATCTGGGAGAGCGACAAGGAAAAGTATTTCGAGACAGTTGTTGCTTTGATGTCTGACCAG 1800
Query 1913 AAAGAAGGGGATTTAAAAATGGAGGAGCTGAAAATTCTGACATCAAAGGAGTCTAAAACA 1972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AAAGAAGGGGATTTAAAAATGGAGGAGCTGAAAATTCTGACATCAAAGGAGTCTAAAACA 1860
Query 1973 GAAAACACCCAATATTCTCTCCAACTTTGGCCTGATAGGAAAGTGCAACAGATTACAAAC 2032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GAAAACACCCAATATTCTCTCCAACTTTGGCCTGATAGGAAAGTGCAACAGATTACAAAC 1920
Query 2033 TTTCCTCATCCGTATCCGCAATTGGCTTCGTTACAGAAAGAGATGATCAGGTATCAACGG 2092
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TTTCCTCATCCATATCCGCAGTTGGCTTCGTTACAGAAAGAGATGATCAGGTATCAACGG 1980
Query 2093 AAAGACGGGGTTCAACTTACTGCAACACTATACCTACCACCAGGCTATGATCCATCAAAA 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 AAAGACGGGGTTCAACTTACTGCAACACTATACCTACCACCAGGCTATGATCCATCAAAA 2040
Query 2153 GACGGTCCTCTTCCTTGTCTGTTTTGGTCTTATCCTGGTGAATTCAAGAGTAAAGATGCT 2212
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2041 GACGGTCCTCTTCCTTGTCTGTTTTGGTCTTATCCTGGTGAATTCAAGAGCAAAGATGCT 2100
Query 2213 GCTGGTCAAGTCCGTGGCTCGCCAAATGAATTTGCAGGCATTGGATCAACTTCTGCCCTT 2272
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2101 GCTGGTCAAGTCCGTGGTTCTCCAAATGAATTTGCAGGCATTGGTTCAACTTCTGCCCTT 2160
Query 2273 CTTTGGCTTGCTAGAAGGTTTGCTATATTATCTGGACCTACTATACCTATAATTGGTGAA 2332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 CTTTGGCTTGCTAGAAGGTTTGCTATATTATCTGGACCTACTATACCTATAATTGGTGAA 2220
Query 2333 GGTGATGAAGAGGCTAATGATAGGTATGTAGAGCAACTGGTGGCAAGTGCCGAAGCTGCT 2392
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 2221 GGTGATGAAGAGGCTAATGATAGGTATGTCGAGCAACTGGTTGCAAGTGCTGAGGCTGCT 2280
Query 2393 GTAGAGGAAGTCGTCAGGCGTGGAGTGGCTGATCGAAGCAAAATTGCAGTTGGGGGACAC 2452
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 GTAGAGGAAGTCGTCAGGCGTGGAGTGGCTCATCCAAGCAAAATTGCAGTTGGGGGACAC 2340
Query 2453 TCCTATGGAGCTTTTATGACTGCAAATCTTCTTGCTCATGCTCCTCATCTTTTCGCCTGC 2512
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2341 TCCTATGGAGCTTTTATGACTGCAAATCTTCTTGCTCACGCTCCTCATCTTTTCTCCTGC 2400
Query 2513 GGGATTGCCAGATCTGGGGCTTACAACAGAACACTCACGCCCTTTGGTTTCCAGAACGAG 2572
|| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 GGAATCGCCCGATCTGGCGCTTACAACAGAACACTCACGCCCTTTGGTTTCCAGAACGAG 2460
Query 2573 GACCGAACTCTGTGGGAAGCCACTAACGTCTATGTAGAGATGAGCCCATTCATGTCTGCT 2632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 GACCGAACTCTGTGGGAAGCCACTAACGTCTATGTAGAGATGAGCCCATTCATGTCTGCT 2520
Query 2633 AATAAAATCAAGAAGCCAATCTTACTTATTCATGGTGAAGAAGACAATAACCCAGGAACT 2692
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 AATAAAATCAAGAAGCCAATCTTGCTTATTCATGGTGAAGAAGACAATAACCCAGGAACT 2580
Query 2693 CTAACAATGCAGTCAGACCGATTCTTCAATGCACTAAAAGGCCACGGCGCTCTTTGCCGT 2752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 CTAACAATGCAGTCAGACCGATTCTTCAATGCACTAAAAGGCCACGGCGCTCTTTGCCGT 2640
Query 2753 CTTGTTGTTCTTCCTCACGAGAGCCACGGGTACTCAGCACGGGAAAGCATTATGCACGTT 2812
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 CTTGTTGTTCTTCCACACGAGAGCCACGGGTACTCAGCACGGGAAAGCATTATGCACGTT 2700
Query 2813 CTCTGGGAAACTGACCGTTGGCTTCAAAAATACTGTGTTCCAAACACATCAGATGCAGAT 2872
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2701 CTCTGGGAAACTGACCGCTGGCTTCAAAAATACTGCGTTCCAAACACACCAGATGCAGAT 2760
Query 2873 ACAAGTCCCGACCAGTCCAAAGAAGGGTCAGATTCTGCAGACAAAGTATCCACAGGCACA 2932
|||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2761 ACAAATCCTGACCAGTCCAAAGAAGGCTCAGATTCTGCAGACAAAGTAGCCACTGGCACA 2820
Query 2933 GGTGGTGGTAATCCGGAGTTTGGTGAGCATGAAGTTCACTCCAAGCTCAGGAGATCACTT 2992
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 GGTGGTGGTAATCCGGAGTGTGGTGAGCATGAAGTTCACTCCAAGCTCAGGAGATCACTT 2880
Query 2993 CTCTG 2997
|||||
Sbjct 2881 CTCTG 2885
> Ahg483915 jgi|Araly1|483915|fgenesh2_kg.4__2975__AT2G47380.1
Length=411
Score = 78.7 bits (42), Expect = 3e-13
Identities = 46/48 (96%), Gaps = 0/48 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 3224 GAAACAAAACAAAAGAGATTATGTCTGAATGAACATCACATCTGAATT 3271
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 411 GAAACAAAACAAGAGAGATTATGTCTGAATGAACATCACATTTGAATT 364
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123953515261
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5