BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G47410.1
Length=5221
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg902795 jgi|Araly1|902795|Al_scaffold_0004_3445 5498 0.0
> Ahg902795 jgi|Araly1|902795|Al_scaffold_0004_3445
Length=4617
Score = 5498 bits (2977), Expect = 0.0
Identities = 3324/3488 (95%), Gaps = 37/3488 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1492 AACACTGG-ATCCACGAGCAATGCATCTCAGAGTCATCAAATATTATGTTGTGCATACAA 1550
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 AACAC-GGCATCCACGAGCAATGCATCTCAGAGTCATCAAATATTATGTTGTGCATACAA 1193
Query 1551 TGCTAATGGAACCATTTTCGTCACGGGTAGCTCTGACAGCAATGCAAGGGTTTGGAGTGC 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 TGCTAATGGAACCATTTTCGTCACGGGTAGCTCTGACAGCAATGCAAGGGTTTGGAGTGC 1253
Query 1611 CTCAAAACCTAACTTGGATGATGCTGAACAGCCGACTCATGAGCTGGATGTTCTACGGGG 1670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1254 CTCAAAACCTAACTTGGATGATGCTGAACAGCCGACTCATGAGCTGGATGTTCTACGTGG 1313
Query 1671 CCATGAGAATGATGTCAACTATGTGCAATTTAGTGGTTGTGCTGTGGCTCCAAAATCTTC 1730
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1314 CCATGAGAACGATGTCAACTATGTGCAATTTAGTGGTTGTGCTGTGGCTCCGAAATGTTC 1373
Query 1731 AACAGCTGATGCTCTGAAGGAAGATAGCTACCCAAAGTTTAAGAATTCCTGGTTTTGTCA 1790
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1374 AACAGCTGATACTCTGAAGGAAGATAGCTACCCAAAGTTTAAGAATTCCTGGTTTTCTCA 1433
Query 1791 TGACAATATAGTAACCTGCTCTCGCGATGGTAGTGCAATTATATGGACTCCAAGATCACG 1850
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 TGACAACATAGTAACCTGCTCTCGAGATGGTAGTGCAATTATATGGACTCCAAGATCACG 1493
Query 1851 TAAATTCCATGGGAAATCTGGACGCTGGATGAAAGGATATCATCTGAAGGTTCCACCTCC 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TAAATTCCATGGGAAATCTGGACGCTGGATGAAAGGATATCATCTGAAGGTTCCACCTCC 1553
Query 1911 TCCACTTCCTCCACAACCTCCTCGAGGAGGCCCACGTCAAAGGTTTCTTCCAACACCACG 1970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 TCCACTTCCTCCACAACCTCCTCGAGGAGGCCCACGTCAAAGGTTTCTTCCAACACCACG 1613
Query 1971 GGGTGTTAATATGATTATATGGAGCTTGGATAATCGTTTTGTACTTGCCGCTATCATGGA 2030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 GGGTGTTAATATGATTATATGGAGCTTGGATAATCGTTTCGTACTTGCCGCTATCATGGA 1673
Query 2031 TTGCAGGATTTGTGTTTGGAATGCTGCTGATGGTAGCTTAGTGCATTGTTTAACTGGTCA 2090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 TTGCAGGATTTGTGTTTGGAATGCTGCTGATGGTAGCTTAGTGCATTGTTTAACTGGTCA 1733
Query 2091 CAGTGAATCGTCTTATGTCTTGGATGTCCATCCTTTCAATCCTCGGATTGCTATGAGCGC 2150
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 CAGTGAATCGTCCTATGTCTTGGATGTCCATCCTTTCAATCCTCGGATTGCTATGAGCGC 1793
Query 2151 TGGCTATGATGGGAAAACAATCATCTGGGATATATGGGAGGGTATACCAATCAAAGTGTA 2210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1794 TGGCTATGATGGGAAAACAATCATCTGGGATATATGGGAGGGTATACCAATCAAAGTATA 1853
Query 2211 CGAAATCGGGAGATTTAAGTTGGTTGATGGAAAGTTTTCACAAGATGGGACATCTATTGT 2270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 CGAAATCGGGAGATTTAAGTTGGTTGATGGAAAGTTTTCACAAGATGGGACATCTATTGT 1913
Query 2271 GCTTTCAGATGATGTTGGCCAGATATATTTTCTAAACACAGGACAAGGAGAGTCTCAAAA 2330
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 GCTTTCAGATGACGTTGGCCAGATATATTTTCTAAACACAGGACAAGGAGAGTCTCAAAA 1973
Query 2331 GAATGCAAAATACGACCAGTTCTTCCTTGGTGATTATCGTCCTCTTATTCGAGATACCAA 2390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 GAATGCAAAATACGACCAGTTCTTCCTTGGTGATTATCGTCCTCTTATTCGAGATACCAA 2033
Query 2391 TGGACATGTTCTTGATCAGGAGACGCAGCTACTTCCTCATCGGAGGAACCTTCAGGATCT 2450
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 TGGACACGTTCTTGATCAGGAGACGCAGCTTCTTCCTCATCGGAGGAACCTTCAGGATCT 2093
Query 2451 TCTTTGTGATTCAAGTATGATTCCGTATCCAGAACCTGACCAGACAATGTTTCAGCAACG 2510
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 CCTTTGTGATTCAAGTATGATTCCGTATCCAGAACCTGACCAGACAATGTTTCAGCAACG 2153
Query 2511 CAGACTTGGTGCATTAGGAGTTGAATGGCGTCCTTCCTCGATAAAGTTTTCTGTTGGCCC 2570
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 CAGACTTGGTGCACTAGGAGTTGAATGGCGTCCTTCCTCGATAAAGTTTTCTGTTGGCCC 2213
Query 2571 TGATTTTAGTTTAGGTCAAGATTATATAATGCCTCCTTTGGCTGATCTGGATAGACTGAT 2630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2214 TGATTTTAGTTTAGGTCAAGATTATATAATGCCTCCTTTGGCTGATCTGGATAGATTGAT 2273
Query 2631 TGAGCCATTGCCTGAGTTTATAGATGCTATGTACTGGGAACCAGAACACGAAGTTCTGAG 2690
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 CGAGCCGTTGCCTGAGTTTATAGATGCTATGTACTGGGAACCAGAACACGAAGTTCTGAG 2333
Query 2691 TGACGACAATGATTCAGAGTATAATGCTGAAGTTTCCTCTGATGGGGCTAGGGCAAGCCC 2750
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2334 TGACGACAATGATTCGGAGTATAATGCTGAAGTTTCCTCTGATGGAGCTAGGGCAAGCCC 2393
Query 2751 ATGTTCCAACTCTTCAAATGAACTTGAGTGCAGCTCCGAGGACAGTGACGTTGAAAATAT 2810
|| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2394 ATATTCCGACTCGTCAAATGAACTTGAGTGCAGTTCCGAGGACAGTGAAGTTGAAAATAT 2453
Query 2811 TCACGAAAGTAGCTATCATTGGAAAAGAAGAAGAAAACATCCTAAGGTCAACGTCTCTAC 2870
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||
Sbjct 2454 TCACGAAAATAACTATCATTGGAAAAGAAGAAGAAAACATCCTAGGGCCGAGGTCTCTAC 2513
Query 2871 TTCATCTGGAAGACGTGATAAGAGGATTTTGGATGAGAATGATAGCTCGAATTCTGGAAT 2930
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 2514 TTCATCTGGAAGACGTGATAAGAGGAATTTGGATGAGAATGATAGCTCGAAATCTGGACT 2573
Query 2931 TAAGAGAACCAAGAACCGAAGAATTGTCGTGAAGGCTTCAAAAAGAAAACATTCTGATGT 2990
||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2574 TAAGAAAAGTAAGAACCGGAGAATTGTCGTGAAGGCTTCAAAAAGAAAATATTCTGATGT 2633
Query 2991 CAAAGCATCACGGCCGCAGAGAGCAGCAGCTCAAAATGCTCGATCCTTGCTTTCTAAAAT 3050
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 CAAAGCATCACGGCCGCAAAGAGCAGCGGCTCAAAATGCTCGATCCTTGCTTTCTAAAAT 2693
Query 3051 TTCTGGAAGCTCTTCGGATGAAGTTGATGATGATAATGATTCATCCAACAGTGAATCTGA 3110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 TTCTGGAAGCTCTTCGGATGAAGTTGATGATGATAATGATTCATCCAACAGTGAATCTGA 2753
Query 3111 TAGAAGCATACCCACTTTGCGACAGTTGGACAAACCATCTCAGATGCTGGAATCTCTTTC 3170
||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2754 TAGAAGCATACCCACGTCGCGACAGTTGGACAACCCATCTCATATGCTGGAATCTCTTTC 2813
Query 3171 AAATGACAAACAGAAGAAAAGATTGATTGTAAAGATCTCTGTTAAGAAGCCAGCAGAGTC 3230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2814 AAATGACAAACAGAAGAAAAGATTGATTGTAAAGATCTCTGTTAAGAAGGCAGCTGAGTC 2873
Query 3231 TATGGGAAGCAAGGGAGATGTGATAAATCAGGCTGATTTAGAGCAACTATCTTCCAAACC 3290
| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||| |
Sbjct 2874 TGTGGAAAGCAAGGGAGATGTAATAAATCGGGCTGATTTGGAGCAATTATCTTTTAAATC 2933
Query 3291 TTTGGAGGAGAATCACAGAGTGATTGGTATATATTCCAGAGAACCCGGGTCAAGTTCTGT 3350
|||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2934 TTTGGATGAAAATCACAAAGTGATTGGTATATACTCCAGGGAACCCGGGTCAAGTTCTGT 2993
Query 3351 AGATGCAAAAGGTGATTCAGGGTGTCAGAGTATTCCCTACTCTATGAATACGCCACAGAG 3410
|||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2994 AGATGCAAAAGGCGATTCATGGTGTCAGAATATTCTTTACTCTATGAATATGCCACAGAG 3053
Query 3411 AGAAAAGGCCGATAATCAGTTGATAAGATCTTCAGATCAAGACCAGAATATGTGCAAGTG 3470
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3054 AGAAAAGGCCGATAATCAATTGATAAAATCTTCAGATCAAGACCAGAATATGTGCAAGTG 3113
Query 3471 GAGGGAAGAGATTCCTGTTTGTGAACCTACCGAATTAACTGCGCCTGAGAACATAGAAGA 3530
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 3114 GAGGGACGAGATTCCTGTTTGTGAACCTACCGAATTAACTGCGTCTGAGAACGTAGAAGA 3173
Query 3531 AGCCCAACCATTTTATGGGGATGAAG--CTGAT-GAGA-TT---C--TT--C--CA-A-- 3574
||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||| || | || | | |
Sbjct 3174 AGCCCAACCATTTAATGGGGATGAAGATCTG-TCGAGAGTTGAACCCTTGTCTGCTGATG 3232
Query 3575 AGA-------AA-G----TTCGACGACTGAGGTTAAAGCTTCGGCATCCCAACAGTCCTC 3622
||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3233 AGATTCTTCCAAAGAAAGTTCGACGACTGAGATTAAAGCTTCGGCATCCCAACAGTCCTC 3292
Query 3623 GAAAACTAGAACCTGATGAGGTGGCAGATGATTTGGCAGATGGTGGAGATGGGTTTGCAT 3682
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3293 TAAAACTAGAACCTGATGAGATAGCAGATGATTTGGCAGATGGTGGAGATGGGTTTGCAT 3352
Query 3683 CCATAGCTCCCTCTTTCATGAATCCGATTATGGATTCTGAACCTGTGATAGATAGCGTTA 3742
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3353 CCATAGCTCCCTCTTCCATGAATCCGATTATAGATTCTGAACCTGTGATAGATAGTGTTA 3412
Query 3743 GAGATTCTTCTGCACATAACTTTGAGTTTGGAGAAGCTACAGCTGATGTGATACGTAGGA 3802
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3413 GAGATTCTTCTGCACATGACTTTGAGTTTGGAGAATCTACAGCTGATGTGAGACGTAGGA 3472
Query 3803 AAAGATCCATAAGAAGTGAATCTAGTACAAGAAATAGCGCATTACGCATAAGGTTGGGCT 3862
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3473 AAAGATCCGTAAGAAGTGAATCTAGTACAAGAAATAGCGCATTACGCGTAAGGTTGGGCT 3532
Query 3863 CTGGATCTGTAGACAAAATAAAGAAACAAGGGATTCCTTCCACAAGCGTGTATGATGATG 3922
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||
Sbjct 3533 CTGGATCTGTAGATAAAATAAAGAAACAAGGGATTCCTTCCACAAACAAGTATGATGGTG 3592
Query 3923 CATCACTTGAAGAATGGCCTTCTACCTCAAAAGCTGGGTCCAGGTCTAGATCTGCAAGCG 3982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3593 CATCACTTGAAGAATGGCCTTCTACCTCAAAAGCTGGGTCCCGGTCTAGATCTGCAAGCG 3652
Query 3983 TCAGCAAACCAAGTCTTCATACTGGGATAAGGTTGAATAGTGTCTCAGGAAAAATCTCAT 4042
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3653 CCAGCAAACCAAGTCTGCATACTGGGATAAGGTTGAATAGTGTCTCAAGAAAAATCTCAT 3712
Query 4043 GGTTATTGTTGTCTGAACACGAGGAAGGCTGCCGTTATATACCTCAGCTAGGGGATGAAG 4102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3713 GGTTATTGTTGTCTGAACACGAGGAAGGCTGCCGTTATATACCCCAGCTAGGGGATGAAG 3772
Query 4103 TTATTTACTTCAAGCAGGGTCATCAAGAGTTCCTTAAAACTAAAGAATTAAATGACAGGG 4162
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3773 TTATTTACTTCAAGCAGGGTCATCAAGAGTTCCTTGAAACTAGAGAATTAAATGACAGGG 3832
Query 4163 ACCGATCAAGGTACCTTCCCCGAAACCTAGGAGCAGTAGAGATTTGCAAAGTCGAGAAAC 4222
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3833 ACCGATCAAGGTACCTTCCCCGAAACCTAGGAGCGGTAGAGATTTGCAAAGTCGAGAAAC 3892
Query 4223 TTAACTATGATACATATCCTGGTTCTGGAGATAGCTGCTGCAAAATGACCCTCAGGGTTC 4282
||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3893 TTAACTACGATACATATCCTGGTTCTGGGGAAAGCTGCTGCAAAATGACCCTCAGGGTTC 3952
Query 4283 TGGATTCTTCTTCATCACATGCCTCCCGCAAAGAGTTTCAACTGACACTTCCTGAGCTCA 4342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3953 TGGATTCTTCTTCATCACATGCCTCCCGCAAAGAGTTTCAACTGACACTTCCTGATCTCA 4012
Query 4343 TTAATTTCCCTGATTTTATTGTGGAGAAGACTCGATACGACGCTGCAATTCAAACAAACT 4402
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4013 TTAATTTCCCTGATTTTATTGTGGAGAAGACTAGATACGACGCTGCAATTCAAACAAAAT 4072
Query 4403 GGAAAATTGGTAATGAGTGCCGTGTGTGGTGGAGAGACGCAA-CCGGTGAAGGCGGGGCT 4461
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||| |
Sbjct 4073 GGGAAATTGGTGATGAGTGCCGTGTGTGGTGGAGAAATG-AATCCGGTGAAGGCGGGGAT 4131
Query 4462 TGGTGGGAAGGTAGGATTGAGTCTTCACAAGTAAAATCCACTGACTTCCCAGAGAGTCCA 4521
||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 4132 TGGTGGGGAGGTAGGATTGAGTCTTCACAAGAAAAATCCAGTGACTTCCCAGATAGTCCA 4191
Query 4522 TGGGAAAGATACAGAGTTGTCTATGAAACAGGGGAAACGAGTCTTCACAGCCCGTGGGAG 4581
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 4192 TGGGAAAGATACAGAGTTGTCTATGAAACAGGGGACACAAGTCTTCACAGCCCGTGGGAG 4251
Query 4582 TTTGACAATCCCGAGTTTCCCTGGGAAAAATCTACCATCGAAGATGA-GAGAAGAGAGAA 4640
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 4252 TTTGACAATCCCCAGTTTCCCTGGGAAAAATCTACCATCGAAGA-GAAGAGAAGAGAGAA 4310
Query 4641 ACTGCTTTCATTATTTGCTGGACTAGTAAAATCAATCAGCAAGCATCAGGATAGTTACGG 4700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4311 ACTGCTTTCATTATTTGCTGGACTAGTAAAATCAATCAGCAAGCATCAGGATAGTTATGG 4370
Query 4701 GATCCAAAAGCTAAACGAAGCAGCTCAAAAGATGGATTTCTGCAATAGGTTCCCGGTTCC 4760
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4371 GATCCAAAAGCTAAACGAAGCTGCTCAAAAGATGGATTTCTGCAATAGGTTCCCGGTTCC 4430
Query 4761 ATTATACCCTGAGCTGATTCACGAAAGACTAGAGAATCAGTACTACAGAAGTATTGAATC 4820
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4431 TTTATACCCTGAGCTGATTCACCAGAGACTAGAGAATCAGTACTACAGAAGTATTGAATC 4490
Query 4821 GTTTAAACACGACGTGGATGCAATGCTCTCAAATGCGGAGTTGTATTTCGTTAGAAGTGC 4880
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4491 GTTTAAACACGACGTGGATGCAATGCTCTCAAATGCGGAGTTGTATTTCGTTAGAAACGC 4550
Query 4881 ACATATGCTTTCGAAGATAAAGCGACTGCG-AGATAAATTGACAAAAACGTTAAGAAAGC 4939
|||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4551 ACATATGCTTTCGAAGATGAAGCGACT-CGGAGATAAATTGACAAAAACGTTAAGAAAGG 4609
Query 4940 TGATCTGA 4947
||||||||
Sbjct 4610 TGATCTGA 4617
Score = 1857 bits (1005), Expect = 0.0
Identities = 1080/1116 (97%), Gaps = 5/1116 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 385 ATGGACTGGATACACAAATCTACTCCTTTTATGGAACCTTCGAATTTGGCAAAACTGGTT 444
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGACTGGATACACAAATCTACTCCTTTTATGGAAACTTCGAATCTGGCAAACCTGGTT 60
Query 445 CAAGGAAATGTTCCTCTT-CAGCCACATGACAGCCATTCTTCGCTAACTGATCTAGATAT 503
|||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 CAAGGAAATGTTCCTCTTGC-GCCACATGAGAGCCATTCTTCGCTAACTGATGTAGATAT 119
Query 504 GGACCTTAGAGAAGTCTATTTCCTGATTTTACATTTTCTTTCTATTGGCCCCTGCGAACG 563
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 120 GGACCTTAGAGAAGTCTATTTCCTGATTTTACATTTTCTTTCTACTGGCCCCTGCCAACG 179
Query 564 AACCTTTGGCCACTTGAGAGACGAAATTTTGGAAAAAGGGCTTTTACCCCGTAGATATCA 623
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 AACCTTTGGCCACTTGAGAGACGAAATTTTGGAAAATGGCCTTTTGCCCCGTAGATATCA 239
Query 624 TTCCTGGTGGTCAAGAAGTGGCATTTATAGCGGGCGTGCTGATGATGATGGCATCTCCCT 683
||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 240 TTCCTGGTGGTCAAGAAGTGGCACTTGTAGTGGGCGTGCTGACGATGATGGCATCTCCCT 299
Query 684 CCCCTTGAGTTATGATAATTTGATAGAGAGGTATCCTCATATCGAAAAGGATCACTTGGT 743
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ACCCTTGAGTTATGATAATTTGATAGAGAGGTATCCTCATATCGAAAAGGATCACTTGGT 359
Query 744 GAAGCTTCTCAAACAACTAATTTTAAACCCGTCTTTCCCTTCACACATGAGAGTTGAAGG 803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAAGCTTCTCAAACAACTAATTTTAAACCCGTCTTTCCCTTCACACATGAGAGTTGAAGG 419
Query 804 AAATGCTCCTAATGCTGCTGATGTTCCAACACTATTGGGATCTGGCACCTTTTCACTTGT 863
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AAATGGTCCTAATGCTGCTGATGTTCCAACACTATTGGGATCTGGCACCTTTTCACTTGT 479
Query 864 GGATCGTAGTAACAATATAGAGTCTCAGAAAGCTAGGCATGTTGCGTCATACTTACGCTG 923
||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CGATCGTA--AA-AATATAGTCTCTCAGAAAGCTAGGCATGTTGCGTCATACTTACGCTG 536
Query 924 GCCGCATATGCATGCCGATCAAGTGCGTGGCCTAAGTCTCAGAGAAATTGGAGGAGGTTT 983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GCCGCATATGCATGCCGATCAAGTGCGTGGCCTAAGTCTCAGAGAAATTGGAGGAGGTTT 596
Query 984 CAGGAAACACCACCGTGCTCCGTCCATTCTTTCAGCATGTCATGCTATTGCAAAACCATC 1043
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 CAGAAAACACCACCGTGCACCGTCCATTCTTTCAGCATGTCATGCTATTGCAAAACCATC 656
Query 1044 AACAATGGTTCAAAAGATGCAAAATATAAAGAAGCTCAGAGGACATCGTAATGCTGTCTA 1103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 AACAATGGTTCAAAAGATGCAAAATATAAAGAAGCTCAGAGGACATCGTAATGCTGTCTA 716
Query 1104 CTGCGCTATATTTGATCGTTCTGGAAGATATGTTATCACTGGCTCCGATGACCGGCTTGT 1163
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 717 CTGCGCTATATTTGATCGTTCTGGAAGATATGTTATCACTGGTTCCGATGACCGGCTTGT 776
Query 1164 CAAAATTTGGTCAATGGAAACTGCGCTTTGCTTGGCTAGCTGCCGTGGGCATGAAGGTGA 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 777 CAAAATTTGGTCAATGGAAACTGCGCTTTGCTTGGCTAGCTGCCGCGGGCATGAAGGTGA 836
Query 1224 CATTACAGACTTGGCCGTTAGTTCAAACAATGCTTTGGTTGCTTCAGCTTCAAACGATTT 1283
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 837 CATTACAGACTTGGCTGTTAGTTCAAATAATGCTTTGGTGGCGTCAGCTTCAAACGATTT 896
Query 1284 TGTGATTCGAGTGTGGCGGTTGCCTGATGGAATGCCAATTTCTGTATTGCGGGGACACAC 1343
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 897 TGTGATTCGAGTGTGGCGGTTGCCTGATGGAATGCCAATTTCTGTATTGCGGGGCCACAC 956
Query 1344 TGGAGCTGTTACCGCAATTGCATTCAGTCCCAGACAGGCGTCTGTTTACCAACTTTTATC 1403
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TGGAGCTGTTACTGCAATTGCGTTCAGTCCCAGACAGGCGTCTGTTTACCAACTTTTATC 1016
Query 1404 GTCATCAGATGATGGAACCTGTCGTATCTGGGATGCTAGGTATTCTCAGTGGCTCCCACG 1463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GTCATCAGATGATGGAACCTGTCGTATCTGGGATGCTAGGTATTCTCAGTGGCTCCCACG 1076
Query 1464 AATCTATGTTCCAAGTCCTTCAGATGCTAACACTGG 1499
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1077 AATCTATGTTCCAAGTCCTTCAGATGCTAGCACTGG 1112
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 197671034162
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5