BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G47500.1
Length=3482
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg902806 jgi|Araly1|902806|Al_scaffold_0004_3456 4987 0.0
> Ahg902806 jgi|Araly1|902806|Al_scaffold_0004_3456
Length=2958
Score = 4987 bits (2700), Expect = 0.0
Identities = 2873/2958 (97%), Gaps = 6/2958 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 253 ATGGCGGCTACTGCGACGGAGGATGGAGGATTAAGCTTCACTGTGGCTTCAGTAATGGAG 312
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGACGGCTACTGCGACGGAGGATGGAGGATTAAGCTTCACGGTGGCTTCGGTAATGGAG 60
Query 313 GATGTGTTGCAGCAACATGGAAATGGGCTTAGAGATCATGATTTAGTGTCTCGTCGAGCT 372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 61 GATGTGTTGCAGCAACATGGAAATGGGCTTAGAGATCATGATCTAGTGTCTCGTCGAGCT 120
Query 373 GAAGAAGCTGCATCGAGGAGATATGAGGCGGCTAATTGGCTGAGAAGGATGGTTGGAGTT 432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 GAAGAAGCTGCATCGAGGAGATATGAGGCGGCTAATTGGCTGAGAAAGATGGTTGGAGTT 180
Query 433 GTTGGAGCTAAGGATTTGCCTGCAGAGCCAACAGAAGAAGGGCTTAGGCTTGGTTTAAGA 492
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 GTTGGAGCTAAGGATTTGCCTGCTGAGCCAACAGAGGAAGGGCTTAGGCTTGGATTAAGA 240
Query 493 AGTGGAATTATCCTTTGTAAAGTCCTCAATAAGGTTCAACCTGGAGCTGTCTCAAAGGTT 552
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGTGGAATTATCCTTTGCAAAGTTCTCAATAAGGTTCAACCTGGAGCTGTCTCAAAGGTT 300
Query 553 GTGGAAAGTCCTTGTGATGCCATTCTTGTTGCGGATGGAGCTCCGTTATCAGCATTTCAG 612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTGGAAAGTCCTTGTGATGCCATTCTTGTTGCGGATGGAGCTCCGTTATCAGCATTTCAG 360
Query 613 TATTTTGAGAATGTTAGGAACTTTCTTGTTGCTATACAGGAAATGGGGTTTCCAACATTT 672
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 TATTTTGAGAATGTTAGGAACTTCCTTGTTGCTATACAGGAAATGGGGTTCCCAACATTT 420
Query 673 GAGGCATCTGATCTCGAGCAAGGAGGAAATGCTTCTCGAGTTGTGAATTGTGTTTTGGCT 732
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAGGCATCTGATCTTGAGCAAGGAGGAAATGCTTCTCGAGTTGTGAATTGTGTTTTGGCA 480
Query 733 ATCAAATCATATGATGAATGGAAACAAAGTGGTGGAATTGGAGTTTGGAAATTTGGTGGC 792
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATCAAATCCTATGATGAATGGAAACAAAGTGGTGGAATTGGAGTTTGGAAATTTGGTGGC 540
Query 793 AACATTAAGCCTCCTGCACTTGGGAAGTCATCTTTTGTCAGAAAAAACTCAGAGCCATTC 852
||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AACATAAAGCCTCCTGCACTTGGGAAATCCTCATTTGTGAGAAAAAACTCAGAGCCATTC 600
Query 853 ATGAACTCTTTATCGAGAACCTCCTCGATCAACAATGAGAAAGCTCCCTCTGAGAATGAT 912
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 601 ATGAACTCTTTATCGAGAACCTCTTCGATCAACAATGAGAAATCTCCCTCCGAGAATGAT 660
Query 913 TCTAACAAGCTGTCCAGTCCCAGTTCCTTGAGCACACTTGTTCGCGCTGTTCTATCAGAT 972
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TCTAACAAGCTGTCCAGTCCCGGTTCCTTGAGCACACTTGTTCGCGCTGTTCTATCAGAT 720
Query 973 AAAAAGCCTGAGGATGTGCCCAAACTGATTGAATCTCTGCTGAGTAAAGTAGTCGAAGAG 1032
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 721 AAAAAGCCCGAGGATGTGCCTAAACTGATTGAATCTCTGCTGAGCAAAGTAGTCGAAGAG 780
Query 1033 TTTGAAAATCGAGTTACAAATCAGTATGAGTTGGTTAGAGCAGCTCCAAGAGAATCAACT 1092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTTGAAAATCGAGTTACAAATCAGTATGAGTTGGTTAGAGCAGCTCCAAGAGAATCAACT 840
Query 1093 TCGTCACAGAACAACAGATCATTTCTTAAACCTCTTGGTGAAAGAGAGAGGGAAGAGAAG 1152
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCGTCACAGAACAACAGATCATTTCTTAGACCTCTTGGAGAAAGAGAGAGGGAAGAGAAG 900
Query 1153 AGTTTCAAAGCAATAAAGAAAGATG------ATCACAATAGTCAGATTCTTGACGAAAAG 1206
||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 901 AGTTTCAAAGCAATAAAGAAAGATGAAACTAATCACAAAAGTCAGATTCTTGACGAAGAG 960
Query 1207 ATGAAAACTCGCCAATTTAAACAACTGACAATCTTCAACCAACAACAAGAAGATATAGAA 1266
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 961 ATGAAAAATCGACAATTTAAACAACTGACAATCTTCAACCAACAACAAGAAGATCTAGAA 1020
Query 1267 GGACTAAGACAGACGCTCTACACAACAAGGGCTGGTATGCAATTTATGCAGAAGAAATTT 1326
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1021 GGACTAAGACAGACACTCTACACAACAAGGGCTGGTATGCAATATATGCAGAAGAAATTT 1080
Query 1327 CAAGAAGAGTTCTCTTCTCTTGGTATGCACGTTCATGGCCTTGCTCATGCTGCTTCTGGC 1386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CAAGAAGAGTTCTCTTCTCTTGGTATGCACGTTCATGGCCTTGCTCATGCTGCTTCTGGC 1140
Query 1387 TATCACCGAGTTCTTGAAGAAAACCGAAAACTTTATAATCAAGTGCAGGATCTCAAGGGT 1446
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1141 TATCACCGAGTTCTTGAAGAAAACCGAAAACTTTATAATCAAGTGCAGGACCTCAAGGGT 1200
Query 1447 AGCATCCGTGTTTATTGTCGGGTGCGGCCATTTTTGCCTGGACAATCCAGCTTTTCTAGT 1506
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AGCATCCGTGTTTATTGTCGGGTGCGCCCATTTTTGCCTGGACAATCCAGCTTTTCTAGT 1260
Query 1507 ACAATTGGGAACATGGAGGATGATACCATAGGGATCAATACTGCATCTAGACATGGAAAA 1566
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ACAATTGGGAACATGGAGGATGATACCATAGGGATTAATACTGCATCTAGACATGGAAAA 1320
Query 1567 TCACTCAAATCCTTCACTTTCAACAAAGTCTTTGGCCCATCTGCAACTCAAGAAGAGGTA 1626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TCACTCAAATCCTTCACTTTCAACAAAGTCTTTGGCCCATCTGCAACTCAAGAAGAGGTA 1380
Query 1627 TTTTCTGATATGCAGCCATTGATCCGTTCTGTTCTTGATGGATACAATGTCTGCATATTT 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TTTTCTGATATGCAGCCATTGATCCGTTCTGTTCTTGATGGATACAATGTCTGCATATTT 1440
Query 1687 GCATATGGTCAAACTGGATCAGGAAAAACATTCACAATGAGTGGACCAAGAGATCTAACG 1746
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GCATATGGTCAAACTGGATCAGGAAAAACATTTACAATGAGTGGACCAAGAGATCTAACG 1500
Query 1747 GAGAAGAGCCAGGGAGTTAATTACAGAGCACTTGGTGATCTGTTTCTTCTTGCTGAACAA 1806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1501 GAGAAGAGCCAGGGAGTTAATTACAGAGCACTTGGTGATCTGTTTCTTCTTGCGGAACAA 1560
Query 1807 AGAAAAGACACATTCCGCTACGATATTGCAGTTCAGATGATTGAGATTTACAATGAGCAA 1866
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AGAAAAGACACATTCCGCTACGATATTGCTGTTCAGATGATTGAGATTTACAATGAGCAA 1620
Query 1867 GTTAGAGACCTTTTGGTTACTGATGGAAGCAATAAAAGGTTAGAGATCAGGAATAGCTCT 1926
|| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1621 GTCAGAGACCTTTTGGTTATTGATGGAAGCAACAAAAGGTTAGAGATCAGGAATAACTCT 1680
Query 1927 CAAAAGGGTCTAAGTGTACCGGATGCAAGTCTTGTTCCAGTCTCTTCAACATTTGATGTT 1986
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CAAAAGGGTCTAAGTGTGCCGGATGCAAGTCTTGTTCCAGTCTCTTCAACATTTGATGTT 1740
Query 1987 ATTGATCTAATGAAAACTGGGCACAAGAATCGAGCCGTTGGATCAACAGCCTTGAATGAT 2046
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATTGATCTAATGAAAACTGGGCATAAGAATCGAGCCGTTGGATCAACAGCCTTGAATGAT 1800
Query 2047 CGAAGCAGTCGTTCTCATAGCTGCTTGACTGTTCATGTTCAAGGAAGAGACTTGACTTCA 2106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CGAAGCAGTCGTTCTCATAGCTGCTTGACTGTTCATGTTCAAGGAAGAGACTTGACTTCA 1860
Query 2107 GGAGCTGTGCTTCGAGGATGCATGCATCTTGTGGATCTAGCAGGCAGTGAGAGGGTAGAC 2166
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1861 GGAGCTGTTCTTCGAGGATGTATGCATCTTGTGGATCTAGCAGGCAGTGAAAGGGTAGAC 1920
Query 2167 AAATCCGAGGTTACTGGAGACAGACTAAAAGAAGCACAGCACATCAATAGATCGCTCTCT 2226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1921 AAATCCGAGGTTACTGGAGACAGACTAAAAGAAGCACAGCACATTAATAGATCTCTCTCT 1980
Query 2227 GCTTTAGGAGATGTGATTGCTTCGCTAGCTCACAAGAACCCACATGTTCCTTACAGAAAC 2286
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GCTTTGGGAGATGTGATTGCTTCGCTAGCTCACAAGAACCCACATGTTCCTTACAGAAAC 2040
Query 2287 AGCAAACTCACACAACTCCTTCAGGACTCTCTTGGAGGACAAGCAAAGACATTGATGTTT 2346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2041 AGCAAACTCACACAACTCCTTCAGGACTCTCTTGGAGGACAAGCAAAGACATTAATGTTT 2100
Query 2347 GTCCACATTAGTCCTGAGGCAGATGCAGTTGGGGAAACAATAAGCACTTTGAAGTTTGCA 2406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 GTCCACATTAGTCCTGAGGCAGATGCAGTTGGGGAAACAATAAGCACTTTGAAGTTTGCA 2160
Query 2407 GAGAGAGTAGCTACGGTTGAGCTTGGGGCTGCACGAGTGAACAATGATACTTCAGATGTT 2466
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 GAGAGAGTAGCTACGGTTGAGCTCGGTGCTGCACGAGTGAACAATGATACTTCAGATGTT 2220
Query 2467 AAGGAACTCAAAGAACAGATTGCTACTCTTAAAGCAGCACTCGCGAGAAAAGAAGCAGAG 2526
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AAGGAACTCAAAGAACAGATTGCTACTCTAAAAGCAGCACTCGCGAGAAAAGAAGCAGAG 2280
Query 2527 TCACAGCAGAACAACATCTTGAAAACTCCTGGTGGCTCTGAGAAACACAAAGCCAAAACT 2586
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 TCACAGCAGAATAACATCTTGACAACTCCTGGTGGCTCTGAGAAACACAAAGCCAAAACT 2340
Query 2587 GGTGAAGTAGAGATTCATAACAATAACATCATGACAAAGAAATCTGAGAGTTGTGAAGTG 2646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2341 GGTGAAGTAGAGATTCATAACAATAACATCATGACAAAGAAATCTGAGAGCTGTGAAGTG 2400
Query 2647 GAGGAGATTACAGTGAACTCACCACCTTGGCCACCAGTAGCAAGTCCAGGACAAGCCTAC 2706
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2401 GAGGAGATTACAGTGAACTCACCACCTTGGCCACCAGTAGCAAGTCCAGGGCAAGCCTAC 2460
Query 2707 AGAGAGGATGACCGAAGTTTCGGGTCCAGCGAGTGGGTTGACAAGGTGATGGTGAATAAC 2766
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2461 AGAGAAGATGACCGAAGTTTCGGGTCCAGCGAGTGGGTTGATAAGGTGATGGTGAATAAC 2520
Query 2767 AGACAAGACGAGATGAGAAGAGTGGAGAGTCTTTGGGGAGGAGCCACAACAGAGAATGGT 2826
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2521 AGGCAAGACGAGATGAGAAGAGTGGAGAGTCTTTGGGGAGGAGCCACAACAGACAATGGG 2580
Query 2827 ATTGGTATTCTGCCGGAAGATTTTTACAGGAGAGATTTGGCTTCAGACACTTCAAGAATA 2886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 ATTGGTATTCTGCCGGAAGATTTTTACAGGAGAGATTTGGCTTCAGACACTTCAAGAATA 2640
Query 2887 TTCTCTGAACATTCTTACAACATCTTCATGGGAAACAACAACAGCACAGACGATCTAGAT 2946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2641 TTCTCTGAACATTCTTACAACATCTTCATGGGAAACAACAACATCACAGACGATCTAGAT 2700
Query 2947 GCAGCCACAAGTGACTCATCTGAGCCAGATTTGCTCTGGCAATTCAACCAGTCCACCAAG 3006
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2701 GCAGCCACAAGTGACTCATCTGAGCCAGATTTGCTCTGGCAATTTAACCATTCCACCAAG 2760
Query 3007 ATACCTACAAGAAGCAATATTGAGTCAAAACTCAAGAAACCCGTCTCAAAACCTATAAGA 3066
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2761 ATACCTACAAGAAGCAATATTGAGTCAAAACCCAAGAAACCCGTCTCAATACCGATAAGA 2820
Query 3067 AGTCCTCAATCCAGGAACAACTCAAACAACACGGTTTCACGTCCTTTGGCTTCACAGAAG 3126
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2821 AGTCCTCAATCCAGGAACAACTCAAAGAACACGGTTTCACGACCTTCAGCTTCACAGAAG 2880
Query 3127 GTAGGGAATGGTCCTCGTGGCATGAAACAGTTCGGTCCTGCTGATATGAAGCGGAAAGCT 3186
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 GTAGGGAATGGTCCTCGTGGCACGAAACAGTTAGGTCCTGCTGATATGAAGCGGAAAGCT 2940
Query 3187 ACTAACGCCAGACATTGA 3204
||||||||||||||||||
Sbjct 2941 ACTAACGCCAGACATTGA 2958
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131488914715
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5