BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G47510.1
Length=1850
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483931 jgi|Araly1|483931|fgenesh2_kg.4__2991__AT2G47510.1 2678 0.0
Ahg495160 jgi|Araly1|495160|fgenesh2_kg.8__976__AT5G50950.2 1951 0.0
> Ahg483931 jgi|Araly1|483931|fgenesh2_kg.4__2991__AT2G47510.1
Length=1734
Score = 2678 bits (1450), Expect = 0.0
Identities = 1546/1594 (97%), Gaps = 0/1594 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 56 TCTCCCTCTGCTCTTGTGCAACTTGATCCGTCGTCTTCTCTCAGCTCTCCATCTCCGTCT 115
|||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1 TCTCTCTGTGCTCTTCTGCGACTTGATCCGTCGTCTTCTCTCAACTCTCCATCTTCGTCT 60
Query 116 TCCAAGTTTTACTGTCAGGTAGAAGAATCCATGTCGATTTACGTCGCGTCGCGACGGCTC 175
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 61 TCCAAGTTTTACTGTCAGGTAGAAGAAACCATGGCGATTTACGTTGCGTCGCGGCGGCTC 120
Query 176 TCCGGCGGAACAACTGTGACGGCGCTGCGTTATGCCACCTCTCTGAGATCTTATTCGACC 235
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 121 TCCCGCGGAACAACTGCGACGGCGCTGCGTTATGCCACCTCGCTGAGATCTTATTCGACA 180
Query 236 TCGTTTAGGGAGGAGAGGGACACCTTCGGGCCGATTCAAGTTCCTTCCGATAAATTGTGG 295
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCGTTTAGGGAGGAGAGGGATACCTTCGGGCCGATCCAAGTTCCTTCCGATAAATTGTGG 240
Query 296 GGAGCCCAGACGCAGAGATCGCTGCAGAACTTCGAAATCGGTGGTGAGCGCGAGCGAATG 355
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGAGCCCAGACGCAGAGGTCGCTGCAGAACTTCGAAATCGGTGGTGAGCGCGAGCGAATG 300
Query 356 CCTGAACCAATTGTCCGCGCTTTTGGCGTCTTGAAGAAATGCGCTGCCAAGGTTAACATG 415
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCTGAACCAATTGTCCGCGCTTTTGGAGTCTTGAAGAAATGCGCTGCCAAGGTTAACATG 360
Query 416 GAATACGGTCTTGATCCGACGATTGGGAAAGCAATTATGCAAGCTGCTCAGGAAGTAGCT 475
|| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGTATGGTCTTGATCCAACGATTGGGAAAGCTATTATGCAAGCTGCTCAGGAAGTAGCT 420
Query 476 GAGGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCCCTTGTTGTCTGGCAAACTGGTAGTGGGACTCAG 535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAGGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCCCTTGTTGTCTGGCAGACTGGTAGTGGGACTCAG 480
Query 536 AGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCTAATAGAGCAGCTGAGATTCTTGGTCGCAAA 595
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCTAACAGAGCAGCTGAGATTCTTGGTCGCAAA 540
Query 596 CGTGGTGAGAAATGTGTGCACCCAAATGACCATGTGAACAGATCACAATCTTCTAACGAC 655
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CGTGGTGAGAAATGTGTGCACCCAAATGACCATGTCAATAGATCACAATCTTCTAACGAC 600
Query 656 ACTTTTCCTACCGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAATTCGAGGCTCATCCCT 715
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ACTTTTCCAACCGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAATTCGAGGCTCATCCCT 660
Query 716 AGTTTAAAAACTTTGCATAGCACTTTGGAATCTAAGTCCTTCGAGTTCAAAGATATTGTG 775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGTTTAAAAACTTTGCATAGCACTTTGGAATCTAAGTCCTTCGAGTTCAAAGATATTGTG 720
Query 776 AAAATTGGAAGAACTCACACTCAAGATGCTACACCTTTGACACTAGGACAAGAATTTGGT 835
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAAATTGGAAGAACTCACACCCAAGATGCTACACCTTTGACACTAGGACAAGAATTTGGT 780
Query 836 GGCTATGCTACTCAAGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCTGCACTCTTCCTCGCCTC 895
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GGCTATGCTACTCAGGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCTGCACTCTTCCTCGCCTC 840
Query 896 TATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCGGTTGGGACAGGATTAAACACTAAGAAAGGGTTT 955
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 841 TATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCGGTTGGGACAGGATTAAACACTAAGAAAGGATTT 900
Query 956 GATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGCCATTTGTCACTGCAGAA 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 901 GATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGCCATTTGTCACCGCAGAA 960
Query 1016 AACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAACCAGTGGGTCACTTAAC 1075
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACATGATGCTTGTGTTGAAACCAGTGGGTCACTTAAC 1020
Query 1076 ACAATCGCCACATCGCTGATGAAGATCGCCAATGATATACGTTTTCTTGGAAGTGGCCCA 1135
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ACAATCGCCACATCGCTGATGAAAATCGCCAATGATATACGTTTTCTTGGAAGTGGCCCA 1080
Query 1136 AGATGTGGTCTTGGTGAACTTGTACTACCTGAAAATGAGCCAGGAAGCAGTATCATGCCT 1195
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AGATGTGGTCTTGGTGAACTTGTTCTACCTGAAAATGAGCCAGGAAGCAGTATCATGCCT 1140
Query 1196 GGGAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCACAGGTTATGGGA 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1141 GGGAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCAGGTTATGGGA 1200
Query 1256 AACCATGTAGCTGTGACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTCGAATTGAATGTATTCAAG 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AACCATGTAGCTGTGACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTTGAATTGAATGTATTCAAG 1260
Query 1316 CCGGTGATCGCGAGTGCTCTTTTACATTCCGTCAGATTAATAGCAGATGCTTCAGCTTCG 1375
||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CCGGTGATCGCAAGCGCTCTTTTGCATTCCGTCAGATTAATAGCAGATGCTTCAGCTTCG 1320
Query 1376 TTCGAGAAAAACTGTGTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAAAGAATCTCAAAGCTATTG 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1321 TTCGAGAAAAACTGTGTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAAAGGATCTCAAAGCTATTG 1380
Query 1436 CACGAGTCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCGAAAATCGGGTATGACAATGCTGCA 1495
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1381 CACGAGTCTCTTATGCTCGTGACATCATTGAATCCGAAAATCGGCTATGACAATGCTGCA 1440
Query 1496 GCAGTTGCCAAGAAAGCTCACAAAGAAGGATGTACATTGAAGGAAGCGGCTCTGAATTTA 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1441 GCAGTTGCCAAGAAAGCTCACAAAGAAGGATGTACATTGAAGGACGCGGCTCTGAAGCTA 1500
Query 1556 GGCGTGCTTACTGCGGAAGAGTTTGATACACTTGTTGTTCCTGAGAAGATGATTGGTCCC 1615
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GGCGTTCTTACTGCGGAAGAGTTTGATACTCTTGTTGTTCCTGAGAAGATGATTGGTCCC 1560
Query 1616 TCCGATTGATAGTTGTTTTTGGAGCCAAAGCTTC 1649
|||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TCCGATTGATAGTTCTTTTTGGAGCCAAAGCTTC 1594
Score = 91.6 bits (49), Expect = 2e-17
Identities = 66/73 (90%), Gaps = 6/73 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1674 TTTATTTAGGTTATAATAAAAATGAGCAAATCC-AGAAAC-----AATTCAAATTTTCTT 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||
Sbjct 1595 TTTATTTAGGTTATAATAAAAATGAGCAAATCCGACAAACTATATAATTCAAATTTTCTT 1654
Query 1728 GGGAGGGCAACAT 1740
|||||||||||||
Sbjct 1655 GGGAGGGCAACAT 1667
> Ahg495160 jgi|Araly1|495160|fgenesh2_kg.8__976__AT5G50950.2
Length=1798
Score = 1951 bits (1056), Expect = 0.0
Identities = 1313/1439 (91%), Gaps = 10/1439 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 221 AGATCTTATTCGACCTCGTTTAGGGAGGAGAGGGACACCTTCGGGCCGATTCAAGTTCCT 280
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 172 AGATCTTATTCGACGTCGTTTAGGGAAGAGAGGGACACTTTCGGGCCGATCCAAGTTCCT 231
Query 281 TCCGATAAATTGTGGGGAGCCCAGACGCAGAGATCGCTGCAGAACTTCGAAATCGGTGGT 340
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 232 TCCGATAAATTATGGGGAGCACAGACGCAGAGATCGCTTCAGAACTTCGAGATTGGTGGT 291
Query 341 GAGCGCGAGCGAATGCCTGAACCAATTGTCCGCGCTTTTGGCGTCTTGAAGAAATGCGCT 400
|| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 292 GACCGTGAGCGAATGCCGGAACCAATCGTCCGAGCTTTTGGTGTCTTGAAGAAATGTGCT 351
Query 401 GCCAAGGTTAACATGGAATACGGTCTTGATCCGACGATTGGGAAAGCAATTATGCAAGCT 460
||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||| |||| || ||| |||||
Sbjct 352 GCCAAGGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAATGATTGGGGAAGCTATAATGGAAGCT 411
Query 461 GCTCAGGAAGTAGCTGAGGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCCCTTGTTGTCTGGCAAACT 520
|| || |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||
Sbjct 412 GCACAAGAAGTAGCAGAAGGAAAGCTCAATGATCATTTTCCTCTTGTTGTATGGCAAACT 471
Query 521 GGTAGTGGGACTCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCTAATAGAGCAGCTGAG 580
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 472 GGTAGTGGCACTCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTTATTGCTAATAGAGCAGCTGAG 531
Query 581 ATTCTTGGTCGCAAACGTGGTG-AGAAATGTGTGCACCCAAATGACCATGTGAACAGATC 639
|||||||||| ||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 532 ATTCTTGGTCACAAACGTGGGGAAAAAAT-TGTGCACCCAAATGACCATGTGAATAGATC 590
Query 640 ACAATCTTCTAACGACACTTTTCCTACCGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAA 699
|||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 591 ACAATCTTCTAATGACACTTTTCCGACTGTCATGCACATTGCAGTTGCAACCGAGATTAC 650
Query 700 TTCGAGGCTCATCCCTAGTTT-AAAAACTTTGCATAGCACTTTGGAATCTAAGTCCTTCG 758
||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 651 TTCAAGGCTGATCCCTAGTTTGAAAAA-TTTGCATAGCTCTTTGGAGTCTAAGTCCTTCG 709
Query 759 AGTTCAAAGATATTGTGAAAATTGGAAGAACTCACACTCAAGATGCTACACCTTTGACAC 818
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 710 AGTTCAAAGACATTGTGAAAATTGGAAGAACTCACACTCAAGATGCTACACCTTTGACGC 769
Query 819 TAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCT 878
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | |
Sbjct 770 TAGGACAAGAATTTGGCGGCTATGCTACTCAAGTTAAGTATGGACTTAGTAGAGTCGCAT 829
Query 879 GCACTCTTCCTCGCCTCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCGGTTGGGACAGGATTAA 938
| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 830 GTACTCTACCTCGCATCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACCGCTGTTGGGACCGGATTAA 889
Query 939 ACACTAAGAAAGGGTTTGATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGC 998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 890 ACACTAAGAAAGGGTTTGATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCCGAAGAAACAAACTTGC 949
Query 999 CATTTGTCACTGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAA 1058
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 CATTCGTCACTGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTTTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAA 1009
Query 1059 CCAGTGGGTCACTTAACACAATCGCCACATCGCTGATGAAGATCGCCAATGATATACGTT 1118
| ||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1010 CAAGTGGATCTCTTAATACAATCGCCACATCGTTGATGAAAATCGCTAATGATATACGTT 1069
Query 1119 TTCTTGGAAGTGGCCCAAGATGTGGTCTTGGTGAACTTG-TACTACCTGAAAATGAGCCA 1177
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| |||
Sbjct 1070 TTCTTGGAAGTGGTCCAAGATGCGGTCTTGGTGAACTTTCT-CTGCCTGAAAATGAACCA 1128
Query 1178 GGAAGCAGTATCATGCCTGGGAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTT 1237
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1129 GGAAGCAGTATCATGCCTGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCATTGACTATGGTT 1188
Query 1238 TGTGCACAGGTTATGGGAAACCATGTAGCTGTGACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTC 1297
||||| || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 TGTGCTCAAGCTATGGGAAACCATGTAGCTGTGACAATTGGTGGGTCAAATGGTCATTTT 1248
Query 1298 GAATTGAATGTATTCAAGCCGGTGATCGCGAGTGCTCTTTTACATTCCGTCAGATTAATA 1357
||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| | |||||||||
Sbjct 1249 GAATTGAATGTATTCAAACCGGTGATCGCAAGCGCTCTGTTACATTCCATTAGATTAATA 1308
Query 1358 GCAGATGCTTCAGCTTCGTTCGAGAAAAACTGTGTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAA 1417
||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||
Sbjct 1309 GCAGATGCTTCAGCTTCATTTGACAAAAACTGTGTGAGAGGCAGTGAGGCTAACAGAGAG 1368
Query 1418 AGAATCTCAAAGCTATTGCACGAGTCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCGAAAATC 1477
|| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1369 AGGATCTCAAAGCTATTGCATGAGTCCCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTAAAATC 1428
Query 1478 GGGTATGACAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAAAGCTCACAAAGAAGGATGTACATTGAAG 1537
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1429 GGCTATGACAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAAAGCTCACAAAGAAGGATGCACATTAAAG 1488
Query 1538 GAAGCGGCTCTGAATTTAGGCGTGCTTACTGCGGAAGAGTTTGATACACTTGTTGTTCCT 1597
| || ||| |||| ||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1489 CACGCAGCTATGAAGTTAGGTGTTCTTACTTCGGAAGAGTTTGATACTCTTGTTGTTCCT 1548
Query 1598 GAGAAGATGATTGGTCCCTCCGATTGATAGTTGTTTTTGGAGCCAAA-GCTTCAAGTAC 1655
|||||||||||||||||||| |||| | | || | | ||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1549 GAGAAGATGATTGGTCCCTCTGATTAA-A-TTATAAT-GGAGCCAAAAGCTTCAAATAC 1604
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69476606880
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5