BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G47680.1
Length=3082
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483950 jgi|Araly1|483950|fgenesh2_kg.4__3010__AT2G47680.1 4957 0.0
> Ahg483950 jgi|Araly1|483950|fgenesh2_kg.4__3010__AT2G47680.1
Length=3059
Score = 4957 bits (2684), Expect = 0.0
Identities = 2936/3061 (96%), Gaps = 4/3061 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 GTACGACAACAATGGCGGTTTCTTCGCCGACTTCGTCTTCCAGCTCTTCTGAATCGTTAC 83
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTACGACAACAATGGCGGTTTCTTCGCCGACTTCGACTTCCAGCTCTTCTGAATCGTTAC 60
Query 84 CTTTACCCTCCTCCAACTTCGCTTCGCTTCCGATTATGGCGATGAAAAGGAGAATCATCG 143
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 CTTTACCCTCCTCGAACTTCGCTTCGCTTCCGATTATGGCGATGAAGAGGAGAATCATCG 120
Query 144 ACAAAATCCTCGAGAATCGCGTCACTCTCATCGTCGGCGAGCCTGGATGCGGGAAGAGTT 203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACAAAATCCTCGAGAATCGCGTCACTCTCATCGTCGGCGAGCCTGGATGCGGGAAGAGTT 180
Query 204 CACAAGTTCCACAGTTCCTTCTGGAAGCAAACATGGCTCCCATTTTGTGTACACAGCCTA 263
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CACAAGTTCCACAATTCCTTCTGGAAGCAAACATGGCTCCCATTTTGTGTACACAGCCTA 240
Query 264 GGAGATTTGCGGTTGTAGCTGTTGCTAAGATGGTTGCTAAATCTCGCAACTCCGATTTAG 323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 GGAGATTTGCGGTTGTAGCTGTTGCTAAGATGGTTGCAAAATCTCGCAACTCTGATTTAG 300
Query 324 GTGGAGAAATTGGTTACCACATTGGGCATTCTAAGATTTTGACCGAAGGGTCGAAAATTC 383
| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 301 GCGGAGAAATAGGTTACCACATTGGACATTCTAAGATTTTCACTGAAGGGTCCAAAATTC 360
Query 384 TGTTCAAAACTGCTGGAGTTCTGTTGGATGAAATGCTAGACAAGGGGTTGAATGCACTAA 443
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 361 TCTTTAAAACTGCTGGAGTTCTGTTGGATGAAATGCTAGACAAGGGGTTGAATGCACTTA 420
Query 444 AGTACAAGGTTATCATTCTTGATGAAGTGCATGAAAGATCTGTGGAGTCAGATCTTGTTC 503
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 421 AGTATAAGGTTATCATTCTTGATGAAGTGCATGAAAGATCTGTGGAGTCCGATCTTGTTC 480
Query 504 TTGTCTGTGTTAAGCAGTTTCTCATGAAGAATAATGACCTCAGGGTGGTCTTGATGTCTG 563
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTGTCTGTGTTAAGCAGTTTCTCATGAAGAACAATGACCTCAGGGTGGTCTTGATGTCTG 540
Query 564 CAACTGCTGATATAACAAGGTACAGAGACTACTTTAAAGAACTAGGCAGGGGTGAACGCG 623
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CAACTGCTGATATTACAAGGTACAGAGACTACTTTAAAGAACTAGGCAGGGGTGAACGCG 600
Query 624 TAGAAGTAGTTGCTATTCCTAGCCCTGACCAGAGAACAATTTTCCAGCGAAGAGTATTAT 683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 601 TAGAAGTAGTTGCTATTCCTAGCCCTGACCAGAGAACAATTTTCCAGAGAAGAGTATTAT 660
Query 684 ATCTTGAGCAGGTTGCAGGATTGCTTGGTGTGAGTTCTGATTTGTCAGCTTACTGTCCTG 743
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATCTTGAGCAGGTTGCAGGATTGCTTGGTATGAGTTCTGATTTGTCAGCTTACTGTCCTG 720
Query 744 GTCCAAGTCCTTCTTCAGCTGATACTGAAATCAAACCTGAACTGCAAAATCTTATTCATG 803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTCCAAGTCCTTCTTCAGCTGATACTGAAATCAAACCTGAACTGCAAAATCTTATTCATG 780
Query 804 ATCTTATCTTATATATTCATGAAAAAGAACCAGACATTGAGAAGAGTATTTTGGTTTTCC 863
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATCTCATCTTATATATTCATGAAAAGGAACCAGACATTGAGAAGAGTATTTTGGTTTTCC 840
Query 864 TTCCGACATACTACTCCCTTGAGCAGCAGTATCATCAATTGGAACCCTTTTTTGCATCTT 923
|||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 841 TTCCAACATACTACTCACTTGAGCAGCAGTGGCATCAATTGGAACCCTTTCGTGCATCTT 900
Query 924 TTGAGGTTCACATATTGCACCGAAGCATTGACACCGAGCAAGCCTTGGCGGCTATGAAGA 983
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 901 TTGAGGTTCACATATTGCACAGAAGCATTGACACTGAGCAAGCCTTGGCAGCTATGAAGA 960
Query 984 TATGCAGATCCCGCCGCAAGGTAATATTGGCTACAAACATTGCGGAATCTTCGGTAACAA 1043
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 961 TATGCAGATCCCGCCGCAAGGTAATATTGGCTACAAACATTGCGGAATCTTCTGTAACAA 1020
Query 1044 TACCCAAAGTAGCATATGTCATTGACTCGTGCCGGTCTCTGCAAGTGTTCTGGGATCCGT 1103
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1021 TACCCAAAGTAGCCTATGTCATTGACTCGTGCCGGTCTCTGCAAGTGTTCTGGGAGGCAT 1080
Query 1104 CCAGAAAAAGAGACGCAGTACAGCTTGTTTGGGTCTCTAGATCTCAGGCTGAGCAACGTA 1163
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CCAGAAAAAGAGACGCAGTTCAGCTTGTTTGGGTCTCTAGATCTCAGGCTGAGCAACGTA 1140
Query 1164 GAGGGAGGACAGGTCGAACATGTGATGGTGAGGTGTATCGCCTGGTGCCGAGTGCATTTT 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GAGGGAGGACAGGTCGAACATGTGATGGTGAGGTGTATCGCCTGGTGCCGAGTGCATTTT 1200
Query 1224 TTAACAAGCTTGAAGAACATGAGCCCCCATCTATACTTAAGCTGTCATTGAGACAACAAG 1283
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTAACAAGCTTGAAGAACATGAGCCCCCAGCTATACTTAAGCTGTCATTGAGACAACAAG 1260
Query 1284 TTCTCCATATTTGCTGCACGGAATCCAGAGCCATTAATGACGCAAATGCATTGCTGGCAA 1343
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1261 TTCTCCATATTTGCTGCACGGAATCCAGAGCCATTAATGACGCAAATGTGTTGCTGGCAA 1320
Query 1344 AAGCTATGGATCCACCAGACCCAGATGTCGTTGACGATGCATTAAGGATGCTGTTAAGCA 1403
||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1321 AAGCTATGGATCCACCAGACCCAAATGTCATTGATGATGCATTAAAGATGCTATTAAGCA 1380
Query 1404 TACAAGCATTGCGGAAATCGCCTAGGGGACGTTACGAGCCCACATTTTATGGACGGTTGC 1463
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1381 TACGAGCATTGCGGAAATCGCCCAGGGGACGTTACGAGCCCACATTTTATGGACGGTTAC 1440
Query 1464 TTGCTAGCTTCCCATTGTCCTTTGATGCATCTATTCTGGTCGTCAAGTTTGGTGAAATGG 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TTGCTAGCTTCCCATTGTCCTTTGATGCATCTATTCTGGTCGTCAAGTTTGGTGAAATGG 1500
Query 1524 GAATGCTAAGACAAGGGATTCTATTAGGTGTCCTGATGGATACCCTACCACTTCCTATCC 1583
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1501 GAATGCTAAGAGAAGGGATTCTATTAGGTGTCCTGATGGATACCCAACCGCTTCCTATCC 1560
Query 1584 ATCATCCTTTTGGAGATGATTCACTGTTTCTAGAGTATGTTGACCACTATTTTGGTGGCA 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 ATCATCCTTTTGGAGATGATTCACTGTTTCTAGAGTATGTTGACCACTATTTTGGTGGCA 1620
Query 1644 GCAAGACCATTTCTGGTGGGCGGAGGGAGATGGTACTCATGGCAAACTTTTGTGCTTTTC 1703
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GCAAGACCATTTGTAGTGGGCGGAGGGAGATGGTACTCATGGCAAACTTTTGTGCTTTTC 1680
Query 1704 AGTTTTGGCAACGTGTCTTTAAGGATAAGCATCGTCTTGAAAACTTGAAACAACTCCTGT 1763
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1681 AGTTTTGGCAGCGTGTCTTTAAGGATAAGCATCGTCTTGAAAACTTGAAACAACTTCTGG 1740
Query 1764 CAAAAGAGAAAGACAAAGATCTCAAGTTGATGTTTCCTGAGATTGAGAAAGAGTGGTGTG 1823
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1741 CAAAAGAGAAAGACAAAGATCTCAAGTTGATGTTTCCTGAGATTGAAAAAGAGTGGTGTG 1800
Query 1824 ATTTCCACAATATTGCC-CAGTCCTCGTTCTATCATGTGTCTGAGCTGTATGAAGATACA 1882
|||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1801 ATTTCCACAATATT-CTTCAGTCATCGTTCTATCATGTGTCTGAGATGTATGAAGATACA 1859
Query 1883 CTTAGCTCATTTCATCGTTTTAGACCTCAATTCATCAGTTCCTCTGATTCTCAACCAACC 1942
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1860 CTTAGCTCATTTCATCGTTTCAGACCTCAATTCATCAGTTCTTCTGATTCTCTACCAACC 1919
Query 1943 TATTACAATCCATATGAATTTGATCATACATGCTATATTGAGTGCCAACCCTCTGAAGAT 2002
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1920 TATTACAATCCATATGAATTTTATCACACATGCTATATTGAGTGCCAACTCTCTGAGGAT 1979
Query 2003 AAATATCTACACTCTGAGGACGTAGATAACAATCAACCACCTCCTGAAGTAAGAAAATGT 2062
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AAATATCTACACTCTGAGGACGAAGATAACAATCAACCACCTCCTGAAGTAAGAAAATGT 2039
Query 2063 GTATCAGTGCCGTTTGTTCCTCCTAACGCATTCCAAGCAAATGCTATTGCAGAAAACATG 2122
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2040 GTATCAATGCCGTTTGTTCCTCCTAACGCATTCCAAGCTTATGCTGTTGCAGAAAACATG 2099
Query 2123 GCCAGTATTATCAAAGAGATAAGAACTCAATGCACACCATCTGAATCTGATAATGGCCAT 2182
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 GCCAGTATTATCAAAGAGATAAGAACTCAATGCACACCATCTGAATCTGATAATGGCCAC 2159
Query 2183 GGAGCACTCGAACCTGAGGATTACGTTGAGTATGGAGAGGCCCCAGTCTGTGTATATTTT 2242
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2160 GGAGCAATCGAACCTGAGGATTACGTTGAGGATGGAGAGGCCCCGGTCTGTGTATATTTT 2219
Query 2243 CTTAATGGATATTGTAACCGTGGTGGCCAGTGCACGTTCACTCATACTCTTCAGTCAACA 2302
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 CTTAATGGATTTTGTAACCGTGGTGACCAGTGCACGTTCTCTCATACTCTTCAGTCAACA 2279
Query 2303 AGACCAGCCTGCAAATTTTTCGCATCATCGCAGGGATGTCGAAATGGAGAATCGTGTTTG 2362
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 AGACCAGCCTGCAAATTTTTCGCGTCATTGCAGGGATGCCGAAATGGAGAATCGTGTTTG 2339
Query 2363 TTTTCCCACGCCATGCGACGACGGACAACATCATACCTTCCACCTCCCCAATGCCTTCCA 2422
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 TTTTCCCACGTCATGCGAAGACGGACAACATCATATCGTCCACCTCCCCAATGCCTTCCA 2399
Query 2423 GAAGAAGATGGCTCTTCCACATCGCCCCTTCTGGATTTGTTTCCTACTTCTTCTGAGGGA 2482
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2400 GAAGAAGATGGCTCTTCCACATCTTCCCTTCTGGATTTGTTTCCTACTTCTTCAGAGGGA 2459
Query 2483 TGTATCCTTGTGTTCGATGACTCTGACATGCATTTCACCTCAAGTATAGCCAACCGTTAT 2542
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2460 TGTATCCTTGTGTTTGATGACTCTGCCATGCATTTCACCTCAAGTATAGCCAATCGTTAT 2519
Query 2543 CCGTCCTGGAGAATACTCTCAACATCATCGTCTTCAGAGACGCTTTTCTGTGATTCATCA 2602
|||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||
Sbjct 2520 CCGTCCTGGAGAATACTCGCCACATCATCATCTTCAGATATGCTTCTCTGTGATTCATCA 2579
Query 2603 CTTGCAGACACAAGAATCTTCTGGGGTCTCAATCATCCCTACCAGACAATCATCTCAAAA 2662
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 CTTGCAAACACAAGAATCTTCTGGGGTCTCAATCATCCCTACCAGACAATCATCTCAAAA 2639
Query 2663 GCAGGAAGGGAGAACCCAATCCCGTGGAACGAAGTGAAATGCGTGCTGTGGTTCCTTAAC 2722
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 2640 GCAGGAGGGGAGAACCCAATCCCCTGGAACGAAGTGAAATGTGTGTTGTGGTTCCTTAAC 2699
Query 2723 CCAGACAGCTATGCTGATACTCCTGAGA-AGCAGAAAACTATTCTGCAGAATTTCTTCGA 2781
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 CCAGACAGCTATGCTGATACTCCTGAGGGA-CAGAAAACTATTCTGCAGAATTTCTTCGA 2758
Query 2782 GCACATGGCAATCAGATTACTCGGCGATAAGCTTTACAAAATCCGAGTAGTTCTCACAAT 2841
| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2759 GTACATGGCAATCAGATTACTCGGTGATAATCTTTACGAAATCCGAGTAATTCTCACAAT 2818
Query 2842 GAACAACGTCAGATTCTCACTCTTACAGGTTGAGAAGCTAGCCAGAGAAAGCTTCTTCTT 2901
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2819 GAACAACGTCAGATTCTCACTCTTACAGGTTGAGAAGCTAGCCAGAGACAGCTTCTTCTT 2878
Query 2902 CCTTGGAGAGTCTTTCCCACACGATTCAGAAAGCTTTGGTGCATTCCAAGACACATTAAC 2961
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 2879 CCTTGGAGAGTCTTTCCCACACAATTCAGTAAGCTTTGGTGAATTTCAAGACACATTAAC 2938
Query 2962 AATCCAGAAGCCTATGCTAGTCTCCAGACCAATCTCCTATGTCTTTAATCTCCATCCGCC 3021
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2939 AATCCAGAAGCCTATGCTAGTCTCGAGACCAATCTCCTATGTCTTTAATCTCCATTCGCC 2998
Query 3022 TTCTGACATCCAGTTTGGTAACTACACCTCTCTTCTTCGCAAATCTCTTCACAACAAATG 3081
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 2999 TTCTGACATCCAGTTTGGTGACTACACCTCTCTTCTGCACAAATCTCTGCACAACAAATG 3058
Query 3082 A 3082
|
Sbjct 3059 A 3059
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116403788720
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5