BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G47850.1
Length=2149
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg935773 jgi|Araly1|935773|scaffold_403761.1 2364 0.0
Ahg887345 jgi|Araly1|887345|Al_scaffold_0039_1 1116 0.0
> Ahg935773 jgi|Araly1|935773|scaffold_403761.1
Length=1459
Score = 2364 bits (1280), Expect = 0.0
Identities = 1403/1461 (96%), Gaps = 13/1461 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 259 CCAAATCCCTAAATTTAAGGACATGTATGCTCGCAATCCTCCCCTCAATGGCTCACAATC 318
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 CCAAATCCCTAAAAATAAGGACATGTATGCTCGCAATCCTCCCATCAATGGCTCACAATC 60
Query 319 TGCTCAAGCTCCCGACTGG---ACCCCTGCAGATGCCGATAC--C-GGACTCCAAGAATC 372
||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | |||||| |||||||
Sbjct 61 TGCTCAAGCTCCCGACTGGACCACCCCCGGAGATGCCGATACTACTGGACTCGAAGAATC 120
Query 373 GATGTGGCGATTAGGGTTGGGTAGCGACTCGTACCCTGAGAGACCAGGTGCTCCTGACTG 432
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||
Sbjct 121 GATGTGGCGATTAGGGTTGGGTAGCGAGTCGTACCCTGAGCGACTAGGTGCCCCTGACTG 180
Query 433 TGCCTACTACATGCGAACTGGTGTCTGTGGCTACGGTAATAGATGTCGTTACAATCACCC 492
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGCCTACTACATGCGAACTGGTGTCTGTGGTTACGGTAATAGATGTCGTTACAATCACCC 240
Query 493 TCGCGATCGTGCCTCGGTTGAAGCAACTGTTAGAGCTACCGGGCAGTATCCTGAACGTTT 552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 TCGCGATCGTGCCTCGGTTGAAGCAACTGTTAGAGCTACAGGGCAGTATCCAGAACGTTT 300
Query 553 TGGTGAACCCCCATGCCAGTTTTACTTGAAAACTGGAACTTGTAAATTTGGGGCGTCATG 612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGGTGAACCCCCATGCCAGTTTTACTTGAAAACTGGAACCTGTAAATTTGGGGCGTCATG 360
Query 613 CAAATTCCACCATCCAAAGAATGCAGGTGGATCCATGAGCCACGTTCCACTAAATATATA 672
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAAATTCCACCATCCAAAGAATGCTGGTGGATCCATGACCCACGTTCCACTAAATATATA 420
Query 673 TGGATACCCTGTACGAGAGGGTGATAACGAATGCTCCTACTATTTGAAAACGGGGCAATG 732
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGGATACCCAGTACGAGAGGGTGATAACGAATGCTCCTACTATTTGAAAACGGGGCAATG 480
Query 733 CAAATTTGGTATAACCTGTAAATTTCATCATCCTCAGCCTGCTGGTACTACTGT--C-CC 789
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||
Sbjct 481 CAAATTTGGTATAACCTGTAAATTTCATCATCCTCAGCCTGCTGGTACAACTGTCCCACC 540
Query 790 ACCACCACCAGCATCTGCACCTCAGTTTTATCCATCGGTGCAGTCACTTATGCCTGACCA 849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACCACCACCAGCATCTGCACCTCAGTTTTATCCATCGGTGCAGTCACTTATGCCTGACCA 600
Query 850 GTATGGAGGTCCATCTTCTAGCTTGAGAGTTGCAAGAACTCTTCTTCCTGGTTCTTATAT 909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 601 GTATGGAGGTCCATCTTCTAGCTTGAGAGTTGCAAGAACTCTTCTTCCCGGTTCTTATAT 660
Query 910 GCAAGGCGCCTATGGTCCAATGCTATTAACCCCCGGGGTCGTTCCTATTCCAGGCTGGAG 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GCAAGGCGCCTATGGTCCAATGCTATTAACCCCCGGGGTCGTTCCTATTCCAGGCTGGAG 720
Query 970 TCCTTACTCGGCACCTGTGAGCCCTGCTCTATCTCCTGGTGCGCAGCACGCTGTTGGGGC 1029
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCCTTATTCGGCACCTGTGAGCCCTGCTCTATCTCCTGGTGCGCAGCACGCTGTTGGGGC 780
Query 1030 AACTTCTTTATATGGAGTTACACAGCTCACTTCCACCACTCCTTCGCTTCCCGGGGTTTA 1089
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AACTTCTTTATATGGAGTTACACAGCTCTCTTCCACCACTCCTTCGCTTCCCGGGGTTTA 840
Query 1090 TCCATCTCTGTCCTCTCCTACAGGTGTTATACAGAAAGAACAGGCCTTTCCAGAGAGACC 1149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCCATCTCTGTCCTCTCCTACAGGTGTTATACAGAAAGAACAGGCCTTTCCAGAGAGACC 900
Query 1150 TGGTGAACCAGAGTGCCAATACTATTTGAAAACAGGAGATTGTAAGTTTGGAACATCTTG 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TGGTGAACCAGAGTGCCAATACTATTTGAAAACAGGAGATTGTAAGTTTGGAACATCTTG 960
Query 1210 TAAGTTTCATCATCCTCGAGATCGGGTTCCACCAAGAGCGAATTGCGTCCTCAGCCCCAT 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 961 TAAGTTTCATCATCCTCGAGATCGGGTTCCACCAAGAGCTAATTGCATCCTCAGCCCCAT 1020
Query 1270 TGGTCTTCCTCTACGCCCGGGTGTGCAACGGTGCACTTTCTACGTACAAAACGGCTTCTG 1329
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TGGCCTTCCTCTACGCCCGGGTGTGCAACGCTGCACTTTCTACGTACAAAACGGCTTCTG 1080
Query 1330 TAAGTTTGGATCAACATGTAAGTTTGATCATCCAATGGGAACGATCAGATACAATCCTTC 1389
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1081 TAAGTTTGGATCAACATGTAAATTTGATCATCCAATGGGAACCATCAGATACAATCCTTC 1140
Query 1390 TGCGTCCTCTCTAGCTGATGCACCGGTGGCTCCTTACCCAGTGAGCTCTCTCTTGGGTGC 1449
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TGCATCGTCTCTAGCTGATGCACCGGTGGCTCCTTACCCAGTGAGCTCTCTCTTGGGTGC 1200
Query 1450 TCTGGCAGCTGCCCCTTCTTCTTCATCGACAGAGCTCATAGCAGGCGGTGCAAAAGATGC 1509
||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1201 TCTCGCAGCCGCACCTTCTTCTTCATCGACTGAGCTCATAACAGGCGGTGCAAAAGATCC 1260
Query 1510 TTACATGACCGGTGTGCCTACATCAAGAAGCACATCAAACATCTCGGCAGGTTTGATTTT 1569
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GTACTTGACCGGTGTGCCTACATCAAGAAGCACATCAAACATCTCGGCAGGTTTGATTTT 1320
Query 1570 CTCCCAGAGCGGTGGGTCAATTCCATTCTCAGAGCTGCAACTCTCGAGCCAGAGC-TCTC 1628
||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1321 CTCCCAGAGTGGTGGCTCAATTCCATTCTCTGACCTACAACTCTCGAGCCAGA-CATCTC 1379
Query 1629 TTCCTCTAACAGGTAGCAGAATCACAAGACAAGGGCGTGAAATTCGTCGATCCTTTTGAA 1688
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TTCCTCCAACAGGTAGCAGAATCACAAGACAAGGGCGAGAAATTCGTCGATCCTTTTGAA 1439
Query 1689 -TAGATCACCTCAGAAAAGGG 1708
| ||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CT-GATCACCTCAGAAAAGGG 1459
> Ahg887345 jgi|Araly1|887345|Al_scaffold_0039_1
Length=762
Score = 1116 bits (604), Expect = 0.0
Identities = 705/748 (94%), Gaps = 30/748 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 572 TTTTACTTGAAAACTGGAACTTGTAAATTTGGGGCGTCATGCAAATTCCACCATCCAAAG 631
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTACTTGAAAACTGGAACCTGTAAATTTGGGGCGTCATGCAAATTCCACCATCCAAAG 60
Query 632 AATGCAGGTGGATCCATGAGCCACGTTCCACTAAATATATATGGATACCCTGTACGAGAG 691
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 AATGCTGGTGGATCCATGACCCACGTTCCACTAAATATATATGGATACCCAGTACGAGAG 120
Query 692 GGTGATAACGAATGCTCCTACTATTTGAAAACGGGGCAATGCAAATTTGGTATAACCTGT 751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGTGATAACGAATGCTCCTACTATTTGAAAACGGGGCAATGCAAATTTGGTATAACCTGT 180
Query 752 AAATTTCATCATCCTCAGCCTGCTGGTACTACTGT--C-CCACCACCACCAGCATCTGCA 808
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAATTTCATCATCCTCAGCCTGCTGGTACAACTGTCCCACCACCACCACCAGCATCTGCA 240
Query 809 CCTCAGTTTTATCCATCGGTGCAGTCACTTATGCCTGACCAGTATGGAGGTCCATCTTCT 868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCTCAGTTTTATCCATCGGTGCAGTCACTTATGCCTGACCAGTATGGAGGTCCATCTTCT 300
Query 869 AGCTTGAGAGTTGCAAGAACTCTTCTTCCTGGTTCTTATATGCAAGGCGCCTATGGTCCA 928
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGCTTGAGAGTTGCAAGAACTCTTCTTCCCGGTTCTTATATGCAAGGCGCCTATGGTCCA 360
Query 929 ATGCTATTAACCCCCGGGGTCGTTCCTATTCCAGGCTGGAGTCCTTACTCGGCAC---CT 985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||
Sbjct 361 ATGCTATTAACCCCCGGGGTCGTTCCTATTCCAGGCTGGAGTCCTTATTCGTCTCTTTCT 420
Query 986 G--T-------G----AG-C-CCTG----C--T-CT--ATCTCCTGGTGCGCAGCACGCT 1021
| | | || | |||| | | || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GACTCACTTTTGCTTCAGGCACCTGTGAGCCCTGCTCTATCTCCTGGTGCGCAGCACGCT 480
Query 1022 GTTGGGGCAACTTCTTTATATGGAGTTACACAGCTCACTTCCACCACTCCTTCGCTTCCC 1081
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTTGGGGCAACTTCTTTATATGGAGTTACACAGCTCTCTTCCACCACTCCTTCGCTTCCC 540
Query 1082 GGGGTTTATCCATCTCTGTCCTCTCCTACAGGTGTTATACAGAAAGAACAGGCCTTTCCA 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGGGTTTATCCATCTCTGTCCTCTCCTACAGGTGTTATACAGAAAGAACAGGCCTTTCCA 600
Query 1142 GAGAGACCTGGTGAACCAGAGTGCCAATACTATTTGAAAACAGGAGATTGTAAGTTTGGA 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GAGAGACCTGGTGAACCAGAGTGCCAATACTATTTGAAAACAGGAGATTGTAAGTTTGGA 660
Query 1202 ACATCTTGTAAGTTTCATCATCCTCGAGATCGGGTTCCACCAAGAGCGAATTGCGTCCTC 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 661 ACATCTTGTAAGTTTCATCATCCTCGAGATCGGGTTCCACCAAGAGCTAATTGCATCCTC 720
Query 1262 AGCCCCATTGGTCTTCCTCTACGCCCGG 1289
||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 721 AGCCCCATTGGCCTTCCTCTACGCCCGG 748
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80865590135
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5