BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G47940.1
Length=2278
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg497185 jgi|Araly1|497185|fgenesh2_kg.39__5__AT2G47940.1 3247 0.0
Ahg483986 jgi|Araly1|483986|fgenesh2_kg.4__3046__AT2G47940.2 3234 0.0
> Ahg497185 jgi|Araly1|497185|fgenesh2_kg.39__5__AT2G47940.1
Length=2182
Score = 3247 bits (1758), Expect = 0.0
Identities = 2071/2213 (94%), Gaps = 57/2213 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 51 tctctctcGCCGGCCGATATGGCCGCCTCCGTAGCAAACTGCTGCTTCTCCGTCCTCAAT 110
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTCTCTCGCCGGCCGATATGGCCGTCTCCGTAGCAAACTGCAGCTTCTCCGTCCTCAAT 60
Query 111 GCCTCCGTTAAAATTCAATCTTCGTCCATCTCCTCACCGTGGTGTTTCGT-GTCCGCATC 169
|||||||||||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 61 GCCTCCGTTAAACTTCAATCTTCATGCGTCTCCTCACCGTGGTGTTTCGTAG-CCGCATC 119
Query 170 GTCGTTGACTCCCCG-AGCTTCCTCCAATATTAAGAGGAAATCGTCGAGGTCTGATTCAC 228
|| || | || || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 -TC--AGA-----AGAAG--TCGTTGAATCTTAAGAGGAAATCGTCGAGGTCTGATTCAT 169
Query 229 CATCTCCTATATTAAACCCAGAGAAGAATTACCCAGGTAGAGTTCGAGATGAAAGTTCCA 288
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 170 CATCTCCTATATTAAACCCAGAGAAGAATTACCCAGGTAGAGTTCGAGATGATAGTCCCA 229
Query 289 ATCCTCCTCAAAAAATGGCTTTCAAGGCTTTTGGGTCACCCAAAAAGGAGAAAAAAGAGT 348
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 230 ATCCTCCTCAAAAAATGGCTTTCAAGGCCTTTGGGTCACCAAAAAAGGAGAAAAAAGAGC 289
Query 349 CTCTTTCTGATTTTAGTCGAGACCAACAGACTGATCCTGCCAAGATTCACGATGCATCCT 408
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 290 CTCTCTCTGATTTTAGTCGAGACCAACAGACTGATCCTGGCAAGATTCACGATGCATCTT 349
Query 409 TTCTCAACGCTG-TTGTC--AA-G----G-TTTATTGC-AC-TC-A-TACTGCT-CCTGA 454
|||||||||||| || || || | | ||| || | | || | |||| || | ||
Sbjct 350 TTCTCAACGCTGTTTTTCGTAATGAATTGCTTTCTT-CTTCTTCAATTACT-CTGCTTGC 407
Query 455 TTACTCCCTCCCATG-GC-AGAAGCAAAGGCAATTTA-CTAGTACTGGAA-G---TGCTT 507
|| || ||| | || | | |||||||| |||| | |||| ||||||| | |||||
Sbjct 408 TT-CTTCCTTCTTTGAACTACAAGCAAAGACAATGGAGCTAGCACTGGAAGGCATTGCTT 466
Query 508 TTATGATTGGAGATGGCAAGCTCTTGACCAATGCCCATTGTGTCGAACACGATACACAGG 567
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 467 TTATGATTGGAGATGGCAAGCTCTTGACTAATGCCCATTGTGTCGAACATGATACACAGG 526
Query 568 TTAAAGTTAAGAGAAGGGGAGATGATCGAAAGTATGTGGCTAAGGTTTTAGTTAGGGGTG 627
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 527 TTAAAGTTAAGAGAAGGGGAGATGATCGAAAGTATGTGGCTAAGGTTTTAGTAAGGGGTG 586
Query 628 TGGACTGTGACATTGCTTTGCTTTCCGTAGAAAGCGAGGATTTCTGGAAAGGAGCTGAAC 687
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 TGGACTGTGACATAGCTTTGCTTTCCGTAGAAAGCGAGGATTTCTGGAAAGGAGCTGAAC 646
Query 688 CACTACGGCTGGGCCATTTACCCCGCCTTCAGGATTCAGTTACTGTCGTGGGATATCCTC 747
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 647 CACTGCGGCTGGGCCATTTACCCCGCCTTCAGGATTCAGTAACTGTCGTGGGATATCCTC 706
Query 748 TTGGAGGAGATACAATCTCTGTTACAAAAGGGGTTGTATCACGTATAGAGGTAACATCTT 807
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 707 TTGGAGGAGATACAATCTCTGTTACAAAAGGGGTTGTATCACGTATAGAGGTAACATCAT 766
Query 808 ACGCTCATGGATCATCCGACTTGCTTGGAATTCAAATCGACGCTGCTATAAATCCAGGGA 867
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 767 ATGCTCATGGATCATCTGACTTGCTTGGAATTCAAATCGACGCTGCAATAAATCCAGGGA 826
Query 868 ATAGTGGTGGCCCTGCATTCAACGACCAGGGGGAATGTATTGGAGTAGCATTCCAGGTTT 927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 ATAGTGGTGGCCCTGCATTCAACGACCAGGGGGAATGTATTGGAGTAGCATTCCAGGTTT 886
Query 928 ACAGATCCGAAGAAACTGAAAATATTGGATATGTGATTCCAACAACCGTTGTTTCTCACT 987
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 ACAGATCCGAAGAAACTGAAAATATTGGATATGTAATTCCAACAACCGTTGTTTCTCACT 946
Query 988 TTTTGACTGATTATGAGAGGAACGGAAAGTACACTGGTTACCCTTGCCTTGGAGTATTGC 1047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 947 TTTTGACTGATTATGAGAGGAACGGAAAGTACACTGGTTACCCTTGCCTTGGAGTGTTGC 1006
Query 1048 TGCAGAAATTAGAAAATCCAGCTCTGCGGGAGTGCCTCAAAGTTCCTACAAATGAGGGGG 1107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 TGCAGAAATTAGAAAATCCAGCTCTGCGGGAGTGCCTCAAAGTTCCTACAAATGAGGGGG 1066
Query 1108 TTCTGGTGCGAAGAGTTGAACCTACATCTGATGCAAGTAAAGTCCTGAAAGAGGGAGATG 1167
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 TACTGGTGCGAAGAGTTGAACCTACATCTGATGCAAGTAAAGTCCTGAAAGAGGGAGATG 1126
Query 1168 TGATTGTAAGTTTTGATGATCTACATGTGGGATGTGAAGGAACTGTACCCTTCCGATCTA 1227
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1127 TGATTGTAAGTTTTGATGATCTACATGTGGGATGTGAAGGAACTGTACCCTTCCGATCCA 1186
Query 1228 GTGAACGCATTGCATTCCGTTATCTCATCAGTCAAAAATTTGCAGGTGATATCGCTGAGA 1287
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 GTGAACGCATTGCATTCCGTTATCTCATCAGTCAAAAATTTGCAGGTGATATCGCTGAGC 1246
Query 1288 TTGGTATCATTAGAGCAGGAGAACATAAGAAAGTTCAAGTAGTTCTAAGGCCACGAGTGC 1347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1247 TTGGTATCATTAGAGCAGGAGAACATAAGAAAGTTCAAGTAGTTCTAAGACCACGAGTGC 1306
Query 1348 ACCTGGTACCGTACCATATTGATGGAGGTCAGCCATCATACATTATAGTTGCTGGTTTGG 1407
||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1307 ACCTGGTACCGTATCATATTGATGGAGGTCAACCATCATACATTATTGTTGCTGGTTTGG 1366
Query 1408 TGTTTACTCCGCTCTCAGAACCCCTGATAGAGGAGGAGTGTGAGGATACCATAGGCTTGA 1467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 TGTTTACTCCGCTCTCAGAACCCCTGATAGAGGAGGAGTGTGAGGATACCATAGGCTTGA 1426
Query 1468 AATTGTTAACAAAGGCACGCTACTCTGTGGCAAGGTTCAGAGGAGAACAAATCGTCATCC 1527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 AATTGTTAACAAAGGCACGCTACTCTGTGGCAAGGTTCAGAGGAGAACAAATCGTCATCC 1486
Query 1528 TATCACAGGTATTGGCAAATGAAGTAAACATCGGCTATGAGGACATGAATAACCAGCAGG 1587
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1487 TATCACAGGTCTTGGCAAATGAAGTAAACATCGGCTATGAGGACATGAATAACCAACAGG 1546
Query 1588 TCCTGAAGTTCAATGGAATTCCAATAAGAAACATCCATCACTTGGCACATCTCATTGATA 1647
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1547 TCCTGAAGTTCAATGGAATTCCTATAAGAAACATCCATCACTTGGCACATCTCATTGACA 1606
Query 1648 TGTGCAAAGATAAGTATCTAGTTTTTGAGTTCGAAGACAACTATGTTGCTGTGTTGGAGA 1707
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 TGTGCAAAGATAAGTATCTCGTTTTTGAGTTTGAAGACAACTATGTTGCTGTGTTGGAGA 1666
Query 1708 GGGAAGCTTCAAATTCTGCTTCCTTGTGCATCCTCAAAGATTATGGAATTCCCTCGGAAA 1767
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 GAGAAGCTTCAAATTCTGCTTCCTTGTGCATCCTCAAAGATTATGGAATTCCCTCGGAAA 1726
Query 1768 GATCCGCTGATCTGCTCGAGCCATATGTTGATCCAATAGATGACACCCAAGCGCTTGACC 1827
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 GATCTGCTGATCTGCTCGAGCCATATGTAGATCCAATAGATGACACCCAAGCGCTTGACC 1786
Query 1828 AAGGTATTGGAGACAGCCCTGTGTCAAATCTGGAAATCGGCTTTGATGGACTGGTGTGGG 1887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 AAGGTATTGGAGACAGCCCTGTGTCAAATCTGGAAATCGGCTTTGATGGACTGGTGTGGG 1846
Query 1888 CATAAAATATTCGAAAA-GGCGTCCGCAGATGGAAACCACTGAAAGCTCATACAGCTTCC 1946
|||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1847 CATAAA-TGTTCAAAAAAGGCGTCCGCAGATGGAAGCCACAGAAAGCTCATACAGCTTCC 1905
Query 1947 CCGAACATATGGGAAAGCTTTCAGCTTCATCCTCATTCATAAGGTCTTGTGCTGCTCAAA 2006
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1906 CCGAATTTATGGGAAAGCTTTCAGCTTTATCCTCATTCAGAAGGTCTTGAGCTGCTC--- 1962
Query 2007 CTCAAAGTTTAGTGAATTCTTTCTTCTTTATTCAAACCTCTATGGATTGAGTTTAATAGA 2066
| || |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1963 C--AA-GTTTAGTGAATTCTTTCTTC---A---AAACCTCTAGGGATTGAGTTTAATAGA 2013
Query 2067 AAGTTGGCCATGAGAATGCTCGGCCATTGTGTTCAGATGAATGTATACTGCTAAAAGCAT 2126
||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2014 AAGTTTGCCATGAGAATGCTTGACCATTGTGTGCAGATGAATGTA--CTGCTAAAAGCAT 2071
Query 2127 TGCCAGAATCTCGACAAAA-GTCAACAAATTATTCAGTGTCTGATT-TTCTATGAGAAAA 2184
||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||| || |||||||||
Sbjct 2072 TGCCAGAATCTTGACAAAAAGTCAACAAATTATGCAATGTCTGATTATT-TATGAGAAA- 2129
Query 2185 TGAAATGCAGCAATGTCTTCTGTGACTGTAatatatatatatatatatatata 2237
|||||| |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2130 TGAAATCCAGCAATGTCTTCTGTAACAGAAATATATATATATATATATATATA 2182
> Ahg483986 jgi|Araly1|483986|fgenesh2_kg.4__3046__AT2G47940.2
Length=2156
Score = 3234 bits (1751), Expect = 0.0
Identities = 2036/2164 (94%), Gaps = 57/2164 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 51 tctctctcGCCGGCCGATATGGCCGCCTCCGTAGCAAACTGCTGCTTCTCCGTCCTCAAT 110
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 19 TCTCTCTCGCCGGCCGATATGGCCGTCTCCGTAGCAAACTGCAGCTTCTCCGTCCTCAAT 78
Query 111 GCCTCCGTTAAAATTCAATCTTCGTCCATCTCCTCACCGTGGTGTTTCGT-GTCCGCATC 169
|||||||||||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 79 GCCTCCGTTAAACTTCAATCTTCATGCGTCTCCTCACCGTGGTGTTTCGTAG-CCGCATC 137
Query 170 GTCGTTGACTCCCCG-AGCTTCCTCCAATATTAAGAGGAAATCGTCGAGGTCTGATTCAC 228
|| || | || || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 138 -TC--AGA-----AGAAG--TCGTTGAATCTTAAGAGGAAATCGTCGAGGTCTGATTCAT 187
Query 229 CATCTCCTATATTAAACCC--AG----AGAAGAATTACCCAGGTAGAGTTCGAGATGAAA 282
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 188 CATCTCCTATATTAAACCCAGAGACCCAGAAGAATTACCCAGGTAGAGTTCGAGATGATA 247
Query 283 GTTCCAATCCTCCTCAAAAAATGGCTTTCAAGGCTTTTGGGTCACCCAAAAAGGAGAAAA 342
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 248 GTCCCAATCCTCCTCAAAAAATGGCTTTCAAGGCCTTTGGGTCACCAAAAAAGGAGAAAA 307
Query 343 AAGAGTCTCTTTCTGATTTTAGTCGAGACCAACAGACTGATCCTGCCAAGATTCACGATG 402
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 308 AAGAGCCTCTCTCTGATTTTAGTCGAGACCAACAGACTGATCCTGGCAAGATTCACGACG 367
Query 403 CATCCTTTCTCAACGCTGTTGTCAAGGTTTATTGCACTCATACTGCTCCTGATTACTCCC 462
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 368 CATCTTTTCTCAACGCTGTTGTCAAGGTTTATTGCACTCATACTGCGCCTGATTACTCCC 427
Query 463 TCCCATGGCAGAAGCAAAGGCAATTTACTAGTACTGG-A---A-G--------------- 502
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | |
Sbjct 428 TCCCATGGCAGAAGCAAAGACAATTTACTAGCACTGGAAGGCATGTTTTTTTTATTCACA 487
Query 503 -TGCTTTTATGATTGGAGATGGCAAGCTCTTGACCAATGCCCATTGTGTCGAACACGATA 561
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 488 TTGCTTTTATGATTGGAGATGGCAAGCTCTTGACTAATGCCCATTGTGTCGAACATGATA 547
Query 562 CACAGGTTAAAGTTAAGAGAAGGGGAGATGATCGAAAGTATGTGGCTAAGGTTTTAGTTA 621
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 548 CACAGGTTAAAGTTAAGAGAAGGGGAGATGATCGAAAGTATGTGGCTAAGGTTTTAGTAA 607
Query 622 GGGGTGTGGACTGTGACATTGCTTTGCTTTCCGTAGAAAGCGAGGATTTCTGGAAAGGAG 681
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 608 GGGGTGTGGACTGTGACATAGCTTTGCTTTCCGTAGAAAGCGAGGATTTCTGGAAAGGAG 667
Query 682 CTGAACCACTACGGCTGGGCCATTTACCCCGCCTTCAGGATTCAGTTACTGTCGTGGGAT 741
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 668 CTGAACCACTGCGGCTGGGCCATTTACCCCGCCTTCAGGATTCAGTAACTGTCGTGGGAT 727
Query 742 ATCCTCTTGGAGGAGATACAATCTCTGTTACAAAAGGGGTTGTATCACGTATAGAGGTAA 801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 ATCCTCTTGGAGGAGATACAATCTCTGTTACAAAAGGGGTTGTATCACGTATAGAGGTAA 787
Query 802 CATCTTACGCTCATGGATCATCCGACTTGCTTGGAATTCAAATCGACGCTGCTATAAATC 861
|||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 788 CATCATATGCTCATGGATCATCTGACTTGCTTGGAATTCAAATCGACGCTGCAATAAATC 847
Query 862 CAGGGAATAGTGGTGGCCCTGCATTCAACGACCAGGGGGAATGTATTGGAGTAGCATTCC 921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 CAGGGAATAGTGGTGGCCCTGCATTCAACGACCAGGGGGAATGTATTGGAGTAGCATTCC 907
Query 922 AGGTTTACAGATCCGAAGAAACTGAAAATATTGGATATGTGATTCCAACAACCGTTGTTT 981
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 908 AGGTTTACAGATCCGAAGAAACTGAAAATATTGGATATGTAATTCCAACAACCGTTGTTT 967
Query 982 CTCACTTTTTGACTGATTATGAGAGGAACGGAAAGTACACTGGTTACCCTTGCCTTGGAG 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 968 CTCACTTTTTGACTGATTATGAGAGGAACGGAAAGTACACTGGTTACCCTTGCCTTGGAG 1027
Query 1042 TATTGCTGCAGAAATTAGAAAATCCAGCTCTGCGGGAGTGCCTCAAAGTTCCTACAAATG 1101
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 TGTTGCTGCAGAAATTAGAAAATCCAGCTCTGCGGGAGTGCCTCAAAGTTCCTACAAATG 1087
Query 1102 AGGGGGTTCTGGTGCGAAGAGTTGAACCTACATCTGATGCAAGTAAAGTCCTGAAAGAGG 1161
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 AGGGGGTACTGGTGCGAAGAGTTGAACCTACATCTGATGCAAGTAAAGTCCTGAAAGAGG 1147
Query 1162 GAGATGTGATTGTAAGTTTTGATGATCTACATGTGGGATGTGAAGGAACTGTACCCTTCC 1221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 GAGATGTGATTGTAAGTTTTGATGATCTACATGTGGGATGTGAAGGAACTGTACCCTTCC 1207
Query 1222 GATCTAGTGAACGCATTGCATTCCGTTATCTCATCAGTCAAAAATTTGCAGGTGATATCG 1281
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1208 GATCCAGTGAACGCATTGCATTCCGTTATCTCATCAGTCAAAAATTTGCAGGTGATATCG 1267
Query 1282 CTGAGATTGGTATCATTAGAGCAGGAGAACATAAGAAAGTTCAAGTAGTTCTAAGGCCAC 1341
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1268 CTGAGCTTGGTATCATTAGAGCAGGAGAACATAAGAAAGTTCAAGTAGTTCTAAGACCAC 1327
Query 1342 GAGTGCACCTGGTACCGTACCATATTGATGGAGGTCAGCCATCATACATTATAGTTGCTG 1401
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1328 GAGTGCACCTGGTACCGTATCATATTGATGGAGGTCAACCATCATACATTATTGTTGCTG 1387
Query 1402 GTTTGGTGTTTACTCCGCTCTCAGAACCCCTGATAGAGGAGGAGTGTGAGGATACCATAG 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 GTTTGGTGTTTACTCCGCTCTCAGAACCCCTGATAGAGGAGGAGTGTGAGGATACCATAG 1447
Query 1462 GCTTGAAATTGTTAACAAAGGCACGCTACTCTGTGGCAAGGTTCAGAGGAGAACAAATCG 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448 GCTTGAAATTGTTAACAAAGGCACGCTACTCTGTGGCAAGGTTCAGAGGAGAACAAATCG 1507
Query 1522 TCATCCTATCACAGGTATTGGCAAATGAAGTAAACATCGGCTATGAGGACATGAATAACC 1581
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1508 TCATCCTATCACAGGTCTTGGCAAATGAAGTAAACATCGGCTATGAGGACATGAATAACC 1567
Query 1582 AGCAGGTCCTGAAGTTCAATGGAATTCCAATAAGAAACATCCATCACTTGGCACATCTCA 1641
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 AACAGGTCCTGAAGTTCAATGGAATTCCTATAAGAAACATCCATCACTTGGCACATCTCA 1627
Query 1642 TTGATATGTGCAAAGATAAGTATCTAGTTTTTGAGTTCGAAGACAACTATGTTGCTGTGT 1701
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 TTGACATGTGCAAAGATAAGTATCTCGTTTTTGAGTTTGAAGACAACTATGTTGCTGTGT 1687
Query 1702 TGGAGAGGGAAGCTTCAAATTCTGCTTCCTTGTGCATCCTCAAAGATTATGGAATTCCCT 1761
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688 TGGAGAGAGAAGCTTCAAATTCTGCTTCCTTGTGCATCCTCAAAGATTATGGAATTCCCT 1747
Query 1762 CGGAAAGATCCGCTGATCTGCTCGAGCCATATGTTGATCCAATAGATGACACCCAAGCGC 1821
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 CGGAAAGATCTGCTGATCTGCTCGAGCCATATGTAGATCCAATAGATGACACCCAAGCGC 1807
Query 1822 TTGACCAAGGTATTGGAGACAGCCCTGTGTCAAATCTGGAAATCGGCTTTGATGGACTGG 1881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1808 TTGACCAAGGTATTGGAGACAGCCCTGTGTCAAATCTGGAAATCGGCTTTGATGGACTGG 1867
Query 1882 TGTGGGCATAAAATATTCGAAAA-GGCGTCCGCAGATGGAAACCACTGAAAGCTCATACA 1940
|||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1868 TGTGGGCATAAA-TGTTCAAAAAAGGCGTCCGCAGATGGAAGCCACAGAAAGCTCATACA 1926
Query 1941 GCTTCCCCGAACATATGGGAAAGCTTTCAGCTTCATCCTCATTCATAAGGTCTTGTGCTG 2000
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1927 GCTTCCCCGAATTTATGGGAAAGCTTTCAGCTTTATCCTCATTCAGAAGGTCTTGAGCTG 1986
Query 2001 CTCAAACTCAAAGTTTAGTGAATTCTTTCTTCTTTATTCAAACCTCTATGGATTGAGTTT 2060
||| | || |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1987 CTC---C--AA-GTTTAGTGAATTCTTTCTTC---A---AAACCTCTAGGGATTGAGTTT 2034
Query 2061 AATAGAAAGTTGGCCATGAGAATGCTCGGCCATTGTGTTCAGATGAATGTATACTGCTAA 2120
||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 2035 AATAGAAAGTTTGCCATGAGAATGCTTGACCATTGTGTGCAGATGAATGTA--CTGCTAA 2092
Query 2121 AAGCATTGCCAGAATCTCGACAAAA-GTCAACAAATTATTCAGTGTCTGATTTTCTATGA 2179
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||
Sbjct 2093 AAGCATTGCCAGAATCTTGACAAAAAGTCAACAAATTATGCAATGTCTGATTTTTTATGA 2152
Query 2180 GAAA 2183
||||
Sbjct 2153 GAAA 2156
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85779231740
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5