BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G47980.1
Length=3644
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg935788 jgi|Araly1|935788|scaffold_403776.1 5341 0.0
Ahg944576 jgi|Araly1|944576|scaffold_700805.1 4621 0.0
> Ahg935788 jgi|Araly1|935788|scaffold_403776.1
Length=3298
Score = 5341 bits (2892), Expect = 0.0
Identities = 3127/3240 (97%), Gaps = 17/3240 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 249 GACGGAAGCGGCGGAGAGAATCAGGAGCGCAGCAGCGACCAGATTGAGCTCGATGACGAC 308
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || | | |
Sbjct 72 GACGGCAGCGGCGGAGAGAATCAGGAGCGCAGCAGCGACCAGA-T-A----GA-G-C-TC 122
Query 309 GATTTCCAGGAAACCCGTCCCAAGCCCAAGCGTAGTCGCACCCA---TCCTCCTCAACAG 365
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 123 GATTTCCAGGAAACGCGTCCCAAGCCCAAGCGTAGTCGCACCCATCCTCCTCCTCAACAG 182
Query 366 AATCTCATTGAGGTTGTCAAAGGCAACGGGGATCTTATTTCTAAAGCCGTCAAGATTTGG 425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 183 AATCTCATTGAGGTTGTCAAAGGCAACGGGGATCTTATTTCTAAATCCGTCAAGATTTGG 242
Query 426 GTTGAAAGATATGAAGACTCTCCCAGCCTTGCTACCACTGAGCTCTTGTCAATGCTCTTT 485
||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 GTTGAAAGATATGAACACTCTCCCAGACTTGCCACCACTGAGCTCTTGTCAATGCTCTTT 302
Query 486 CAGGCTTGCGGTGCTAAATACTCCATCAAGGATGATCTGCTTGATGAGACTGATGTCGAT 545
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 GAGGCTTGCGGTGCTAAATACTCCATCAAGGAAGATCTGCTTGATGAGACTGATGTCGAT 362
Query 546 GATGTTGTCGTTTCCCTTGTTAATCTTGCTAGAGCCGGGGAACTCGAAGATTATCAGAGT 605
|||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 363 GATGTTGTCGTTGCCCTTGTTCATCTTGCTAGAACCGGGGAAATTGAAGATTATCAGAGT 422
Query 606 TCCAGAAAGAAGGAACTCAAGAACTTCAAAGAAAATCTTGTTTCCTTCTGGAATAATCTC 665
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||
Sbjct 423 TCGAGAAAGAAGGAACTCAAGAACTTCAAAGAAAATCTTGTTTCATTCTGGAATGACCTG 482
Query 666 ATTATCGAGTGCCAAAACGGACCATTGTTTGATAGAGTCTTGTTCGACAAGTGCATGGAC 725
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 ATTATCGAGTGCCAAAACGGACCATTGTTCGATAAAGTCTTGTTCGACAAGTGCATGGAC 542
Query 726 TACATTATCGCACTGTCATGTACTCCACCCAGAGTTTACCGTCAAACTGCCACGCTAATG 785
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 TACATTATCGCACTCTCATGTACTCCACCTAGAGTTTACCGTCAAACTGCCACGCTAATG 602
Query 786 GGCCTCCAACTAGTCACATCTTTCATTTCTGTTGCAAACACACTCGGTTCACAGCGAGAA 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 GGCCTCCAACTAGTCACATCTTTCATTTCTGTTGCAAACACACTCGGTTCACAGCGAGAA 662
Query 846 ACCACCCAAAGACAATTGAATGCTGAAAGCAAGAAGAGAGCTGACGGCCCTCGTGTGGAC 905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 ACCACCCAAAGACAATTGAATGCTGAAAGCAAGAAGAGAGCTGACGGCCCTCGTGTGGAG 722
Query 906 TCCCTCAACAAAAGGTTGTCTGTTACTCATGAACAGATAACTACACTGGAGGACATGATG 965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 TCCCTCAACAAAAGGTTGTCTGTTACTCATGAACAGATAACTACACTGGAGGACATGATG 782
Query 966 CGCAAAATTTTCACTGGGTTGTTTGTACACCGATATCGAGATATTGATAACGATATTCGG 1025
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 CGCAAAATTTTCACTGGGTTGTTTGTACACCGATATCGAGATATTGATAACGATATTCGG 842
Query 1026 ATGTCATGCATTCAGTCTCTGGGCATTTGGATTTTGTCTTATCCTTCTCTTTTCTTACAA 1085
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 843 ATGTCATGCATTCAGTCTCTGGGCATTTGGATTTTGTCTTATCCTTCTCTCTTCTTACAA 902
Query 1086 GATCTGTATTTAAAATATCTTGGATGGACGCTTAATGACAAAAATGCTGGAGTGAGGAAA 1145
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 GATCTGTACTTAAAATATCTTGGATGGACCCTTAATGACAAAAATGCTGGAGTGAGGAAA 962
Query 1146 GCTTCTCTATTGGCATTGCAAAAACTTTATGAAATGGATGAAAACGTCCCCACTCTTGGT 1205
||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 963 GCTTCTCTATTGGCATTGCGAAATCTTTATGAAACGGATGAAAACGTCCCCACGCTTGGT 1022
Query 1206 CTTTTCACTCAGAGATTTTCCAATCGAATGATCGAGATGGCTGATGATGTTGATATGTCT 1265
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 CTATTCACTGAGAGATTTTCCAATCGAATGATCGAGATGGCTGATGATGTTGATATGTCT 1082
Query 1266 GCAGCTGTATGTGCTATAGGGCTTGTAAAGCAACTGCTAAGACACCAGCTGATACCTGAT 1325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 GCAGCTGTATGTGCTATAGGGCTTGTAAAGCAACTGCTAAGACACCAGCTGATACCTGAT 1142
Query 1326 GATGACCTAGGCCCTTTGTACGATTTGCTTATTGATCAACCTCAAGAAATCAGACGTGCG 1385
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 GATGACCTAGGTCCTTTGTACGATTTGCTTATTGATCAACCTCAAGAAATCAGACGTGCG 1202
Query 1386 ATAGGAGAGTTAGTGTATGACCACTTGATCGCACAGAAGTTTAACAGTTCTCCGTCCAGT 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 ATAGGAGAGTTAGTGTATGACCACTTGATCGCACAGAAGTTTAACAGTTCTCCGTCCAGT 1262
Query 1446 CTTACAGGTCATGATGATTCTTCCTCTGAGATCCATATCTTCAGAATGTTACAAATATTA 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 CTTACAGGTCATGATGATTCTTCCTCTGAGATCCATATCTTCAGAATGTTACAAATATTA 1322
Query 1506 CGGGAGTTCTCCACAGATCCGATTTTATGTGTATATGTAATTGATGATGTTTGGGAGTAC 1565
|||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 CGGGAGTTTTCCACAGATCCGATTCTAAGTGTTTATGTAATTGATGATGTTTGGGAGTAC 1382
Query 1566 ATGAAGGCCATGAAGGACTGGAAGTGTATCATCTCTATGCTTTTGGATCAGAATCCTCGA 1625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 ATGAAGGCCATGAAGGACTGGAAGTGTATCATCTCTATGCTTTTGGATCAGAATCCTCGA 1442
Query 1626 ACTGGGTCTACTACTGACGAGGACTCGACAAACTTGATCAGACTTCTGTTTGTGTCAATC 1685
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1443 ACTGGGTCTACTACTGAGGAGGACTCGACAAACTTGATCAGACTTCTGTTTGCGTCAATC 1502
Query 1686 AGAAAGGCTGTCGGGGAGAAGATAATTCCTTCAACGGATAATCGAAAGCAGTATCACAGT 1745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 AGAAAGGCTGTCGGGGAGAAGATAATTCCTTCAACGGATAATCGAAAGCAGTATCACAGT 1562
Query 1746 AAAGCTCAGCGAGAAATATTTGAAAACAACAGGAAAGACATAACTGTGGCCATGATGAAG 1805
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1563 AAAGCTCAGCGAGAAATGTTTGAAAACAACAGGAAAGACATAACGGCGGCCATGATGAAG 1622
Query 1806 AATTATCCACAGCTTCTACGTAAATTCATGGCTGACAAAGCAAAAGTGTCATCTTTGGTC 1865
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1623 AATTATCCACAGCTTCTAAGTAAATTCATGGCTGACAAAGCAAAAGTGTCGTCTTTGGTT 1682
Query 1866 GAGATTATTATATTTATGAAACTTGAGCTCTATTCTCTTAAAAGACAGGAGCAGAGTTTT 1925
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 GAGATTATTATGTTTATGAAACTTGAGCTCTATTCTCTTAAAAGACAGGAGCAGAGTTTT 1742
Query 1926 AAAGCTGCCGTCCGACTCATAAAGGATGCTTTTTTCAAACACGGGGAGAAGGAAGCACTA 1985
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 AAGGCTGCCGTCCGACTCATAAAGGATGCTTTTTTCAAACACGGGGAGAAGGAAGCACTA 1802
Query 1986 AGATCTTGCGTCAAGGCTATAACATTTTGTGCGTCAGAAAGTAAAGGGGAGCTTCAAGAT 2045
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 AGATCTTGCGTCAAGGCTATAACATTTTGTGCATCAGAGAGTAAAGGGGAGCTTCAAGAT 1862
Query 2046 TTTTCACGTGGGAAGCTTAAAGATCTTGAAGATGAGCTTTTAGATAAGATCACTTCTGCA 2105
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1863 TTTTCCCGTGGGAAGCTTAAAGATCTTGAAGATGAGCTTTTAGATAAGCTCACTTCTGCA 1922
Query 2106 ATTAGAGAAGTCAAGGATGGAAATGATGAATACTCCCTCCTAGTAAATCTGAAAAGGTTG 2165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1923 ATTAGAGAAGTCAAGGATGGAAATGATGAATACTCCCTCCTTGTCAATCTGAAAAGGTTG 1982
Query 2166 TATGAGCTTCAATTGTCAAAGCCTGTGCTTGTTGAGAGCATGTTCGATGAGATTGCTTTG 2225
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TATGAGCTTCAATTGTCCAAGCCTGTGCTTGTTGAGAGCATGTTCGATGAGATTGCTTTG 2042
Query 2226 ACGCTCCATAATTTCAGAAATTTGGACGAAGAGGTTATCTGTTTCCTGCTTCTGAATATG 2285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2043 ACGCTCCATAATTTCAGAAATTTGGACGAAGAGGTTATCTGTTTCCTGCTTATCAATATG 2102
Query 2286 CACATGTATTTGGCGTGGTATCTGCACTCCATCATAAATTGTGAAGCTATCTCTGAAGCT 2345
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2103 TACATGTATTTGGCGTGGTCTCTGCACTCCATCATAAATTGTGAAGCTATCTCCGAAGCT 2162
Query 2346 TCCTTATCTTCCCTTATATCAAAGCGTGATACCCTGTTTGAGGAGCTTTCGTACTTCCTG 2405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 TCCTTATCTTCCCTTATATCAAAGCGTGATACCCTGTTTGAGGAGCTTTCGTACTTCCTG 2222
Query 2406 AATGGAATTGAGGAATCGAAGAAATATGGTAATCAGCTATCGAACAGGATCTGTGCTATA 2465
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2223 AATGGAATTGAGGAATCGAGGAAATATGGTAATCAGCTATCGCTCAGGATCTGTGCTATA 2282
Query 2466 CTCGCCGAAACATGGTGTTTGTTTAGAAAGTCAAATTATGACTCGGGTAAACTTGAAAGA 2525
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2283 CTTGCCGAAACATGGTGTTTGTTTAGAAAGTCAAATTATGACTCGAGTAAACTTGAAAGA 2342
Query 2526 TTAGGATACTGTCCCGACAGTGTCTTTCTTGAGAAATTTTGGAAACTCTGTGCAGAAATG 2585
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 TTAGGATACTGTCCCGACAGTGTCTTTCTTGAGAAATTTTGGAAACTCTGTGCAGAAATT 2402
Query 2586 TTTAACACTTCAGATGAGACCGATGAGGAGGATGAAAATAAGGAATACATTGAAGAGACA 2645
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 TTTAACACTTCAGATGAGACTGATGAGGAGGATGAAAATAAGGAATACATTGAAGAGACA 2462
Query 2646 AACAGAGATGTTTCAGTCATTGCTGCCTGCAAGTTGGTTGCTAGTGATGTGGTTCCAAAG 2705
|||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| | |||||||| || ||||||
Sbjct 2463 AACAGAGATGTTGCGGTCATTGGTGCCTGCAAGTTGGTTACCAGTGATGTAGTGCCAAAG 2522
Query 2706 GATTATCTAGGACCAGAGATCATATCGCATCTTGGTATGCATGGACCTGGTGTAACAGGC 2765
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2523 GATTATCTAGGACCAGAGATAATATCGCATTTTGGTATGCATGGACCTGGTGTGACAGGC 2582
Query 2766 ATCATAAAGAATCTTATTACATTCTTAAGGAAAAAAGAAGATGACATCTCTAATATCTAT 2825
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2583 ATCATAAAGAATCTTATTACATGCTTAAGGAAAAAAGAAGATGACATCTCTAATATCTAT 2642
Query 2826 CTCGAATCCTTGAAACGGGCCTATCACCGGTATTCAAGTGAACTTTCTAGTGGC-CGTGA 2884
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||
Sbjct 2643 CTGGAATCCTTGAAAAGGGCCTATCACCGGTATTCAAGTGAAGTTTCTAGTGGCTC-TGA 2701
Query 2885 AGAATCCAGAGTAGATAAATGTCTTGAAGAGTGGCGGGAGCTTGCAGGTGGGCTCTCAGG 2944
||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2702 AGAATCCAGAGTAGAGAAATGTCTTGAAGTGTGCCGGGAGCTTGCAGGTGGGCTCTCAGG 2761
Query 2945 AATGTATATCGGGGCTGCGCGCAACAAATACAGATTGGAGATATTGAGTGTGGTGAAGGA 3004
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2762 AATGTATATCGGGGCTGCGCGCAACAAATACAGATTGGAGATTTTGAGTGTGGTCAAGGA 2821
Query 3005 AGGTGTTGAGTTTGCTTTTAGGGACGCCCCAAAGCAACTGTTGTTTCTGGAAGTTGCTAT 3064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2822 AGGTGTTGAGTTTGCTTTTAGGGACGCCCCAAAGCAACTGTTGTTTCTGGAAGTTGCTAT 2881
Query 3065 CCTTCCATTTGCAACCAGACTCTCAGTGTCTGACATCATTGACATTAAGAAGGACGTTCA 3124
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2882 CCTTCCATTTGCAACCAGACTTTCAGTGCCTGACATCATTGACATTAAGAAGGACGTTCA 2941
Query 3125 GGGGCGTATAGTGCATGTTAATACAGACGAAGATCCCAGTGGATGGCGTCCTTGCTTCAC 3184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2942 AGGGCGTATAGTGCATGTTAATACAGACGAAGATCCCAGCGGATGGCGTCCTTGCTTCAC 3001
Query 3185 CTTCTTGGAAACCTTGGAGGAGAAATGCTTGAAAAACGAGGATTTACAAGACGACAAGGA 3244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3002 CTTCTTGGAAACCTTGGAGGAGAAATGCTTGAAAAACGAGGATTTACAAGACGACAAGGA 3061
Query 3245 AGCAGCAAATGTAAGACGCAGGGGACGGCCAAGAAAACGTCCGGAAACAGAGCGAAAGAG 3304
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3062 AGCAGCAACTGTAAGACGCAGGGGACGGCCAAGAAAACGTCCGGAAACAGAGCGAAAGAG 3121
Query 3305 ACTGTTTGATGAGCAAAGTGGAAGCGATGAGGATGAGTCTATTAGTGGCGGGTCAGACAG 3364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3122 ACTGTTTGATGAGCAAAGTGGAAGCGATGAGGATGAGTCTATTAGTGGTGGGTCAGACAG 3181
Query 3365 AGAAGATAAGCTCGACGAGGACGCTCCTCTAATCGAGACAATTAGATCGGCTGCCAGACG 3424
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3182 AGAAGATAAGCTAGATGAGGACGCTCCTCTAATCGAGACGATTAGATCGGCTGCCAGACG 3241
Query 3425 GAAAGCGCTCAAGGGTGAACGGTCCAAGGGACACTGACGACGGGTAAAACATTTATCAAT 3484
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 3242 GAAAGCGCTCAGGGGTGAACGGTCCAAGGGACACTGACG--GG-TAAAACATTTATCAAT 3298
Score = 93.5 bits (50), Expect = 1e-17
Identities = 54/56 (96%), Gaps = 0/56 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 160 ACACCATGGAAGACAGTCCTCAAGGCCTTAAAAGGAGTAGAGATCCGGATCAGGAT 215
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 16 ACACCATGGAAGACAGTCCTCAAGGCCTAAAAAGGAGTAGAGATCGGGATCAGGAT 71
> Ahg944576 jgi|Araly1|944576|scaffold_700805.1
Length=3041
Score = 4621 bits (2502), Expect = 0.0
Identities = 2763/2891 (96%), Gaps = 9/2891 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 308 CGATTTCCAGGAAACCCGTCCCAAGCCCAAGCGTAGTCGCACCCA---TCCTCCTCAACA 364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 101 CGATTTCCAGGAAACCCGTCCCAAGCCCAAGCGTAGTCGCACCCATCCTCCTCCTCAACA 160
Query 365 GAATCTCATTGAGGTTGTCAAAGGCAACGGGGATCTTATTTCTAAAGCCGTCAAGATTTG 424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 161 GAATCTCATTGAGGTTGTCAAAGGCAACGGGGATCTTATTTCTAAAGCCGTCAAGATTTG 220
Query 425 GGTTGAAAGATATGAAGACTCTCCCAGCCTTGCTACCACTGAGCTCTTGTCAATGCTCTT 484
|||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 221 GGTTGAAAGATATGAACACTCTCCCAGACTTGCCACCACTGAGCTCTTGTCAATGCTCTT 280
Query 485 TCAGGCTTGCGGTGCTAAATACTCCATCAAGGATGATCTGCTTGATGAGACTGATGTCGA 544
||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 281 TCAGGCTTGCGGTGCTAAACACTCCATCAAGGAAGATCTGCTTGATGAGACTGATGTCCA 340
Query 545 TGATGTTGTCGTTTCCCTTGTTAATCTTGCTAG-AGCCGGGGAACTCGAAGATTATCAGA 603
|||||||||| || || |||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 341 TGATGTTGTCATTGCCTTTGTTAATAGTGAT-GAAGCCGGGGAAGTTGAAGATTATCAGA 399
Query 604 GTTCCAGAAAGAAGGAACTCAAGAACTTCAAAGAAAATCTTGTTTCCTTCTGGAATAATC 663
||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 400 GTTGGAGAAACAAGGCTCTCAACAACTTCAAAGAAAATCTTGTTTCTTTCTGGAATTATC 459
Query 664 TCATTATCGAGTGCCAAAACGGACCATTGTTTGAT-AGAGTCTTGTTCGACAAGTGCATG 722
| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 460 TGATTATCGAGTGCCAACACGGGCCATTGTTTGATCA-ACTCTTGTTCGACAAGTGCATG 518
Query 723 GACTACATTATCGCACTGTCATGTACTCCACCCAGAGTTTACCGTCAAACTGCCACGCTA 782
|||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GACTACATAATCGCACTGTCATGTACTCGACCTAGATTTTACCGTCAAACTGCCACGCTA 578
Query 783 ATGGGCCTCCAACTAGTCACATCTTTCATTTCTGTTGCAAACACACTCGGTTCACAGCGA 842
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 579 ATGGGCCTCCAACTAGTTACATCTTTCATTTCTGTTGCAAACGCACTCGGTTCACAGCGA 638
Query 843 GAAACCACCCAAAGACAATTGAATGCTGAAAGCAAGAAGAGAGCTGACGGCCCTCGTGTG 902
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 639 CAAACCACCCAAAGACAATTGAATGCTCAAAGCAAGAAGAGAGCTGACGGGCCTCGTGTG 698
Query 903 GACTCCCTCAACAAAAGGTTGTCTGTTACTCATGAACAGATAACTACACTGGAGGACATG 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 699 GACTCCCTCAACAAAAGGTTGTCTGTTACTCATGAACAGATAACTACACTGGAGGGCATG 758
Query 963 ATGCGCAAAATTTTCACTGGGTTGTTTGTACACCGATATCGAGATATTGATAACGATATT 1022
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 759 ATGCGAAAAATTTTCACTGGGTTGTTTGTACACCGATATCGAGATATTGATAACGATATT 818
Query 1023 CGGATGTCATGCATTCAGTCTCTGGGCATTTGGATTTTGTCTTATCCTTCTCTTTTCTTA 1082
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 CGGATGTCATGCATTCAGTCTCTCGGCATTTGGATTTTGTCTTATCCTTCTCTTTTCTTA 878
Query 1083 CAAGATCTGTATTTAAAATATCTTGGATGGACGCTTAATGACAAAAATGCTGGAGTGAGG 1142
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 879 CAAGATCTGTACTTAAAATATCTTGGATGGACGCTTAATGACAAAAACGCTGGAGTGAGG 938
Query 1143 AAAGCTTCTCTATTGGCATTGCAAAAACTTTATGAAATGGATGAAAACGTCCCCACTCTT 1202
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 939 AAAGCTTCTCTATTGGCATTGCGAAGACTTTATGAAACGGATGAAAACGTCCCCACGCTT 998
Query 1203 GGTCTTTTCACTCAGAGATTTTCCAATCGAATGATCGAGATGGCTGATGATGTTGATATG 1262
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||
Sbjct 999 GGTCTATTCACTCAGAGATTTTCCAATCGAATGATCAAGATGGGTGTTGATGTTGATATG 1058
Query 1263 TCTGCAGCTGTATGTGCTATAGGGCTTGTAAAGCAACTGCTAAGACACCAGCTGATACCT 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1059 TCTGCAGCTGTATGTGCTATAGGGCTTGTAAAGCAACTGCTAAGACAACAGCTGATACCT 1118
Query 1323 GATGATGACCTAGGCCCTTTGTACGATTTGCTTATTGATCAACCTCAAGAAATCAGACGT 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119 GATGATGACCTAGGCCCTTTGTACGATTTGCTTATTGATCAACCTCAAGAAATCAGACGT 1178
Query 1383 GCGATAGGAGAGTTAGTGTATGACCACTTGATCGCACAGAAGTTTAACAGTTCTCCGTCC 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1179 GCGATAGGAGAGTTAGTGTATGACCACTTGATCACACAGAAGTTTAACACTTCTCCGTCC 1238
Query 1443 AGTCTTACAGGTCATGATGATTCTTCCTCTGAGATCCATATCTTCAGAATGTTACAAATA 1502
||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 AGTCTTACAGGTCCTGGTGATTTTTCCTCTGAGATCCATATCTTCAGAATGTTACAAATA 1298
Query 1503 TTACGGGAGTTCTCCACAGATCCGATTTTATGTGTATATGTAATTGATGATGTTTGGGAG 1562
||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1299 TTACGGGAGTTCTCCACAGATACGATTATAAGTGTTTATGTAATTGATGGTGTTTGGGAG 1358
Query 1563 TACATGAAGGCCATGAAGGACTGGAAGTGTATCATCTCTATGCTTTTGGATCAGAATCCT 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 TACATGAAGGCCATGAAGGACTGGAAGTGTATCATCTCTATGCTTTTGGATCAGAATCCT 1418
Query 1623 CGAACTGGGTCTACTACTGACGAGGACTCGACAAACTTGATCAGACTTCTGTTTGTGTCA 1682
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1419 CAAACTGGGTCTACTACTGACGAGGACTCGACAAACTTGATCAGACTTCTGATTGTGTCA 1478
Query 1683 ATCAGAAAGGCTGTCGGGGAGAAGATAATTCCTTCAACGGATAATCGAAAGCAGTATCAC 1742
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 ATCAGAAAGGCTGTCGGGGAGAAGACAATTCCTTCAACGGATAATCGAAAGCAGTATCAC 1538
Query 1743 AGTAAAGCTCAGCGAGAAATATTTGAAAACAACAGGAAAGACATAACTGTGGCCATGATG 1802
| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1539 ACTAAAGCTCAGCGAGAAATGTTTGAAAACAACAGGAAAGACATAACGGCGGCCATGATG 1598
Query 1803 AAGAATTATCCACAGCTTCTACGTAAATTCATGGCTGACAAAGCAAAAGTGTCATCTTTG 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1599 AAGAATTATCCACAGCTTCTACGTAAATTCATGGCTGACAAAGCAAAAGTGTCGTCTTTG 1658
Query 1863 GTCGAGATTATTATATTTATGAAACTTGAGCTCTATTCTCTTAAAAGACAGGAGCAGAGT 1922
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 GTTGAGATTATTATGTTTATGAAACTTGAGCTCTATTCTCTTAAAAGACAGGAGCAGAGT 1718
Query 1923 TTTAAAGCTGCCGTCCGACTCATAAAGGATGCTTTTTTCAAACACGGGGAGAAGGAAGCA 1982
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1719 TTTAAGGCTGCCGTCCGACTCATAATTGATGCTTTTTTCAAACACGGGGAAAAAGAAGCA 1778
Query 1983 CTAAGATCTTGCGTCAAGGCTATAACATTTTGTGCGTCAGAAAGTAAAGGGGAGCTTCAA 2042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 CTAAGATCTTGCGTCAAGGCTATAACATTTTGTGCGTCAGAAAGTAAAGGGGAGCTTCAA 1838
Query 2043 GATTTTTCACGTGGGAAGCTTAAAGATCTTGAAGATGAGCTTTTAGATAAGATCACTTCT 2102
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 1839 GATTTTTCCCGTGGGAAGCTTAAAGATCTTGAAGATGAGCTTTTAGATAAGCTCACTTGT 1898
Query 2103 GCAATTAGAGAAGTCAAGGATGGAAATGATGAATACTCCCTCCTAGTAAATCTGAAAAGG 2162
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1899 GCAATTAGAGAAGTCAAGGATGGAAATGATGAATACTCCCTCCTTGTAAATCTGAAAAGG 1958
Query 2163 TTGTATGAGCTTCAATTGTCAAAGCCTGTGCTTGTTGAGAGCATGTTCGATGAGATTGCT 2222
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1959 TTGCATGAGCTTCAATTGTTAAAGCCTGTGCTTGTTGAGAGCATGTTCCATGGGATTGCT 2018
Query 2223 TTGACGCTCCATAATTTCAGAAATTTGGACGAAGAGGTTATCTGTTTCCTGCTTCTGAAT 2282
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2019 TTGACGCTCCGCAATTTCAGAAATTTGGACGAAGAGGTTATCTGTTTCCTGCTTATGAAT 2078
Query 2283 ATGCACATGTATTTGGCGTGGTATCTGCACTCCATCATAAATTGTGAAGCTATCTCTGAA 2342
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2079 ATGTACATGTATTTGGCGTGGTCTCTGCACTCCATCATAAATTGTGAAGCTATCTCCGAA 2138
Query 2343 GCTTCCTTATCTTCCCTTATATCAAAGCGTGATACCCTGTTTGAGGAGCTTTCGTACTTC 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 GCTTCCTTATCTTCCCTTATATCAAAGCGTGATACTCTGTTTGAGGAGCTTTCGTACTTC 2198
Query 2403 CTGAATGGAATTGAGGAATCGAAGAAATATGGTAATCAGCTATCGAACAGGATCTGTGCT 2462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2199 CTGAATGGAATTGAGGAATCGAAGAAATATGGTAATCAGCTATCGCTCAGGATCTGTGCT 2258
Query 2463 ATACTCGCCGAAACATGGTGTTTGTTTAGAAAGTCAAATTATGACTCGGGTAAACTTGAA 2522
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2259 ATACTCGCCGAAACATGGTGTTTGTTTAGAAAGTCAAATTATGACTCGAGTAAACTTGAA 2318
Query 2523 AGATTAGGATACTGTCCCGACAGTGTCTTTCTTGAGAAATTTTGGAAACTCTGTGCAGAA 2582
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2319 AGATTAGGATACTGTCCCGACAGTGTCTTTCTTGAGAAATTTTGGATACTCTGTGCAGAA 2378
Query 2583 A-TGTTTAACACTTCAGATGAGACCGATGAGGAGGATGAAAATAAGGAATACATTGAAGA 2641
| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 2379 ACT-TTTAGCACTTCAGATGAGACCGATGAGGAGGATGAAAATATGGAATACGTTGAAGA 2437
Query 2642 GACAAACAGAGATGTTTCAGTCATTGCTGCCTGCAAGTTGGTTGCTAGTGATGTGGTTCC 2701
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2438 GACAAACAGAGATGTTGCAGTCATTGCTGCCTGCAAGTTGGTTGCTAGTGATGTAGTGCC 2497
Query 2702 AAAGGATTATCTAGGACCAGAGATCATATCGCATCTTGGTATGCATGGACCTGGTGTAAC 2761
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498 AAAGGATTATCTAGGACCAGAGATAATATCGCATCTTGGTATGCATGGACCTGGTGTAAC 2557
Query 2762 AGGCATCATAAAGAATCTTATTACATTCTTAAGGAAAAAAGAAGATGACATCTCTAATAT 2821
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558 AGGCATCATAAAGAATCTTATTACATGCTTAAGCAAAAAAGAAGATGACATCTCTAATAT 2617
Query 2822 CTATCTCGAATCCTTGAAACGGGCCTATCACCGGTATTCAAGTGAACTTTCTAGTGGCCG 2881
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 CTATCTGGAATCCTTGAAAAGGGCCTATCACCGGTATTCAAGTGAACTTTCTAGTGGCCG 2677
Query 2882 TGAAGAATCCAGAGTAGATAAATGTCTTGAAGAGTGGCGGGAGCTTGCAGGTGGGCTCTC 2941
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2678 TGAAGAATCCAGAGTAGATAAATGTCTTCAAGTGTGTCGGGAGCTTGCATGTGGGCTCTC 2737
Query 2942 AGGAATGTATATCGGGGCTGCGCGCAACAAATACAGATTGGAGATATTGAGTGTGGTGAA 3001
|| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 2738 AGAAATGTATATAGGGGCTGCTTGCAACAAGTACAGATTGGAGATTTTTAGTGTGGTCAA 2797
Query 3002 GGAAGGTGTTGAGTTTGCTTTTAGGGACGCCCCAAAGCAACTGTTGTTTCTGGAAGTTGC 3061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2798 GGAAGGTGTTGAGTTTGCTTTTAGGGACGCCCCAAAGCAACTGTTGTTTCTGGAAGTTGC 2857
Query 3062 TATCCTTCCATTTGCAACCAGACTCTCAGTGTCTGACATCATTGACATTAAGAAGGACGT 3121
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2858 TATCCTTCCATTTGCAACCAGACTCTCAGTGCCTGACATCATTGACATTAAGAAGGACGT 2917
Query 3122 TCAGGGGCGTATAGTGCATGTTAATACAGACGAAGATCCCAGTGGATGGCGTCCTTGCTT 3181
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2918 TCAAGGGCGTATAGTGCATGTTAATACAGACGAAGATCCCAGCGGATGGCGTCCTTGCTT 2977
Query 3182 CACCTTCTTGG 3192
|||||||||||
Sbjct 2978 CACCTTCTTGG 2988
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137654241541
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5