BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G01180.1
Length=2757
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477411 jgi|Araly1|477411|fgenesh2_kg.3__112__AT3G01180.1 3559 0.0
> Ahg477411 jgi|Araly1|477411|fgenesh2_kg.3__112__AT3G01180.1
Length=2697
Score = 3559 bits (1927), Expect = 0.0
Identities = 2408/2625 (92%), Gaps = 93/2625 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 164 GTAAATGGCATCAGTTGCCGAGAGCTCTTTTCCTCTTCTCTGTCAAATCAAGACTCAGCG 223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 118 GTAAATGGCATCAGTTGCCGAGAGCTCTTTTCCTCTTCTGTGTCAAATCAAGACTCAGCG 177
Query 224 T--CG-CATCAATTCCTCTACGCTGAGG----C-A---TT-CCCGTGTTTCTTACCATGA 271
| || | ||| ||| |||||||||||| | | || ||| |||||||||| |||
Sbjct 178 TCGCGTCGTCACTTCGTCTACGCTGAGGAATTCGAGTCTTGTCCGAGTTTCTTACCCTGA 237
Query 272 TTTGCCTTCTGGCTCGCTGTCTTTTCGTTCTCGGAGCTTTGTTCT-GGGACATCGATGCA 330
||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 238 ATTGCCTTCTGGGTCGCTCTCATTTCGTTGTCGGAGCTTTGTT-TACGGACATCGATGGA 296
Query 331 AGTGTGTGAGCCGCGTCGAGGCTTCCGGCTC--A-------G-A----CGA-T------G 369
|||||| ||| ||||| |||||| | ||||| | | | ||| | |
Sbjct 297 AGTGTGCGAGGCGCGTGGAGGCTACGGGCTCAGATTCTTCTGAATCTGCGAGTGGAGGAG 356
Query 370 ATGAGCCAGAGGATGCGCTTCAGGCTACCATTGACAAGAGCAAGAAGGTTCTTGCTATGC 429
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 ATGAGCCAGAGGATGCCCTTCAGGCTACCATTGAGAAGAGCAAGAAGGTTCTTGCTATGC 416
Query 430 AAAGGAACCTTCTTCACCAGATTGCTGAAAGGAGGAAGCTGGTCTCATCTATTAAAGAGA 489
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 AAAGGAACCTTCTTCAGCAGATTGCTGAAAGGAGGAAGCTGGTCTCATCTATTAAAGAGA 476
Query 490 GCACACCTGACTTGGATGATGCAAAAGCTTCTTCCAAACAAGAGTCTGCTTCTTCTGTGA 549
|||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||
Sbjct 477 GCACACCTAACTTGGATGATGGAAAAGATTCTTCCAAAGAAGAGTATGGTTCTTCTGTGA 536
Query 550 ATGCTAATACTGATGCTACTAAAAAAGAAATTATGGATGGAGATGCAAACGGTAGTGTTA 609
|||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 537 ATGCAAATACTGATGCAACTAAAAAAGAAAAGATGGATGGAGATGTAAACCGTAGTGTTA 596
Query 610 GTCCAAGCACTTATGGCAAGTCATCTTTAAGTAAAGAACCAGAAGCTAAGACTTTCTCTC 669
| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 597 GCCCAAGCAGTTATGGCAAGTCACCTTTAAACAAAGAACCAGAAGCTAAGAGTTTTTCTC 656
Query 670 CCAGTACTGAATCCTTGAAGAACCGCAAACAAAGCTCGGCCTCTGTGATATCTTCTTCCC 729
|||||||||||||| |||| || ||||||||||||| | | | |
Sbjct 657 CCAGTACTGAATCCCTGAATAAAAGCAAACAAAGCTCAG---C---G---------T--- 698
Query 730 CTGTAACCTCTCCTCAGAAACCATCCGATGTAGCCACTAATGGGAAGCCTTGGTCTAGCG 789
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 699 CTGTGACCTCTCCTCAGAAACCATCCGATGTAGCCGCGAATGGGAAGCCTTGGTCTAGCG 758
Query 790 TAGTAGCGTCTAGTGTAGATCCTCCTTATAAACCTTCATCTGTTATGACCTCTCCTGAGA 849
||||||| || ||| ||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||||
Sbjct 759 TAGTAGCCTCCAGTCTAGATCCTCCTTACAAACCATCTTCTGTTGTAACCTCTCCTGAGA 818
Query 850 AAACTTCTGATCCTGTAACTTCTCCTGGAAAGCCAAGTAAATCTCGCGCTGGTGCATTTT 909
||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 819 AAACTTC---TCCTG--A----------AAAGCCAAGTCAATCTCGCGCTGGTGCATTTT 863
Query 910 GGTCAGATCCACTACCGTCTTATCTGACTAAAGCTCCTCAAACATCAACTATGAAGACAG 969
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||
Sbjct 864 GGTCAGACCCACTACCGTCTTACCTGACTAAAGCTCCTGAAACATCAAGTATGAGGACAG 923
Query 970 A-GA--A-GT----AC----GTGGAAAAAACACCTGACGTAGCTAGTAGTGAAACTAACG 1017
| || | || || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 AGGAGTACGTGGAAACAAGAGAGGAAAAAACACCTGAAGTAGCTAGTAGTGAAACTAACG 983
Query 1018 AACCTG-GCAAGGATGAAGAGAAGCCGCCTCCACTGGCTGGAGCAAATGTCATGAATGTG 1076
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 984 AACCTGAG-AAGGATGAAGAGAAGCCGCCTCCACTGGCTGGAGCAAATGTCATGAATGTG 1042
Query 1077 ATATTGGTAGCAGCAGAGTGTGCTCCATTTTCGAAAACAGGTGGCCTTGGAGATGTAGCT 1136
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1043 ATATTGGTAGCAGCAGAATGTGCTCCATTTTCGAAAACAGGTGGCCTTGGAGATGTAGCT 1102
Query 1137 GGTGCTTTACCAAAGTCTTTGGCTAGGCGTGGACACAGGGTTATGGTTGTGGTTCCTCGG 1196
|||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1103 GGTGCTTTGCCAAAGGCTTTGGCTCGGCGTGGACATAGGGTTATGGTTGTGGTTCCTCGA 1162
Query 1197 TATGCCGAGTATGCTGAAGCCAAAGATTTAGGGGTACGGAAGAGATATAAGGTGGCCGGG 1256
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1163 TATGCCGAGTATGCCGAAGCCAAAGATTTAGGGGTACGGAAGAGATATAAGGTGGCTGGG 1222
Query 1257 CAGGATATGGAAGTAATGTACTTCCATGCATTTATAGATGGTGTGGATTTTGTTTTCATT 1316
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1223 CAGGATATGGAAGTAATGTACTTCCATGCATATATAGATGGTGTGGATTTTGTTTTCATT 1282
Query 1317 GATAGCCCTGAATTTCGGCATCTGAGTAATAACATTTATGGTGGAAACCGACTTGATATC 1376
|||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1283 GATAGCCCAGTATTCCGGCATCTGAGTAATAACATTTACGGTGGAAACCGACTTGATATC 1342
Query 1377 TTGAAGCGGATGGTTTTATTTTGCAAGGCTGCTGTTGAGGTTCCGTGGTATGTTCCTTGT 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 TTGAAGCGGATGGTTTTATTTTGCAAGGCTGCTGTTGAGGTTCCGTGGTATGTTCCTTGT 1402
Query 1437 GGAGGTGTGTGTTATGGTGATGGAAATTTGGCTTTTATAGCAAATGATTGGCACACTGCG 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403 GGAGGTGTGTGTTATGGTGATGGAAATTTGGCTTTTATAGCAAATGATTGGCACACTGCG 1462
Query 1497 TTACTACCGGTGTACCTGAAGGCCTATTACCGGGATCACGGAATAATGAAATACACACGA 1556
|||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463 TTACTACCAGTTTACCTGAAAGCCTATTACCGAGATCACGGAATAATGAAATACACACGA 1522
Query 1557 TCTGTTCTTGTAATTCATAACATTGCTCATCAGGGGCGGGGACCGGTAGATGATTTCTCC 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1523 TCTGTTCTTGTAATTCATAACATTGCTCATCAGGGTCGAGGACCGGTAGATGATTTCTCC 1582
Query 1617 TACGTGGATTTACCGAGCCATTACTTGGATAGCTTCAAGTTATATGACCCAGTAGGAGGT 1676
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1583 TACGTGGATTTACCGAACCATTACTTGGATAGCTTCAAGTTATATGACCCGGTAGGTGGT 1642
Query 1677 GAGCACTTCAATATTTTTGCAGCTGGTCTAAAAGCTGCGGATAGAGTTCTCACTGTTAGC 1736
||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 GAGCACTTCAACATCTTCGCAGCTGGTCTAAAAGCTGCGGATAGAGTTCTCACTGTTAGC 1702
Query 1737 CATGGATACTCCTGGGAGGTTAAGACCTTAGAAGGAGGTTGGGGTCTGCATAACATCATA 1796
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CATGGATATTCCTGGGAGGTTAAGACCTTAGAAGGAGGTTGGGGTCTGCATAACATCATA 1762
Query 1797 AATGAAAACGACTGGAAATTTAGAGGAATTGTGAACGGTATCGATACACAAGAATGGAAC 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1763 AATGAAAACGACTGGAAATTTAGAGGAATTGTGAACGGTATTGATACACAAGAATGGAAC 1822
Query 1857 CCAGAATTTGATACTTACTTGCACTCTGATGATTATACCAACTATTCCTTGGAGAATCTT 1916
||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 CCAAAATATGATACTTTCTTGCACTCTGATGATTATACCAACTATTCCTTGGAGAATCTT 1882
Query 1917 CACATTGGTAAACCCCAATGTAAAGCTGCATTACAGAAAGAGCTCGGTTTGCCTGTTCGG 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1883 CACATTGGTAAACCCCAATGTAAAGCTGCATTACAGAAAGAGCTCGGTTTACCTATTCGG 1942
Query 1977 CCTGATGTTCCGCTGATCGGTTTTATTGGAAGATTGGATCACCAGAAAGGTGTTGATTTG 2036
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 CCTGATGTTCCCCTGATCGGTTTTATTGGAAGATTGGATCACCAGAAAGGTGTTGATTTG 2002
Query 2037 ATAGCTGAGGCGGTTCCATGGATGATGAGTCAGGATGTTCAGCTGGTTATGTTAGGCACA 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2003 ATAGCTGAGGCGGTTCCATGGATGATGAGTCAGGATGTTCAGCTGGTTATGTTAGGCTCA 2062
Query 2097 GGGCGACCGGATCTTGAAGAGGTCCTCAGACAAATGGAGCATCAATATCGAGATAAAGCA 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2063 GGGCGACCGGATCTTGAAGAGGTCCTCAGACAAATGGAGCATCAATACCGAGATAAAGCA 2122
Query 2157 CGGGGATGGGTTGGATTCTCGGTTAAAACAGCACACAGAATAACAGCTGGTGCAGACATA 2216
|||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 CGGGGATGGGTTGGGTTCTCAGTGAAAACAGCACACAGAATAACAGCTGGTGCAGACATA 2182
Query 2217 TTGCTGATGCCTTCTAGATTTGAGCCGTGTGGTCTAAACCAGCTTTACGCAATGAACTAT 2276
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2183 TTGCTGATGCCTTCGAGATTTGAGCCGTGCGGTCTGAACCAGCTTTACGCAATGAACTAC 2242
Query 2277 GGAACCATTCCGGTGGTCCATGCCGTGGGAGGATTGAGGGATACAGTTCAACAATTTGAT 2336
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2243 GGAACCATTCCAGTGGTCCATGCTGTGGGAGGATTGAGGGATACAGTTCAACAGTTTGAC 2302
Query 2337 CCCTATAGTGAAACGGGTCTTGGTTGGACATTTGATAGCGCGGAAGCAGGTAAGTTGATT 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2303 CCCTATAGTGAAACGGGTCTTGGTTGGACATTTGATAGCGCAGAAGCAGGTAAGTTGATT 2362
Query 2397 CATGCCTTAGGAAACTGTTTGTTGACATATAGAGAGTATAAGGAGAGTTGGGAAGGGCTT 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2363 CATGCCTTAGGAAACTGTTTGTTGACATATAGAGAGTATAAGGAGAGTTGGGAAGGGCTT 2422
Query 2457 CAGAGAAGAGGAATGACACAGGATTTGAGTTGGGATAATGCTGCAGAGAAGTACGAAGAA 2516
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423 CAGAGAAGAGGAATGACACAAGATTTGAGCTGGGATAATGCTGCAGAGAAGTACGAAGAA 2482
Query 2517 GTTCTTGTTGCTGCTAAGTATCATTGGTGA-GTTAAATAAAAGTTACCTTTTTTACTGTC 2575
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||
Sbjct 2483 GTTCTTGTTGCTGCTAAGTATCATTGGTGAAGTTCC-T-----TT---TTTTTTACTGTC 2533
Query 2576 TATAAAGAACATGTCTTTGGAATTGTTAAGAAGCTTAGTTGTGTAGATTTGGTGATAAAG 2635
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2534 TATAAAGAACCTGTCTTTGGAATTGTTAAGAAGCTTAGTTGTGTAGATTTGGTGATAAAA 2593
Query 2636 CTACATTGGAGCTTGGCAAATTCTCATGCCATGTAAGCTCCTTGTGGTAAAGGATCAAGC 2695
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2594 CTACATTGGAGCTTGGCAATTTCTCATGCCATTTAAGCTCCTTGTGGTAAAGGGTCAAGC 2653
Query 2696 TTGTTAATCTCTTGCTCTCTCACTCTTAGTAATTTTAAAGTGATA 2740
||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||||
Sbjct 2654 TTGTTAATCTCTTGCTCTCTCTCTAT-AGTAATTCTAAAGTGATA 2697
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104024459095
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5