BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G01310.1
Length=3521
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477396 jgi|Araly1|477396|fgenesh2_kg.3__97__AT3G01310.1 5321 0.0
Ahg488348 jgi|Araly1|488348|fgenesh2_kg.6__1482__AT5G15070.1 3491 0.0
> Ahg477396 jgi|Araly1|477396|fgenesh2_kg.3__97__AT3G01310.1
Length=3368
Score = 5321 bits (2881), Expect = 0.0
Identities = 3080/3178 (97%), Gaps = 5/3178 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 179 GAGAGAATGGAGATGGAAGAAGGAGCAAGTGGTGTTGGTGAGAAGATAAAGATTGGAGTC 238
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 91 GAGAGAATGGAGATGGACGAAGGAGCAAGTGTTGTTGGTGAGAAGATAAAGATTGGAGTC 150
Query 239 TGCGTCATGGAAAAGAAGGTGAAATGCGGCTCCGAGGTTTTCTCAGCTCCCATGGGGGAA 298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 151 TGCGTCATGGAAAAGAAGGTGAAATGCGGCTCCGAGGTATTCTCAGCTCCCATGGGGGAA 210
Query 299 ATTCTCGACAGACTCCAGTCTTTTGGTGAATTTGAGATCTTACATTTTGGGGATAAAGTT 358
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 211 ATTCTCGACAGACTCGAGTCTTTTGGTGAATTTGAGATCTTGCATTTTGGGGATAAAGTT 270
Query 359 ATACTTGAAGATCCAATAGAAAGTTGGCCCATTTGTGATTGCTTGATTGCTTTTCATTCC 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 ATACTTGAAGATCCAATAGAAAGTTGGCCCATTTGTGATTGCTTGATTGCTTTTCATTCC 330
Query 419 TCTGGATATCCTCTTGAGAAGGCTCAGGCATATGCTGCTTTAAGAAAGCCATTTTTAGTG 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 331 TCTGGATATCCTCTTGAGAAGGCTCAGGCATATGCTGCTTTAAGAAAGCCATTTTTAGTG 390
Query 479 AATGAACTTGATCCGCAATATCTTCTTCATGATCGCCGGAAGGTGTATGAGCATCTTGAG 538
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 391 AATGAACTAGATCCGCAGTATCTTCTTCATGATCGCCGGAAGGTGTATGAGCATCTTGAG 450
Query 539 ATGTATGGCATCCCAGTTCCTAGGTATGCTTGTGTCAATAGAAAGGTACCAAATCAAGAC 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 ATGTATGGCATCCCAGTTCCTAGGTATGCTTGTGTCAATAGAAAGGTACCAAATCAAGAC 510
Query 599 CTTCATTATTTTGTCGAGGAAGAAGATTTTGTTGAGGTCCATGGTGAACGCTTCTGGAAG 658
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 511 CTTAATTATTTTGTCGAGGAAGAAGATTTTGTTGAGGTCAATGGTGAACGCTTCTGGAAG 570
Query 659 CCATTTGTGGAAAAGCCTGTCAATGGAGATGACCATAGTATAATGATATACTACCCTAGC 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 571 CCATTTGTGGAAAAGCCTGTCAATGGAGATGACCATAGTATAATGATATACTACCCTAGC 630
Query 719 TCGGCAGGTGGAGGCATGAAAGAATTGTTTCGCAAGATTGGGAACCGATCAAGTGAATTT 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 631 TCGGCAGGTGGAGGCATGAAAGAATTGTTTCGCAAGATTGGGAACCGTTCAAGTGAATTT 690
Query 779 CATCCTGACGTCAGAAGGGTAAGGAGAGAAGGCTCTTATATATACGAGGAGTTTATGGCC 838
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 691 CATCCTGACGTCAGACGGGTTAGGAGAGAAGGCTCTTATATATACGAGGAGTTTATGGCC 750
Query 839 ACCGGAGGAACTGATGTCAAGGTCTATACAGTGGGTCCTGAATACGCACATGCTGAAGCA 898
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 751 ACCGGAGGAACTGATGTCAAGGTCTACACAGTGGGTCCTGAATACGCACATGCGGAAGCC 810
Query 899 AGAAAGTCACCTGTTGTTGATGGTGTTGTTATGAGGAATACAGATGGGAAGGAAGTGAGA 958
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 811 AGAAAGTCGCCTGTTGTTGATGGTGTTGTTATGAGGAATACAGATGGGAAGGAGGTGAGA 870
Query 959 TATCCAGTATTGCTTACACCTGCTGAAAAGCAAATGGCTAGAGAAGTTTGCATTGCATTT 1018
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 871 TATCCAGTATTGCTTACACCAGCTGAAAAGCAAATGGCTAGAGAAGTTTGCATCGCATTT 930
Query 1019 AGGCAAGCGGTCTGTGGGTTTGATCTTCTACGATCTGAGGGCTGTTCATATGTTTGTGAT 1078
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 931 AGGCAAGCGGTTTGTGGGTTTGATCTTCTACGATCTGAAGGCTGTTCATATGTGTGTGAT 990
Query 1079 GTCAATGGATGGAGTTTTGTGAAGAACTCATACAAGTATTATGACGATGCTGCGTGTGTG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 991 GTCAATGGATGGAGTTTTGTGAAGAACTCATACAAGTATTACGACGATGCTGCGTGTGTG 1050
Query 1139 CTAAGGAAAATGTGTTTGGATGCAAAAGCTCCTCATCTCTCATCCACTCTTCCTCCCACC 1198
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1051 CTAAGGAAGATGTGTTTGGATGCAAAGGCTCCTCATCTTTCATCGACTCTTCCTCCTACC 1110
Query 1199 TTGCCATGGAAGGTCAATGAAC-CTGTACAATCTAATGAAGGTCTAACTCGCCAGGGAAG 1257
||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1111 TTGCCATGGAAGGTCAACGAACGC-GTACAACCTAATGAAGGACTAACTCGCCAGGGTAG 1169
Query 1258 TGGCATCATCGGCACTTTTGGGCAGTCAGAAGAGCTACGTTGTGTCATTGCTGTTGTTCG 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1170 TGGCATCATCGGCACTTTTGGGCAGTCAGAAGAGCTACGTTGTGTCATTGCTGTTATTCG 1229
Query 1318 ACATGGCGATAGAACTCCCAAGCAGAAAGTGAAACTAAAAGTTACAGAGGAAAAACTATT 1377
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230 ACATGGCGATAGAACTCCCAAACAGAAAGTGAAACTAAAAGTTACAGAGGAAAAACTATT 1289
Query 1378 AAACCTAATGTTGAAGTACAATGGTGGAAAGCCAAGAGCTGAGACCAAACTTAAGAGTGC 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 AAACCTAATGTTGAAGTACAATGGTGGAAAGCCAAGAGCTGAGACCAAACTTAAGAGTGC 1349
Query 1438 CGTCCAGTTGCAAGATCTATTAGATGCCACAAGAATGTTAGTTCCCCGTACAAGACCAGG 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1350 CGTCCAGTTGCAAGATCTATTAGATGCCACAAGAATGCTAGTTCCCCGTTCAAGACCAGG 1409
Query 1498 TCGTGAAAGTGATAGTGATGCAGAAGACCTTGAACATGCTGAGAAGCTTCGGCAAGTTAA 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1410 TCGTGAAAGTGATAGTGATGCAGAAGACCTTGAACATGCTGAGAAGCTTCGCCAAGTGAA 1469
Query 1558 AGCAGTCCTTGAAGAGGGAGGACATTTCTCTGGTATATACAGGAAGGTTCAACTGAAGCC 1617
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 AGCAGTTCTTGAAGAGGGAGGACATTTCTCTGGTATATACAGGAAGGTTCAACTGAAGCC 1529
Query 1618 GCTGAAGTGGGTTAAAATACCAAAAAGCGATGGTGATGGCGAAGAAGAAAGACCAGTAGA 1677
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1530 GCTGAAGTGGGTTAAAATACCAAAAGGCGATGGTGAAGGCGAAGAAGAAAGACCAGTAGA 1589
Query 1678 GGCCCTTATGGTTCTGAAATATGGCGGTGTTTTAACACACGCTGGTAGAAAGCAGGCAGA 1737
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1590 AGCCCTTATGGTTTTGAAATATGGGGGTGTTTTAACACACGCTGGTAGAAAGCAGGCAGA 1649
Query 1738 AGAACTTGGTAGATACTTTCGAAACAATATGTATCCAGGTGAAGGGACTGGTTTGCTTCG 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 AGAACTTGGTAGATACTTTCGAAACAATATGTATCCAGGTGAAGGGACTGGTTTGCTTCG 1709
Query 1798 TCTCCATAGTACGTACCGTCATGACCTTAAAATTTACAGCTCTGACGAGGGACGTGTTCA 1857
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 TCTCCATAGTACATACCGTCATGACCTTAAAATTTACAGCTCTGACGAGGGACGTGTTCA 1769
Query 1858 GATGTCTGCAGCGGCTTTTGCTAAAGGCCTGCTTGACCTAGAAGGACAGCTGACGCCAAT 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1770 GATGTCTGCAGCGGCTTTTGCTAAAGGCCTGCTTGACCTAGAAGGACAGCTGACGCCAAT 1829
Query 1918 CCTGGTTTCTTTGGTTAGCAAGGACTCTTCCATGTTGGATGGTCTTGATAATGCCAGCAT 1977
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 CCTGGTTTCTTTGGTTAGCAAGGACTCTTCCATGCTGGATGGTCTTGATAATGCCAGCAT 1889
Query 1978 TGAAATGGAAGCGGCCAAGGCTAGATTGAATGAGATTGTAACGTCTGGCACAAAGATGAT 2037
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1890 TGAAATGGAAGCGGCCAAGGCTAGATTGAACGAGATTGTAACGTCTGGCACAAAGATGAT 1949
Query 2038 AGACGACGACCAAGTCTCCTCTGAAGATTTCCCTTGGATGACTGATGGAGCTGGACTTCC 2097
| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1950 --A-GACGACCATGACTCCTCTGAAGATTTCCCTTGGATGACTGACGGAGCTGGACTTCC 2006
Query 2098 TCCCAACGCTCATGAACTCCTACGTGAACTGGTGAAATTAACTAAGAATGTGACTGAACA 2157
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007 TCCCAACGCTCAAGAACTCCTACGTGAATTGGTGAAATTAACTAAGAATGTGACTGAACA 2066
Query 2158 AGTAAGACTACTTGCAATGGATGAAGACGAGAACCTCACTGAGCCATACGATATAATTCC 2217
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2067 AGTAAGACTACTTGCAATGGATGAAGACGAGAACCTCACTGAGCCATATGATATAATACC 2126
Query 2218 TCCATATGATCAAGCAAAAGCCCTTGGCAAGACAAACATTGACAGTGATCGGATTGCTTC 2277
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127 TCCATATGATCAAGCAAAGGCCCTTGGCAAGACAAACATTGACAGTGATCGGATTGCTTC 2186
Query 2278 TGGATTACCATGTGGTAGTGAAGGATTCCTTCTGATGTTTGCTCGGTGGATAAAACTTGC 2337
|||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2187 TGGATTACCATGTGGTAGCGAAGGGTTCCTTTTGATGTTTGCTCGGTGGATTAAACTCGC 2246
Query 2338 TAGGGATCTCTACAATGAAAGAAAAGACCGATTTGACATCACACAGATTCCGGATGTTTA 2397
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2247 AAGGGATCTCTACAATGAAAGAAAAGACCGGTTTGACATCACACAGATCCCGGATGTTTA 2306
Query 2398 CGATTCATGCAAGTACGACCTGTTACATAATTCCCATCTCGATCTAAAAGGATTAGATGA 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2307 CGATTCATGCAAGTACGACCTGTTACATAATTCCCATCTCGATCTAAAAGGATTAGATGA 2366
Query 2458 ACTCTTCAAAGTAGCACAGTTACTTGCAGATGGTGTAATCCCAAATGAGTATGGCATCAA 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2367 ACTCTTCAAAGTAGCACAGTTACTTGCAGATGGTGTAATCCCAAATGAGTATGGCATCAA 2426
Query 2518 TCCGCAACAAAAGCTTAAAATCGGTTCAAAGATTGCTCGGCGCTTAATGGGGAAAATCTT 2577
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2427 TCCGCAGCAAAAGCTTAATATCGGTTCAAAGATTGCTCGGCGCTTAATGGGGAAAATCTT 2486
Query 2578 GATAGACTTGAGGAATACTCGAGAAGAAGCACTGAGCGTTGCCGAGTTGAAAGAAAGCCA 2637
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2487 GATAGACTTGAGGAATACTCGAGAAGAAGCCCTGAGCGTTGCTGAGTTGAAAGAAAGCCA 2546
Query 2638 AGAACAAGTCTTGTCATTATCCGCCTCGCAAAGGGAAGATAGAAATAGTCAACCGAAGCT 2697
||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2547 AGAACAAGTCTTGTCGTTATCTGCCTCGCAAAAGGAAGATAGAAATAGTCAACCAAAGCT 2606
Query 2698 ATTTATCAATAGCGATGAATTGAGACGACCTGGCACAGGTGATAAAGATGAAGATGATGA 2757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2607 TTTTATCAATAGCGATGAATTGAGACGACCTGGCACAGGTGATAAAGATGAAGATGATGA 2666
Query 2758 TAAAGAAACCAAATACCGATTAGATCCAAAGTATGCAAATGTGAAGACACCTGAACGTCA 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2667 TAAAGAAACCAAATACCGATTAGATCCAAAGTATGCAAATGTGAAGACACCTGAACGTCA 2726
Query 2818 TGTGAGGACTCGACTTTACTTCACATCTGAATCGCATATTCATTCGCTCATGAACGTCCT 2877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2727 TGTGAGGACTCGACTTTACTTCACATCTGAATCGCATATTCATTCGCTCATGAACGTCCT 2786
Query 2878 TCGATACTGTAACCTTGATGAATCTCTCCTAGGAGAAGAAAGCCTCATTTGCCAAAACGC 2937
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2787 TCGGTACTGTAACCTTGATGAATCACTCCTAGGAGAAGAAAGCCTCATTTGCCAAAACGC 2846
Query 2938 CTTAGAACGTCTCTGTAAAACCAAGGAACTCGATTACATGAGTTACATTGTCCTAAGGCT 2997
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2847 CTTAGAACGTCTGTGTAAAACCAAGGAACTCGATTACATGAGTTACATTGTCCTAAGGCT 2906
Query 2998 CTTTGAGAACACCGAGGTATCACTTGAAGACCCGAAAAGATTCCGCATTGAACTTACATT 3057
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2907 CTTCGAGAACACCGAGGTATCACTTGAAGACCCGAAAAGATTCCGCATTGAACTTACATT 2966
Query 3058 TAGCCGTGGAGCTGATTTGTCTCCCTTAAGGAATAATGACGACGAGGCAGAGACATTGCT 3117
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2967 TAGCCGTGGAGCTGATTTGTCTCCCTTAGGGAATAATGACGACGAGGCAGAGACATTGCT 3026
Query 3118 AAGGGAACACACACTTCCGATAATGGGACCAGAGAGGCTTCAAGAAGTAGGTTCTTGTTT 3177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3027 AAGGGAACACACACTTCCGATAATGGGACCAGAGAGGCTTCAAGAAGTTGGTTCTTGTTT 3086
Query 3178 AAGCTTGGAGACAATGGAGAAAATGGTTCGTCCATTTGCTATGCCGGCGGAAGATTTCCC 3237
|| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 3087 AACCTTCGAGACTATGGAGAAAATGGTTCGTCCTTTTGCTATGCCGCCGGAAGACTTCCC 3146
Query 3238 TCCGGCGTCCACTCCGGTTGGTTTCTCGGGTTACTTCTCAAAAAGTGCTGCGGTGCTGGA 3297
|||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||
Sbjct 3147 TCCGGCCTCCACTCCGGTTGGCTTCTCCGGTTACTTCTCAAAAAGTGCCGCCGTGCTCGA 3206
Query 3298 GCGACTCGTAAACCTCTTCCACAACTATAAGAACTCTTCTTCTAATGGAAGGAGCTAA 3355
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3207 GCGACTCGTTAACCTCTTCCACAACTATAAAAACTCTTCTTCTAATGGAAGGGGCTAA 3264
> Ahg488348 jgi|Araly1|488348|fgenesh2_kg.6__1482__AT5G15070.1
Length=3444
Score = 3491 bits (1890), Expect = 0.0
Identities = 2752/3162 (87%), Gaps = 84/3162 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 181 GAGAATGGAGATGGAAGAAGGAGCAAGTGGTGTTGGTGAGAAGATAAAGATTGGAGTCTG 240
|||||||| | ||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 176 GAGAATGGGGTTGGAAGAAGGAGC-A--GGTGTTGATAAGAAGATAAAGATTGGAGTCTG 232
Query 241 CGTCATGGAAAAGAAGGTGAAATGCGGCTCCGAGGTTTTCTCAGCTCCCATGGGGGAAAT 300
|||||||| || || | | |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 233 CGTCATGG--AA-AA---G--A----------AGGTTTTCTCAGCTCCCATGGGACAAAT 274
Query 301 TCTCGACA-GACTCCA-GTCTTTTGGTGAATTTGAGATCT-TACATTTTGGGGATAAAGT 357
| | |||| || | || | | ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| ||
Sbjct 275 TATGGACAGGA-TACACG-CCTTTGGCGAATTTGAGAT-TATACATTTTGGGGATAAGGT 331
Query 358 TATACTTGAAGATCCAATAGAAAGTTGGCCCATTTGTGATTGCTTGATTGCTTTTC-ATT 416
||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||| |||
Sbjct 332 CATACTTGAAGACCCAGTAGAAAGTTGGCCGATCTGTGATTGTTTGATTGC-TTTCTATT 390
Query 417 CCTCTGGATATCCTCTTGAGAAGGCTCAGGCATATGCTGCTTTAAGAAAGCCATTTTTAG 476
|||||||||||||||||||||| | ||| |||||| || ||||||||||||| |||||||
Sbjct 391 CCTCTGGATATCCTCTTGAGAAAGTTCAAGCATATTCTTCTTTAAGAAAGCCCTTTTTAG 450
Query 477 TGAATGAACTTGATCCGCAATATCTTCTTCATGATCGCCGGAAGGTGTATGAGCATCTTG 536
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 451 TGAATGAACTGGATCCTCAATATCTTCTTCATGACCGCCGGAAAGTGTATGAGCATCTTG 510
Query 537 AGATGTATGGCATCCCAGTTCCTAGGTATGCTTGTGTCAATAGAAAGGTACCAAATC-AA 595
|||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | | ||
Sbjct 511 AGATGTATGGTATCCCAGTTCCTAGATATGCCTGTGTCAATAGAAAAGTACCAGA-CGAA 569
Query 596 GACCTTCATTATTTTGTCGAGGAAGAAGATTTTGTTGAGGTCCATGGTGAACGCTTCTGG 655
|| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||
Sbjct 570 GATCTTGATTATTTCGTCGAGGAAGAAGATTTTGTTGAGGTTAAAGGTGAACGATTCTGG 629
Query 656 AAGCCATTTGTGGAAAAGCCTGTCAATGGAGATGACCATAGTATAATGATATACTACCCT 715
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 630 AAGCCATTTGTGGAAAAGCCCGTCAATGGAGATGACCATAGTATCATGATATACTACCCT 689
Query 716 AGCTCGGCAGGTGGAGGCATGAAAGAATTGTTTCGCAAGATTGGGAACCGATCAAGTGAA 775
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 690 AGCTCAGCAGGTGGAGGCATGAAAGAATTGTTTCGTAAGGTTGGGAATCGATCAAGTGAG 749
Query 776 TTTCATCCTGACGTCAGAAGGGTAAGGAGAGAAGGCTCTTATATATACGAGGAGTTTATG 835
||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 TTTCATCCTGATGTCAGAAGAGTAAGGAGGGAAGGTTCTTATATATACGAGGAGTTTAT- 808
Query 836 GCC-ACCGGAGGAACTGATGTCAAGGTCTATACAGTGGGTCCTGAATACGCACATGCTGA 894
||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 809 GCCTACTGGAGGAACTGATGTCAAGGTCTACACTGTGGGTCCCGAATATGCACACGCTGA 868
Query 895 AGCAAGAAAGTCACCTGTTGTTGATGGTGTTGTTATGAGGAATACAGATGGGAAGGAAGT 954
||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 869 AGCAAGAAAATCACCGGTTGTTGATGGTGTAGTAATGAGGAATCCAGATGGGAAGGAAGT 928
Query 955 GAGATATCCAGTATTGCTTACACCTGCTGAAAAGCAAATGGCTAGAGAAGTTTGCATTGC 1014
|||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 929 GAGATATCCAGTTTTACTTACACCTGCTGAGAAGCAAATGGCGAGAGAAGTTTGCATTGC 988
Query 1015 ATTTAGGCAAGCGGTCTGTGGGTTTGATCTTCTACGATCTGAGGGCTGTTCATATGTTTG 1074
|||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 989 ATTTAGGCAAGCGGTCTGCGGTTTTGATCTCCTACGATCTGAGGGAAGTTCATATGTTTG 1048
Query 1075 TGATGTCAATGGATGGAGTTTTGTGAAGAACTCATACAAGTATTATGACGATGCTGCGTG 1134
||| || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||
Sbjct 1049 TGACGTAAATGGATGGAGCTTTGTGAAGAACTCCTATAAGTATTACGACGATGCAGCTTG 1108
Query 1135 TGTGCTAAGGAAAATGTGTTTGGATGCAAAAGCTCCTCATCTCTCATCCACTCTTCCTCC 1194
||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||
Sbjct 1109 TGTGCTACGGAAAATGTTTTTGGATGCAAAGGCTCCTCATCTGTCTTCAACAATTCCTCC 1168
Query 1195 CACCT-TGCCATGGAAGGTCAATGAACCTGTACAATCTAATGAAGGTCTAACTCGCCAGG 1253
|| | | |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1169 CA-TTCTCCCATGGAAAATCAACGAACCTGTCCAATCTAATGAAGGTCTTACTCGCCAAG 1227
Query 1254 GAAGTGGCATCATCGGCACTTTTGGGCAGTCAGAAGAGCTACGTTGTGTCATTGCTGTTG 1313
||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1228 GAAGTGGCATCATTGGAACTTTTGGGCAGTCAGAGGAGCTACGCTGTGTCATTGCTGTTG 1287
Query 1314 TTCGACATGGCGATAGAACTCCCAAGCAGAAAGTGAAACTAAAAGTTACAGAGGAAAAAC 1373
|||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1288 TTCGGCATGGTGATAGAACCCCCAAGCAGAAAGTGAAACTAAAAGTTACAGAGGAGAAAC 1347
Query 1374 TATTAAACCTAATGTTGAAGTACAATGGTGGAAAGCCAAGAGCTGAGACCAAACTTAAGA 1433
| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1348 TGTTAAACCTGATGTTGAAGTACAATGGAGGAAAACCAAGAGCTGAGACAAAACTTAAAA 1407
Query 1434 GTGCCGTCCAGTTGCAAGATCTATTAGATGCCACAAGAATGTTAGTTCCCCGTACAAGAC 1493
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1408 GTGCCGTCCAATTGCAAGATCTATTGGATGCCACAAGAATGTTAGTTCCTCGTACAAGAT 1467
Query 1494 CAGGTCGTGAAAGTGATAGTGATGCAGAAGACCTTGAACATGCTGAGAAGCTTCGGCAAG 1553
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1468 CA-G--GTGAAAGTGATAGTGATGCAGAAGACCTTGAACACGCTGACAAGCTTCGGCAAG 1524
Query 1554 TTAAAGCAGTCCTTGAAGAGGGAGGACATTTCTCTGGTATATACAGGAAGGTTCAACTGA 1613
||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 TTAAAGCCGTTCTTGAAGAGGGTGGACATTTCTCTGGCATATACAGGAAGGTTCAACTGA 1584
Query 1614 AGCCGCTGAAGTGGGTTAAAATACCAAAAAGCGATGGTGATGGCGAAGAAGAAAGACCAG 1673
||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||| || ||||| ||| | ||||
Sbjct 1585 AGCCGTTGAAATGGGTTAACGTACCAAAAAGTGATGGTGAAGGTGAAGAGGAACGCCCAG 1644
Query 1674 TAGAGGCCCTTATGGTTCTGAAATATGGCGGTGTTTTAACACACGCTGGTAGAAAGCAGG 1733
| || || ||||||||||||||||| || |||||| |||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 1645 TGGAAGCTCTTATGGTTCTGAAATACGGGGGTGTTCTAACTCATGCTGGTAGAAAACAGG 1704
Query 1734 CAGAAGAACTTGGTAGATACTTTCGAAACAATATGTATCCAGGTGAAGGGACTGGTTTGC 1793
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 1705 CCGAAGAACTTGGTAGATACTTTCGAAACAATATGTATCCAGGGGAAGGTACCGGTTTGC 1764
Query 1794 TTCGTCTCCATAGTACGTACCGTCATGACCTTAAAATTTACAGCTCTGACGAGGGACGTG 1853
| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1765 TCCGTCTCCATAGCACATACCGTCACGACCTTAAAATTTACAGCTCTGACGAGGGGCGTG 1824
Query 1854 TTCAGATGTCTGCAGCGGCTTTTGCTAAAGGCCTGCTTGACCTAGAAGGACAGCTGACGC 1913
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1825 TTCAGATGTCTGCAGCTGCTTTTGCCAAAGGCCTGCTTGACCTAGAAGGACAGCTGACCC 1884
Query 1914 CAATCCTGGTTTCTTTGGTTAGCAAGGACTCTTCCATGTTGGATGGTCTTGATAATGCCA 1973
|||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1885 CAATCCTGGTTTCTCTGGTCAGTAAGGACTCTTCCATGTTGGATGGCCTTGATAATGCTA 1944
Query 1974 GCATTGAAATGGAAGCGGCCAAGGCT-AGATTGAATGAGATTGTAA-CGTCTGGCACAAA 2031
||| |||||||||||| || |||||| | | |||||||||| ||| || | ||| ||||
Sbjct 1945 GCAGTGAAATGGAAGCAGCTAAGGCTCA-ACTGAATGAGATCATAACCG-CCGGCTCAAA 2002
Query 2032 GATGATAGACGACGACCAAGTCTCCTCTGAAGATTTCCCTTGGATGACTGATGGAGCTGG 2091
|||| |||| || | | ||||| |||| | | || ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2003 GATGGTAGATGATTA-C--GTCTCTTCTG-A-A-TTACCTTGGATGACTGATGGGGCTGG 2056
Query 2092 ACTTCCTCC-CAACGCTCATGAACTCCTACGTGAACTGGTGAAATTAACTAAGAATGTGA 2150
||||||||| | ||||| |||| | ||||| |||| |||| |||||| |||| || ||||
Sbjct 2057 ACTTCCTCCTC-ACGCTGATGAGCACCTACCTGAATTGGTAAAATTAGCTAAAAAGGTGA 2115
Query 2151 CTGAACAAGTAAGACTACTTGCA-ATGGATGAAGACGAGAACCTCACTGAGCCATA-CG- 2207
|||||||||| || ||||||||| | |||||| ||||||| ||| ||||||| || ||
Sbjct 2116 CTGAACAAGTGAGGCTACTTGCACA-AGATGAACACGAGAATCTCGCTGAGCC-TAGCGC 2173
Query 2208 --AT-A--TAATTCCTCCATATGATCAAGCAAAAGCCCTTGGCAAGACAAACATTGACAG 2262
|| | || | ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2174 TTATGATGTAGTCCCTCCATATGATCAAGCTAAGGCCCTTGGCAAGTCAAACATTGAC-G 2232
Query 2263 -TGATCGGATTGCTTCTGGATTACCATGTGGTAGTGAAGGATTCCTTCTGATGTTTGCTC 2321
|| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 2233 TTGGTCGGATTGCTGCTGGATTACCTTGTGGTAGTGAAGGGTTCCTTTTGATGTTTGCTC 2292
Query 2322 GGTGGATAAAACTTGCTAGGGATCTCTACAATGAAAGAAAAGACCGATTTGACATCACAC 2381
| |||| |||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| || |
Sbjct 2293 GATGGAGAAAACTCGAAAGGGATCTCTACAACGAAAGAAGAGACCGGTTTGACATAACGC 2352
Query 2382 AGATTCCGGATGTTTACGATTCATGCAAGTACGACCTGTTACATAATTCCCATCTCGATC 2441
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2353 AGATTCCTGATGTTTACGATTCATGCAAGTATGACCTGTTACATAATTCTCATCTCGATC 2412
Query 2442 TAAAAGGATTAGATGAACTCTTCAAAGTAGCACAGTTACTTGCAGATGGTGTAATCCCAA 2501
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2413 TAAAAGGATTAGACGAACTCTTCAAAGTAGCGCAGTTGCTTGCAGATGGTGTAATCCCAA 2472
Query 2502 ATGAGTATGGCATCAATCCGCAACAAAAGCTTAAAATCGGTTCAAAGATTGCTCGGCGCT 2561
|||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2473 ATGAGTATGGGATCAATCCACAGCAAAAGCTCAAAATCGGTTCAAAGATTGCACGGCGCC 2532
Query 2562 TAATGGGGAAAATCTTGATAGACTTGAGGAATACTCGAGAAGAAG-CACTGAGCGTTGCC 2620
| |||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| | || |||| |||||
Sbjct 2533 TGCTGGGTAAGATCCTGATTGACTTGAGGAACACTCGAGAAGAGGCCA-TGAGTGTTGCT 2591
Query 2621 GAGTTGAAAGAA-AGCCAAGAACAAG--TC-TTGTCA-T-TATCCGCCTCGCAAAGGGAA 2674
|| ||| ||||| || ||||| |||| || ||||| | ||| || | | ||| |||
Sbjct 2592 GAATTG-AAGAACAGTCAAGATCAAGTTTCAGTGTCATTGTATTCGTCAAG-AAA-GGAG 2648
Query 2675 GATAGAAATAGTCAACCGAAGCTATTT-ATCAATAGCGATGAATTGAGACGACCTGGCAC 2733
|||||| | |||||||| || || ||| | || |||||||| |||||||| ||| ||||
Sbjct 2649 GATAGATACAGTCAACCAAAACT-TTTCGTTAAAAGCGATGAGTTGAGACGGCCTAGCAC 2707
Query 2734 -AG-GTG-ATAAAGATGAAGATGATGATAAAGAAACCAAATACCGATTAGATCCAAAGTA 2790
| | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 2708 TGGAGAGAATAAAGAAGAAGATGATGATAAAGAAACCAAATACCGACTCGATCCAAAGTA 2767
Query 2791 TGCAAATGTGAAGACACCTGAACGTCATGTGAGGACTCGACTTTACTTCACATCTGAATC 2850
||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||
Sbjct 2768 TGCAAATGTCATGACGCCTGAACGTCATGTGAGGACACGTCTTTACTTTACATCTGAATC 2827
Query 2851 GCATATTCATTCGCTCATGAACGTCCTTCGATACTGTAACCTTGATGAATCTCTCCTAGG 2910
||||||||||| || |||||||| || || || ||||||||||| |||||||| | |||
Sbjct 2828 ACATATTCATTCTCTGATGAACGTTCTACGGTATTGTAACCTTGACGAATCTCTTCAAGG 2887
Query 2911 AGAAGAAAGCCTCATTTGCCAAAACGCCTTAGAACGTCTCTGTAAAACCAAGGAACTCGA 2970
||||||||| || | ||||||| ||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2888 AGAAGAAAGTCTGGTCTGCCAAAGCGCATTGGATCGTCTATGTAAAACCAAAGAACTCGA 2947
Query 2971 TTACATGAGTTACATTGTCCTAAGGCTCTTTGAGAACACCGAGGTATCACTTGAAGACCC 3030
||||||||| || |||||||||| || ||||||||||| ||| |||| || || |||||
Sbjct 2948 TTACATGAGCTATGTTGTCCTAAGACTGTTTGAGAACACTGAGATATCTCTGGACGACCC 3007
Query 3031 GAAAAGATTCCGCATTGAACTTACATTTAGCCGTGGAGCTGATTTGTCTCCCTTAAG-GA 3089
|||| ||||| | || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||
Sbjct 3008 GAAACGATTCAGAATCGAACTTACATTTAGCCGTGGCGCAGATTTATCTCCCTT-AGAGA 3066
Query 3090 ATAATGACGACGAGGCAGAGA-CATTGCTAAGGGAACACACACTTCCGATAATGGGACCA 3148
| || ||||| || ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3067 AGAAGGACGAGGAAGCAGA-ATCATTGCTTCGGGAACACACACTTCCGATAATGGGACCA 3125
Query 3149 GAGAGGCTTCAAGAAGTAGGTTCTTGTTTAAGCT-TGGAGACAATGGAGAAAATGGTTCG 3207
|||||||||||||| || ||||| ||||| | || | |||||||||||||| ||| | ||
Sbjct 3126 GAGAGGCTTCAAGAGGTTGGTTCATGTTTGA-CTCTCGAGACAATGGAGAAGATGATACG 3184
Query 3208 TCCATTTGCTATGCCGGCGGAAGATTTCCCTCCGGCGTCCACTCCGGTTGGTTTCTCGGG 3267
|||||||| |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||| || ||||| ||
Sbjct 3185 GCCATTTGCAATGCCGGCAGAGGATTTCCCTCCGCCGTCAACTCCGGCAGGCTTCTCCGG 3244
Query 3268 TTACTTCTCAAAAAGTGCTGCGGTGCTGGAGCGACTCGTAAA 3309
|||||||| ||||| || || || |||||||| || |||||
Sbjct 3245 ATACTTCTCCAAAAGCGCCGCCGTTCTGGAGCGTCTTGTAAA 3286
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132973160062
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5