BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G01580.1
Length=1983
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg902925 jgi|Araly1|902925|Al_scaffold_0003_53 2987 0.0
> Ahg902925 jgi|Araly1|902925|Al_scaffold_0003_53
Length=1917
Score = 2987 bits (1617), Expect = 0.0
Identities = 1798/1888 (95%), Gaps = 2/1888 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 58 ATGACGAAGAGAAGCTTGTACCAGTGGAATACTCTTCTTAAGAGTTTATCCAGAGAGAAA 117
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGACGAAGAGAACCTTGTACCAGTGGAATACTCTTCTTAAGAGTTTATCCAGAGATAAA 60
Query 118 CAATGGGAAGAAGTCTTGTATCACTTTAGTCATATGTTTCGCGATGAAGAAAAGCCTGAT 177
|| |||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 CATTGGGAACAAGTCATGTGTCACTTTAGTCAGATGTTTCGTGATGAAGAAAAGCCTGAT 120
Query 178 AATTTCACGCTTCCAGTTGCTCTCAAGGCCTGCGGGGAGCTGCGGGAAGTTAATTATGGT 237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||
Sbjct 121 AATTTCACGCTTCCAGTTGCTCTCAAGGCCTGCGGGGAGTTGCGAGAAGTTAAGTACGGG 180
Query 238 GAAATGATTCATGGGTTCGTGAAGAAGGATGTCACTCTTGGGTCTGACCTTTATGTTGGA 297
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 181 GAAATGATTCATGGGTCCGTGAAGAAGAATGTCACTCTTGGGTCGGACCTATATGTTGGA 240
Query 298 TCTTCTCTGATATATATGTATATCAAATGTGGAAGAATGATC-GAAGCTTTGAGGATGTT 356
||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||| | |||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTTCTCTGATATATATGTATGTGAAATGTGGGAGGATGA-CTGAAGCTTTGAGGATGTT 299
Query 357 CGATGAATTGGAGAAGCCTGATATAGTGACATGGTCTTCTATGGTTTCTGGGTTTGAGAA 416
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CAATGAGTTGGAGAAGCCTGATATAGTGACATGGTCTTCTATGGTTTCTGGGTTTGAGAA 359
Query 417 AAACGGGTCTCCCTATCAGGCCGTAGAGTTTTTCAGGAGAATGGTGATGGCTTCCGATGT 476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||
Sbjct 360 AAACGGGTCTCCCTATCAGGCCGTAGAGTTTTTCAGGAGAATGGCGACGGCTTCGGATGT 419
Query 477 TACTCCTGATCGGGTAACTTTAATCACACTAGTTTCTGCTTGTACAAAGCTTTCGAATTC 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 420 TACTCCTGATCGGGTAACTTTAATCACACTAGTTTCTGCTTGTACAAAGCTATCGAATTC 479
Query 537 AAGGCTTGGAAGATGTGTGCATGGTTTTGTGATTAGGAGAGGATTTTCAAATGACTTGTC 596
||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 480 AAGGCTTGGGAGATGTGTTCATGGTTTTGTGATGAGGAGAGGATTTTCAAATGATTTGTC 539
Query 597 TTTGGTAAATTCGCTATTGAATTGTTATGCAAAGTCAAGAGCTTTCAAGGAAGCGGTTAA 656
||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTTAGTAAATTCTCTATTGAATTGTTACGCGAAGTCGAGAGCTTTCAAGGAAGCGGTTAA 599
Query 657 TTTGTTCAAGATGATAGCAGAGAAAGATGTTATATCTTGGAGCACAGTGATTGCTTGCTA 716
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTTGTTCAAGATGATGGCAGAGAAAGATGTTATATCTTGGAGCACAGTGATTGCTTGCTA 659
Query 717 CGTTCAAAATGGAGCTGCCGCTGAAGCGTTGCTTGTCTTCAATGATATGATGGATGATGG 776
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 660 CGTTCAAAATGGAGCTGCCGCTGAAGCATTGCGTGTCTTCAATGAAATGATCGATGATGG 719
Query 777 AACAGAACCTAATGTAGCTACCGTGCTCTGTGTTTTACAAGCTTGTGCAGCTGCTCATGA 836
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 720 AACAGAACCTAATGTAGCTACTGTGCTCTGTGTTTTACAAGCTTGTGCGGCTGCTAATGA 779
Query 837 TTTAGAGCAAGGTAGGAAGACTCATGAATTGGCCATTAGGAAAGGTTTAGAGACAGAAGT 896
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTTAGAGCAAGGTAGGAAGACTCATGAATTAGCCATTAGGAAAGGTTTAGAGACAGAAGT 839
Query 897 GAAAGTCTCTACTGCTCTAGTTGATATGTATATGAAGTGTTTCTCCCCTGAAGAAGCTTA 956
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 GAAAGTCTCTACAGCTCTAGTTGATATGTATATGAAGTGTTTCTCCCCCGAAGAAGCTTA 899
Query 957 TGCTGTATTCTCCAGGATACCAAGAAAAGATGTAGTCTCTTGGGTTGCGCTGATAAGTGG 1016
||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 900 TGCTGTATTCTCCAGGATACCAAAAAAAGATGTGGTCTCTTGGGTTGCGTTGATAAGTGG 959
Query 1017 CTTTACATTAAATGGAATGGCTCACAGATCAATTGAGGAATTTTCCATCATGTTGCTGGA 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 960 CTTTACATTAAATGGAATGGCTCACAGATCAATTGAGGAGTTTTCTATCATGTTGCTGGA 1019
Query 1077 AAATAATACCAGGCCTGATGCTATTCTTATGGTGAAGGTTCTTGGGTCATGTTCGGAGTT 1136
||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1020 AAATAATACTAGGCCTGATGCTATTCTTATGTTGAAGGTTCTTGGGTCCTGTTCGGAGTT 1079
Query 1137 AGGCTTTCTCGAACAAGCTAAATGCTTTCATAGTTATGTTATCAAATATGGATTTGACAG 1196
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGGCTTTCTCAAACAAGCTGAATGCTTTCATAGTTATGTAATCAAATATGGATTTGACAG 1139
Query 1197 TAACCCATTCATCGGAGCTTCTCTTGTAGAGCTTTACTCGAGGTGTGGGAGTCTAGGCAA 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TAACCCATTCATCGGAGCTTCTCTTGTAGAGCTTTACTCGAGGTGTGGGAGTCTAGGCAA 1199
Query 1257 TGCTTCTAAAGTATTCAATGGGATTGCTTTAAAGGACACTGTGGTTTGGACATCTTTGAT 1316
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGCTTCTAAAGTATTCAATGAGATTGCTTTAAAAGACACTGTGGTTTGGACATCTTTGAT 1259
Query 1317 CACTGGTTATGGCATCCATGGAAAGGGCACTAAAGCACTGGAAACATTTAATCACATGGT 1376
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CACTGGTTATGGAATCCATGGGAAGGGCACTAAAGCACTCGAAACATTTAATCACATGGT 1319
Query 1377 CAAGAGCTCAGAAGTTAAGCCTAATGAAGTGACATTTCTCTCAATATTATCTGCTTGTAG 1436
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1320 CAGGAGCTCAGAAGTTAAGCCTAACGAAGTGACATTTCTCTCAATCTTATCTGCTTGTAG 1379
Query 1437 TCACGCAGGTTTGATACATGAGGGGTTGAGAATATTTAAATTGATGGTGAATGACTATAG 1496
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TCACGCAGGTTTGATACACGAGGGGTTGAGAATATTTGAATTGATGGTGAATGACTATAG 1439
Query 1497 ACTTGCTCCCAACTTAGAACACTATGCTGTATTAGTTGATCTTCTTGGTCGTGTAGGAGA 1556
||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ACTTGCTCCTAACTTAGAACACTACGCTGTATTGGTTGATCTTCTTGGTCGTGTAGGAGA 1499
Query 1557 TCTAGATACTGCCATTGAAATCACAAAGCGGATGCCTTTTTCACCGACACCTCAAATCTT 1616
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1500 ACTAGATACTGCAATTGAAATCACAAAGCGGATGCCTTTTTCACCAACACCTCAAATCTT 1559
Query 1617 GGGTACTCTTTTAGGCGCGTGTAGGATTCATCAGAATGGTGAGATGGCAGAAACTGTTGC 1676
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GGGTACTCTTTTAGGCGCCTGTAGGATTCATCAGAATGGTGAGATGGCAGAAACTGTTGC 1619
Query 1677 AAAGAAGCTTTTCGAATTGGAATCTAATCATGCTGGCTATTACATGTTAATGTCGAATGT 1736
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1620 AAAGAAGCTTTTTGAATTGGAATCTAATCATGCTGGTTATTACATGTTAATGTCGAATAT 1679
Query 1737 GTATGGGGTTAAGGGAGAATGGGAGAATGTGGAGAAGTTGAGAAATTCGGTGAAGCAGAG 1796
|||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1680 GTATGGAGTTAAGGGAGAATGGGAGAATGTGGAAAAGTTGAGAAATTCAGTGAAGCAGAG 1739
Query 1797 AGGAATTAAGAAAGGACTGGCAGAGAGTTTGATTGAGATTAGAAGAAAAGTACATAGATT 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||
Sbjct 1740 AGGAATTAAGAAAGGACTGGCAGAGAGTTTGATTGAGATTAGAAGAAAGGTACACAAATT 1799
Query 1857 TGTGGCGGATGATGAATTGCATCCTGAGAAAGAGCCGGTTTATGGATTGCTGAAAGAGCT 1916
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TGTGGCGGATGATGATTTGCATCCTGAGAAAGAGCCGGTTTATGGATTGCTGAAAGAGCT 1859
Query 1917 GGACTTGCATATGAAAGAAGATTTGGAA 1944
||| || |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1860 GGATTTACATATGAAAGAAAATTTGGAA 1887
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74542609465
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5