BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G01680.1
Length=2542
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477347 jgi|Araly1|477347|fgenesh2_kg.3__48__AT3G01680.1 3757 0.0
> Ahg477347 jgi|Araly1|477347|fgenesh2_kg.3__48__AT3G01680.1
Length=2398
Score = 3757 bits (2034), Expect = 0.0
Identities = 2197/2277 (96%), Gaps = 6/2277 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 TCTAACAAAAGCAAACTGAACCAAGAATGGAGTCGCTGATCAAGTCCCAGCACGCTCAGC 86
||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4 TCTCAC-AAAGC-AACCCAACCAAGAATGGAGTCGCTGATCAAGTCCCAGCACGCTCAGC 61
Query 87 AACTGGCGGGTCACAAGAATACGACCGGTAAAACTCCGTCCATGGAGATGATACCGGCGA 146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||
Sbjct 62 AACTGGCGGGTCACAAGAATACGACCGGTAAAACTCCGGCTATGGAGATGCTACCGGCGA 121
Query 147 CGGGACTTGCGATGTCATCGGACGAAAGCATGATGCTGAAGCTGATTCAACAAACTCACT 206
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 122 CGGGACTGGCCATGTCATCGGACGAAAGCATGATGCTGAAACTGATCCAACAGACTCACT 181
Query 207 CCCCAGATGCTCGCGAAGTCCAAGTGCGTGGCCTTCTCTCTCTCGTTGAAGATATTCTCG 266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 182 CCCCAGATGCTCGCGAAGTCCAAGTGCGTGGCCTTCTCTCTCTCGTTGAAGATATCCTCG 241
Query 267 ATCGTGCCACTCTTGACTCTGAAGACACCAACGCCTCCATGCTTCCGTTGCCCACTGAGG 326
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 242 ATCGTGCCACTCTTGACTCTGAAGACACCAACGCCTCCATGCTTCCATTGCCCACCGAGG 301
Query 327 ATAAACTGATGCAGTCAAGCATGATGAGCGTTCTTGATAGTGTCTCCTATGCTATCGATC 386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 ATAAACTGATGCAGTCAAGCATGATGAGCGTTCTTGATAGTGTCTCCTATGCTATCGATC 361
Query 387 GTGTTGCCTGCGAGATAGCCTATAAGTCTCTGACGGGATCTGATTCACACGAAATCACAA 446
| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 362 GCGTCGCCTGTGAGATAGCCTACAAGTCTCTGACGGGATCCGACGCACACGAAATCACAA 421
Query 447 TGTCCGTGTTCGAACACCTCTCGAGCTTCCAGTGGGACGGCAAGCTCGTGCTGACTCTAG 506
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 422 TGTCCGTGTTCGAACACCTCTCCAGCTTCCACTGGGACGGCAAGCTCGTTCTGACTCTAG 481
Query 507 CAGCGTTCGCGTTGAACTATGGAGAGTTTTGGCTTCTGGTCCAATTCTACTCAAAGAACC 566
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 CAGCGTTCGCGTTGAATTATGGAGAGTTTTGGCTTCTGGTCCAATTCTACTCAAAGAACC 541
Query 567 AGCTTGCTAAGTCCCTAGCTATGCTCAAGCTCGTCCCTGTGCAGAACAGAGTGACCCTAG 626
| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 AACTAGCTAAGTCCCTAGCTCTGCTCAAGCTCGTCCCTGTGCAGAACAGAGTGACCCTAG 601
Query 627 AGTCTGTGTCCCAAGGGCTCAACGATCTCATCCGAGAGATGAAGAGCGTCACGGCATGTG 686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 602 AGTCTGTGTCCCAAGGGCTCAACGATCTCATCCGAGAGATGAAGAACGTCACGGCATGTG 661
Query 687 TAGTGGAACTCAGCGAGTTACCTGATCGGTACATTACACCAGACGTTCCTCAGCTGTCGA 746
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 TAGTGGAACTCAGCGAGTTACCTGATCGATACATCACACCAGACGTTCCTCAGCTGTCGA 721
Query 747 GAATCCTCTCTACAATCCCAATTGCTGTCTATTGGACCATAAGAAGCGTCATCGCTTGCA 806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||
Sbjct 722 GAATCCTCTCTACAATCCCAATTGCTGTCTATTGGACAATAAGAAGCGTGGTGGCTTGCA 781
Query 807 TTTCTCAGATCAACATGATCACTGCTATGGGACATGAGATGATGAACACGCAAATGGATT 866
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 782 TTTCTCAGATCAACATGATCACTGCCATGGGACACGAGATGATGAACACTCAAATGGATT 841
Query 867 TATGGGAAACATCGATGTTAGCTAACAAGCTTAAGAACATACATGACCATCTCGCTGAGA 926
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 842 CATGGGAAACGTCGATGTTAGCTAACAAGCTGAAGAACATTCATGACCATCTCTCTGAGA 901
Query 927 CCTTGAGGCTTTGTTACCGGCATATAGAGAAGCAGAGGAGCTCAGAGTCCTTAAAGGTGT 986
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 CCTTGAGGCTTTGTTACCGTCACATAGAGAAGCAGAGGAGCTCAGAGTCCTTAAAGGTGT 961
Query 987 TGCATTCTCTATTCGACACCACTCACATTGATAACATGAAGATTCTCACGGCCTTGGTTC 1046
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 962 TGCATTCTCTATTCGACACCACTCACATTGATAACATGAAGATTCTCACGGCCTTGATAC 1021
Query 1047 ATCCCAAACCCCACATCACTCCATTGCAAGATGGTTTGACCAAGAGAAAGGTTCACTTGG 1106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 ATCCCAAACCCCACATCACTCCATTGCAAGATGGTTTGACCAAGAGAAAGGTTCACTTGG 1081
Query 1107 ATGTGTTGAGGAGGAAGACAGTGTTGCTGCTCATCTCTGATCTCAACATACTACAAGATG 1166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 ATGTGTTGAGGAGGAAGACAGTGTTGCTGCTCATCTCTGATCTCAACATACTACAAGATG 1141
Query 1167 AGCTATCGATTTTCGAGCAAATCTACACAGAGTCAAGGAGGAACTTGGTTGGGGTCGATG 1226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 AGCTATCGATTTTCGAGCAAATCTACACAGAGTCAAGGAGGAACTTGGTTGGGGTCGATG 1201
Query 1227 GTAAGAGTCATATGCCTTACGAGGTTGTGTGGGTTCCAGTAGTGGATCCTATTGAAGATT 1286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1202 GTAAGAGTCATATGCCTTACGAGGTTGTGTGGGTTCCAGTCGTGGATCCTATTGAAGATT 1261
Query 1287 TTGAAAGATCTCCGATTTTACAGAAGAAATTTGAGGATCTCCGTGACCCTATGCCATGGT 1346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 TTGAAAGATCTCCGATTTTACAGAAGAAATTTGAGGATCTCCGTGACCCTATGCCATGGT 1321
Query 1347 ATTCAGTGGATAGCCCGAAGCTGATAGAGAGACATGTGGTGGAGTTTATGAGAGGGAGAT 1406
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1322 ACTCAGTGGATAGCCCGAAGCTGATAGAGAGACATGTGGTGGAGTTCATGAGAGGGAGAT 1381
Query 1407 GGCATTTTATGAACAAGCCGATACTTGTGGTGATTGATCCACAAGGCAACGAGGCTAGCC 1466
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 GGCATTTCATGAACAAGCCGATACTTGTGGTGATTGATCCACAAGGCAACGAGGCTAGCC 1441
Query 1467 TCAATGCGCTTCATATGATCTGGATTTGGGGCACTGAAGCTTTCCCTTTCACTAGATCTC 1526
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 TCAATGCGCTTCACATGATCTGGATTTGGGGCACTGAAGCTTTCCCTTTCACTAGATCTC 1501
Query 1527 GTGAGGAAGAGCTCTGGAGGAGAGAGACCTTTTCCCTTAACCTCATCGTCGACGGCATCG 1586
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 GTGAGGAAGAGCTCTGGAGGAGAGAGACCTTTTCGCTTAACCTCATCGTCGACGGCATCG 1561
Query 1587 ACTCTGTCATTTTCAACTGGATAAAACCGGATAATTACATTTTCCTGTACGGAGGAGATG 1646
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 ACTCTGTCATTTTCAACTGGATAATCCCGGATAATTACATTTTCCTGTACGGAGGAGATG 1621
Query 1647 ACTTGGACTGGATAAGGAGATTCACAATGGCGGCCAAAGCAACGGCCAAAGATTCCAACG 1706
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 ACTTGGACTGGATAAGGAGATTTACAATGGCGGCCAAAGCAACGGCCAAAGATTCCAACG 1681
Query 1707 TGAACCTTGAGATGGCTTACGTCGGAAAACGAAACCATAGCCACAGGGAACAGATCAGGC 1766
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 TGAACCTGGAGATGGCTTACGTCGGAAAACGAAACCATAGCCACAGGGAACAGATCAGGC 1741
Query 1767 GTATCAGTGAAGTAATCAGGTCTGAAAACCTGAGCCATAGCTGGGCCGAACCTGCCTTGA 1826
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1742 GTATCAGTGAAGCAGTCAGGTCTGAAAACCTGAGCCATAGCTGGGCCGAGCCTGCCTTGA 1801
Query 1827 TGTGGTTCTTCTGGACTAGGCTCGAGAGCATGTTGTACTCCAAGATTCAACTCGGTAAAG 1886
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1802 TGTGGTTCTTCTGGACTAGGCTCGAGAGCATGTTGTACTCTAAGATTCAACTCGGTAAAG 1861
Query 1887 CCGATGATCACGACGATGTGATGCAAGGAATCAAAAAGATACTAAGCTACGACAAGCTTG 1946
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 CCGATGATCAGGACGATGTGATGCAAGGAATCAAGAAGATACTAAGCTACGACAAGCTTG 1921
Query 1947 GAGGATGGGCACTACTGAGCAAAGGACCTGAGATAGTGATGATCGCTCACGGTGCCATAG 2006
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1922 GAGGATGGGCACTATTGAGCAAAGGACCAGAGATAGTGATGATCGCTCACGGTGCGGTAG 1981
Query 2007 AGAGGACTATGAGTGTTTACGACCGGACCTGGAAAACCCACGTCCCGACCAAAGGCTACA 2066
||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1982 AGAGGACTATGAGTGCTTACGATCGGACCTGGAAAGCCCACGTCCCGACCAAAGGCTATA 2041
Query 2067 CCAAAGCAATGTCCGACCACCACCACGATGAGGTCCTCCGTGAAACCGGAAAACCTTGCG 2126
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 CCAAAGCAATGTACGACCACCACCACGATGAGGTCCTCCGTGAAACCGGAAAACCTTGCG 2101
Query 2127 GCCACTTTGATTTCCACATCACTGCTCGGAGCGGTCGGATTCCGGAGAAGATGAAT-TGC 2185
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 2102 GCCACTTTGATTTCCACATCACTGCTCGGAGCGGTCGGATTCCGGAGAAGATGA-TGTGC 2160
Query 2186 TTCGAGTGTCAGCGTCCGATGGAGAAGTACATGAGCTTCT-CTTGTTGTCACGATGAAAA 2244
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2161 TTCGAGTGTCAGCGTCCCATGGAGAAGTACATGAGCTT-TACTTGTTGTCACGATGAAAA 2219
Query 2245 GCTCCACGAAGACGAGAACTACAACTTCTAAATGATGCAATAAGCTCACGTCTCTTC 2301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2220 GCTCCACGAAGACGAGAACTACAACTTCTAAATGATGCAATAAGCACACGTCTCTTC 2276
Score = 169 bits (91), Expect = 1e-40
Identities = 115/126 (91%), Gaps = 4/126 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2358 AATAATTTCTGAATTTCAATATCTTTGTATGAGAGAGAATTGGTCATTCCATGTGTGTGG 2417
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2277 AATAATTTCTGAATTTCAATGCCTTTGTAT----GAGAATCGGTCAGTCCATGTGTGTGG 2332
Query 2418 TTTGGCCTTTGTGGGACATGTTCGATTGAAGTATTCCTAATAATTTTCAATAATTAACAA 2477
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2333 TTTGGCCGTTGTGGGACATGTTCGATTGAAGTATTCCTAATAATTTTCAATAATAAACAA 2392
Query 2478 TTTCTT 2483
| ||||
Sbjct 2393 TATCTT 2398
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95835056420
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5