BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G01810.1
Length=3182
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg317012 jgi|Araly1|317012|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000028 4333 0.0
> Ahg317012 jgi|Araly1|317012|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000028
Length=2772
Score = 4333 bits (2346), Expect = 0.0
Identities = 2636/2777 (95%), Gaps = 16/2777 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 219 ATGGTTTTGGGTTTAAGCTCAAAG---AACAGAAGATGCTCATCGGTACAAGTTGATTAC 275
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTTTTGGGTTTAAGCTCAAAGAACAACAGAAGATGCTCATCGGTACAAGTTGATTAC 60
Query 276 CTGATCCACATTCATGACATCAAGCCTTGGCCTCCTTCTCAGTCCCTTCGATCTCTTCGC 335
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 TTTATCCACATTCATGACATCAAGCCTTGGCCTCCTTCTCAGTCCCTTCGATCCCTTCGC 120
Query 336 TCTGTTGTTATCCAATGGGAGAATGGTGACCGCAATTCTGGTACCACTTCTGTTGTTGCT 395
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 121 TCTGTTCTTATCCAATGGGAGAATGGTGACCGCAATTCCGGTACCACTACTGTTGTTGCT 180
Query 396 CCTTCTCTTGGTTCTGTCATTGGCGAAGGCAAAATCGAGTTCAACGAATCATTTAAGCTT 455
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 181 CCTTCTCTTGGTTCCGTCATTGGCGAAGGCAAAATCGAGTTCAACGAATCTTTTAAGCTT 240
Query 456 CCCCTCACCTTGTTGAAAGATGTCTCTGCTCGGGGCAAA---GGTGGTGATGTCTTCTTC 512
|||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 241 CCCCTCACCTTGCTGAAAGATGCCTCTGCTCGGAACAAAGGTGGTGGTGATCTCTTCTTC 300
Query 513 AAGAACGTCTTAGAGCTCAACTTATACGAGCCTCGCAGAGAGAAAACACATCAGCTTTTG 572
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 AAGAACGTCTTAGAGCTCAACTTATACGAGCCTCGCAGAGAGAAAACACACCAGCTTTTG 360
Query 573 GCTACTGCCACCATTGATTTGGCTGTGTACGGTGTTGTCAAAGAAAGTTTCAGCTTGACT 632
|||||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 GCTACTGCCACCATAGATTTGGCCGTCTATGGTATTGTCAAAGAAAGTTTCAGCTTAACT 420
Query 633 GCTCAAATGAACAGTAAACGAAGCTACCGGAATGCCACTCAGCCTGTTCTGTACCTCACT 692
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCTCAAATGAACAGTAAAAGAAGCTACCGCAATGCCACTCAGCCTGTTCTGTACCTCACT 480
Query 693 ATTCAACCCGTTAGTAGACGCCGGGCCAG---TTCTTCATCTATGAACAGCTTGAAGGAT 749
|||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 481 ATTCAACCCGTTGGTAGACGCAGGGCCAGTTCTTCTTCATCTATCAACAGCTTCAAGGAT 540
Query 750 GAAGCCAAGAATGGGGGTGAATCTGTTTCTGCCTTGATGAATGAGGAATACTATAAGGAA 809
||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GAAACCAAGAATGGCGGTGAGTCTGTTTCTGCCTTGATGAATGAGGAATACTATAAGGAA 600
Query 810 GCTGAGATTGCTTCCATCACAGACGACGACATTTCCTCCCACTCCTCCTTGACAGTCTCA 869
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCTGAGATTGCTTCCATCACTGACGACGACATTTCCTCCCACTCCTCCTTGACAGTCTCT 660
Query 870 TCTTCAACTTTAGAGTCTAATGGTGGTTTTTCTGTGCGAACCGAAGAGGAAGAACATGAG 929
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TCTTCTACTTTAGAGTCTAATGGTGGTTTTTCTGTGCGAACCGAAGAGGAAGAACATGAG 720
Query 930 CGAATAAACAAGAATCCCAGAGGGAATGGCCACGAGAGATCAAAATCAGTGTCAGAGAGC 989
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 721 AGAATAAACAAGGATCCCAGAGGAAATGGCCACGAGAGATCACAATCAGTGTCAGAGACC 780
Query 990 AGACAAAGACAAATTGCTGACCAGATTCCGTCACGTTCC-TCGTCAGTAGATCTATCTTC 1048
|||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGACAAGGAGAAATTTCTGACCAGATTCCATCACGTTCCAT-GTCAGTAGATCTATCTTC 839
Query 1049 TGTGTTTCATCTCCC-GGAGGGCATTTCTGATTCTGCACCCAACACTTCTTTGTCTGGGC 1107
||||||| ||||||| || || |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 840 TGTGTTTTATCTCCCAGG-GGACATTCCTGATTCTACACCCAACACTTCTGTGTCTGGGC 898
Query 1108 TGGAGCACTGTGCTAATGTGTTTATAACTGATACCAATGAGAGCTCGAAGCTGGCAAGTA 1167
||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 899 TGGAGGACTGTGCTAATGTGTTTAGAACTGATACCAATGAGAGCTCTAAGCTGGTAAGTA 958
Query 1168 ACGGTCAGCACAATAATGGAGAGGCCAAGTCTGTGCCTTTACAAATTGACAATCTTTCGG 1227
|| ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 959 ACAGTCAGCAAAATAACGGAGATACCAAGTCTATGCCTTTACAGATTGACAATCTCTCTG 1018
Query 1228 AAAATGCTTCGCCTCGAGCCTCTGTGAATAGTCAAGATTTGACCAGTGATCAGGAACCAG 1287
| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1019 -AGA--CTTCGCCTCGAGCCTCTGAGAATAGTCAAGGTTTGATCAGTGATCAGGAACCAG 1075
Query 1288 AGAGTATAGTTGAGAAATCAAGAAAGGTGAAGTCTGTTCGATCATCCTTGGATATTAACC 1347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1076 AGAGTATAGTTGAGAAATCAAGAAAGGTGAAGTCTGTTCGATCATCCCTGGATATTAACC 1135
Query 1348 GGAGCAATAGCCGGTTGAGTTTATTCAGTGAAAGAAAAGAGGCTAAGGTGTATCCAAATT 1407
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1136 GGAGCAATAGCCGGTTGAGTTTATCCAGTGATAGAAAAGAAGCTAAGGTGTATCCAAAGT 1195
Query 1408 CTACACACGACACAACTTTGGAGAGCAAAATCAAGAACTTGGAAAGTAGAGTAAAGAAGC 1467
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1196 CTACACACGACACAACTTTGGAGAACAAAATCAAGAACTTGGAAAGTAGAGTACAGAAGC 1255
Query 1468 TTGAGGGTGAGTTATGCGAGGCTGCAGCCATTGAAGCAGCTCTCTACTCCGTGGTTGCAG 1527
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TTGAGGGTGAGTTACGTGAGGCTGCAGCCATTGAAGCATCTCTCTACTCCGTGGTTGCAG 1315
Query 1528 AGCATGGAAGTTCATCAAGTAAAGTCCATGCGCCTGCTAGACGTCTTTTGAGGCTGTATC 1587
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 AGCATGGAAGTTCATCAAGTAAAGTCCATGCACCTGCTAGACGTCTTTTGAGGCTGTATC 1375
Query 1588 TTCATGCTTGTAGAGAAACCCATCTCTCAAGAAGAGCCAATGCAGCTGAAAGTGCTGTCT 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1376 TTCATGCTTGTAGAGAAACCCATCTCTCAAGAAGAGCCAATGCAGCTAAAAGTGCTGTCT 1435
Query 1648 CCGGGTTAGTTCTTGTTGCCAAAGCGTGTGGAAACGATGTCCCCAGATTGACATTTTGGT 1707
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 CCGGGTTAGTTCTTGTTGCCAAAGCGTGTGGAAACGATGTCCCCAGATTGACATTTTGGC 1495
Query 1708 TGTCAAACACTATCGTTCTGAGGACAATCATTAGTGATACTAGTGCAGAAGAGGAACTGC 1767
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1496 TGTCAAACACTATTGTTCTGAGGACAATCATTAGTGATACTAGTGCAGAAGAAGAACTGC 1555
Query 1768 CTGTTTCTGCTGGTCCTGGACCAAGAAAACAGAAGGCTGAAAGAGAAACCGAGAAACGAT 1827
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||
Sbjct 1556 CTGTTTCGGCTGGTCCTGGACCAAGGAAACAGAAGGTTGAAAGAGAAACTGAAAAACGAT 1615
Query 1828 CGTCCTTGAAGTGGAAAGATTCCCCTTTGAGCAAAAAGGACATTAAGAGTTTTGGTGCCT 1887
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1616 CGTCCTTGAAGTGGAAAGATTCCCCTTTGAGCAAAAAGGACATTGAGAGTTTTGGTGCCT 1675
Query 1888 GGGATGACCCTGTAACTTTCATAACAGCGCTTGAAAAGGTCGAAGCTTGGATCTTCTCAC 1947
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1676 GGGATGACCCTGTAACTTTCATAACAGCGCTTGAGAAGGTGGAAGCTTGGATCTTCTCAC 1735
Query 1948 GCGTCGTAGAATCAATTTGGTGGCAGACTTTGACACCACGTATGCAGTCTTCGGCAGCAT 2007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1736 GCGTCGTAGAATCAATTTGGTGGCAGACTTTGACACCGCGTATGCAGTCTTCAGCAGCAT 1795
Query 2008 CAACTAGAGAGTTTGATAAAGGAAATGGCTCTGCATCAAAGAAAACTTTTGGTAGGACTC 2067
||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1796 CAACTAGAGAGTTTGATAAAGCCAATGGCACTGCATCAAAGAAAAATTTTGGTAGGACGC 1855
Query 2068 CGAGTAGTACGAACCAAGAACTAGGTGACTTCTCATTAGAGCTTTGGAAAAAGGCTTTCA 2127
||||| || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1856 CGAGTTCTATGAACCAAGAACAAGGTGATTTCTCATTAGAGCTTTGGAAAAAGGCATTCA 1915
Query 2128 GGGAGGCACACGAACGTTTATGCCCTCTGCGAGGTAGTGGGCATGAATGTGGCTGCTTGC 2187
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1916 GGGAGGCACACGAACGTTTATGCCCTCTGCGAGGTAGTGGGCATGAATGTGGCTGCTTAC 1975
Query 2188 CCATACCTGCGCGTCTGATAATGGAACAGTGTGTGGCTCGGCTAGATGTTGCTATGTTCA 2247
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CCGTGCCTGCGCGTCTGATAATGGAACAGTGTGTGGCTCGGCTAGATGTTGCTATGTTCA 2035
Query 2248 ATGCTATCCTTCGTGATTCTGATGACAATTTCCCAACAGACCCTGTATCTGATCCCATTG 2307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 ATGCTATCCTTCGTGATTCTGATGACAATTTCCCAACGGACCCTGTATCTGATCCCATTG 2095
Query 2308 CAGACTTGAGAGTCTTGCCAATTCCTTCTAGAACATCAAGTTTTGGTTCTGGTGCCCAGC 2367
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CAGATTTGAGAGTCTTGCCAATTCCTTCTACAACATCAAGTTTTGGTTCTGGTGCCCAGC 2155
Query 2368 TGAAAAACTCGATAGGAAACTGGTCAAGGTGGCTCACTGATCTATTCGGCATTGATGACG 2427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TGAAAAACTCGATAGGAAACTGGTCAAGGTGGCTCACTGATCTATTCGGCATTGATGACG 2215
Query 2428 AAGATGATGACAGCAGCGATGAGAATAGCTATGTTGAAAAATCGTTCAAGACATTCAATC 2487
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 AAGATGATGACAGCAGCGATGAGAATATCTATGTTGATAGATCGTTCAAGACATTCAATC 2275
Query 2488 TTCTCAAGGCGTTAAGCGATCTAATGATGCTTCCAAAAGATATGCTCCTCAACAGTTCTG 2547
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2276 TTCTCAAGGCGTTAAGCGATCTAATGATGCTTCCAAAAGATATGCTCCTCCACAGTTCTG 2335
Query 2548 TGAGAAAAGAGGTTTGCCCGATGTTTGGTGCCCCGTTGATTAAGAGAGTGTTGAATAATT 2607
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2336 TGAGAAAAGAGGTTTGCCCGATGTTTGGTTCCCCGTTGATCAAGAGAGTGTTGAATAATT 2395
Query 2608 TTGTCCCAGATGAGTTTTGCCCTGACCCAGTTCCTGATGCTGTACTGAAATCTCTTGAAT 2667
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2396 TTGTGCCAGATGAATTTTGCCCTGACCCAGTTCCTGATGCTGTACTTAAATCTCTTGAAT 2455
Query 2668 CCGAGGAAGAAGCTGAGAAGAGTATCATCACAAGCTATCCATGCACTGCACCTTCTCCAG 2727
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||
Sbjct 2456 CCGAGGAGGAAGCTGAGAAGAGTATGATCACAAGCTATCCGTGCACTGCACCTCCCCCAG 2515
Query 2728 TGTACTGTCCACCTTCACGGACTTCAATCTCCACCATCATTGGAAACTTTGGACAGCCTC 2787
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2516 TGTACTCTCCACCTTCACGGACTTCAATCTCCACCATCATTGGAGACTTTGGACAGCCTC 2575
Query 2788 AAGCGCCGCAGTTAAGCAGAATCAGGTCTTCAATTACAAGAAAAGCGTACACAAGCGATG 2847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 AAGCGCCGCAGTTAAGCAGAATCAGGTCTTCAATTACAAGAAAAGCGTACACAAGCGATG 2635
Query 2848 ACGAGCTTGATGAGCTGAGTTCACCGTTGGCTGTTGTTGTTCTTCAACAAGCAGGTTCTA 2907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2636 ACGAGCTTGATGAGCTGAGTTCACCGTTGGCTGTTGTTGTTCTTCAACAAGAAGGTTCTA 2695
Query 2908 AGAAGATCAATAATGGTGATGCAGATGAGACAATCAGGTATCAACTTCTCAGGGAGTGTT 2967
|||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 AGAAGATCAATAATGGTGGTGCAGATGAGATAGTCAGGTATCAACTTCTCAGGGAGTGTT 2755
Query 2968 GGATGAACGGCGAATGA 2984
|||||||||||||||||
Sbjct 2756 GGATGAACGGCGAATGA 2772
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120212813220
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5