BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G02060.1
Length=2917
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477305 jgi|Araly1|477305|fgenesh2_kg.3__6__AT3G02060.1 4405 0.0
> Ahg477305 jgi|Araly1|477305|fgenesh2_kg.3__6__AT3G02060.1
Length=2780
Score = 4405 bits (2385), Expect = 0.0
Identities = 2576/2668 (97%), Gaps = 14/2668 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 26 AAACCTCTGGGGTTCTTGTTAAAGATGATGTCTTTGCTCCCAAATCCCGACCCGATTACT 85
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAACCTCTGGGGTTCTTGTTAAAGATGACATCTTTGCTTCCAAATCCCGACCCGATTACT 60
Query 86 GTACCCCTGGTCCTCAAGCTTTGCTCCTTTCCTCCGCCACGGAGGCTCTTCTCTCTCAGG 145
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 ATACCCCTCGTCTTCAAGCTTTGCTCCTTTCCTCCGCCACGGAGGCTCTTCTCTCTTAGG 120
Query 146 CTCAGGCGCTTCACCCGAAAGTCATCATCTCTTCTTCCGTTGGTCGCTGTTTCGTCTCTC 205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 121 CTCAGGCGCTTCACCCGAAAGTCATCATCTCTTCTTCCGTTTGTCGCTGTTTCCTCTCTC 180
Query 206 TCCGCTACTGCCGCAAAACCTACCAGATGGAGAGAGAAGCCGGAATTGGCGGAAAGCGAC 265
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 TCCGCTACTGCCCCAAAACCTGCCAGATGGAGAGAGAAGCCGGAATTAGCGGAAAGCGAC 240
Query 266 TCAATTTCCCTCCTCAACGAGAGGATTCGGCGTGACCTCGGCAAGAGAGAGACTGCTAGA 325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCAATTTCCCTCCTCAACGAGAGGATTCGGCGTGACATCGGCAAGAGAGAGACTGCTAGG 300
Query 326 CCGGCCATGGACTCTGAGGAGGCCGAGAAGTACATTCACATGGTCAAGGAACAACAAGAG 385
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCGGCCATGGACTCTGAGGAGACCGAGAAGTACATTCAGATGGTCAAGGAACAACAAGAG 360
Query 386 AGGGGTCTGCAGAAGCTCAAAGGAATTAGGCAAGGTACAAAGGCTGCTGGTGA-CGGTGC 444
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||
Sbjct 361 AGGGGTCTGCAGAAGCTCAAAGGAATCAGGCAAGGTACAGAGGCTGCTGGT-ACCGGTGG 419
Query 445 TTTTAGTTACAAGGTTGACCCTTACAGTCTCCTTTCCGGTGATTATGTGGTGCACAAGAA 504
|||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTTTAGCTATAAGGTGGACCCTTACAGTCTCCTTTCCGGTGATTATGTGGTGCACAAGAA 479
Query 505 AGTAGGCATTGGGCGTTTTGTTGGGATCAAGTTTGATGTCCCCAAGGACTCCTCTGAGCC 564
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 480 AGTAGGCATTGGGCGTTTTGTTGGGATAAAGTTTGATGTCCCCAAGGATTCTTCAGAGCC 539
Query 565 CCTCGAATATGTCTTTATAGAGTATGCTGATGGTATGGCCAAGCTTCCCCTCAAACAGGC 624
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CCTCGAATATGTCTTTATAGAGTATGCTGATGGCATGGCCAAGCTTCCCCTCAAACAGGC 599
Query 625 CTCGCGTTTGCTCTACCGATACAATCTTCCAAATGAGACTAAACGGCCTCGGACTTTGAG 684
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTCGCGTTTGCTCTACCGATACAATCTACCAAATGAGACCAAACGGCCTCGGACTTTGAG 659
Query 685 TCGGCTGAGTGACACTAGTGTTTGGGAAAGAAGAAAGACCAAAGGAAAAGTAGCAATTCA 744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCGGCTGAGTGACACTAGTGTTTGGGAAAGAAGAAAGACCAAAGGAAAAGTAGCAATTCA 719
Query 745 GAAAATGGTCGTTGACTTGATGGAGCTATATCTTCATAGGCTTAGACAGAAGAGATATCC 804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAAAATGGTCGTTGACTTGATGGAGCTATATCTTCATAGGCTTAGACAGAAGAGATATCC 779
Query 805 ATATCCGAAGAACCCCATCATGGCTGATTTTGCGGCTCAATTTCCTTATAACGCCACTCC 864
||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 780 CTATCCAAAAAATCCCATCATGGCTGATTTTGCGGCTCAATTTCCTTATAACGCTACACC 839
Query 865 TGACCAGAAGCAGGCTTTCCTGGATGTTGAAAAGGATTTGACTGAGAGAGAAACACCTAT 924
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 840 TGACCAGAAGCAGGCTTTCCTGGATGTTGAGAAGGATTTGACAGAGAGAGAAACTCCTAT 899
Query 925 GGACCGATTGATCTGTGGAGATGTTGGCTTTGGTAAAACAGAGGTTGCTCTACGAGCCAT 984
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 900 GGACCGATTGATCTGTGGAGATGTTGGGTTTGGTAAAACAGAGGTTGCTTTACGAGCCAT 959
Query 985 CTTTTGTGTGGTCTCAACTGGAAAACAAGCTATGGTTTTAGCACCGACAATTGTATTGGC 1044
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTTTTGTGTAGTCTCAGCTGGAAAACAAGCTATGGTTTTAGCACCGACAATTGTATTGGC 1019
Query 1045 GAAGCAACATTACGATGTAATCTCAGAGCGGTTTTCCTTGTATCCACACATCAAAGTGGG 1104
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1020 GAAGCAACATTACGATGTTATCTCAGAGCGGTTTTCCTTGTATCCACAAATCAAAGTGGG 1079
Query 1105 CCTTTTAAGTCGGTTTCAGACCAAAGCTGAAAAGGAGGAGTATTTGGAAATGATAAAA-A 1163
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1080 CCTTTTAAGTCGGTTTCAGACCAAAGCAGAAAAGGAGGAGTATTTGGAAATGATAAAAGA 1139
Query 1164 CTGGACATCTCAATATCATTGTGGGTACTCACTCACTTCTCGGGAGCCGTGTTGTGTACA 1223
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 -TGGACATCTGAATATCATTGTGGGTACTCACTCACTTCTCGGGAGCCGTGTTGTGTACA 1198
Query 1224 GTAATTTAGGCCTCCTTGTGGTTGATGAGGAGCAGAGATTTGGGGTCAAGCAGAAAGAAA 1283
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GTAATTTAGGCCTCCTTGTGGTTGATGAGGAACAGAGATTTGGGGTCAAGCAGAAAGAAA 1258
Query 1284 AGATTGCATCTTTCAAAACATCCGTGGATGTGCTTACATTGTCCGCAACACCCATACCAA 1343
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AGATAGCATCTTTCAAAACATCAGTGGATGTGCTTACATTATCCGCAACACCCATACCAA 1318
Query 1344 GGACACTGTACTTAGCTTTGACTGGATTCCGGGATGCTAGTTTAATCTCCACACCGCCTC 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GGACACTGTACTTAGCTTTGACTGGATTCCGGGATGCCAGTTTAATCTCCACACCGCCTC 1378
Query 1404 CGGAGAGGATTCCAATAAAAACCCATCTTTCGTCATTCCGTAAGGAAAAGGTGATTGAAG 1463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1379 CGGAGAGGATTCCAATAAAAACCCATCTTTCGTCATTCCGTAAGGAAAAGGTGATAGAAG 1438
Query 1464 CAATAAAAAATGAGCTGGATCGTGGTGGCCAAGTTTTTTATGTCTTGCCTCGGATTAAAG 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CAATAAAAAATGAGCTGGATCGTGGTGGCCAAGTTTTCTATGTCTTGCCTCGGATTAAAG 1498
Query 1524 GACTAGAAGAAGTGATGGATTTTCTTGAAGAAGCATTTCCAGATATTGACATTGCTATGG 1583
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1499 GACTAGAAGAAGTGATGGATTTTCTAGAAGAAGCATTTCCAGATATTGACATCGCTATGG 1558
Query 1584 CACATGGAAAGCAATACTCGAAACAACTAGAGGAAACCATGGAGAGATTTGCGCAAGGAA 1643
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1559 CACATGGAAAGCAATACTCGAAACAACTAGAGGAAACCATGGGGAGATTTGCGCAAGGAA 1618
Query 1644 AGATCAAAATCCTCATATGTACTAATATTGTTGAAAGCGGACTTGATATTCAAAATGCAA 1703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AGATCAAAATCCTCATATGTACTAATATTGTTGAAAGCGGACTTGATATTCAAAATGCAA 1678
Query 1704 ATACCATAATCATTCAGGATGTTCAACAATTTGGGCTCGCTCAGTTGTACCAGTTGCGTG 1763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 ATACCATAATCATTCAGGATGTTCAACAATTTGGGCTCGCTCAGTTGTACCAGTTGCGTG 1738
Query 1764 GAAGGGTTGGTCGGGCAGATAAAGAAGCTCATGCCTACCTATTTTATCCCGATAAATCGC 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GAAGGGTTGGTCGGGCAGATAAAGAAGCTCATGCCTACCTATTTTATCCCGATAAATCGC 1798
Query 1824 TGCTCTCTGATCAAGCACTGGAAAGGCTTAGCGCTCTTGAAGAGTGCCGTGAACTTGGAC 1883
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTCTCTCTGATCAAGCACTGGAAAGGCTTAGCGCTCTTGAAGAGTGCCGTGAACTTGGAC 1858
Query 1884 AAGGCTTCCAACTTGCAGAGAAGGATATGGGTATAAGAGGTTTTGGGACAATCTTTGGAG 1943
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 AAGGTTTCCAACTTGCAGAGAGGGATATGGGTATAAGAGGTTTTGGGACAATCTTTGGAG 1918
Query 1944 AACAACAGACGGGGGATGTTGGAAATGTCGGTATCGATCTCTTCTTTGAAATGCTTTTTG 2003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AACAACAGACGGGGGATGTTGGAAATGTCGGTATCGATCTCTTCTTTGAAATGCTTTTTG 1978
Query 2004 AGAGTCTCTCCAAGGTGGAGGAACTCCGTATTTTTTCGGTTCCATATGACCTCGTGAAGA 2063
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1979 AGAGTCTGTCCAAGGTGGAGGAACTCCGTATTTTTTCGGTTCCATATGACCTAGTGAAGA 2038
Query 2064 TTGACATAAATATAAATCCCCGGCTACCCTCGGAGTATGTAAATTACCTGGAAAATCCGA 2123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTGACATAAATATAAATCCCCGGCTACCCTCGGAGTATGTAAATTACCTGGAAAATCCGA 2098
Query 2124 TGGAGATCATTCATGAAGCTGAAAAAGCAGCAGAGAAAGATATGTGGAGTCTAATGCAAT 2183
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TGGAGATCATTAATGAAGCTGAAAAAGCAGCGGAGAAAGATATGTGGAGTCTAATGCAAT 2158
Query 2184 TTACAGAGAACCTGCGTCGCCAATATGGGAAAGAGCCTTACTCCATGGAAATCATTTTAA 2243
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2159 TCACAGAGAACCTGCGTCGCCAATATGGGAAAGAGCCTTACTCCATGGAGATCATTTTAA 2218
Query 2244 AGAAGCTGTATGTGAGACGCATGGCGGCTGATCTTGGAGTAAACAGAATTTATGCATCAG 2303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AGAAGCTGTATGTGAGACGCATGGCGGCTGATCTTGGAGTAAACAGAATTTATGCATCAG 2278
Query 2304 GCAAGATGGTTGTCATGAAAACAAATATGAGTAAGAAGGTGTTCAAGCTGATCACAGATT 2363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 GCAAGATGGTTGTCATGAAAACAAATATGAGTAAGAAGGTGTTCAAGCTGATCACAGATT 2338
Query 2364 CCATGACTTGTGACGTTTACCGAAGCTCCTTGATATATGAAGGAGATCAAATAATGGCGG 2423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 CCATGACTTGTGACGTTTACCGAAGCTCCTTGATATACGAAGGAGATCAAATAATGGCGG 2398
Query 2424 AACTTCTGTTGGAGCTACCAAGAGAACAGTTACTGAACTGGATGTTCCAGTGCTTGTCAG 2483
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 AACTTCTGCTGGAGCTACCAAGAGAACAGTTACTGAACTGGATGTTCCAGTGCTTGTCAG 2458
Query 2484 AACTTCATGCATCACTTCCTGCTCTTATCAAATATTAGTTCCCCCTTGTCAGTTTCTCTT 2543
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2459 AACTTCATGCATCACTTCCTGCCCTTATCAAATATTAGTTCCCCCTTCTCAGTTTCTCTT 2518
Query 2544 GC--GT-G--T-T---AAAGGAAGAGAGACGCCCTCAGCAATTGTGTTGCTGTGAAGCTT 2594
|| || | | | ||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 2519 GCTTGTAGGATGTGTTAAAAGAAGAGAGACTCC-TCAGCACTTGTGTTGCTGTGAAGTTT 2577
Query 2595 TCTTCACAGAATAGAAGAGAAGAGAGGAGAATAATATTTGCATAAATATCTACAAGGGCA 2654
|||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2578 TCTTCATAGAATAGAACAGAAGAGAGGAGAATAATATTTGCCTAAATATCTACAAGGGCA 2637
Query 2655 GCATTTTAATGAGCAGCTACCCACACTT 2682
|||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 2638 GCATTTTAATCAGCAGCTACACACACTT 2665
Score = 86.1 bits (46), Expect = 1e-15
Identities = 46/46 (100%), Gaps = 0/46 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2872 GAACATAATTGTTTATGGCTCAGTAAAAAGCCCATTTAGATGTCCT 2917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735 GAACATAATTGTTTATGGCTCAGTAAAAAGCCCATTTAGATGTCCT 2780
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110118898295
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5