BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G02300.1
Length=1832
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477464 jgi|Araly1|477464|fgenesh2_kg.3__165__AT3G02300.1 2752 0.0
> Ahg477464 jgi|Araly1|477464|fgenesh2_kg.3__165__AT3G02300.1
Length=1641
Score = 2752 bits (1490), Expect = 0.0
Identities = 1592/1642 (97%), Gaps = 3/1642 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 14 GGTCCCGGAGCTCTCGGAGCAAATGAATGAACGAGACTCATTGCTTCTCTCTTTCCCTCC 73
|||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GGTCCCCGAGCTCTCGGAGCAAATGAACGAACGGGACACATTGCTTCTCTCTTTCCCTCC 60
Query 74 GTTTCTTACACATTAACTACTCCAAAAACCGAACAAAGACCTTCAGAATTTGCGATTCAT 133
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 GTTTCTTACACATTAACTCCACCAAAAACCGAACAAAAAGCTTCAGAATTTTCGATTCAT 120
Query 134 CC-AATTTCAACATTGATTTGTGAGGGGAATTTCTAAAAATGGATATTGGAGAAATCATT 192
|| ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 CCAAATTTTAACAGTGATTTTTGAGGGGAATTTCTAAAAATGGATATCGGAGAAATCATT 180
Query 193 GGTGAAGTAGCTCCTTCTGTGAGTATCCCAACGAAGAGTGCTATATACGTTTGGGGTTAC 252
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGTGAAGTAGCTCCTCCTGTGAGTATCCCAACGAAGAGTGCTATATACGTTTGGGGTTAC 240
Query 253 AATCAAAGCGGACAAACTGGTAGGAATGAACAAGAGAAGCTTTTGCGTATCCCAAAACAG 312
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AATCAAAGTGGACAAACTGGTAGGAATGGACAAGAGAAGCTTTTGCGTATCCCAAAACAG 300
Query 313 CTTCCTCCTGAGCTTTTTGGTTGCCCCGCTGGTGCCAATTCGCGTTGGCTCGATATTTCT 372
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 CTTCCTCCTGAGCTTTTTGGTTGCCCTGCTGGTGCGAAGTCGCGTTGGCTCGATATATCT 360
Query 373 TGTGGTCGGGAACATACAGCTGCGGTTGCATCAGATGGTTCTCTCTTTGCTTGGGGTGCT 432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 361 TGTGGTCGGGAACATACAGCTGCGGTTGCATCAGATGGATCTCTCTTTACTTGGGGTGCT 420
Query 433 AATGAATATGGTCAGCTTGGGGATGGAACCGAGGTTGGGAGGAAACATCCAAAGAAGGTG 492
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AATGAATACGGTCAGCTTGGGGATGGAACCGAGGTTGGGAGGAAACATCCAAAGAAGGTG 480
Query 493 AAACAGCTGCAATCAGAATTTGTGAAATTTGTGTCTTGTGGAGCTTTTTGCACTGCAGCT 552
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AAGCAGCTGCAATCAGAATTTGTGAAATTTGTGTCTTGTGGAGCTTTTTGCACTGCAGCT 540
Query 553 ATCGCAGAACCCCGTGAAAATGACGGTACTCTTTCCACTAGTAGACTCTGGGTTTGGGGC 612
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATAGCAGAACCCCGTGAAAATGATGGTACTCTTTCCACTAGTAGACTCTGGGTTTGGGGC 600
Query 613 CAAAATCAGGGATCAAATCTACCACGCTTGTTTTCGGGGGCATTTCCTGCTACAACGGCA 672
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAAAATCAGGGATCAAATCTACCACGCTTGTTTTCGGGGGCATTTCCTGCTACAACGGCG 660
Query 673 ATCCGCCAAGTATCATGTGGGACAGCTCATGTTGTGGCCTTATCAGAGGAAGGCCTTCTT 732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATCCGCCAAGTATCATGTGGGACAGCTCATGTTGTGGCCTTATCAGAGGAAGGCCTTCTT 720
Query 733 CAAGCTTGGGGCTATAATGAACAAGGCCAACTTGGTAGAGGAGTCACTTGTGAAGGACTA 792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CAAGCTTGGGGCTATAATGAACAAGGCCAACTTGGTAGAGGAGTCACTTGTGAAGGACTA 780
Query 793 CAAGCACCTCGTGTGATAAATGCTTATGCGAAGTTCCTTGATGAAGCACCCGAGCTTGTG 852
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CAAGCACCTCGTGTGATAACTGCTTATGCGAAGTTCCTTGATGAAGCACCCGAGCTTGTG 840
Query 853 AAGATTATGCAACTTTCATGTGGAGAATACCATACTGCTGCTCTTTCTGATGCAGGCGAG 912
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||
Sbjct 841 AAGATTATGCAAGTTTCATGTGGGGAATACCATACTGCTGCTGTATCTGATACAGGCGAG 900
Query 913 GTTTACACTTGGGGATTAGGAAGCATGGGTCAACTTGGGCATGTTTCTCTTCAATCCGGG 972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTTTACACTTGGGGATTAGGAAGCATGGGTCAACTTGGGCATGTTTCTCTTCAATCCGGG 960
Query 973 GATAAGGAGTTAATACCAAGGAGAGTCGTTGGTCTCGATGGTGTGTCCATGAAAGAAGTT 1032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GATAAGGAGTTAATACCAAGGAGAGTCGTTGGTCTCGATGGTGTGTCCATGAAAGAAGTT 1020
Query 1033 GCTTGTGGTGGTGTACACACTTGTGCTTTATCTTTGGAAGGAGCACTTTATGCTTGGGGT 1092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GCTTGTGGTGGTGTACACACTTGTGCTTTATCTTTGGAAGGAGCACTTTATGCTTGGGGT 1080
Query 1093 GGTGGCCAAGCAGGACAGCTAGGACTTGGTCCTCAATCTGGTTTCTTTTTTAGTGTCTCT 1152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1081 GGTGGCCAAGCAGGACAGCTAGGACTTGGTCCTCAATCTGGTTTCTTGTTTAGTGTCTCT 1140
Query 1153 AATGGAAGCGAAATGCTTCTACGAAATGTCCCGGTTTTAGTCATCCCAACTGATGTCAGG 1212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1141 AATGGAAGCGAAATGCTTCTACGAAATGTCCCGGTTTTAGTCATCCCAACTGATGTCCGG 1200
Query 1213 CTTGTTGCGTGTGGACATTCTCACACTCTCGTTTATATGAGAGAGGGACGAATTTGTGGA 1272
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1201 CTTGTTGCTTGTGGACATTCTCACACTCTCGTTTATATGAGAGAGGGACGGATTTGTGGA 1260
Query 1273 TGGGGTTATAATAGTTATGGTCAAGCAGCAAATGAGAAATCGTCATATGCTTGGTACCCA 1332
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGGGGTTATAATAGCTATGGTCAAGCAGCAAATGAGAAATCGTCATATGCTTGGTACCCA 1320
Query 1333 TCGCCTGTAGACTGGTGTGTAGGACAAGTGAGGAAGCTAGCAGCAGGAGGTGGTCATTCA 1392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TCGCCTGTAGACTGGTGTGTAGGACAAGTGAGGAAGCTAGCAGCAGGAGGTGGTCATTCA 1380
Query 1393 GCTGTTTTAACCGATGCATTTTCGTTGAAGGAGTTGTGTGAATTTCAATTAGCAGATAGT 1452
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GCTGTTTTAACCGATGCATTCTCGTTGAAGGAGTTGTGTGAATTTCAATTAGCAGATAGT 1440
Query 1453 GTGAACCTCTCAAATGCTTCAGAGATTCAAGATGTTGCATTCAGAATGGGATCCGAAGCT 1512
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GTGAACCTCTCAAATGCTTCAAAGATTCAAGATGTTGCATTCAGAATGGGATCCGAAGCT 1500
Query 1513 TTAGCCCGCCTCTGCGAAAGACTGAGGGAGCAGTTACTTGATGGGGACTTTACTAATGGG 1572
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1501 TTAGCCCGCCTCTGCGAAAGACTCAGGGAGCAGTTACTTGATGGAGATTTTACTAATGGG 1560
Query 1573 GAAGAAGTATATTAAAAAGCACAATCCCCAAACTCC-GAAACAATTTAGTATTGTTGGAA 1631
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1561 GAAGAAGTATATTAAAAAGCACAATCCCCAAACTCTAGAA-CAATTAAGTATTGTTGGAA 1619
Query 1632 GTTATTACAATTGGTCCTATAT 1653
|||||||||||| ||||||||
Sbjct 1620 GTTATTACAATTCATCCTATAT 1641
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68790982470
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5