BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G02330.1
Length=2712
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927712 jgi|Araly1|927712|scaffold_300169.1 4396 0.0
> Ahg927712 jgi|Araly1|927712|scaffold_300169.1
Length=2626
Score = 4396 bits (2380), Expect = 0.0
Identities = 2490/2545 (98%), Gaps = 0/2545 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 168 GGAATGTGCGAAGCAAGGAGCGTTAGAGCTAGGCAAGCAAGCTCATGCTCATATGATAAT 227
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 62 GGAATGTGCGAAGCAAGGAGCGTTAGAGTTAGGCAAGCAAGCTCATGCTCATATGATTCT 121
Query 228 ATCTGGGTTTCGTCCGACTACATTCGTACTGAACTGTTTGCTGCAGGTCTACACAAATTC 287
||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 122 ATCTGGGTTTCGTCCGACTACATTCGTGCTCAATTGTTTGCTGCAGGTGTACACAAATTC 181
Query 288 AAGAGATTTCGTGTCTGCTTCTATGGTGTTCGACAAAATGCCGCTGAGAGATGTTGTTTC 347
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 AAGAGATTTCGTGTCTGCTTCTATGGTGTTCGACAGAATGCCGCTGAGAGATGTTGTTTC 241
Query 348 TTGGAACAAAATGATAAATGGTTACTCGAAGAGTAATGACATGTTTAAAGCGAATTCTTT 407
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| || |||
Sbjct 242 GTGGAACAAAATGATAAATGGTTACGCGAAGAGCAATGACATGGTTAAAGCGAGTTTTTT 301
Query 408 CTTCAATATGATGCCTGTGAGAGATGTTGTGTCTTGGAACTCAATGCTTTCTGGGTATCT 467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 CTTCAATATGATGCCTGTGAGAGATGTTGTGTCTTGGAACTCAATGCTTTCTGGGTATCT 361
Query 468 GCAAAACGGCGAGAGTTTGAAATCTATCGAGGTTTTCGTTGACATGGGGAGAGAAGGTAT 527
|| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||
Sbjct 362 TCAGAACGGTGAGACTTTGAAATCTATCGAGGTTTTCGTCGACATGGGGAGAGCAGGAAT 421
Query 528 TGAGTTTGACGGTAGAACTTTTGCAATTATTCTTAAAGTTTGTTCCTTTTTAGAGGATAC 587
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 422 TGAATTTGACGGTAGAACTTTTGCAATTATTCTTAAAGTGTGTTCCTGTTTAGAGGATAC 481
Query 588 CAGTTTAGGAATGCAGATTCATGGGATTGTCGTTCGAGTGGGTTGTGATACTGATGTGGT 647
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 CAGTTTAGGAATGCAGATTCATGGGATTGTTGTTCGAGTGGGTTGTGATACTGATGTGGT 541
Query 648 TGCTGCGAGTGCGTTGTTGGATATGTATGCAAAAGGCAAGAGGTTTGTCGAGTCTCTTAG 707
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 542 TGCTGCAAGTGCGTTGTTGGATATGTATGCAAAAGGCAAGAGATTTGTCGAGTCTCTTAG 601
Query 708 AGTGTTTCAAGGTATACCAGAGAAGAATTCTGTCTCGTGGAGTGCTATAATCGCAGGTTG 767
||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 AGTGTTTCAAGGTATTCCCGAGAAGAACTCTGTCTCGTGGAGTGCTATAATCGCAGGTTG 661
Query 768 TGTTCAGAATAACTTGTTGTCCCTTGCTTTGAAGTTTTTCAAGGAGATGCAAAAGGTAAA 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 TGTTCAGAATAACTTGTTGTCCCTTGCTTTGAAGTTTTTCAAGGAGATGCAAAAGGTAAA 721
Query 828 TGCTGGAGTGAGCCAGTCAATTTACGCTAGCGTCTTGAGGTCATGTGCTGCGTTATCCGA 887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 TGCTGGAGTGAGCCAGTCAATTTACGCTAGCGTCTTGAGGTCATGTGCTGCGTTATCCGA 781
Query 888 ATTGAGGTTAGGCGGTCAGTTACATGCTCATGCCTTGAAGTCAGATTTTGCAGCAGATGG 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 ATTGAGGTTAGGCGGTCAGTTACATGCTCATGCCTTGAAGTCAGATTTTGCAGCAGATGG 841
Query 948 TATAGTGAGGACGGCGACATTGGACATGTACGCAAAGTGTGATAATATGCAAGATGCTCA 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 TATAGTGAGGACGGCGACATTGGACATGTACGCAAAGTGTGATAATATGCAAGATGCTCA 901
Query 1008 AATTTTGTTTGACAACTCAGAAAATCTTAATAGGCAATCTTATAACGCAATGATTACTGG 1067
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 AATTTTGTTTGACAAGTCAGAAAATCTTAATAGACAATCTTATAACGCAATGATTACTGG 961
Query 1068 TTATTCGCAAGAAGAACATGGTTTCAAAGCTCTACTGTTGTTTCACCGACTCATGTCATC 1127
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 962 TTATTCGCAGGAAGAACATGGGTTCAAAGCTCTACTGTTGTTTCACCGGCTCATGTCATC 1021
Query 1128 GGGTCTTGGTTTCGACGAGATAAGTTTATCAGGAGTATTCAGGGCTTGTGCCTTGGTGAA 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 GGGTCTTGGTTTCGACGAGATAAGTTTATCAGGAGTATTCAGGGCTTGTGCCTTGGTGAA 1081
Query 1188 AGGACTTTCAGAGGGGCTTCAGATTTACGGTTTGGCGATAAAAAGCAGCTTATCGCTAGA 1247
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1082 AGGACTTTCAGAGGGGCTTCAGATTTACGATTTGGCAATAAAAAGCAGCTTATCGCTGGA 1141
Query 1248 TGTTTGCGTTGCAAATGCTGCTATCGACATGTATGGGAAATGTCAAGCTCTGGCTGAAGC 1307
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 TGTTTGCGTTGCAAATGCTGCTATTGACATGTATGGGAAATGTCAAGCTCTGGCTGAAGC 1201
Query 1308 CTTTCGTGTATTCGATGAGATGAGAAGACGAGACGCTGTGTCTTGGAATGCGATTATAGC 1367
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 CTTTCGTGTATTCGATGAGATGAGAAGACGTGATGCTGTGTCTTGGAATGCGATTATAGC 1261
Query 1368 TGCACATGAGCAGAACGGAAAAGGATATGAAACGCTTTTTCTTTTTGTCTCGATGCTCCG 1427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 TGCACATGAGCAGAACGGAAAAGGATATGAAACGCTTTTTCTTTTTGTCTCGATGCTCCG 1321
Query 1428 TTCTAGGATCGAACCTGATGAGTTTACCTTTGGAAGCATATTGAAAGCTTGCACTGGTGG 1487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 TTCTAGGATCGAACCTGATGAGTTTACCTTTGGAAGCGTATTGAAAGCTTGCACTGGTGG 1381
Query 1488 TTCTTTAGGTTACGGTATGGAGATCCATTCCAGCATTGTCAAATCAGGAATGGCTTCAAA 1547
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 TTCTTTGGGTTACGGTATGGAGATCCATTCCAGCATTGTCAAATCAGGAATGGCTTCAAA 1441
Query 1548 CTCCTCTGTCGGATGCTCTCTGATCGATATGTATTCAAAGTGTGGAATGATAGAAGAGGC 1607
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 TTCCTCTGTCGGATGCTCTCTGATCGATATGTATTCAAAGTGTGGAATGATAGAAGAGGC 1501
Query 1608 GGAGAAGATACATAGTCGATTCTTTCAACGAGCCAATGTCTCGGGAACAATGGAAGAGCT 1667
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 GGAGAAGATACATAGTCGATTCTTTCAACGAACCAATGTCTCGGGAACAATGGAAGAGCT 1561
Query 1668 TGAAAAGATGCACAATAAGAGACTGCAGGAAATGTGTGTTTCATGGAATTCAATTATTTC 1727
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1562 TGAAAAGATGCACAATAAGAGACTGCAGGAAATGTGTGTTTCATGGAATTCAATCATTTC 1621
Query 1728 CGGATATGTAATGAAGGAACAAAGCGAGGATGCTCAGATGCTTTTTACCCGGATGATGGA 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 CGGATATGTAATGAAGGAACAAAGCGAGGATGCTCAGATGCTTTTTACCCGGATGATGGA 1681
Query 1788 GATGGGTATAACTCCTGACAAATTTACTTATGCAACAGTTCTTGATACCTGTGCGAATCT 1847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 GATGGGTATAACTCCTGACAAATTTACTTATGCAACAGTTCTTGATACCTGTGCGAATCT 1741
Query 1848 TGCTTCCGCTGGATTAGGTAAACAGATTCATGCTCAGGTCATCAAGAAAGAATTGCAATC 1907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 TGCTTCCGCTGGATTAGGTAAACAGATTCATGCTCAGGTCATCAAGAAAGAATTGCAATC 1801
Query 1908 TGATGTGTATATCTGTAGCACCCTCGTTGACATGTACTCGAAATGTGGAGATCTCCATGA 1967
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 TGATGTGTATATCTCCAGCACCCTGGTTGACATGTACTCGAAATGTGGAGATCTCCATGA 1861
Query 1968 TTCAAGATTGATGTTTGAGAAGTCGCTGAGAAGAGATTTCGTGACCTGGAACGCCATGAT 2027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 TTCAAGATTGATGTTTGAGAAGTCGCTGAGAAGAGATTTCGTGACCTGGAACGCCATGAT 1921
Query 2028 TTGCGGGTATGCACATCATGGGAAAGGAGAGGAAGCTATACAACTGTTTGAGAGAATGAT 2087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 TTGCGGGTATGCACATCATGGGAAAGGAGAGGAAGCTATACAACTGTTTGAGAGAATGAT 1981
Query 2088 ACTCGAAAACATCAAACCAAATCACGTTACTTTCATATCGATACTCCGAGCTTGTGCTCA 2147
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 ACTCGAAAACATCAAACCGAATCACGTAACTTTCATATCGATACTCCGAGCTTGTGCTCA 2041
Query 2148 CATGGGTCTGATCGACAAAGGGCTCGAGTACTTCTATATGATGAAGAGAGACTATGGCCT 2207
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 CATGGGTCTGATCGACAAAGGACTCGAGTACTTCTATATGATGAAGAGAGACTATGGCCT 2101
Query 2208 GGATCCTCAGCTACCGCATTACTCGAACATGGTAGATATATTAGGAAAATCCGGAAAAGT 2267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 GGATCCTCAGCTACCGCATTACTCGAACATGGTAGATATATTAGGAAAATCCGGAAAAGT 2161
Query 2268 CAAGAGAGCATTAGAGCTTATTCGAGAGATGCCATTTGAAGCAGACGATGTCATATGGAG 2327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 CAAGAGAGCATTAGAGCTTATTCGAGAGATGCCATTTGAAGCAGACGATGTCATATGGAG 2221
Query 2328 AACCCTGTTAGGAGTCTGCACGATACATAGAAACAATGTAGAGGTTGCAGAAGAAGCAAC 2387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2222 AACCCTGTTAGGAGTCTGCACGATACATAGAAACAATGTAGAGGTTGCAGAAGAAGCAAC 2281
Query 2388 TGCTGCCCTGTTGAGATTGGATCCACAAGACTCTTCAGCTTATACACTTTTATCAAATGT 2447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2282 TGCTGCCCTGTTGAGATTGGATCCACAAGACTCTTCAGCTTATACACTTTTATCAAATGT 2341
Query 2448 ATACGCAGATGCAGGAATGTGGGAAAAGGTTTCAGATTTGAGGAGAAATATGAGAGGCTT 2507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2342 ATACGCAGATGCAGGAATGTGGGAAAAGGTTTCAGATTTGAGGAGAAATATGAGAGGCTT 2401
Query 2508 TAAGCTTAAGAAGGAGCCTGGTTGCAGTTGGGTTGAGCTAAAAGATGAGCTTCATGTGTT 2567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2402 TAAGCTTAAGAAGGAGCCTGGTTGCAGTTGGGTTGAGCTAAAAGATGAGCTTCATGTGTT 2461
Query 2568 TCTCGTTGGAGATAAGGCTCATCCTAGATGGGAAGAGATTTACGAAGAGCTTGGTTTGAT 2627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2462 TCTCGTTGGAGATAAGGCTCATCCTAGATGGGAAGAGATTTACGAAGAGCTTGGTTTGAT 2521
Query 2628 TTACAGTGAAATGAAACCTTTTGATGATTCTTCTTTCGTGCGTGGGGTTGAAGTAGAAGA 2687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||
Sbjct 2522 TTACAGTGAAATGAAACCTTTTGATGATTCTTCTTTCGTGCCTGGGGTTGAGGTTGAAGA 2581
Query 2688 AGAGGACCAATGGTGTTACTGCTAA 2712
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 AGAGGACCAATGGTGTTACTGCTAA 2606
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102310398070
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5