BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G02360.2
Length=1929
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477469 jgi|Araly1|477469|fgenesh2_kg.3__170__AT3G02360.1 2641 0.0
> Ahg477469 jgi|Araly1|477469|fgenesh2_kg.3__170__AT3G02360.1
Length=1730
Score = 2641 bits (1430), Expect = 0.0
Identities = 1546/1601 (97%), Gaps = 11/1601 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 260 AGAGAAGAAGACTTAGAAAAATGGCTGTTCAACCTACAAGAATAGGTCTAGCTGGACTTG 319
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 135 AGAGAAGAAGACGAAGAAAAATGGCTGTTCAACCTACGAGAATTGGTCTAGCTGGACTGG 194
Query 320 CTGTGATGGGTCAGAACCTAGCTCTCAACATTGCAGAGAAAGGCTTCCCAATCTCTGTTT 379
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 CTGTGATGGGTCAGAACCTAGCTCTCAACATTGCTGAGAAAGGCTTCCCAATCTCTGTTT 254
Query 380 ACAACAGAACTACTTCCAAAGTTGATGAGACCGTCGAACGAGCCAAAAAGGAAGGCAATC 439
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 ACAACAGAACAACTTCCAAAGTTGATGAGACCGTCGAACGAGCCAAAAAGGAAGGCAATC 314
Query 440 TTCCTCTTTACGGCTTCCATGACCCCGAGTCTTTTGTCAAGTCCATTCAGAAGCCACGCG 499
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 TTCCTCTTTATGGCTTCCATGACCCCGAGTCTTTTGTCAAGTCCATTCAGAAGCCACGCG 374
Query 500 TTATTATCATGCTTGTTAAGGCTGGTTCTCCCGTTGACCAGACCATCAAGACCCTCTCTG 559
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 TTATTATCATGCTTGTTAAGGCTGGTGCTCCTGTTGACCAGACCATCAAGACCCTCTCTG 434
Query 560 CTTATTTGGAGAAAGGTGACTGTATTGTCGATGGTGGTAATGAATGGTATGAGAACACTG 619
||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 CTTATTTGGAGAAGGGTGATTGCATTGTTGATGGTGGTAATGAATGGTATGAGAACACTG 494
Query 620 AGAGGAGAGAAAAAGCCGTGGCGGAGAACGGTTTCCTCTACCTTGGAATGGGAGTTTCTG 679
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 AGAGGAGAGAAAAAGCCGTGGCTGAGAACGGTTTCCTCTACCTTGGAATGGGAGTTTCTG 554
Query 680 GTGGTGAAGAAGGTGCTCGTAATGGCCCATCTATGATGCCTGGAGGCTCTTATGAAGCCT 739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 GTGGTGAAGAAGGTGCTCGTAATGGCCCATCTATGATGCCTGGAGGCTCTTATGAAGCCT 614
Query 740 ACAAGAATATCGAAGACATTGTTCTCAAGGTTGCTGCTCAGGTTAGGGATAGTGGTCCCT 799
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 ACAAGAATATTGAGGACATTGTTCTCAAGGTTGCTGCTCAGGTTAGGGATAGTGGTCCCT 674
Query 800 GTGTGACTTATATCGGTAAGGGCGGGTCTGGAAACTTTGTCAAAATGGTCCACAATGGGA 859
| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 GCGTTACTTACATCGGTAAGGGCGGGTCTGGAAACTTTGTCAAAATGGTCCACAATGGGA 734
Query 860 TCGAGTACGGTGATATGCAGCTGATTGCAGAAGCTTATGACGTCCTCAAGTCTGTTGGTA 919
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 TCGAGTACGGTGATATGCAGCTGATCGCAGAAGCTTACGACGTCCTCAAGTCTGTTGGTA 794
Query 920 AATTATCGAATGAGGAGCTTCACAGTGTCTTCTCTGACTGGAACAAAGGTGAGCTTGAGA 979
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 AATTAACGAATGAGGAGCTTCACAGTGTCTTCTCTGACTGGAACAAAGGTGAGCTTGAGA 854
Query 980 GTTTCTTGGTAGAGATCACAGCAGATATTTTCGGGATCAAGGACGATAAGGGAGATGGGC 1039
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 GTTTCTTGGTAGAGATCACAGCGGATATTTTTGGGATCAAGGACGATAAGGGAGATGGGC 914
Query 1040 ATTTGGTTGACAAGGTCTTGGACAAAACCGGCATGAAAGGCACAGGAAAGTGGACCGTGC 1099
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 915 ATTTGGTTGACAAGGTTTTGGACAAAACCGGCATGAAAGGTACAGGAAAGTGGACCGTGC 974
Query 1100 AGCAAGCTGCTGAGCTATCTGTTCCTGCTCCCACCATTGAATCCTCTCTTGATGCGAGGT 1159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 AGCAAGCTGCTGAGCTATCTGTTCCTGCTCCCACCATTGAATCCTCTCTTGATGCGAGGT 1034
Query 1160 TCCTTAGCGGGCTTAAAGATGAACGTGTGCAAGCAGCTAAAGTCTTCAAGGCAGGTGGGT 1219
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 TCCTCAGCGGGCTAAAAGATGAACGTGTGCAAGCAGCTAAAGTCTTCAAGGCAGGTGGGT 1094
Query 1220 TTGGAGATATCTTGACCGATCAGAAAGTTGACAAGAAACAGCTAGTCGATGACGTGAGGA 1279
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 TTGGAGATATCTTGACCGATCAGAATGTTGACAAGAAGCAGCTAGTCGATGACGTGAGGA 1154
Query 1280 AGGCTCTTTACGCATCCAAAATCTGCAGCTACGCACAAGGCATGAACCTTATCCGTGCCA 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 AGGCTCTTTACGCATCCAAAATCTGCAGCTACGCACAAGGCATGAACCTTATCCGTGCCA 1214
Query 1340 AGAGCATAGA-AAAGGGGTGGGGATTGAAGCTAGGTGAGTTAGCTAGAATCTGGAAAGGA 1398
|||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 AGAGCATAGAGAAA-GGGTGGGGCTTGAAGCTAGGTGAGTTAGCTAGAATCTGGAAAGGA 1273
Query 1399 GGCTGCATCATCAGAGCAATCTTCCTAGACAGGATCAAGCAAGCTTATGACAGGAACGCA 1458
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1274 GGCTGCATCATCAGAGCAATCTTCCTAGACAGGATCAAGCAAGCTTATGACAGGAATGCA 1333
Query 1459 GAGCTAGCTAACCTCTTGGTGGATCCAGAGTTTGCGAAAGAGATAATCGAGAGACAGTCC 1518
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 GAGCTGGCTAACCTCTTGGTGGATCCTGAGTTTGCGAAAGAGATAATCGAGAGACAGTCC 1393
Query 1519 GCGTGGAGAAGAGTCGTCTGCTTAGCTATCAACTCGGGTATCAGCACACCGGGTATGTCT 1578
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1394 GCTTGGAGAAGAGTCGTCTGCTTAGCTATCAACTCGGGAATTAGCACACCGGGTATGTCT 1453
Query 1579 GCGAGTCTAGCCTACTTTGATTCTTACAGGAGAGAGAGATTGCCGGCAAATCTAGTCCAA 1638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 GCGAGTCTAGCCTACTTTGATTCTTACAGGAGAGAGAGATTGCCGGCAAATCTAGTCCAA 1513
Query 1639 GCACAGAGAGACTACTTTGGTGCTCATACATATGAAAGGACTGATGTGGAAGGATCTTTC 1698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 GCACAGAGAGACTACTTTGGTGCTCATACATATGAAAGGACTGATGTGGAAGGATCTTTC 1573
Query 1699 CACACCGAGTGGTTCAAGATTGCAAGACAATCTAAGATCTGAGATCTCTCATCCTCTT-G 1757
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1574 CACACCGAGTGGTTCAAGATTGCAAGACAATCCAAGATCTGAGATCTCTCCTCCTCTTTG 1633
Query 1758 TATTCTTCTTCTCCTTCAATAATAAGTTCCACACAGTATGTTT-CTTTCCTCAATGTGTG 1816
|||||||||||| | ||||||||| || ||||||| |||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1634 TATTCTTCTTCT--T-CAATAATAATTTTCACACAGAATGTTTGCTT-CCTCAATGTGTG 1689
Query 1817 A-GA--TACCTTGGCTTATTTATGATTGTAGAACTGAGTTT 1854
| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 AAGAAATACATTGGCTTATTTATGATTGTAGAACTGAGTTT 1730
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72485736235
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5