BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G02530.1
Length=1965
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477487 jgi|Araly1|477487|fgenesh2_kg.3__188__AT3G02530.1 2848 0.0
Ahg893517 jgi|Araly1|893517|Al_scaffold_0006_1513 1969 0.0
Ahg937749 jgi|Araly1|937749|scaffold_501940.1 322 6e-87
Ahg887541 jgi|Araly1|887541|Al_scaffold_0891_2 320 2e-86
Ahg891256 jgi|Araly1|891256|Al_scaffold_0007_3242 185 9e-46
Ahg926202 jgi|Araly1|926202|scaffold_201763.1 182 1e-44
Ahg343780 jgi|Araly1|343780|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000122 172 7e-42
> Ahg477487 jgi|Araly1|477487|fgenesh2_kg.3__188__AT3G02530.1
Length=1756
Score = 2848 bits (1542), Expect = 0.0
Identities = 1606/1638 (98%), Gaps = 0/1638 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 96 CCAGTTTCTTTTGATCTCTCAGCATCGAAAATGTCTGTGCGTGTACTGAATCCTAATGCT 155
||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 27 CCAGTTTCTTTCGATCTCTCATCATCGAAAATGTCTGTGCGTGTTCTGAATCCTAATGCG 86
Query 156 GAGGTGCTCAACAAATCGGCCGCGCTTCATATGACCATCAACGCCGCTAAGGGTTTACAA 215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 87 GAGGTGCTCAACAAATCGGCCGCGCTTCATATGACCATCAACGCCGCCAAGGGTTTACAG 146
Query 216 GATGTACTCAAGTCGAATCTCGGTCCTAAGGGAACTATCAAGATGCTTGTTGGTGGTTCC 275
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 147 GATGTACTCAAGTCGAATCTCGGTCCTAAGGGAACTATTAAGATGCTTGTTGGTGGTTCC 206
Query 276 GGAGATATCAAGCTTACCAAGGATGGCAACACGCTTTTGAAGGAAATGCAAATTCAAAAT 335
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 207 GGGGATATCAAGCTTACCAAGGATGGCAACACGCTTTTGAAGGAAATGCAAATTCAAAAT 266
Query 336 CCAACAGCCATCATGATTGCCAGGACAGCTGTTGCTCAGGATGACATAAGTGGTGATGGT 395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 267 CCAACAGCCATCATGATTGCCAGGACAGCTGTTGCTCAGGATGACATAAGTGGTGATGGT 326
Query 396 ACTACTTCTACTGTCATCTTCATTGGTGAGCTTATGAAACAGTCGGAGCGTTGCATCGAT 455
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 327 ACTACTTCCACTGTCATCTTCATTGGTGAGCTTATGAAGCAGTCGGAGCGTTGCATCGAT 386
Query 456 GAAGGAATGCATCCACGTGTCTTAGTTGATGGTTTCGAGATTGCAAAAAGAGCCACTCTC 515
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 387 GAAGGAATGCATCCACGAGTCTTAGTTGATGGTTTCGAGATTGCAAAAAGAGCTACTCTC 446
Query 516 CAGTTTCTCGACACTTTCAAGACACCTGTGGTTATGGGTGATGAGCCTGATAAAGAGATT 575
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 447 CAATTTCTCGACACTTTCAAGACACCTGTGGTTATGGGTGATGAGCCTGACAAAGAGATC 506
Query 576 CTGAAAATGGTTGCCAGGACAACGCTAAGAACTAAGCTGTATGAAGGCTTAGCTGATCAA 635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 507 CTGAAAATGGTTGCCAGGACAACGCTAAGAACTAAGCTGTATGAAGGCTTAGCTGATCAA 566
Query 636 CTGACTGATATTGTTGTTAATTCGGTTCTCTGCATTCGGAAGCCTCAGGAACCTATTGAT 695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 567 CTGACTGATATTGTTGTTAATTCGGTTCTCTGCATTCGGAAGCCTGAGGAACCTATTGAT 626
Query 696 CTGTTTATGGTTGAGATTATGCACATGCGCCATAAATTTGATGTTGACACACGATTGGTT 755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 CTGTTTATGGTTGAGATTATGCACATGCGCCATAAATTTGATGTTGACACACGATTGGTT 686
Query 756 GAGGGGCTTGTTCTTGATCATGGTTCGAGACACCCTGACATGAAGCGACGTGCGGAGAAT 815
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 GAGGGGCTTGTTCTTGATCATGGTTCAAGACACCCTGACATGAAGCGACGTGCGGAGAAT 746
Query 816 TGTCACATCCTGACTTGCAATGTGTCATTAGAGTACGAGAAGAGTGAAATTAATGCAGGA 875
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 747 TGTCACATCCTGACTTGCAATGTGTCATTAGAGTATGAGAAGAGTGAAATTAATGCAGGA 806
Query 876 TTCTTCTACTCGAATGCGGAGCAGAGGGAAGCCATGGTTACTGCTGAGCGACGTTCCGTT 935
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 807 TTCTTCTACTCGAATGCGGAGCAGAGGGAAGCCATGGTTACTGCTGAGCGACGTTCTGTT 866
Query 936 GATGAAAGAGTTCAGAAAATTATTGAGCTGAAGAACAAGGTTTGTGCTGGTAATGATAAC 995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 867 GATGAAAGAGTTCAGAAAATTATTGAGCTGAAGAACAAGGTTTGTGCTGGTAATGATAAC 926
Query 996 AGCTTTGTTATCCTAAATCAAAAGGGTATTGATCCCCCGTCATTGGATCTTCTTGCTAGA 1055
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 AGCTTTGTTGTCCTAAATCAAAAGGGTATTGATCCCCCGTCATTGGATCTTCTTGCTAGA 986
Query 1056 GAAGGGATAATCGCCCTTAGAAGGGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCA 1115
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 GAAGGGATAATCGCCCTTAGAAGAGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCA 1046
Query 1116 TGTGGTGGAGAAGCTGTGAACTCTGTCGATGACTTGACCCCTGATTGTCTTGGTTGGGCT 1175
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1047 TGTGGTGGAGAAGCTGTGAACTCTGTTGATGACTTGACCCCTGATTCTCTTGGTTGGGCT 1106
Query 1176 GGACTTGTATATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAGAAGTACACATTTGTTGAGCAAGTGAAG 1235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1107 GGACTTGTATATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAGAAGTACACATTTGTCGAGCAAGTGAAG 1166
Query 1236 AATCCTCATTCATGTACTATCCTCATAAAAGGGCCTAATGACCACACTATTGCTCAAATT 1295
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1167 AATCCTCATTCATGTACTATCCTCATAAAAGGCCCTAACGACCACACTATTGCTCAAATT 1226
Query 1296 AAGGACGCTGTCCGTGATGGTTTAAGATCAGTTAAGAATACCCTAGAAGATGAGTGTGTC 1355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227 AAGGACGCTGTCCGTGATGGTTTAAGATCAGTTAAGAATACCCTAGAAGATGAGTGTGTC 1286
Query 1356 GTATTAGGAGCTGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCAAGACAACACTTAATCAATGAAGTCAAG 1415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 GTATTAGGAGCTGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCAAGACAACACTTAATCAATGAAGTCAAG 1346
Query 1416 AAAACCGTTCAAGGGCGCGCTCAACTCGGTGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTA 1475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1347 AAAACCGTTCAAGGGCGCGCTCAACTCGGTGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTG 1406
Query 1476 GTGCCTAAGACGCTTGCTGAAAATGCTGGGCTTGACACTCAAGACGTTATCATTTCTCTA 1535
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GTGCCTAAGACACTTGCTGAAAATGCTGGGCTTGACACTCAAGACGTTATCATTTCTCTA 1466
Query 1536 ACGAGTGAGCATGACAAAGGAAACATCGTGGGACTAGACCTACAGGATGGAGAACCCGTC 1595
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1467 ACGAGTGAGCATGACAAAGGAAACGTCGTGGGACTAAACCTACAGGATGGAGAACCAGTC 1526
Query 1596 GACCCTCAGCTTGCCGGCATTTTCGACAATTACTCGGTGAAACGCCAACTTATCAATTCA 1655
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 GACCCTCAGCTTGCCGGTATTTTCGACAATTACTCGGTGAAACGCCAACTTATCAATTCA 1586
Query 1656 GGGCCGGTGATTGCTTCGCAGTTGCTATTAGTGGATGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAAT 1715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 GGGCCGGTGATTGCTTCGCAGTTGCTATTAGTGGATGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAAT 1646
Query 1716 ATGAGGAAGCCTACTTAA 1733
||||||||||||||||||
Sbjct 1647 ATGAGGAAGCCTACTTAA 1664
> Ahg893517 jgi|Araly1|893517|Al_scaffold_0006_1513
Length=1608
Score = 1969 bits (1066), Expect = 0.0
Identities = 1429/1608 (89%), Gaps = 9/1608 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 126 ATGTCTGTGCGTGTACTGAATCCTAATGCTGAGGTGCTCAACAAATCGGCCGCGCTTCAT 185
||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGTCAGTGCGAGTTCTGAATCCTAATGCGGAGGTTCTCAACAAATCGGCGGCGCTTCAT 60
Query 186 ATGACCATCAACGCCGCTAAGGGTTTACAAGATGTACTCAAGTCGAATCTCGGTCCTAAG 245
||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||
Sbjct 61 ATGACCATCAACGCCGCCAAGGGTTTGCAAGATGTGCTAAAGTCGAACCTCGGGCCTAAA 120
Query 246 GGAACTATCAAGATGCTTGTTGGTGGTTCCGGAGATATCAAGCTTACCAAGGATGGCAAC 305
||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 121 GGAACAATCAAGATGCTTGTTGGTGGTTCTGGGGATATTAAGCTTACCAAAGATGGGAAC 180
Query 306 ACGCTTTTGAAGGAAATGCAAATTCAAAATCCAACAGCCATCATGATTGCCAGGACAGCT 365
||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 181 ACGCTATTGAAGGAAATGCAAATTCAGAATCCAACCGCCATTATGATTGCGAGGACAGCC 240
Query 366 GTTGCTCAGGATGACATAAGTGGTGATGGTACTACTTCTACTGTCATCTTCATTGGTGAG 425
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTTGCACAGGATGACATAAGTGGTGATGGTACTACTTCCACTGTCATCTTCATTGGTGAG 300
Query 426 CTTATGAAACAGTCGGAGCGTTGCATCGATGAAGGAATGCATCCACGTGTCTTAGTTGAT 485
|||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 301 CTTATGAAACAGTCTGAACGCTGCATCGATGAAGGTATGCATCCACGTGTCCTAGTTGAT 360
Query 486 GGTTTCGAGATTGCAAAAAGAGCCACTCTCCAGTTTCTCGAC-ACTTTCAAGACACCTGT 544
|||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||| || |||||||| |||||
Sbjct 361 GGTTTCGAGATTGCTAAGAGAGCTACTCTTCAATTTCTTGACAAC-TTCAAGACCCCTGT 419
Query 545 GGTTATGGGTGATG-AGCCTGATAAAGAGATTCTGAAAATGGTTGCCAGGACAACGCTAA 603
|||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||| || || || ||||
Sbjct 420 GGTTATGGGTGATGAAG-TTGATAAAGAGATCCTAAAAATGGTTGCAAGAACGACACTAA 478
Query 604 GAACTAAGCTGTATGAAGGCTTAGCTGATCAACTGACTGATATTGTTGTTAATTCGGTTC 663
|||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 479 GAACAAAATTGTACGAAGGCTTAGCTGATCAACTGACTGACATTGTCGTTAATTCGGTTC 538
Query 664 TCTGCATTCGGAAGCCTCAGGAACCTATTGATCTGTTTATGGTTGAGATTATGCACATGC 723
||||||| || |||||| | ||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||
Sbjct 539 TCTGCATCCGAAAGCCTGAAGAAGCTATTGATCTGTTTATGGTGGAAATAATGCACATGC 598
Query 724 GCCATAAATTTGATGTTGACACACGATTGGTTGAGGGGCTTGTTCTTGATCATGGTTCGA 783
| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 599 GTCACAAATTCGATGTTGACACACGATTGGTTGAGGGACTTGTTCTGGATCATGGTTCGA 658
Query 784 GACACCCTGACATGAAGCGACGTGCGGAGAATTGTCACATCCTGACTTGCAATGTGTCAT 843
|||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 659 GACACCCTGACATGAAACGACGCGCAGAAAATTGCCACATCCTAACTTGCAATGTGTCAC 718
Query 844 TAGAGTACGAGAAGAGTGAAATTAATGCAGGATTCTTCTACTCGAATGCGGAGCAGAGGG 903
| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 719 TGGAGTATGAGAAGAGTGAAATCAATGCAGGATTTTTCTACTCTAATGCGGAGCAGAGGG 778
Query 904 AAGCCATGGTTACTGCTGAGCGACGTTCCGTTGATGAAAGAGTTCAGAAAATTATTGAGC 963
|||| |||||||| || ||| | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 779 AAGCAATGGTTACCGCAGAGAGGCGATCTGTTGATGAAAGAGTTAAGAAAATCATTGAGC 838
Query 964 TGAAGAACAAGGTTTGTGCTGGTAATGATAACAGCTTTGTTATCCTAAATCAAAAGGGTA 1023
||||||| |||| |||| |||| || || ||| ||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 839 TGAAGAAAAAGG--TGTG-TGGTGATAATGACAACTTTGTTGTCATAAATCAGAAGGGTA 895
Query 1024 TTGATCCC-CCGTCATTGGATCTTCTTGCTAGAGAAGGGATAATCGCCCTTAGAAGGGCA 1082
|||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||
Sbjct 896 TTGA-CCCACCATCATTGGATCTTCTTGCTAGAGAAGGGATTATTGGTCTTAGAAGAGCA 954
Query 1083 AAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGGTGGAGAAGCTGTGAACTCTGTC 1142
||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 955 AAGAGGAGGAATATGGAACGTTTAGTTTTGGCCTGTGGTGGAGAAGCTGTGAATTCTGTT 1014
Query 1143 GATGACTTGACCCCTGATTGTCTTGGTTGGGCTGGACTTGTATATGAGCACGTTCTTGGA 1202
||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1015 GATGACTTGACCCCTGAGTCTCTTGGATGGGCTGGACTTGTCTATGAGCACGTTCTTGGG 1074
Query 1203 GAGGAGAAGTACACATTTGTTGAGCAAGTGAAGAATCCTCATTCATGTACTATCCTCATA 1262
||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1075 GAGGAAAAGTACACCTTTGTGGAACAAGTGAAGAATCCTAATTCATGTACCATCCTCATA 1134
Query 1263 AAAGGGCCTAATGACCACACTATTGCTCAAATTAAGGACGCTGTCCGTGATGGTTTAAGA 1322
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1135 AAAGGGCCTAATGATCACACCATTGCTCAAATTAAGGACGCTGTTCGTGATGGTCTAAGA 1194
Query 1323 TCAGTTAAGAATACCCTAGAAGATGAGTGTGTCGTATTAGGAGCTGGAGCTTTTGAAGTT 1382
|| || ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1195 TCGGTCAAGAACACCATAGAAGACGAGTGTGTTGTGTTAGGAGCAGGAGCTTTTGAAGTT 1254
Query 1383 GCAGCAAGACAACACTTAATCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTCAAGGGCGCGCTCAACTC 1442
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1255 GCAGCAAGGCAACACTTAATCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTCAAGGGCGTGCCCAACTT 1314
Query 1443 GGTGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTAGTGCCTAAGACGCTTGCTGAAAATGCT 1502
|| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1315 GGCGTTGAAGCTTTTGCTAATGCTCTTCTCGTGGTGCCTAAGACACTTGCAGAAAATGCA 1374
Query 1503 GGGCTTGACACTCAAGACGTTATCATTTCTCTAACGAGTGAGCATGACAAAGGAAACATC 1562
|| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1375 GGTCTTGATACCCAAGATGTGATCATTTCTCTTACGAGCGAGCATGACAAAGGGAACATT 1434
Query 1563 GTGGGACTAGACCTACAGGATGGAGAACCCGTCGACCCTCAGCTTGCCGGCATTTTCGAC 1622
||||| || ||||| ||||| || ||||| | ||||| || ||||| || ||||| ||
Sbjct 1435 GTGGGGCTGGACCTTCAGGACGGTGAACCAATTGACCCGCAACTTGCTGGTATTTTTGAT 1494
Query 1623 AATTACTCGGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCGGTGATTGCTTCGCAGTTGCTA 1682
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||
Sbjct 1495 AACTACTCAGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCCGTGATTGCGTCACAATTGCTT 1554
Query 1683 TTAGTGGATGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAATATGAGGAAGCCTACT 1730
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TTGGTGGACGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAATATGAGGAAGCCTACT 1602
> Ahg937749 jgi|Araly1|937749|scaffold_501940.1
Length=392
Score = 322 bits (174), Expect = 6e-87
Identities = 196/207 (95%), Gaps = 0/207 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1061 GATAATCGCCCTTAGAAGGGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGG 1120
||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 138 GATAATCGCTCTTAGAAGAGCAAAGAGGAGAAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGG 197
Query 1121 TGGAGAAGCTGTGAACTCTGTCGATGACTTGACCCCTGATTGTCTTGGTTGGGCTGGACT 1180
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |
Sbjct 198 TGGAGAAGCTGTGAACTCCGTTGATGACTTGACCCCTGATTCTCTTTGTTGGGCTGGATT 257
Query 1181 TGTATATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAGAAGTACACATTTGTTGAGCAAGTGAAGAATCC 1240
|||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 258 TGTATATGAGCACGTTCTTGGAAAGGAGAGGTACACATTTGTCGAGCAAGTGAAGAATCC 317
Query 1241 TCATTCATGTACTATCCTCATAAAAGG 1267
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 318 TCATTCATGTACTATCCTCATAAAAGG 344
> Ahg887541 jgi|Araly1|887541|Al_scaffold_0891_2
Length=480
Score = 320 bits (173), Expect = 2e-86
Identities = 195/206 (95%), Gaps = 0/206 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1062 ATAATCGCCCTTAGAAGGGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGGT 1121
|||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 247 ATAATCGCTCTTAGAAGAGCAAAGAGGAGAAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGGT 306
Query 1122 GGAGAAGCTGTGAACTCTGTCGATGACTTGACCCCTGATTGTCTTGGTTGGGCTGGACTT 1181
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||
Sbjct 307 GGAGAAGCTGTGAACTCCGTTGATGACTTGACCCCTGATTCTCTTTGTTGGGCTGGATTT 366
Query 1182 GTATATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAGAAGTACACATTTGTTGAGCAAGTGAAGAATCCT 1241
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 367 GTATATGAGCACGTTCTTGGAAAGGAGAGGTACACATTTGTCGAGCAAGTGAAGAATCCT 426
Query 1242 CATTCATGTACTATCCTCATAAAAGG 1267
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 CATTCATGTACTATCCTCATAAAAGG 452
> Ahg891256 jgi|Araly1|891256|Al_scaffold_0007_3242
Length=696
Score = 185 bits (100), Expect = 9e-46
Identities = 110/115 (96%), Gaps = 0/115 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1062 ATAATCGCCCTTAGAAGGGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGGT 1121
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 433 ATAATCGCTCTTAGAAGAGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGGT 492
Query 1122 GGAGAAGCTGTGAACTCTGTCGATGACTTGACCCCTGATTGTCTTGGTTGGGCTG 1176
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 493 GGAGAAGCTGTGAACTCTGTTGATGACTTGACCCCTGATTCTCTTTGTTGGGCTG 547
> Ahg926202 jgi|Araly1|926202|scaffold_201763.1
Length=915
Score = 182 bits (98), Expect = 1e-44
Identities = 110/116 (95%), Gaps = 0/116 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1061 GATAATCGCCCTTAGAAGGGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGG 1120
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 673 GATAATCGCTCTTAGAAGAGCAAAGAGGAGGAACATGGAACTTTTGGTTTTGGCATGTGG 732
Query 1121 TGGAGAAGCTGTGAACTCTGTCGATGACTTGACCCCTGATTGTCTTGGTTGGGCTG 1176
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 733 TGGAGAAGCTGTGAACTCTGTTGATGACTTGACCCCTGATTCTCTTTGTTGGGCTG 788
> Ahg343780 jgi|Araly1|343780|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000122
Length=600
Score = 172 bits (93), Expect = 7e-42
Identities = 108/115 (94%), Gaps = 1/115 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1062 ATAATCGCCCTTAGAAGGGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGGT 1121
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 448 ATAATCGCTCTTAGAAGAGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGGT 507
Query 1122 GGAGAAGCTGTGAACTCTGTCGATGACTTGACCCCTGATTGTCTTGGTTGGGCTG 1176
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | || |||||||||
Sbjct 508 GGAGAAGCTGTGAACTCTGTTGATGACTTGACCC-TGATTCTTTTTGTTGGGCTG 561
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 73856985055
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5