BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03300.1
Length=4824
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg317213 jgi|Araly1|317213|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000229 5581 0.0
Ahg903170 jgi|Araly1|903170|Al_scaffold_0003_298 305 2e-81
> Ahg317213 jgi|Araly1|317213|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000229
Length=6102
Score = 5581 bits (3022), Expect = 0.0
Identities = 3358/3523 (95%), Gaps = 12/3523 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1214 GGTCTATACCTGTGAGAATGAGTCTGTGCTGGCTGGGTTTGTCCCCTTTTCTACACCAAG 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2586 GGTCTATACCTGTGAGAATGAGTCTGTGCTGGCTGGGTTTGTCCCCTTTTCTACACCAAG 2645
Query 1274 CTTCAAGTATTACCAGCACATAAAAATACCAAGTCCCAAACGAGCAAGCTTGGTAGAGAA 1333
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2646 GTTCAAGTATTACCAGCACATGGGGATACCAAGTTCCAAACGAGCAAGTTTGGTAGAGAA 2705
Query 1334 GCTAGAAAGACTAACGATAAAGCATCGCTTATCCCTTGGAACCTTGGATCTC-AACTCCT 1392
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2706 GCTAGAAAAACTAATGATAAAGCATCGCTTATCCCTTGCAACCTTGGATCTCAAAC-CCT 2764
Query 1393 CTACTGTTGATTCTGTAGAGAAGAGACTGTTGAGGATAAGTTCAACTCTAACATATTGTT 1452
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2765 CTACTGTTGATTCTATAGAGAAGAGACTGTCGAGGATAAGTTCAACTCTAACATATTGTT 2824
Query 1453 TGGATGATCTCGGAATTTTGCTGGCCCAGAAGGCTGCTCAGTCATTGTCAGCCAGTCAGA 1512
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2825 TGGATGATCTCGGAATTTTGCTGGCGCAGAAGGCTGCTCAGTCATTGTCAGCCAGTCAGA 2884
Query 1513 ATGACTCTTTCTTGTGGGGCGAACTAAATATGTTTAGCGTGGCCTTGGTaaaaaaaTTCT 1572
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 2885 ATGACTTTTTCTTGTGGGGGGAACTAAATATGTTTAGCGTGACCTTGGTAAAAAAGTTCT 2944
Query 1573 GCTCTGATGCTTCACAGGAGTTTTTGGCTGAGATACCTCAA-GGTCTTAATTGGAGTGTT 1631
| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||| ||
Sbjct 2945 GTTCTGATGCTTCACAGGCGTTTTTGGCTGACATACCT-AATGGTCTTAGTTGGAGTATT 3003
Query 1632 GCAAACATAAATGGAAATGCGGAGGCAGGTCTCCTAACTTTAAAAACTGTCTGCCTCATT 1691
|| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||
Sbjct 3004 GCTAACATAAATGGAAACGTGGAGGCAGGTCTCCTAACATCAAAAACAGTCTGCCTGGTT 3063
Query 1692 GAGACTCTTCTTGGTTATAGCTC-CTTGGAGAACATACGGTGCATCATTTTTGTGGATAG 1750
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3064 GAGACTCTTCTTGGTTATAGCTCAC-TGGAGAACATACGGTGCATCATTTTTGTGGATAG 3122
Query 1751 GGTGATAACAGCCATCGTTCTGGAATCCCTTTTGGCTGAGATTCTTCCAAACTGTAATAA 1810
||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3123 GGTGATAACAGCCATTGTTCTGGAATCTCTGTTGGCTGAGATTCTTCCAAACTGTAATAA 3182
Query 1811 CTGGAAAACCAAGTACGTTGCAGGAAATAACTCTGGTCTGCAAAATCAAACTCGGAAGAA 1870
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 CTGGAAAACCAAGTACGTTGCTGGGAATAACTCTGGTCTGCAAAATCAAACTCGGAAGAA 3242
Query 1871 GCAAAATGAAATTGTGGAAGACTTCCGGAGAGGCTTGGTTAACATCATTGTAGCAACATC 1930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3243 GCAAAATGAAATTGTGGAAGACTTCCGGAGAGGCTTGGTAAACATCATTGTAGCAACATC 3302
Query 1931 TATTCTAGAGGAGGGTCTAGATGTTCAAAGTTGCAACCTGGTTATCAGATTTGACCCTGC 1990
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3303 TATTCTAGAGGAGGGACTAGATGTTCAAAGTTGCAATCTGGTTATCAGATTTGATCCTGC 3362
Query 1991 ATCCAACATTTGCAGTTTCATACAGTCTCGTGGGCGTGCTAGAATGCAAAATTCAGATTA 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3363 ATCCAACATTTGCAGTTTCATACAGTCTCGTGGGCGTGCCAGAATGCAAAATTCAGATTA 3422
Query 2051 TTTGATGATGGTGGAAAGCGGAGATCTGTTAACACAATCTCGATTAATGAAATATCTTTC 2110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 3423 TTTGATGATGGTGGAAAGCGGAGATCTGTTAACACAATCTCGGTTAAAAAAATATCTTTC 3482
Query 2111 TGGTGGGAAAAGAATGCGCGAAGAGTCTTTGGATCATTCTCTTGTTCCCTGTCCACCTCT 2170
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3483 TGGTGGGAAAAGAATGCGTGAAGAGTCTTTGCATCATTCTCTTGTTCCCTGTCCACCTCT 3542
Query 2171 TCCAGATGATTCAGATGAACCACTCTTCCGTGTCGAAAGTACTGGAGCAACTGTAACTCT 2230
||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3543 TCCAGATGATTCAGACGAACTATTCTTCCGTGTCGAAAGTACTGGCGCAACTGTAACTCT 3602
Query 2231 TAGCTCAAGCGTCAGCTTAATATATCATTACTGCTCAAGGCTTCCTTCAGATGAGTACTT 2290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3603 TAGCTCAAGCGTCAGCTTAATATATCATTACTGCTCAAGGCTTCCTTCAGATGAGTACTT 3662
Query 2291 CAAACCAGCCCCTAGATTTGATGTAAACAAGGATCAGGGGAGTTGCACCCTTTACCTTCC 2350
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3663 CAAACCTGCTCCTAGATTTGATGTAAACAAGGATCAGGGGAGTTGTACCCTTTACCTTCC 3722
Query 2351 TAAGAGTTGCCCAGTAAAAGAAGTTAAAGCTGAAGCAAATAATAAAGTGTTAAAACAAGC 2410
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3723 TAAGAGCTGCCCAGTAAAAGAAGTTAAAGCTCAAGCAAATAATAAAGTGTTAAAACAAAC 3782
Query 2411 TGTCTGTCTTAAAGCTTGCATTCAACTGCACAAAGTTGGAGCTCTAAGTGATCATCTTGT 2470
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3783 TGTCTGTCTTGAAGCTTGCATTCAACTGCACAAAGTTGGAGCTCTAAGTGATCATCTTGT 3842
Query 2471 GCCTGACATGGTTGTGGCGGAAACTGTCTCACAAAAACTCGAGAAAATCCAATATAACAC 2530
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3843 GCCTGACATGGTTCTGGCGGAAACTGTCGCACAAAAACTCGAGAAAATCCAATATAACCC 3902
Query 2531 AGAGCAGCCATGTTACTTCCCCCCAGAGCTAGTCTCCCAGTTTTCAGCACAGCCGGAGAC 2590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3903 AGAGCAGCCATGTTACTTCCCCCCAGAGCTAGTCTCCCAGTTTTCAGTACAGCCGGAGAC 3962
Query 2591 AACATACCACTTCTACTTAATAAGAATGAAGCCAAACTCTCCAAGAAATTTTCATTTAAA 2650
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3963 AACATACCACTTCTACCTAATAAGAATGAAGCCAAACTCTCAAAGAAATTTTCATTTAAA 4022
Query 2651 CGATGTTTTACTAGGCACCAGAGTTGTGCTTGAAGATGACATTGGGAACACAAGCTTCCG 2710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4023 TGATGTTTTACTAGGCACCAGAGTTGTGCTTGAAGATGACATTGGGAACACAGGCTTCCG 4082
Query 2711 GTTGGAAGATCATAGGGGTACAATAGCTGTGACATTGAGTTATGTGGGAGCTTTTCACCT 2770
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4083 GTTGGAAGATCATAAGGGTACAATAGCTGTGACATTGAGTTATGTGGGAGCTTTTCACCT 4142
Query 2771 TACACAAGAAGAGGTCCTTTTCTGTAGAAGATTTCAGATAACTCTATTCCGAGTTCTTTT 2830
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4143 TACACAAGAGGAGGTCCTTTTGTGTAGAAGATTTCAGATAACTCTATTCCGAGTTCTTTT 4202
Query 2831 AGATCACAGTGTGGAAAATTTGATGGAGGCATTGAATGGATTGCATCTCAGAGATGGGGT 2890
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |
Sbjct 4203 AGATCACAGTGTGAAAAATTTGATGGAGGCATTGAATGGATTGCTTCTCAGAGACGGGAT 4262
Query 2891 GGCACTTGATTATCTACTAGTTCCATCCACTCATTCACATGAAACATCTCTTATTGATTG 2950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4263 AGCACTTGATTATCTACTAGTTCCATCCACTCATTCACATGAAACATCTCCTATTGATTG 4322
Query 2951 GGAAGTGATCAGATCCGTGAATCTAACTTCTCATGAGGT-TTTGGAAAAACACGAAAATT 3009
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||
Sbjct 4323 GGAAGTGATCAGATCCGTGAATCTAACTTGTCATGA-ATCTTTGGAAAAACACGTAAATT 4381
Query 3010 GTTCTACCAACGGTGCTTCTCGCATTCTACACACAAAAGACGGCTTGTTTTGTACTTGTG 3069
|||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4382 GTTCTATCAACGGCGCTTCTCGTATTCTACACACAAAAGACGGCTTGTTTTGTACTTGTG 4441
Query 3070 TCGTACAAAATGCATTGGTTTACACACCACATAATGGATACGTCTACTGCACAAAAGGTG 3129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |
Sbjct 4442 TCGTACAAAATGCATTGGTTTACACACCACATAATGGATACTTCTACTGCACGAAAGGCG 4501
Query 3130 TTCTCAACAATCTAAACGGAAATTCATTATTGACCAAGAGAAATTCTGGCGATCAGACTT 3189
||||||||||| |||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4502 TTCTCAACAATATAAATGCAAATTCATTCTTGACGAAGAGAAATTCTGGCGATCAGACTT 4561
Query 3190 ACATTGAGTACTACGAGGAAAGGCATGGGATTCAATTAAATTTTGTGGATGAACCTCTTC 3249
|||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4562 ACATAGAGTACTATGAGGAACGGCATGGGATTCAATTAAATTTTGTGGATGAACCTCTTC 4621
Query 3250 TAAATGGAAGACACATTTTCACGTTGCATAGTTATCTTCACATGGCCAAGAAGAAGAAGG 3309
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 4622 TGAATGGAAGACACATTTTCACGTTGCATAATTATCTTCACATGACCAAGAAGAAAAAGG 4681
Query 3310 AGAAAGAGCATGACAGGGAATTTGTTGAACTACCTCCTGAGCTTTGTCATGTCATTTTGT 3369
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 4682 AGAAAGAGCATGACAAAGAGTTTGTTGAACTACCTCCTGAACTGTGTCATGTCATTTTGT 4741
Query 3370 CCCCAATATCAGTTGATATGATCTATTCATATACTTTTATCCCATCTGTTATGCAACGCA 3429
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4742 CCCCAATATCAGTTGATGTGATCTATTCGTATACTTTCATCCCATCTGTTATGCAACGCA 4801
Query 3430 TTGAATCTTTGCTTATAGCATACAACCTGAAGAAAAGCATCCCAAAAGTCAATATTCCAA 3489
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4802 TTGAATCTTTGCTTATTGCATACAACCTGAAGAAGAGCATCCCAAAAGTCAATATTCCAA 4861
Query 3490 CCATTAAGGTTTTGGAAGCTATTACGACAAAGAAGTGCGAAGATCAGTTCCACTTGGAAT 3549
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 4862 CCATCAAGGTTTTGGAAGCTATAACGACAAAGAAGTGCCAAGATCAGTTTCACTTGGAAT 4921
Query 3550 CACTAGAAACTCTTGGTGACTCTTTTCTGAAATATGCTGTTTGTCAGCAACTATTCCAAC 3609
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4922 CACTAGAAACTCTTGGTGACTCTTTTCTAAAATATGCTGTTTGTCAGCAACTATTCCAAC 4981
Query 3610 ACTGTCATACTCACCATGAGGGTCTTCTTAGCACGAAGAAAGATGGAATGATTTCAAATG 3669
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4982 ACTGCCATACTCACCATGAGGGTCTTCTTAGCGCGAAGAAAGATGGAATGATTTCAAATG 5041
Query 3670 TCATGCTCTGCCAATTTGGATGTCAGCAGAAACTTCAGGGATTTATCCGCGATGAGTGTT 3729
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5042 TCATGCTCTGCCAATTTGGATGTCAGCAGAAACTTCAGGGATTTATCCGCAATGAGTGTT 5101
Query 3730 TTGAACCCAAAGGTTGGATGGTTCCAGGTCAATCA-TCTGCAGCTTATTCACTTGTAAAC 3788
||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5102 TTGAACCCAAAGGTTGGATGGTTCCTGGTCAA-CATTCTGCAGCTTATGCACTTGTAAAT 5160
Query 3789 GATACTCTACCCGAGTCTAGAAACATATACGTTGCTAGTAGGAGGAATCTGAAACGCAAG 3848
||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 5161 GATACCCTACCCCAGTCTAGAAACATATACGTTGCTAGCAGGAGGAATTTGAAACGCAAG 5220
Query 3849 AGTGTGGCCGATGTTGTAGAATCATTAATTGGAGCATATCTCAGCGAGGGAGGTGAACTT 3908
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 5221 AGTGTGGCTGATGTTGTAGAATCACTAATTGGAGCATATCTCAGTGAGGGAGGTGAACTT 5280
Query 3909 GCAGCTTTGATGTTCATGAATTGGGTTGGAATAAAGGTCGACTTT-ACAACTACGAAGAT 3967
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||
Sbjct 5281 GGAGCTTTGATGTTCATGAATTGGGTTGGTATAAAGGTCGA-TTTCACTACTACGAAGAT 5339
Query 3968 CCAGAGAGATTCCCCAATACAAGCAGAGAAGCTTGTGAATGTAGGTTATATGGAGTCGCT 4027
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5340 CCAGAGAGAGTCCCCAATACAAGCAGAGAAGCTTGTGAATGTAGGTTATATGGAGTCACT 5399
Query 4028 GTTGAATTACAGTTTTGAGGATAAGTCTCTTCTAGTTGAAGCATTGACTCATGGTTCATA 4087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5400 GTTGAATTACAGTTTTGAGGATAAGTCTCTTCTAGTTGAAGCATTGACTCATGGTTCATA 5459
Query 4088 CATGATGCCTGAAATTCCAAGATGCTATCAGCGGTTGGAGTTCCTCGGTGACTCTGTATT 4147
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5460 CATGATGCCTGAAATTCCAAGATGCTATCAGCGGTTGGAGTTCCTCGGTGACTCGGTATT 5519
Query 4148 GGATTATCTCATAACCAAGCATCTATACGACAAATATCCTTGTCTGTCCCCTGGACTATT 4207
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5520 GGATTATCTCATAACCAAGCATCTATACGACAAATATCCTTGTCTGTCTCCTGGACTATT 5579
Query 4208 AACCGACATGCGATCAGCTTCTGTTAACAATGAATGTTATGCCCTAGTGGCGGTGAAAGC 4267
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 5580 AACTGACATGCGATCAGCTTCTGTTAACAATGAATGTTATGCTCTAGTGGCGGTTAAAGA 5639
Query 4268 AAACCTGCACAAACACATCCTGTACGCCTCTCATCATCTCCATAAGCACATCTCTAGAAC 4327
||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5640 AAATCTGCACAAACACATCCTGCACGCCTCTCATGATCTCCACAAGCACATCTCTAGAAC 5699
Query 4328 TGTCAGTGAGTTTGAACAGTCTTCTTTGCAATCCACTTTCGGATGGGAATCCGATATATC 4387
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5700 AGTCAGTGAGTTCGAACAGTCTTCTTTGCAATCCACTTTCGGATGGGAATCCGATATATC 5759
Query 4388 TTTTCCAAAGGTTCTTGGAGATGTGATAGAATCTCTAGCAGGCGCGATATTTGTTGACTC 4447
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5760 TTTTCCTAAGGTTCTTGGAGATGTGATAGAATCTTTAGCAGGCGCGATATTTGTTGACTC 5819
Query 4448 AGGTTACAACAAGGAAGTAGTGTTTGCAAGTATTAAACCACTTTTGGGTTGTATGATAAC 4507
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5820 AGGTTACAACAAGGAAGTAGTGTTTGCGAGTATTAAACCACTCTTGGGTTGTATGATAAC 5879
Query 4508 TCCAGAGACTGTCAAGTTGCATCCTGTGAGAGAGTTGACAGAATTATGTCAGAAGTGGCA 4567
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 5880 TCCAGAGACTGTCAAGTTGCATCCTGTGAGAGAGTTGACAGAATTATGTCAGAAATCGCA 5939
Query 4568 GTTCGAGTTGAGTAAAGCTAAAGATTTCGATTCTTTCACGGTTGAGGTGAAAGCTAAGGA 4627
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5940 GTTCGAGTTGAGTAAAGCTAGAGATTTCGATTATTTCACGGTTGAGGTGAAAGCTAAGGA 5999
Query 4628 GATGAGTTTTGCTCACACAGCAAAGGCCTCTGATAAGAAAATGGCCAAGAAATTGGCTTA 4687
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6000 AATGAGTTTTGCTCACACAGCAAAGGCCTCTGATAAGAAAATGGCCAAGAAATTGGCTTA 6059
Query 4688 CAAAGAAGTCTTGAACTTACTTAAGAACAGCCTGGACTACTAA 4730
||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||
Sbjct 6060 CAAAGAAGTCTTGAACTTACTTAAGAAGGGCCTTGCCTCCTAA 6102
Score = 839 bits (454), Expect = 0.0
Identities = 494/514 (96%), Gaps = 0/514 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 ATCACACTTGTACTGTGGATTCTCCAAGACCTCTGCAGAATGCCTGTGGTTTGGTTCGGT 61
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660 ATCACACTTGTACTGTGGATTCTCCAAGACCTCTGCAGAATGCCTGTGGTTTGGTTCGGT 1719
Query 62 TACATGGCATACTTGTTCTATCTCATATTCTTTCCTTGGTTCTCCGGTGAAGTGTTTGCT 121
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1720 TACATGGCATACTTGTTGTATCTGATATTCTTTCCTTGGTTCTCCGGTGAAGTGTATACT 1779
Query 122 GATTCTGGAGACAGAGCATACATGACTATTATGGGATGGGTGGTGACGAGCTCAGGCGCA 181
||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1780 GATTCCGGAAACAGAACATACATGACTATTATGGGATGGGTGGTGACGAGCTCAGGCGCA 1839
Query 182 GATAGGAAACATGAATACATTGGACAACCTGATGTAATGGTTGTGGTGATCCCACATGTG 241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1840 GATAGGAAACATGAATACATTGGACAACCTGATGTAATGGTTCTGGTGATCCCACATGTG 1899
Query 242 GTCTTTGTTGTTATCCCCAGTGTCTTGGTTGTGTGTTGTCTGGTTGCTGAGAGAGAAATC 301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1900 GTCTTTGTTGTTATCCCCAGTGTCTTGGTTGTGTGTTGTTTGGTTGCTGAGAGAGAAATC 1959
Query 302 TACAAAGATCACATTCGAACTGTCTCTGGTAAGAAAGAGGATGACCATGACCGGGGAAGG 361
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1960 TACAAAGATCACATTCGAACCGTCTCTGGAAAGAAAGAGGATGATCATGACCGGGGAAGG 2019
Query 362 AAGAAGAGATCACAACGCCGCTCACTGTTATTCTCGAACAGAAGACTGTTTCGGAAATCG 421
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2020 AAGAAGAGATCACAACGCCGCTCGCTGTTATTCTCTAACAGAAGACTGTTTCGTAAATCA 2079
Query 422 GTCTTGCTGGCTTCATTAGCTCTATATTGGAAGCATTTCAAGAATTGCTGGGCATTAGGT 481
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2080 CTCTTGGTGGCTTCATTAGCTCTATATTGGAAGCATTTCAAGAATTGCTGGGCATTAGCT 2139
Query 482 AGAGCTTATGAGATGAATGTGGTTCATTTTCCAG 515
|||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2140 AGAGCTTATGAGATGAATATGGTTCATTTTCCAG 2173
Score = 431 bits (233), Expect = 3e-119
Identities = 255/265 (96%), Gaps = 3/265 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 597 ACCACTGATCAAGTCTCTGCTTCTCCTCTACATTTTGCCAGAAGTTATCAGGTAGAGGCA 656
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 ACCACTGATCAAGTCTCTGCATCTCCTCTACATTTTGCTAGAAGTTATCAGGTAGAGGCA 2244
Query 657 CTTGAGAAAGCTATCAAGCAGAACACTATTGTCTTCTTGGAGACTGGTTCTGGCAAGACC 716
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 CTTGAGAAAGCTATCAAGCACAACACTATTGTCTTCTTTGAGACTGGTTCTGGCAAGACC 2304
Query 717 CTTATTGCTATTATGCTTCTTCGTAGCTA-TGCCTACCTTTTCCGCAAGCCTTCACCATG 775
|||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2305 CTTATTGCCATTATGCTTCTTCGTAGCTACT-CCTACCTTTTCCGCAAGCCTTCACCCTG 2363
Query 776 CTTCTGTGTCTTCTTGGTTCCTCAAGTGGTTCTTGTCACTCAGCAAGCAGAAGCCCTGAA 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2364 CTTCTGTGTCTTCTTGGTTCCTCAAGTGGTTCTTGTCACTCAGCAAGCAGAAGCCCTGAA 2423
Query 836 GATGCATACTGATCTAAAAGTTGGT 860
|||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 2424 GATGCATACTGATCTACAAGT-GGT 2447
Score = 228 bits (123), Expect = 4e-58
Identities = 133/138 (96%), Gaps = 0/138 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 931 AGGTTCTGGTGATGACCCCTGCCATTTTGCTCGACGCGTTGAGGCATAGTTTTCTGAGCT 990
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2450 AGGTTCTGGTGATGACCCCTGCCATTTTGCTCGATGCATTGAGGCATAGTTTTCTGAACT 2509
Query 991 TGAGCATGATCAAGGTTCTAATAGTTGATGAGTGTCATCATGCAGGGGGAAAGCACCCTT 1050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2510 TGAGCATGATCAAGGTTCTAATAGTTGATGAGTGTCATCATGCTGGGGGAAAGCACCCCT 2569
Query 1051 ATGCTTGTATCATGAGGG 1068
||||||||||||||||||
Sbjct 2570 ATGCTTGTATCATGAGGG 2587
> Ahg903170 jgi|Araly1|903170|Al_scaffold_0003_298
Length=882
Score = 305 bits (165), Expect = 2e-81
Identities = 187/198 (94%), Gaps = 0/198 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 ATCACACTTGTACTGTGGATTCTCCAAGACCTCTGCAGAATGCCTGTGGTTTGGTTCGGT 61
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 ATCACACTTGTACTGTGGATTCTCCAATACCTCTGCAGAATGCCTGTGGTTTGGTTCGGT 501
Query 62 TACATGGCATACTTGTTCTATCTCATATTCTTTCCTTGGTTCTCCGGTGAAGTGTTTGCT 121
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||
Sbjct 502 TACATGGCATACTTGTTCTATCTCATATTCTTTCCTTGGTTCTCGGGTGAAGTGTATACT 561
Query 122 GATTCTGGAGACAGAGCATACATGACTATTATGGGATGGGTGGTGACGAGCTCAGGCGCA 181
||||| ||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 562 GATTCCGGAAACAGAACATACATGACTATTATTGGCTGGGTGGTGACAAGCTCAGGCGCA 621
Query 182 GATAGGAAACATGAATAC 199
|||||| |||||||||||
Sbjct 622 GATAGGCAACATGAATAC 639
Score = 145 bits (78), Expect = 4e-33
Identities = 108/121 (89%), Gaps = 8/121 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 264 TCTTGGTTGTGTGTTGTCTGGTTGCTGAGAGAGAAATCTACAAAGATCACATTCGAACTG 323
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | | | ||
Sbjct 640 TCTTGGTTGTATGTTGTCTGGTTGCTGAGAGAGAGATCTACAAAG---AGA---G-A-TG 691
Query 324 TCTCTGGTAAGAAAGAGGATGACCATGACCGGGGAAGGAAGAAGAGATCACAACGCCGCT 383
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 TCTCTGGTATGAATGAGGATGACCATGACCGGGGAAGGAAGAAGAGATCACAACGCCGCT 751
Query 384 C 384
|
Sbjct 752 C 752
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 182562177681
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5