BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03380.1
Length=3602
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477585 jgi|Araly1|477585|fgenesh2_kg.3__286__AT3G03380.1 5973 0.0
> Ahg477585 jgi|Araly1|477585|fgenesh2_kg.3__286__AT3G03380.1
Length=3552
Score = 5973 bits (3234), Expect = 0.0
Identities = 3431/3528 (97%), Gaps = 5/3528 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 51 AAAACCCTAAACCCCATTTCCCGCGGATTTTCTCCCAAGCTGATACGGAGATCAAATGGG 110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 26 AAAACCCTAAACCCCATTTCCCGCGGATTTTCTCCCAAGCTGATACGGAGACCAAATGGG 85
Query 111 AGATCCGTTGGAGAGGTTGGGTTCTCAGGCATCAATGGCTACTGAGTCTGTCATGAAGGA 170
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 86 AGATCCGTTGGAGAGGTTGGGTTCACAGGCCTCAATGGCTACTGAGTCTGGCATGAAGGA 145
Query 171 GGACTTGTGTTTAGAGATCGATCCTCCCTTAACTGAATCCGTTGCCACCGCTGAAGATTG 230
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 146 GGACTTGTGTTTAGAGATCGATCCTCCGTTAACTGAATCCGTTGCCACCGCTGAAGATTG 205
Query 231 GCGTCGTGCTCTCGGTAAGGTTGTTCCCGCCGTCGTTGTACTCCGCACAACGGCTTGTCG 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 206 GCGTCGTGCTCTCGGTAAGGTTGTTCCCGCCGTCGTTGTACTCCGCACAACTGCTTGTCG 265
Query 291 CGCCTTTGATACCGAGTCCGCCGGTGCTAGCTATGCTACTGGTTTTATCGTTGATAAGCG 350
|||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 266 CGCCTTCGACACTGAGTCCGCCGGTGCTAGCTATGCTACTGGGTTTATCGTTGATAAGCG 325
Query 351 ACGTGGGATCATCCTCACCAATCGCCATGTGGTTAAGCCAGGCCCAGTAGTTGCTGAGGC 410
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 326 ACGTGGGATCATCCTCACCAATCGCCATGTGGTTAAGCCAGGCCCAGTTGTTGCTGAGGC 385
Query 411 AATGTTTGTGAACCGAGAGGAAATCCCAATCTATCCTGTATACAGGGATCCGGTCCATGA 470
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 AATGTTTGTCAACCGCGAGGAAATCCCAATCTATCCTGTATACAGGGATCCGGTCCATGA 445
Query 471 CTTTGGCTTCTTTTGTTATGATCCCAGTGCTGTACAGTTTTTGACTTACCAAGAAATTCC 530
|||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 446 CTTTGGCTTCTTTTCTTATGATCCCAGTGCGGTACAGTTTTTGACTTATGAAGAAATTCC 505
Query 531 TCTTGCCCCAGAGGCGGCTTCTGTTGGACTCGAAATTAGGGTTGTTGGAAATGATAGCGG 590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 506 TCTTGCCCCAGAGGCGGCTTCTGTTGGACTCGAAATTAGGGTTGTTGGAAATGATAGCGG 565
Query 591 AGAAAAGGTTTCCATACTGGCTGGTACTCTTGCGCGGTTGGATCGGGATGCTCCACATTA 650
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 566 AGAAAAGGTTTCCATACTTGCTGGTACTCTTGCGCGGTTGGATAGGGATGCTCCACATTA 625
Query 651 CAAAAAGGATGGTTATAACGACTTCAATACGTTTTATATGCAAGCAGCATCAGGTACTAA 710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 CAAAAAGGATGGTTATAACGACTTCAATACGTTTTATATGCAAGCAGCATCAGGTACTAA 685
Query 711 AGGTGGTTCAAGTGGTTCTCCCGTCATTGATTGGCAAGGCAGGGCAGTAGCTTTGAATGC 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 686 AGGTGGTTCAAGTGGTTCTCCCGTCATTGATTGGCAAGGCAGGGCGGTAGCTTTGAATGC 745
Query 771 TGGCAGCAAGTCGTCAAGTGCATCAGCCTTCTTCCTACCACTTCAACGAGTTGTTAGGGC 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 TGGCAGCAAGTCGTCAAGTGCATCAGCCTTCTTCCTACCACTTCAACGAGTTGTTAGGGC 805
Query 831 GTTAAGTTTTCTCCAAAAAAGCATTGACTCGCGGACGGATAAGCCAAAAGCAGTTCATAT 890
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 GTTAAGTTTTCTCCAAAAAAGCATTGACTCGCGCACGGATAAGCCAAAAGCAGTTCATAT 865
Query 891 TCCTCGTGGTACACTTCAGATGACATTTCTTCATAAAGGATTCGATGAGATACGGCGACT 950
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 TCCTCGTGGTACGCTTCAGATGACATTTCTTCATAAAGGATTCGATGAGATACGGCGACT 925
Query 951 TGGTCTCAGGAGCGAAACTGAACAGGTGGTTCGACATGCATCTCCAACTGGGGAAACAGG 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 926 TGGTCTCAGGAGCGAAACTGAACAGGTGGTTCGACATGCATCTCCAACTGGGGAAACGGG 985
Query 1011 AATGCTTGTTGTCGATTCTGTGGTGCCAAGTGGCCCTGCTGATAAACATTTGGAGCCGGG 1070
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 AATGCTTGTTGTCGACTCTGTGGTGCCAAGTGGCCCTGCTGATAAACATTTGGAGCCGGG 1045
Query 1071 AGATGTTCTTGTTCGGGTGAATGGAACAGTGCTCACACAATTTTTGAACTTGGAGAATCT 1130
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 AGATGTTCTTGTTCGGGTGAATGGGACAGTGCTCACACAATTTTTGAACTTGGAGAATCT 1105
Query 1131 GCTTGATGACGGTGTTGGCCAGATACTTGAATTGGAGATTGAAAGGGGTGGACAACCACT 1190
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 GCTTGATGACGGTGTTGGCCAGATACTTGAACTGGAGATTGAAAGGGGTGGACAACCACT 1165
Query 1191 ATCTGTTAGTGTATCAGTACAAGATTTACACTCAATCACTCCAGATCACTTCCTGGAAGT 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1166 ATCTGTTAGTGTATCAGTACAAGATTTACACTCAATCACTCCAGACCACTTCCTGGAAGT 1225
Query 1251 AAGCGGTGCTGTAATTCATCCGTTGTCTTATCAGCAGGCTCGCAATTTTCGTTTTCCTTG 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 AAGCGGTGCTGTAATTCATCCGTTGTCTTATCAGCAGGCTCGCAATTTTCGTTTTCCTTG 1285
Query 1311 TGGCCTGGCTTATGTTGCGGACCCTGGATACATGCTATTTAGAGCTGGGGTCCCTCGACA 1370
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 TGGCCTGGCATATGTTGCGGACCCTGGATACATGCTATTTAGAGCTGGGGTCCCTCGACA 1345
Query 1371 TGCTATCATAAAGAAGGTTGCTAATGAGGATATTTCCAGTCTTGGAGACTTAGTATCTGT 1430
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1346 TGCTATCATAAAGAAGGTTGCTAATGAGGACATTTCCGGTCTTGGAGATTTAGTATCTGT 1405
Query 1431 TCTTTCAAAGCTTTCTAGGGGTGCTCGTGTTCCATTGGAATATATGTCTCACACTGATCG 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 TCTTTCAAAGCTTTCTAGGGGTGCTCGTGTTCCCTTGGAATATATGTCTCACACTGATCG 1465
Query 1491 TCATCGCAAGAAGTCTGTGTTAGTCACGATTGATCATCATGAATGGTACGCTCCTCCTCA 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1466 TCATCGCAAGAAGTCTGTGTTAGTCACGATTGATCGTCATGAATGGTACGCTCCTCCTCA 1525
Query 1551 GTTGTATACCCGTAATGACAGTTCCGGTTTATGGGATGCGAAACCTGCAATTGAACCTGC 1610
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1526 GTTGTATACCCGTAATGACAGCTCTGGTTTATGGGATGCGAAACCTGCAATTGAACCTGC 1585
Query 1611 TTCTGTTTCACCATCTATTGGTAATAATGGCTTTCCTATAAGCCAAGATATTTCTCTATG 1670
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 TTCTGTTTCACCGTCTATTGGTAATAATGGCTTGCCTATAAGCCAAGATATTTCTCTATG 1645
Query 1671 CCATCACGATACGGAACCCATGCATGAAGTGAATGTTCGTGGGGTTACTGATATTGCAGC 1730
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646 CCATCACGATACAGAACCCATGCATGAAGTGAATGTTCGTGGGGTTACTGATATTGCAGC 1705
Query 1731 GATTATGGAAACTTCTAGTGGGGATGGTTCTCAGAATGATTTTGGCTCAGAAGCAAAGAA 1790
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 TATTATGGAAGCCTCTAGTGGGGATGGTTCTCAGAATGATTTTGGCTCAGAAGCAAAGAA 1765
Query 1791 ACAAAGAGTTGACGAGGATTCTTCAGATGGGATTGCTGCAAACGGTTCCTTATATGGCAG 1850
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766 ACAAAGAGTTGACGATGATTCTTTAGATGGGATTGCTTCAAACGGTTCCTTATATGGCAG 1825
Query 1851 TGAATTTAAATCTGATGATGCAATGGAAACAGATACTACAGTTTTAAGAGACTTCGAAGG 1910
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 TGAATTTAAATCTGATGATGCAATGGCAACAGATAATACAGTTTTAAGAGACTTCGAAGG 1885
Query 1911 TGCAACAGCACTGTC-TGCTAATGCTTCATTGGCTGAGCGTGCTATTGAGCCTGCACTTG 1969
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1886 TGCAACAGCACTG-CTTGCTAATGCTTCATTGGCTGAGCGTGCTATTGAGCCTGCTCTTG 1944
Query 1970 TCATGTTTGAGGTTCATGTGCCACCATCGTGCAGTCTTGATGGTGTACACTCACAACATT 2029
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1945 TCATGTTTGAGGTTCATGTACCACCATCATGCAGTCTTGATGGTGTACACTCCCAACATT 2004
Query 2030 TCTTTGGGACTGGCATCATTATATATCATTCTTCTAACATGGGGCTTGCTGTGGTGGACA 2089
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2005 TCTTTGGGACTGGCATCATTATATATCATTCTTCTAGCATGGGACTTGCTGTGGTGGACA 2064
Query 2090 AAAACACAGTTGCGATTTCTGCATCTGATGTTATGTTGTCCTTTGCTGCTTTTCCAGTCG 2149
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 AAAACACTGTTGCGATTTCTGCATCTGATGTTATGTTGTCCTTTGCTGCTTTTCCAGTCG 2124
Query 2150 AGATTCCTGGAGAGGTAGTATTTCTTCATCCCGTTCACAACTATGCTCTGATTGCGTATA 2209
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2125 AGATTCCTGGAGAGGTAGTATTTCTTCATCCTGTTCACAACTATGCTCTTATTGCGTATA 2184
Query 2210 ATCCATCAGCAATGGATCCTGCCAGTGCTTCAGTCATTCGTGCAGCTGAGCTACTACCTG 2269
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 ATCCGTCAGCAATGGATCCTGCCAGTGCTTCAGTCATTCGTGCAGCTGAGCTACTACCTG 2244
Query 2270 AACCTGCACTCCAACGTGGAGATTCAGTCTATCTTGTCGGATTGAGTAGGAACCTTCAAG 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 AACCTGCACTCCAACGTGGAGATTCAGTCTATCTTGTCGGATTGAGTAGGAACCTTCAAG 2304
Query 2330 CTACATCAAGAAAATCTATTGTAACCAATCCATGTGCAGCGTTAAACATTGGTTCTGCTG 2389
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2305 CCACATCAAGAAAATCTATTGTAACCAATCCATGTGCAGCGTTAAACATTGGGTCTGCTG 2364
Query 2390 ATTCTCCCCGTTACAGAGCTACTAATATGGAAGTAATTGAGCTTGATACAGATTTTGGTA 2449
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365 ATTCTCCCCGCTACAGAGCTACTAATATGGAAGTAATTGAGCTTGATACAGATTTTGGTA 2424
Query 2450 GCTCATTTTCAGGGGCGCTGACTGATGAGCAGGGAAGAATTCGGGCTATTTGGGGAAGTT 2509
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2425 GCTCATTTTCAGGGGCGCTGACTGATGAGCAGGGAAGAATCCGGGCTATTTGGGGAAGCT 2484
Query 2510 TTTCGACTCAGGTTAAATATAGTTCCACTTCTTCAGAAGACCACCAGTTTGTCAGAGGTA 2569
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2485 TTTCGACTCAGGTTAAATATAGTTCCACTTCGTCTGAAGACCATCAGTTTGTCAGAGGTA 2544
Query 2570 TCCCAGTATATGCAATCAGCCAAGTCCTTGAAAAAATCATAACCGGTGGAAATGGACCAG 2629
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2545 TCCCGGTATATGCAATCAGCCAAGTCCTTGAAAAAATCATAACCGGTGGAAATGGACCAG 2604
Query 2630 CTCTTCTCATAAATGGTGTCAAAAGGCCAATGCCACTTGTTCGGATTTTGGAAGTTGAAT 2689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 CTCTTCTCATAAATGGTGTCAAAAGGCCAATGCCACTTGTTCGGATTTTGGAAGTTGAAT 2664
Query 2690 TGTATCCTACTTTGCTTTCAAAAGCCCGGAGTTTTGGTCTGAGTGATGAATGGATCCAAG 2749
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2665 TGTATCCTACTTTGCTTTCAAAAGCACGGAGTTTTGGTCTGAGTGATGCATGGATCCAAG 2724
Query 2750 TCCTAGTCAAGAAGGATCCTGTTAGACGTCAAGTTCTGCGTGTTAAAGGTTGCCTGGCAG 2809
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2725 TCCTAGTCAAGAAGGATCCTGTTAGACGTCAAGTTCTGCGAGTTAAAGGTTGCCTGGCAG 2784
Query 2810 GATCAAAAGCTGAAAACCTTCTTGAACAAGGCGATATGGTTCTGGCAGTCAATAAGATGC 2869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2785 GATCAAAAGCTGAAAACCTTCTTGAACAAGGCGATATGGTTCTGGCAGTCAATAAGATGC 2844
Query 2870 CAGTTACATGCTTCAATGACATAGAAGCTGCTTGCCAAACATTGGATAAGGGTAGTTACA 2929
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2845 CAGTTACATGCTTCAATGACATAGAAGCCGCTTGCCAAACATTGGATAAGGGTAGCCACA 2904
Query 2930 GCGATGAAAATCTCAATCTAACAATCCTTAGACAGGGCCAAGAACTGGAGCTCGTAGTTG 2989
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2905 GCGATGAAAATCTCAATCTAACAATCCTTCGACAGGGCCAAGAACTGGAGCTCGTAGTTG 2964
Query 2990 GAACTGATAAGAGAGATGGGAATGGAACGACAAGAGTGATAAATTGGTGCGGATGCGTTG 3049
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2965 GAACTGATAAAAGAGATGGGAATGGAACGACAAGAGCGATAAACTGGTGCGGATGCGTTG 3024
Query 3050 TTCAGGATCCTCATCCTGCGGTTCGTGCTCTTGGATTTCTTCCTGAGGAAGGTCATGGTG 3109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3025 TTCAGGATCCTCATCCTGCGGTTCGTGCTCTTGGATTTCTTCCTGAGGAAGGTCATGGTG 3084
Query 3110 TCTATGTCACAAGATGGTGTCACGGGAGTCCCGCTCACCGATATGGCCTCTACGCGCTTC 3169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3085 TCTATGTCACAAGATGGTGTCACGGGAGTCCCGCTCACCGATATGGCCTCTACGCACTTC 3144
Query 3170 AATGGATCGTGGAAGTTAATGGGAAGAAGACTCCTGACCTAAACGCATTCGCAGATGCTA 3229
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3145 AATGGATTGTGGAAGTTAATGGGAAGAAGACTCCTGACCTAAACGCATTCGCAGATGCTA 3204
Query 3230 CCAAGGAGCTAGAACACGGGCAGTTTGTGCGTATTAGGACTGTTCATCTAAACGGCAAGC 3289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3205 CCAAGGAGCTAGAACACGGGCAGTTTGTGCGTATTAGGACTGTTCATCTTAACGGCAAGC 3264
Query 3290 CACGAGTATTGACTCTGAAACAAGATCTCCATTACTGGCCGACTTGGGAATTGAGGTTCG 3349
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3265 CACGAGTCTTGACTCTGAAGCAAGATCTCCATTACTGGCCGACTTGGGAGTTGAGGTTCG 3324
Query 3350 ACCCAGAGACTGCTCTTTGGCGGAGAAATATATTGAAAGCCTTGCAGTAAAAGCCATTTG 3409
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 3325 ACCCAGAGACTGCTCTTTGGCGGAGAAATATATTGAAAGCTTTGCAGTAAAAGCCTTTTG 3384
Query 3410 GTGTTTCTCTGAAA-G-TCTC-TTATGTCTCTCATTGCTCCAACTTTGTTGTATTTCTAT 3466
|| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3385 GTATTTCTCTGAAAAGCTCTTATTATGTCTCTCATTGCTCCAACTTTGTTGTATTTCTAT 3444
Query 3467 CATTCTTCTACTCAAATTCTTCATTAATTCATCATACTAAAAGACCTGTCACTACAGTTT 3526
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||
Sbjct 3445 CATTTTTCTACTCAAATTCTTCATTAATTCATCATACTAAAAGAACTATCACTACAATTT 3504
Query 3527 ACAGAAAAACTGAAGGATTTTACATCCAGTAAAAATGTTCAAATCAAA 3574
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 3505 ACAGAAAAACTGAAGGAATTTACATCCAGTAAAAATGATCATATCAAA 3552
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136055823475
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5