BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03560.1
Length=1809
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477601 jgi|Araly1|477601|fgenesh2_kg.3__302__AT3G03560.1 2671 0.0
> Ahg477601 jgi|Araly1|477601|fgenesh2_kg.3__302__AT3G03560.1
Length=1748
Score = 2671 bits (1446), Expect = 0.0
Identities = 1682/1789 (94%), Gaps = 43/1789 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGATAATCGGAGTTCTGAATCAATCAAAAGGCATGAGATTGAGAAAGATACTATT 60
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGGATGACAATCGGAGTTCTGAATCAATCAAAAGGCATGAGATTGAGAACGATACTATT 60
Query 61 GCGTCGAGGAAGCTAGAAGATACTAATACTAAGTTAATACAAGATCCTGAAGAAATGGCA 120
|| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 GCTTCGAGGAAGCTAGAAGATAGTAATGCTAAGTTAATTCAAGATCCTGAGGAAATGGCA 120
Query 121 CTTTATGCGAAAGTGAGATCACAAGAAGAGGAGATTCATAGTCTCCAGGAACGAATTGCT 180
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTTTATGCAAAAGTGAGATCACAAGAAGAGGAGATTCATAGTCTCCAGGAACGAATTGCT 180
Query 181 GCTGCTTGTTTGAAGGATATGCAGCTGCTGAATGAGAAGTATGGACTAGAGAGAAAATGT 240
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 181 GCTGCTTGTTTGAAGGATATGCAGCTGCTCAATGAGAAGTATGGATTAGAGAGAAAATGT 240
Query 241 GCTGATCTTCGAGTGGCAATTGATGAGAAACAAAATGAATCTGTTACGTCTGCGTTGAAT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 GCTGATCTTCGAGTGGCAATTGATGAGAAACAAAATGAATCTGTTACATCTGCGTTGAAT 300
Query 301 GAGTTGGCTCGTAGAAAAGGTGATCTTGAAGAAAATTTGAAGTTGGCACATGATTTAAAG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAGTTGGCTCGTAGAAAAGGTGATCTTGAAGAAAATTCGAAGTTGGCACATGATTTAAAG 360
Query 361 GTTACAGAAGACGAGAGGTATATATTCATGACGTCCTTACTTGGTTTATTAGCTGAGTAT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTACAGAAGACGAGAGGTATATATTCATGACGTCCTTACTTGGTTTATTAGCTGAGTAT 420
Query 421 GGTGTTTGGCCTCGTGTTGCTAATGCTACCGCTATATCCAGCGGCATAAAGCACTTGCAT 480
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGTGTTTGGCCTCGTGTTGCAAATGCCACCGCTATATCCAGCGGCATAAAGCACTTGCAT 480
Query 481 GATCAGTTGCAATGGAAGACTAAAGCTTGCAATGATAGGATTAGAGAGTTATCATCTATT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 481 GATCAGTTGCAATGGAAGACTAAAGCTTGCAATGATAGGATTAGAGAACTATCATCTATT 540
Query 541 GTGGAAAACCAACCGGGAACAGATTTTATTAGTAAAGACAACCATGATCCCAGAAATTCA 600
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTGGAAAACCAACCGAGAACAGATTTTATTAGTAAAGACAACCATGATCCCAGAAATTCG 600
Query 601 AAAACTCAAGCTTCTTATGGATCCACGGATCGTGGTAATGATTATCAGACCAATGAACAA 660
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 601 AAAAGTCAAGCTTCTTATGGATCCACGGATCGTGGTAATGATTATCAGACCAGTGAACAA 660
Query 661 CTCTTGCCACCAATGGAAAATGTTACGAGAAACCCGTATCATAACATTATGCAAGACACT 720
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 661 CTTTTGCCACCAATGGAAAATGTTACGAGAAACCCGTATCATAACGCTATGCAAGACACT 720
Query 721 GAAAGTTTGAGATTTAATAATCAGATTGGTGGTGGATCTCAAGGAATTTTCCCGCAGCCG 780
||| |||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 721 GAAGGTTTAAGATTTAATAATCAGGTAGGCGGTGGATCTCAAGGAATTTTCCAGCAGCCG 780
Query 781 AAAAGGGAAAATTTTGGATATCCTCTTAGTAGTGTGGCGGGGAAGGAAATGATTCAAGAA 840
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 781 AAAAGGGAAAATTTTGGATATCCTCTAAGTAGTGTGGCGGGGAAGGAAATGATTCGAGAA 840
Query 841 AGAGAAGAAAAAGCTGAGAATTCTTCCATGTTTGATGCTTATAATGGGAATGAAGAGTTT 900
||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 841 AGAGACGAAAAAGTTGAGAATTCTTCCATGTTTGATGCTTATAACGGGAATGAAGAGTTT 900
Query 901 GCTTCTCATGTTTATGAAGAGGGACCTGGAATCGATGGATTTCAGATTATTGGAGATGCT 960
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 901 GCTTCTCATGTTTATGAAGAGGGACCAGGAATTGATGGATTTCAGATTATTGGTGATGCA 960
Query 961 ATACCTGGAGAAAAAGTTCTTGGTTGTGGGTTTCCAGTGCGAGGAACCACTCTCTGTATG 1020
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATACCTGGAGAAAAAGTTCTTGGTTGTGGTTTTCCAGTGCGAGGAACCACTCTCTGTATG 1020
Query 1021 TTTCAGTGGGTTCGGCATCTTGAAGATGGCACAAGACAATACATCGAGGGAGCCACCCAT 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTTCAGTGGGTTCGGCATCTTGAAGATGGCACAAGACAATACATCGAGGGAGCCACCCAC 1080
Query 1081 CCAGAGTATATTGTAACTGCGGATGATGTAGATAAACTGATTGCTGTTGAGTGTATTCCA 1140
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CCAGAGTATGTTGTAACTGCGGATGATGTAGATAAACTGATTGCTGTTGAGTGTATTCCA 1140
Query 1141 ATGGATGATCAAGGTCGTCAGGGAGAATTAGTGAGATTGTTTGCTAATGATCAAAACAAG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1141 ATGGATGATCAAGGTCGTCAGGGAGAATTAGTGAGATTGTTTGCTAATGATCAGAACAAG 1200
Query 1201 ATTAGATGTGATACAGAGATGCAAACAGAAATCGACACTTATATATCCAGAGGTCAAGCA 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1201 ATTAGATGTGATACAGAGATGCAAACAGAAATCGACACTTATTTATCCAGAGGTCAAGCA 1260
Query 1261 AGCTTTAATGTGCAGCTTCTGATGGATTCATCAGAGAGTTGGGAACCCGCAACTGTTGTT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1261 AGCTTTAATGTGCAGCTTCTGATGGATTCATCAGAGAGTTGGGAACCCGCAACGGTTATT 1320
Query 1321 TTGAAGAGATCTAGTTACCAGATTAAAACGAATACCACAGAAGCTGTAGTGATCTCAGAG 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | | ||| ||||
Sbjct 1321 TTGAAGAGATCTAGTTACCAGATTAAAACGAACACCACAGAAG-TG-A-T-ATC--AGAG 1374
Query 1381 AAATACTCAAAGGAACTTCAGATAAGAGTACCGTCTGGAGAATCCACACAGTTTGTACTG 1440
||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| || ||||||||||| |||
Sbjct 1375 AAATACTCAAAGGAACTCCAGATAAAAGTACCGTGTGGATTCTCAACACAGTTTGTTCTG 1434
Query 1441 ATAAGTTATGATGGATCTTCACATCCCATAAGCACACTCAATGTCCGTATGCGTGATACG 1500
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 ATAAGTTATGATGGATCTTCACATCCTATAAGCACACTCAATGTCCGTATGCGTGATACG 1494
Query 1501 CTAGTCTTGACGATGAGAATGCTTCAAAGCAAGGCACTGGACGAGCGCAGAAAAGGACGA 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1495 CTAGTCTTGACGATGAGAATGCTTCAAAGCAAGGCACTGGACGAACGCAGAAAAGGACGA 1554
Query 1561 GTTTAAAAGTTAGTGATGACTACACACTACAGAACAGATCCATCCTCGAGACCTTCAAAT 1620
|||||||| | | || | | || | | | || ||| ||||||||
Sbjct 1555 GTTTAAAA---AC--A-GA-T-C-CA-T-C----C---TC-------GAGTCCTTCAAAA 1589
Query 1621 TTAAGTTTAATAAAATGGGGTCTGCGatttctatttttataattgagtaataattgttat 1680
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1590 TTAAGTTTAATAAAAT----------ATTTCTATTTTTATAATTGAGTAATAATTGTTAT 1639
Query 1681 cgctatagtttttgtattattatt-tttt-gTCGTTTAGGTTCTATGTTTTTCTGAACAA 1738
||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1640 CGCTATAATTTTTGTATTATTATTATTTTTGTCGTTTAGGATCTTTGTTTTTCTGAACAA 1699
Query 1739 CAAAAATAAATCTTATTGTAATAGACTGTAACATTCACTCTGTACTGAA 1787
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1700 CAAAAAGAAATCTTATTGTAATAGACTGTAAAATTCACTCTGTACTGAA 1748
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67914906835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5