BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03620.1
Length=1738
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927887 jgi|Araly1|927887|scaffold_300344.1 2446 0.0
> Ahg927887 jgi|Araly1|927887|scaffold_300344.1
Length=1551
Score = 2446 bits (1324), Expect = 0.0
Identities = 1476/1550 (95%), Gaps = 8/1550 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 57 GGAAGAACAAAAGAACAATTAGAAATGAGTACTCAAGAAGAAATGGAGGAGAGGCTATTA 116
||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GGAAGAAGAAAAGATCAATTTGAAATGAGTACTCAAGGAGAAATGGAGGAGAGGCTATTA 60
Query 117 CGTGAAGGATCAGATGCTGAGGGTCAGAGCAATAATAGGGAGAGTATCTATTTGAGAACG 176
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTGAAGGATCAAATGCTGAGGGTCAGAGCAATCATAGGGAGAGTATCTATTTGAGAACC 120
Query 177 AAGGTCTGGAGTGAAGTAAATAAAATGTGGAGAATAGCATTACCTTCTTCTTTGTTCCGA 236
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 AAGGTTTGGAGTGAAGTAAGTAAAATGTGGAGAATAGCATTACCTTCGTCTTTGTTCCGA 180
Query 237 ATGACTTCGTTTGGGAGCATCATTGTGGCTCAAGCCTTCATTGGTCACTCCTCTGAGTTG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATGACTTCGTTTGGGAGCATCATTGTGGCTCAAGCCTTCATCGGTCACTCCTCTGAGTTG 240
Query 297 GGTCTAGCCGCTTACGCACTCCTCCAAAGCACATTCATCCGCTTCCTCTACGGTTTAATG 356
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 GGTCTAGCCGCTTACGCTCTCCTCCAAAGCACATTCATCCGCTTCCTCTATGGTTTAATG 300
Query 357 GGCGGTATGTCAAGTGCAACGGAGACATTATGCGGGCAAGCATACGGTGCGGAACAATAT 416
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 301 GGCGGTATGTCAAGTGCAACGGAGACATTATGCGGGCAAGCATACGGTGCAGAACAATAC 360
Query 417 CACACAATGGGGATATATCTACAACGTTCATGGATCGTGGACATGGCCGTGACCACTTTG 476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||
Sbjct 361 CACACAATGGGGATATATCTACAACGTTCATGGATCGTGGACATGGTCGTGACCTCTCTG 420
Query 477 TTTCTACCGTTTATTGTACTTGCGGGTCCCATTCTCCGTCTATTAGGCCAAAACGTGGAG 536
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 421 TTCCTACCGTTTATTGTACTTGCGGGTCCCATTCTCCGTCTATTAGGACAAAACGTTGAG 480
Query 537 ATCACAAAGACCGTTGATGAGATATATCCTTGGATGATTCCGTATGTATATAGCTTAATT 596
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 481 ATCACAAAGACCGTTGGTGAGATATATCCGTGGATGATTCCTTATGTCTATAGCTTAATT 540
Query 597 TTCACTATGACTATACAAATGTACCTCCAAGCACAGATGAGGAACGCTATTGTAGGCGTT 656
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 541 TTCACTATGACCATACAAATGTATCTCCAAGCACAGATGAGGAACGCCATTGTAGGCGTT 600
Query 657 CTTTCGACATTGTCCTTGGCTCTTGACCTCGTGGTCACATGGTGGTGCGTGAGTGTTATG 716
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTTTCGACATTGTCCTTGGCTCTCGACCTCGTGGTCACGTGGTGGTGCGTGAGTGTTATG 660
Query 717 GGTATGGGCATTGGTGGTGCTCTCCTCGGACTTAATGTGGGCTCTTGGGCAATGGTATTA 776
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 661 GGAATGGGCATTGGTGGTGCGCTCCTCGGACTTAATGTGGGCTCGTGGGCAATGGTATTA 720
Query 777 GCCGAGTTTGTGTACATTTTTGGTGGATGGTGTCCTTTTACTTGGACCGGATTTAGTATT 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GCCGAGTTTGTGTACATTTTTGGTGGATGGTGTCCGTTTACTTGGACCGGATTTAGTATT 780
Query 837 GCTGCTTTTGTTGACCTAATTCCTATGCTCAAGCTTTCCATTTCTTCAGGCTTCATGATC 896
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GCTGCTTTTGTTGACCTAATTCCTACGCTCAAGCTCTCCATTTCTTCAGGCTTCATGATC 840
Query 897 TGCTTAGAGTATTGGTACATGAGCATCCTTGTCTTAATGGCGGGGTATACAAAAGATGCG 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGCTTAGAGTATTGGTACATGAGCATCCTTGTCTTAATGGCTGGGTATACAAAAGATGCG 900
Query 957 AAAATCGCAATCTCTGCTTTCTCAATATGCCAATACATATATACATGGGAACTCAACATA 1016
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AAAATTGCAATCTCTGCTTTCTCAATATGCCAATACATATATACATGGGAACTCAACATA 960
Query 1017 TGCCTTGGCTTCTTGGGTGCGGCATGCGTCCGGGTGGCTAACGAGTTGGGGAAAGGAGAT 1076
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 961 TGCCTTGGCTTCTTGGGTGCGGCTTGTGTCCGGGTGGCTAACGAGCTGGGGAAAGGAGAT 1020
Query 1077 GCACATGCAGTGAGATTTTCAATAAAAGTGATACTCACAATATCAACATTGATGGGAGTG 1136
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1021 GCAGATGCAGTGAGGTTTTCAATAAAAGTGATACTCACAGTATCAACATTTATGGGAGTG 1080
Query 1137 ATATTCTCAGCTCTATGCTTAGCTTTTTGTGGTC-GAATTTCCTATTTGTTTTCGAATAG 1195
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATGTTCTCAGCTCTATGCTTAGCTTTCTGTGGTCAGA-TTTCGTATTTGTTTTCGAATAG 1139
Query 1196 CGACGAGGTTTCGGATGCAGTGAATGATTTATCGGTGATCCTTGCTGTTTCAATCTTACT 1255
|| |||||||| || |||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1140 CGTTGAGGTTTCAGAGGCAGTGGATGATTTGTCGGTAATCCTTGCCATTTCAATCTTACT 1199
Query 1256 CAACAGCATACAACCTATACTCTCAGGTGTAGCAGTTGGGGCAGGGATGCAGAGTATAGT 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CAACAGCATACAACCTATACTCTCAGGTGTAGCAGTTGGAGCAGGGATGCAGAGTATAGT 1259
Query 1316 GGCAGTTGTGAACTTAGCCTCTTATTATGCAATTGGTATTCCTTTGGGTCTCATCCTTAC 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GGCAGTTGTGAACTTAGCCTCTTATTATGCAATTGGCATTCCTTTGGGTCTCATCCTTAC 1319
Query 1376 T-TATGTTTTCCATCTTGGTGTTAAGGGACTATGGTCTGGAATGTTGGCTGGAATTGCGA 1434
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1320 TCT-TGTTTTCCATCTTGGTGTTAAGGGACTATGGTCTGGAATGTTGGCCGGAATTGCGA 1378
Query 1435 TCCAAACAATAATATTATGTTATATAATTTACAAAACTGACTGGGAATTAGAGGTTAAAA 1494
|||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TCCAAACAATGATATTGTGTTATATCATTTACAAAACTGACTGGGAATTAGAGGTTAAAA 1438
Query 1495 GGACATGTGAACGTATGAAAGTGTGGAGCCTGAAGCCATCTAATGAAGAGTCGAATCCCA 1554
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GGACAAGTGAACGTATGAAAGTGTGGAGCCTGAAGCCATTTAATGAAGAGTCGAATCCCA 1498
Query 1555 TAATAAGAGAAGAAAGT-AGGAGCAAGTGAGAACTGTTTCGATATTATAC 1603
||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||| ||||||
Sbjct 1499 TAATAAGAGAAGAAAGTGAG-AGCAAGTGA-A-CTGTTTCGATGTTATAC 1545
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65210499440
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5