BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03710.1
Length=3103
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927898 jgi|Araly1|927898|scaffold_300355.1 4680 0.0
> Ahg927898 jgi|Araly1|927898|scaffold_300355.1
Length=2809
Score = 4680 bits (2534), Expect = 0.0
Identities = 2706/2791 (97%), Gaps = 3/2791 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGACGAGTCCCAGTAACGCACTTCACAGTAGTACTCCACAATTCTGGCCACTTCGC 60
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 21 ATGCTGACGAGTCCCAGTAACGCACTTCACAGTAGTACTCCACACTTCTGGCCAGTTCGC 80
Query 61 CGGAGCAAGCTTTGCCGTTCCCGGAATTTCCCTCGTTTTCACTCCGGCGAACGCAGCAGC 120
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 CGGAGCAGGCTTTGCCGTTCCCGGAATTTCCCTCGTTTTCACTCCGGCGAACGCAGCAGC 140
Query 121 GGCGGAGGAGGAAAATTGTGCTCGCTCTCTCTTCTCTCCGGAAGTGGCGCCGGTAAATTC 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 141 GGCGGAGGAGGAAAATTGTGCTCGCTCTCTCTTCTCTCCGCAAGTGGCGCCAGTAAATTC 200
Query 181 AGTGTCAGAGCTCTAGTTAGGCCTGATGATACCGACGACGCTGACTCCGTCGGCGATGGG 240
|||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 201 AGTGTCAGAGCTCTAGTTAGACCAGATGTTACCGAAGACGCTGACTCTGTCGGCGATGGG 260
Query 241 TCTCTGGCTTTTCCTAACCACGTTTCTGTCAAAATTCCATTCGGAAATAGAGAGATTTTA 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 261 TCTCTGGCTTTTCCTAACCACGTTTCTGTCAAAATTCCTTTCGGAAATAGAGAGATTTTA 320
Query 301 GTTGAGACTGGTCTCATGGGGAGACAAGCAAGTTCTGCAGTCACGGTCACAGATGGAGAA 360
|| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||
Sbjct 321 GTAGAGACTGGTCTTATGGGGAGACAAGCAAGCTCTGCTGTAACAGTGACAGATGGAGAA 380
Query 361 ACTATTGTCTACACATCCGTTTGTCTAGCTGATGTTCCGAGTGAGCCATCAGATTTTCTT 420
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 ACTATTGTCTACACATCTGTTTGTCTAGCTGATGTTCCGAGTGAGCCATCAGATTTTCTT 440
Query 421 CCCCTTTATGTTCACTATCAGGAGCGATTCTCAGCTGTAGGTCGAACTAGTGGTGGATTT 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 441 CCCCTTTATGTTCACTATCAGGAGCGATTCTCAGCTGTTGGTCGAACTAGTGGTGGATTT 500
Query 481 TTTAAGCGAGAAGGGAGAACCAAAGATCACGAGGTTCTGATTTGTAGGTTGATCGATAGA 540
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 TTTAAGCGAGAAGGAAGAACAAAAGATCACGAGGTTCTGATTTGTAGGTTGATCGATAGA 560
Query 541 CCTCTACGCCCCACTATGCCCAAAGGTTTCTACAATGAAACTCAGATTTTATCCTGGGTT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 561 CCTCTACGCCCCACTATGCCCAAAGGTTTCTACAATGAAACTCAGATATTATCCTGGGTT 620
Query 601 TTGAGCTACGATGGATTACACGCACCTGATGCTTTAGCTGTTACATCTGCTGGAATTGCT 660
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 TTGAGCTATGATGGATTACACGCACCTGATGCTTTAGCTGTTACATCTGCTGGAATTGCT 680
Query 661 GTAGCTCTTTCAGAAGTACCAAATGCGAAAGCGATTGCAGGAGTTCGGGTTGGTCTTATT 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 681 GTAGCTCTTTCAGAAGTACCAAATGCGAAAGCGATTGCAGGAGTTCGGGTTGGTCTAATT 740
Query 721 GGGGGTGAATTCATTGTCAATCCAACCGTGAAGGAGATGGAAGAATCACAGCTAGATTTG 780
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 741 GGGGGCGAATTCATCGTCAATCCAACCGTGAAGGAGATGGAAGAGTCACAGCTAGATTTG 800
Query 781 TTTCTAGCTGGAACAGATACTGCAAT-TCTAACGATAGAGGGATACAGTAATTTTCTTCC 839
|||||||||||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 TTTCTAGCTGGAACAGATACAGCCATAT-TAACGATAGAGGGATACAGTAATTTTCTTCC 859
Query 840 TGAGGAAATGCTTCTCCAAGCTGTTAAAGTTGGACAGGATGCTGTACAGGCTACATGCAT 899
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 TGAGGAAATGCTGCTCCAAGCTGTTAAAGTTGGACAGGATGCTGTACAGGCTACATGCAT 919
Query 900 TGCTATTGAAGTTTTAGCAAAGAAATATGGAAAGCCTAAAATGCTTGACGCTATCAGATT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 CGCTATTGAAGTTTTAGCAAAGAAATATGGAAAGCCCAAAATGCTTGACGCTATCAGATT 979
Query 960 ACCACCTCCAGAGCTATACAAGCATGTGAAAGAACTTGCTGGTGAGGAATTGACAAAAGC 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 980 ACCACCTCCAGAGCTATACAAGCATGTGAAAGAACTTGCTGGTGAGGAATTGACCAAAGC 1039
Query 1020 GTTACAAATTAAGAGTAAAATATCGAGAAGGAAAGCCATATCGTCCCTGGAAGAAAAGGT 1079
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 GCTACAAATTAAGAGCAAAATATCGAGAAGGAAAGCCATATCGTCCCTGGAAGAAAAGGT 1099
Query 1080 CTTGACAATACTGACAGAGAAGGGATATGTTATTGATGAGGTAGCTTTTGGAACCATAGA 1139
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1100 CTTGACAATACTGACAGAGAAGGGGTATGTTATTGATGAGGTTGCATTTGGAACCATAGA 1159
Query 1140 AGCACAACCGGATCTGTTGGAGGATGAAGACGAGGATGAGGAAGTTGTTCCTGAAGGTGA 1199
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1160 AGCACAACCTGATCTGTTGGAGGATGAAGACGAGGATGAGGAAGTTGTTCCTGAAGGGGA 1219
Query 1200 GGTGGACCAAGGCGATGTTCACATTAGACCCATCCCTCGGAAACCTATTCCTTTACTATT 1259
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 GGTGGACCAAGGCGATGTACACATTAGGCCCATCCCTCGGAAACCTATTCCTTTACTATT 1279
Query 1260 TTCTGAAGTAGATGTCAAGCTAGTCTTCAAAGAAGTATCGTCGAAGCTTCTACGTAGGCG 1319
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 1280 TTCTGAAGTAGATGTCAAGCTGGTCTTCAAAGAAGTATCGTCAAAGCTCCTACGGAGGCG 1339
Query 1320 AATTGTTGAGGGAGGTAAAAGAAGTGATGGTCGGACTCTGGATGAGATTCGTCCAATTAA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 AATTGTTGAGGGAGGTAAAAGAAGTGATGGTCGGACTCTGGATGAGATTCGTCCAATTAA 1399
Query 1380 TTCAAGATGTGGACTGCTTCCCAGGGCACATGGAAGTACTCTGTTCACACGTGGGGAAAC 1439
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1400 TTCAAGATGTGGACTGCTTCCAAGGGCACATGGAAGTACTCTGTTCACACGTGGTGAAAC 1459
Query 1440 ACAGGCACTGGCAGTTGTTACGCTTGGTGATAAACAAATGGCGCAGAGAATTGACAACCT 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1460 ACAGGCACTGGCAGTTGTTACGCTTGGTGATAAACAAATGGCACAGAGAATTGACAACCT 1519
Query 1500 TGAGGGTTCTGATGAATACAAGAGGTTCTATCTTCAGTACACTTTTCCTCCATCGTCTGT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 TGAGGGTTCTGATGAATACAAGAGGTTCTATCTTCAGTACACTTTTCCTCCATCGTCTGT 1579
Query 1560 TGGTGAAGTTGGACGAATTGGTGCACCCAGTAGAAGAGAAATAGGTCATGGGACACTAGC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 TGGTGAAGTTGGACGAATTGGTGCACCCAGTAGAAGAGAAATAGGTCATGGGACACTAGC 1639
Query 1620 AGAGCGAGCATTGGAGACCATTCTACCTAGTGATGATGACTTTCCTTACACAATACGTGT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 AGAGCGAGCATTGGAGACCATTCTACCTAGTGATGATGACTTTCCTTACACAATACGTGT 1699
Query 1680 TGAAAGTACAGTAATTGAAAGCAATGGTTCTTCAAGTATGGCATCTGTTTGTGGCGGTTG 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1700 TGAAAGTACAGTAATTGAAAGCAATGGTTCTTCAAGCATGGCATCTGTTTGCGGCGGTTG 1759
Query 1740 CTTGGCTTTGCAAGATGCTGGAGTTCCAGTCAAATGTTCTGTTGCTGGGATAGCAATGGG 1799
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1760 CTTGGCTTTGCAAGATGCCGGAGTTCCAGTCAAGTGTTCTGTTGCTGGCATAGCAATGGG 1819
Query 1800 AATGGTTTGGGATACTGAAGAATTTGGAGGTGATGGATCTCCCCTTATCCTTTCTGACAT 1859
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 AATGGTTTGGGATACTGAAGAATTTGGCGGTGATGGATCTCCCCTTATCCTTTCTGACAT 1879
Query 1860 CACTGGAGCTGAAGATGCATCTGGTGATATGGACTTTAAGGTTGCTGGGAATGAAGATGG 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 CACTGGAGCTGAAGATGCATCTGGTGATATGGACTTTAAGGTTGCTGGGAATGAAGATGG 1939
Query 1920 CGTTACCGCCTTTCAGATGGACATCAAGGTAGGAGGAATTACTTTAGAGATAATGGAAAA 1979
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1940 TGTTACCGCCTTTCAGATGGACATTAAGGTAGGAGGAATCACTTTAGAGATAATGGAAAA 1999
Query 1980 GGCTCTAATACAGGCAAAAGCTGGGCGTCGCCATATTCTTGCTGAAATGGCAAAGTGCTC 2039
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 GGCTCTGATACAGGCGAAAGCTGGGCGTCGCCATATTCTTGCTGAAATGGCAAAGTGCTC 2059
Query 2040 ACCGCCTCCCACGCTAAGCCTCTCAAAATATGCTCCATTGATACTTATTATGAAGGTTCA 2099
||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2060 ACCGCCTCCTACATTAAGCCTCTCAAAATACGCTCCATTGATACATATTATGAAGGTTCA 2119
Query 2100 TCCAAGCAAAGTATACTCTCTTATTGGTTCTGGAGGTAAGAAAGTAAAGAGCATCATTGA 2159
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2120 TCCAAGCAAAGTGTACTCTCTTATTGGTTCTGGTGGTAAGAAAGTAAAGAGCATCATTGA 2179
Query 2160 AGAATCTGGAGTTGAGGCCATTGACATGCAAGATGATGGAACTGTCAAAATTATGGCAAT 2219
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 AGAATCTGGAGTTGAGGCCATTGATATGCAAGATGATGGAACTGTCAAAATTATGGCAAT 2239
Query 2220 TGATGTAGCGAGTCTAGAAAGGGCGAAAGCGATTATTAGTGGATTGACAATGGTTCCCTC 2279
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2240 CGATGTAGCGAGTCTGGAAAGGGCGAAAGCGATTATTAGTGGATTGACAATGGTTCCCGC 2299
Query 2280 TGTTGGTGATATCTACAGGAATTGTGAAATCAAGTCAATGGCTCCTTATGGTGCATTTGT 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2300 TGTTGGTGATATCTACAGGAATTGTGAAATCAAGTCAATGGCTCCATATGGTGCCTTTGT 2359
Query 2340 AGAGATAGCGCCTGGGCGGGAAGGTCTTTGCCATATCAGTGAGCTGAGTGCTGAATGGCT 2399
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2360 AGAGATTGCGCCTGGGCGTGAAGGTCTTTGCCATATCAGTGAGCTGAGTGCTGAATGGCT 2419
Query 2400 TGCAAAACCAGAGGATGCCTATAAAGTAGGAGACCGCATTGACGTCAAATTAATAGAGGT 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2420 TGCAAAACCAGAGGATGCCTATAAAGTAGGAGACCGCATTGACGTCAAACTAATAGAGGT 2479
Query 2460 AAATGAAAAGGGTCAGCTTCGACTTAGTGTACGGGCTTTACTTCCCGAATCAGAGACAGA 2519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2480 GAATGAAAAGGGTCAGCTTCGACTTAGTGTACGGGCTTTACTTCCCGAATCAGAGACAGA 2539
Query 2520 CAAAGACAGTCAGAAACAACAGCCGGCAGGTGATTCTACCAAAGACAAGAGTTCGCAAAG 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2540 CAAAGACAGTCAGAAACAACAGCCGGCAGGTGATTCTACCAAAGACAAGGGTTCGCAAAG 2599
Query 2580 GAAATATGTAAATACTTCGTCAAAGGACCGTGCAGCTGCAGGAGCATCAAAGGTTTCATC 2639
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2600 GAAATATGTAAATACTTCGTCAAAGGACCGTGCAGCAGCAGGAGCATCAAAGGTTTCATC 2659
Query 2640 TGGGGATGAACTTGTCCTGAAGAAGAAAGATGTAAGGAGAGCAACTGGTGGTAGTAGTGA 2699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2660 TGGGGATGAACTTGTCCTGAAGAAGAAAGATGTAAGGAGAGCAACTGGTGGTAGTAGTGA 2719
Query 2700 CAAGACAATGAATAGCAATAGCAGTACCAACGAAGAAAGTTTAGTCAACGGTGAAGCTAC 2759
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720 CAAGACAATGAAAAGCAATAGCAGTACCAACGAAGAAAGTTTAGTCAACGGTGAAGCTAC 2779
Query 2760 AATCAGCTAGTGGAATGCAAACAAGATCACT 2790
|||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2780 AATCAGCTAGTG-AATGCAAACAAGATCACT 2809
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117203683865
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5