BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03730.1
Length=1182
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg952586 jgi|Araly1|952586|scaffold_91900002.1 1890 0.0
Ahg927901 jgi|Araly1|927901|scaffold_300358.1 1868 0.0
Ahg927883 jgi|Araly1|927883|scaffold_300340.1 329 2e-89
> Ahg952586 jgi|Araly1|952586|scaffold_91900002.1
Length=1222
Score = 1890 bits (1023), Expect = 0.0
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Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCGATTCCAAC---AAAAAGACATGCAACGATGCGAAGCAGCCAATACTTGTCCTG 57
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Sbjct 21 ATGAGCGATTCCAACGAAAAAAAGACATGCAACGATTCAAAGCAGCCGATACTTGTCCTG 80
Query 58 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGTAGATTTTCATCGAGCTAGATGT 117
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Sbjct 81 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGTTGATTTTCATCGAGCTAGATGT 140
Query 118 GTTTCTTCAGTATGGTATTCCGCTTCGAAATCATGCATTGGAGGAACAAATCCAACAGCT 177
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Sbjct 141 GTTTCTTCAGGATGGTATTCCGCTTCGAAATCATGCATTGGAGGAACAAATCCAACAGCT 200
Query 178 CCATGGATCATCCTCTTTCCAAACGAACATGTGAAAACCAACAACGATTCGTGTAAGTCA 237
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Sbjct 201 CCATGGATCATCCTCTTTCCAAACGAACATGTGAAAACCAACAACGATTCATGTAAGTTG 260
Query 238 ATTGATCCTCGTGATCATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTGATATGGTTAGG 297
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Sbjct 261 TTTGATCCTCGTGACCATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTGATATGGTTAGG 320
Query 298 AGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACCATAAAACTGATTTT 357
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Sbjct 321 AGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGCTAGACCATAAAACTGATTTT 380
Query 358 CATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGAGAATTCCTCTTCCGTCTCTGGAATCAATTGAT 417
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Sbjct 381 CATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGAGAATTCCTCTTCCGTCTCTGGAATCAATTGAT 440
Query 418 GGATTGCAGATGAAGTTTGTGAGAACCGGTGACTGTGGTTTCGAGATGTCTATGTATTAC 477
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Sbjct 441 GGATGGCAGATGAAGTTTGTGAGAACCGGTGACTCTGATTTCGAGATGTCTATGTATTAC 500
Query 478 AAAGCTCATGGACTTATTTCTTATGGTAAAAACAGCGATCTTAGAATAAGCGATGCGGTT 537
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Sbjct 501 AAAGCACATGGACTTGTTTCTTATGGTAAAAACAGCGATCTTAGAATAAGGGGTGCGGTT 560
Query 538 TTGTGGGTAGATGaaaaaaaCGGAGATTACTTTGTTGTTTGGTTTCATCATAGCACTTTT 597
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Sbjct 561 TTGTGGGTAGATGAAAAAACCAGAGATTACTTTGTTGTTTGGTTTCATCATAGCACTTTT 620
Query 598 GCATATCACAAGAAAGGAGGTGACAATAATAGCTGGAAAGTGTTTCAACCTTCAAAGCAT 657
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Sbjct 621 GCATATCACAAGAAAGGAGGTGACAATAATAGCTGGAAAGTGTTTCAACCTTCAAAGCAT 680
Query 658 CAAGGATGCATCAACATGGTGTTTAAAGAAGGCAAACTTTACGTGCTTAATCCAGCTCGA 717
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Sbjct 681 CAAGGATGCCTCCATATGGTGTATAAAGAAAGCAAACTTTACGTGCTTAGTCCAGCTCGA 740
Query 718 AATATTTCTGTGTTTGATTTCTCCGGTGGTCATTCTCCAGTGGAATATGCAACTCCCCCA 777
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Sbjct 741 AATATTTCTGTGTTTGATTTCTCCGGTGGTCATTCTCCAGTGGAGTATGCAACTCTCCCA 800
Query 778 TCTCCGAATGATGATTACTATGTCAGGAATCTTGCTGTGACATTGTCTGGAGAAGTTTTG 837
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Sbjct 801 TCTCCGAA--A-GATTGTTATGTCAGGAATCTTGCTGTGACATTGTCTGGAGAAGTTTTG 857
Query 838 ATCATTTCAAGCAATCCAAAGAAATGCTTCGTCAAACTCTACAAGATAGATCCTAAATCA 897
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Sbjct 858 ATCATTTCAAGCAATCCAAAGAAATGCTTCTTCACCCTCTACAAGATAGATCCTAAATCA 917
Query 898 TCAGAATGGAGATTAATCAAGTCTATAGGAGACGAAGCATTGATTTTGGACCTAGGAATC 957
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Sbjct 918 TCAAAATGGAGATTAATCAAGTCTATAGGGGACGAAGCATTGATTTTGGACCTAGGAATA 977
Query 958 ACGGTTGCAGCCAAAGATGGAGTTATGAGAAATTGCATATATTTTAGTCATCATGAGTTA 1017
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Sbjct 978 ACGGTTGCAGCCAAAGATGGAGTTATGAGAAATTGCATATATTTTAGTCATGATGATTTA 1037
Query 1018 CTTAGATATAAAGGGGTTAGTCTATGCAATGATGATAAGTACGGGATTTGCATCTACCAT 1077
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Sbjct 1038 CATAGATATAAAGGGGTTAGTCTATGCAATGATGATAAGTACGGTATTTGCGTCTACCAT 1097
Query 1078 ATTAAAACCAAGAAGAAGGTCCAAGAGTTTGAACATCTTACTACTTCATCGCCAATACTA 1137
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Sbjct 1098 ATTAAAACCAAGAAAAAGGTCCAAGTGTTTGAACATCTTACTACTTCATCGCCAATACCA 1157
Query 1138 TTTAAGGATGCTCGTTGGTTTTTTCCCACTTTTGGTGGAAACTAG 1182
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Sbjct 1158 TTCAAGGATGCTCGTTGGTTTTTCCCCACTTTTGGTGGAAAGTAG 1202
> Ahg927901 jgi|Araly1|927901|scaffold_300358.1
Length=1222
Score = 1868 bits (1011), Expect = 0.0
Identities = 1128/1185 (95%), Gaps = 6/1185 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCGATTCCAAC---AAAAAGACATGCAACGATGCGAAGCAGCCAATACTTGTCCTG 57
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Sbjct 21 ATGAGCGATTCCAACGAAAAAAAGACATGCAACGATTCAAAGCAGCCGATACTTGTCCCG 80
Query 58 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGTAGATTTTCATCGAGCTAGATGT 117
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Sbjct 81 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGTTGATTTTCATCGAGCTAGATGT 140
Query 118 GTTTCTTCAGTATGGTATTCCGCTTCGAAATCATGCATTGGAGGAACAAATCCAACAGCT 177
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Sbjct 141 GTTTCTTCAGGATGGTATTCCGCTTCGAAATCATGCATTGGAGGAACAAATCCGACAGCT 200
Query 178 CCATGGATCATCCTCTTTCCAAACGAACATGTGAAAACCAACAACGATTCGTGTAAGTCA 237
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Sbjct 201 CCATGGATTATCCTCTTTCCAAACGAACATGTGAAAACCAACAACGATTCGTGTAAGTTG 260
Query 238 ATTGATCCTCGTGATCATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTGATATGGTTAGG 297
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Sbjct 261 TTTGATCCTCGTGACCATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTGATATGGTTAGG 320
Query 298 AGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACCATAAAACTGATTTT 357
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Sbjct 321 AGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACCATAAAACTGATTTT 380
Query 358 CATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGAGAATTCCTCTTCCGTCTCTGGAATCAATTGAT 417
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Sbjct 381 CATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGAGAATTCCTCTTCCGTCTCTGGAATCAATTGAT 440
Query 418 GGATTGCAGATGAAGTTTGTGAGAACCGGTGACTGTGGTTTCGAGATGTCTATGTATTAC 477
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Sbjct 441 GGATGGCAGATGAAGTTTGTGAGAACCGGTGACTCTGATTTCGAGATGTCTATGTATTAC 500
Query 478 AAAGCTCATGGACTTATTTCTTATGGTAAAAACAGCGATCTTAGAATAAGCGATGCGGTT 537
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Sbjct 501 AAAGCACATGGACTTGTTTCTTATGGTAAAAACAGCGATCTTAGAATAAGGGGTGCGGTT 560
Query 538 TTGTGGGTAGATGaaaaaaaCGGAGATTACTTTGTTGTTTGGTTTCATCATAGCACTTTT 597
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Sbjct 561 TTGTGGGTAGATGAAAAAACCAGAGATTACTTTGTTGTTTGGTTTCATCATAGCACTTTT 620
Query 598 GCATATCACAAGAAAGGAGGTGACAATAATAGCTGGAAAGTGTTTCAACCTTCAAAGCAT 657
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Sbjct 621 GCATATCACAAGAAAGGAGGTGACAATAATAGCTGGAAAGTGTTTCAACCTTCAAAGCAT 680
Query 658 CAAGGATGCATCAACATGGTGTTTAAAGAAGGCAAACTTTACGTGCTTAATCCAGCTCGA 717
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Sbjct 681 CAAGGATGCCGCCATATGGTGTATAAAGAAAGCAAACTTTACGTGCTTAGTCCAGCTCGA 740
Query 718 AATATTTCTGTGTTTGATTTCTCCGGTGGTCATTCTCCAGTGGAATATGCAACTCCCCCA 777
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Sbjct 741 AATATTTCTGTGTTTGATTTCTCCGGTGGTCATTCTCCAGTGGAGTATGCAACTCTCCCA 800
Query 778 TCTCCGAATGATGATTACTATGTCAGGAATCTTGCTGTGACATTGTCTGGAGAAGTTTTG 837
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Sbjct 801 TCTCCGAA--A-GATTGTTATGTCAGGAATCTTGCTGTGACATTGTCTGGAGAAGTTTTG 857
Query 838 ATCATTTCAAGCAATCCAAAGAAATGCTTCGTCAAACTCTACAAGATAGATCCTAAATCA 897
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Sbjct 858 ATCATTTCAAGCAATCCAAAGAAATGCTTCTTCACCCTCTACAAGATAGATCCTAAATCA 917
Query 898 TCAGAATGGAGATTAATCAAGTCTATAGGAGACGAAGCATTGATTTTGGACCTAGGAATC 957
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Sbjct 918 TCAAAATGGAGATTAATCAAGTCTATAGGGGACGAAGCATTGATTTTGGACCTAGGAATA 977
Query 958 ACGGTTGCAGCCAAAGATGGAGTTATGAGAAATTGCATATATTTTAGTCATCATGAGTTA 1017
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Sbjct 978 ACGGTTGCAGCCAAAGATGGAGTTATGAGAAATTGCATATATTTTAGTCATGATGATTTA 1037
Query 1018 CTTAGATATAAAGGGGTTAGTCTATGCAATGATGATAAGTACGGGATTTGCATCTACCAT 1077
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Sbjct 1038 CATAGATATAAAGGGGTTAGTCTATGCAATGATGATAAGTACGGTATTTGCGTCCACCCT 1097
Query 1078 ATTAAAACCAAGAAGAAGGTCCAAGAGTTTGAACATCTTACTACTTCATCGCCAATACTA 1137
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Sbjct 1098 ATTAAAACCAAGAAAAAGGTCCAAGTGTTTGAACATCTTACTACTTCATCGCCAATACCA 1157
Query 1138 TTTAAGGATGCTCGTTGGTTTTTTCCCACTTTTGGTGGAAACTAG 1182
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Sbjct 1158 TTCAAGGATGCTCGTTGGTTTTTCCCCACTTTTGGTGGAAAGTAG 1202
> Ahg927883 jgi|Araly1|927883|scaffold_300340.1
Length=1078
Score = 329 bits (178), Expect = 2e-89
Identities = 370/459 (81%), Gaps = 28/459 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCGATTCCAACAAAAAGACATGC-A--ACGATGCGAAGCAGCCAATACTTGTCCTG 57
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Sbjct 24 ATGAGCGAGTCCGAGGAAAAGACATGCAACGACGATTCAAAGCAGCCGACACTTGTCCTA 83
Query 58 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGT-AGATTTTCATCGAGCTAGATG 116
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Sbjct 84 GACCTGATTATATCGATCTTGCAACGCTTGAG-TTTTTCTTATTTTCATAGAGCCAGATG 142
Query 117 TGTTTCTTCAGTATGGTATTCCGCTTCGAAATCAT-GCATTGGAGGAACAAAT-CCAACA 174
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Sbjct 143 CGTTTCTACAGAATGGTATTACGCTTCGAAATCATGGC---CGA-G-CCTGATAGTAACA 197
Query 175 GCTCCATGGATCATCCTCTTTCCAAACGAACATGTG-AAAAC--CAACAACGA-T--TCG 228
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Sbjct 198 ACTCCATGGATCATCATGTTTCCATACGAAGATCCGAAAAACAGAAACAATGATTCATCA 257
Query 229 TGTAAGTCAATT-GATCCTCGTGATC-ATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTG 286
||||||| || ||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 258 TGTAAGT-TTTTCGATCCTCGTGA-CAATAGTTCTTACACATTAAGAGATCTCGGGATTA 315
Query 287 ATATGGTTAGGAGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACCATA 346
|||||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 316 ATATGGCTACGAGTCGTTGTTTGACGAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACGATA 375
Query 347 AAACT-GATTTTCATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGA-GAATTCCTCTTCCGTCTCT 404
|| || |||||||| || |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 376 AA-CTAGATTTTCACCTTTTGAATCTGTTTACTCGAGAGATGA-TTCCTCTTCCGCCTCT 433
Query 405 GGAATCAATTGATGGATTGCAGATG-AAGTTTGTGAGAA 442
|||||||| |||||||| | |||| || ||| | ||||
Sbjct 434 CGAATCAATCGATGGATTTCCGATGGAACTTT-TCAGAA 471
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 44108214969
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5