BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G03730.1 Length=1182 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg952586 jgi|Araly1|952586|scaffold_91900002.1 1890 0.0 Ahg927901 jgi|Araly1|927901|scaffold_300358.1 1868 0.0 Ahg927883 jgi|Araly1|927883|scaffold_300340.1 329 2e-89 > Ahg952586 jgi|Araly1|952586|scaffold_91900002.1 Length=1222 Score = 1890 bits (1023), Expect = 0.0 Identities = 1132/1185 (96%), Gaps = 6/1185 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAGCGATTCCAAC---AAAAAGACATGCAACGATGCGAAGCAGCCAATACTTGTCCTG 57 ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| Sbjct 21 ATGAGCGATTCCAACGAAAAAAAGACATGCAACGATTCAAAGCAGCCGATACTTGTCCTG 80 Query 58 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGTAGATTTTCATCGAGCTAGATGT 117 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 81 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGTTGATTTTCATCGAGCTAGATGT 140 Query 118 GTTTCTTCAGTATGGTATTCCGCTTCGAAATCATGCATTGGAGGAACAAATCCAACAGCT 177 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 141 GTTTCTTCAGGATGGTATTCCGCTTCGAAATCATGCATTGGAGGAACAAATCCAACAGCT 200 Query 178 CCATGGATCATCCTCTTTCCAAACGAACATGTGAAAACCAACAACGATTCGTGTAAGTCA 237 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 201 CCATGGATCATCCTCTTTCCAAACGAACATGTGAAAACCAACAACGATTCATGTAAGTTG 260 Query 238 ATTGATCCTCGTGATCATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTGATATGGTTAGG 297 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 261 TTTGATCCTCGTGACCATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTGATATGGTTAGG 320 Query 298 AGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACCATAAAACTGATTTT 357 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 321 AGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGCTAGACCATAAAACTGATTTT 380 Query 358 CATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGAGAATTCCTCTTCCGTCTCTGGAATCAATTGAT 417 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 381 CATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGAGAATTCCTCTTCCGTCTCTGGAATCAATTGAT 440 Query 418 GGATTGCAGATGAAGTTTGTGAGAACCGGTGACTGTGGTTTCGAGATGTCTATGTATTAC 477 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| Sbjct 441 GGATGGCAGATGAAGTTTGTGAGAACCGGTGACTCTGATTTCGAGATGTCTATGTATTAC 500 Query 478 AAAGCTCATGGACTTATTTCTTATGGTAAAAACAGCGATCTTAGAATAAGCGATGCGGTT 537 ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| Sbjct 501 AAAGCACATGGACTTGTTTCTTATGGTAAAAACAGCGATCTTAGAATAAGGGGTGCGGTT 560 Query 538 TTGTGGGTAGATGaaaaaaaCGGAGATTACTTTGTTGTTTGGTTTCATCATAGCACTTTT 597 ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 561 TTGTGGGTAGATGAAAAAACCAGAGATTACTTTGTTGTTTGGTTTCATCATAGCACTTTT 620 Query 598 GCATATCACAAGAAAGGAGGTGACAATAATAGCTGGAAAGTGTTTCAACCTTCAAAGCAT 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 621 GCATATCACAAGAAAGGAGGTGACAATAATAGCTGGAAAGTGTTTCAACCTTCAAAGCAT 680 Query 658 CAAGGATGCATCAACATGGTGTTTAAAGAAGGCAAACTTTACGTGCTTAATCCAGCTCGA 717 ||||||||| || | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 681 CAAGGATGCCTCCATATGGTGTATAAAGAAAGCAAACTTTACGTGCTTAGTCCAGCTCGA 740 Query 718 AATATTTCTGTGTTTGATTTCTCCGGTGGTCATTCTCCAGTGGAATATGCAACTCCCCCA 777 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| Sbjct 741 AATATTTCTGTGTTTGATTTCTCCGGTGGTCATTCTCCAGTGGAGTATGCAACTCTCCCA 800 Query 778 TCTCCGAATGATGATTACTATGTCAGGAATCTTGCTGTGACATTGTCTGGAGAAGTTTTG 837 |||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 801 TCTCCGAA--A-GATTGTTATGTCAGGAATCTTGCTGTGACATTGTCTGGAGAAGTTTTG 857 Query 838 ATCATTTCAAGCAATCCAAAGAAATGCTTCGTCAAACTCTACAAGATAGATCCTAAATCA 897 |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 858 ATCATTTCAAGCAATCCAAAGAAATGCTTCTTCACCCTCTACAAGATAGATCCTAAATCA 917 Query 898 TCAGAATGGAGATTAATCAAGTCTATAGGAGACGAAGCATTGATTTTGGACCTAGGAATC 957 ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 918 TCAAAATGGAGATTAATCAAGTCTATAGGGGACGAAGCATTGATTTTGGACCTAGGAATA 977 Query 958 ACGGTTGCAGCCAAAGATGGAGTTATGAGAAATTGCATATATTTTAGTCATCATGAGTTA 1017 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| Sbjct 978 ACGGTTGCAGCCAAAGATGGAGTTATGAGAAATTGCATATATTTTAGTCATGATGATTTA 1037 Query 1018 CTTAGATATAAAGGGGTTAGTCTATGCAATGATGATAAGTACGGGATTTGCATCTACCAT 1077 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| Sbjct 1038 CATAGATATAAAGGGGTTAGTCTATGCAATGATGATAAGTACGGTATTTGCGTCTACCAT 1097 Query 1078 ATTAAAACCAAGAAGAAGGTCCAAGAGTTTGAACATCTTACTACTTCATCGCCAATACTA 1137 |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1098 ATTAAAACCAAGAAAAAGGTCCAAGTGTTTGAACATCTTACTACTTCATCGCCAATACCA 1157 Query 1138 TTTAAGGATGCTCGTTGGTTTTTTCCCACTTTTGGTGGAAACTAG 1182 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 1158 TTCAAGGATGCTCGTTGGTTTTTCCCCACTTTTGGTGGAAAGTAG 1202 > Ahg927901 jgi|Araly1|927901|scaffold_300358.1 Length=1222 Score = 1868 bits (1011), Expect = 0.0 Identities = 1128/1185 (95%), Gaps = 6/1185 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAGCGATTCCAAC---AAAAAGACATGCAACGATGCGAAGCAGCCAATACTTGTCCTG 57 ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| | Sbjct 21 ATGAGCGATTCCAACGAAAAAAAGACATGCAACGATTCAAAGCAGCCGATACTTGTCCCG 80 Query 58 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGTAGATTTTCATCGAGCTAGATGT 117 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 81 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGTTGATTTTCATCGAGCTAGATGT 140 Query 118 GTTTCTTCAGTATGGTATTCCGCTTCGAAATCATGCATTGGAGGAACAAATCCAACAGCT 177 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 141 GTTTCTTCAGGATGGTATTCCGCTTCGAAATCATGCATTGGAGGAACAAATCCGACAGCT 200 Query 178 CCATGGATCATCCTCTTTCCAAACGAACATGTGAAAACCAACAACGATTCGTGTAAGTCA 237 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 201 CCATGGATTATCCTCTTTCCAAACGAACATGTGAAAACCAACAACGATTCGTGTAAGTTG 260 Query 238 ATTGATCCTCGTGATCATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTGATATGGTTAGG 297 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 261 TTTGATCCTCGTGACCATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTGATATGGTTAGG 320 Query 298 AGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACCATAAAACTGATTTT 357 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 321 AGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACCATAAAACTGATTTT 380 Query 358 CATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGAGAATTCCTCTTCCGTCTCTGGAATCAATTGAT 417 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 381 CATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGAGAATTCCTCTTCCGTCTCTGGAATCAATTGAT 440 Query 418 GGATTGCAGATGAAGTTTGTGAGAACCGGTGACTGTGGTTTCGAGATGTCTATGTATTAC 477 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| Sbjct 441 GGATGGCAGATGAAGTTTGTGAGAACCGGTGACTCTGATTTCGAGATGTCTATGTATTAC 500 Query 478 AAAGCTCATGGACTTATTTCTTATGGTAAAAACAGCGATCTTAGAATAAGCGATGCGGTT 537 ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| Sbjct 501 AAAGCACATGGACTTGTTTCTTATGGTAAAAACAGCGATCTTAGAATAAGGGGTGCGGTT 560 Query 538 TTGTGGGTAGATGaaaaaaaCGGAGATTACTTTGTTGTTTGGTTTCATCATAGCACTTTT 597 ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 561 TTGTGGGTAGATGAAAAAACCAGAGATTACTTTGTTGTTTGGTTTCATCATAGCACTTTT 620 Query 598 GCATATCACAAGAAAGGAGGTGACAATAATAGCTGGAAAGTGTTTCAACCTTCAAAGCAT 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 621 GCATATCACAAGAAAGGAGGTGACAATAATAGCTGGAAAGTGTTTCAACCTTCAAAGCAT 680 Query 658 CAAGGATGCATCAACATGGTGTTTAAAGAAGGCAAACTTTACGTGCTTAATCCAGCTCGA 717 ||||||||| | | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 681 CAAGGATGCCGCCATATGGTGTATAAAGAAAGCAAACTTTACGTGCTTAGTCCAGCTCGA 740 Query 718 AATATTTCTGTGTTTGATTTCTCCGGTGGTCATTCTCCAGTGGAATATGCAACTCCCCCA 777 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| Sbjct 741 AATATTTCTGTGTTTGATTTCTCCGGTGGTCATTCTCCAGTGGAGTATGCAACTCTCCCA 800 Query 778 TCTCCGAATGATGATTACTATGTCAGGAATCTTGCTGTGACATTGTCTGGAGAAGTTTTG 837 |||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 801 TCTCCGAA--A-GATTGTTATGTCAGGAATCTTGCTGTGACATTGTCTGGAGAAGTTTTG 857 Query 838 ATCATTTCAAGCAATCCAAAGAAATGCTTCGTCAAACTCTACAAGATAGATCCTAAATCA 897 |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 858 ATCATTTCAAGCAATCCAAAGAAATGCTTCTTCACCCTCTACAAGATAGATCCTAAATCA 917 Query 898 TCAGAATGGAGATTAATCAAGTCTATAGGAGACGAAGCATTGATTTTGGACCTAGGAATC 957 ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 918 TCAAAATGGAGATTAATCAAGTCTATAGGGGACGAAGCATTGATTTTGGACCTAGGAATA 977 Query 958 ACGGTTGCAGCCAAAGATGGAGTTATGAGAAATTGCATATATTTTAGTCATCATGAGTTA 1017 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| Sbjct 978 ACGGTTGCAGCCAAAGATGGAGTTATGAGAAATTGCATATATTTTAGTCATGATGATTTA 1037 Query 1018 CTTAGATATAAAGGGGTTAGTCTATGCAATGATGATAAGTACGGGATTTGCATCTACCAT 1077 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| | Sbjct 1038 CATAGATATAAAGGGGTTAGTCTATGCAATGATGATAAGTACGGTATTTGCGTCCACCCT 1097 Query 1078 ATTAAAACCAAGAAGAAGGTCCAAGAGTTTGAACATCTTACTACTTCATCGCCAATACTA 1137 |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1098 ATTAAAACCAAGAAAAAGGTCCAAGTGTTTGAACATCTTACTACTTCATCGCCAATACCA 1157 Query 1138 TTTAAGGATGCTCGTTGGTTTTTTCCCACTTTTGGTGGAAACTAG 1182 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 1158 TTCAAGGATGCTCGTTGGTTTTTCCCCACTTTTGGTGGAAAGTAG 1202 > Ahg927883 jgi|Araly1|927883|scaffold_300340.1 Length=1078 Score = 329 bits (178), Expect = 2e-89 Identities = 370/459 (81%), Gaps = 28/459 (6%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAGCGATTCCAACAAAAAGACATGC-A--ACGATGCGAAGCAGCCAATACTTGTCCTG 57 |||||||| ||| | ||||||||||| | ||||| | |||||||| | ||||||||| Sbjct 24 ATGAGCGAGTCCGAGGAAAAGACATGCAACGACGATTCAAAGCAGCCGACACTTGTCCTA 83 Query 58 GACTTGGTTAGATTGGTCTTGGAACGCTTGAGCTTTGT-AGATTTTCATCGAGCTAGATG 116 ||| || ||| || | ||||| |||||||||| ||| | |||||||| |||| ||||| Sbjct 84 GACCTGATTATATCGATCTTGCAACGCTTGAG-TTTTTCTTATTTTCATAGAGCCAGATG 142 Query 117 TGTTTCTTCAGTATGGTATTCCGCTTCGAAATCAT-GCATTGGAGGAACAAAT-CCAACA 174 |||||| ||| |||||||| |||||||||||||| || || | | || |||| Sbjct 143 CGTTTCTACAGAATGGTATTACGCTTCGAAATCATGGC---CGA-G-CCTGATAGTAACA 197 Query 175 GCTCCATGGATCATCCTCTTTCCAAACGAACATGTG-AAAAC--CAACAACGA-T--TCG 228 |||||||||||||| | |||||| ||||| || | ||||| ||||| || | || Sbjct 198 ACTCCATGGATCATCATGTTTCCATACGAAGATCCGAAAAACAGAAACAATGATTCATCA 257 Query 229 TGTAAGTCAATT-GATCCTCGTGATC-ATAGTTCATACACAATAAGAGATCTCGGGTTTG 286 ||||||| || ||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||| || Sbjct 258 TGTAAGT-TTTTCGATCCTCGTGA-CAATAGTTCTTACACATTAAGAGATCTCGGGATTA 315 Query 287 ATATGGTTAGGAGTCGTTGTTTGGCAAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACCATA 346 |||||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 316 ATATGGCTACGAGTCGTTGTTTGACGAGTTCCGGTAGCTGGTTCCTTATGTTAGACGATA 375 Query 347 AAACT-GATTTTCATCTCTTGAATCTATTTACTCGAGAGA-GAATTCCTCTTCCGTCTCT 404 || || |||||||| || |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||| Sbjct 376 AA-CTAGATTTTCACCTTTTGAATCTGTTTACTCGAGAGATGA-TTCCTCTTCCGCCTCT 433 Query 405 GGAATCAATTGATGGATTGCAGATG-AAGTTTGTGAGAA 442 |||||||| |||||||| | |||| || ||| | |||| Sbjct 434 CGAATCAATCGATGGATTTCCGATGGAACTTT-TCAGAA 471 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 44108214969 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5