BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03770.1
Length=2895
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477625 jgi|Araly1|477625|fgenesh2_kg.3__326__AT3G03770.1 4331 0.0
> Ahg477625 jgi|Araly1|477625|fgenesh2_kg.3__326__AT3G03770.1
Length=2807
Score = 4331 bits (2345), Expect = 0.0
Identities = 2623/2757 (95%), Gaps = 20/2757 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCTTGAATGTTTTTAAAGCTCCTTGAGGAACTTTCATCTCTTACAGAGGATTTTCTTGG 60
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1 ATCTTGAATGTTTTTAAAGCTCCTTGAGGAATTTTCATCAGTTACAGAGGATTTTCTTAG 60
Query 61 GAACTTTTCTCACTTTCTTCTTTAAATCAAGTTGCTACtttttttGTTTCTT-TAGATAA 119
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| || ||||
Sbjct 61 GAATTTTTCACACTTTCTTCTTTAAATCAAGTTGCTAC-TTTTTT-TCTCTTATA-ATAA 117
Query 120 AATCGATATTCCATTCACAGTTACTTCATAAGTTTGCAGAGGAAAAATAAAATTTAATCT 179
|||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 118 AATCAATATTCCATTCACAGTTCCTTCACAAGTATGCAGAGGGAAAATAAAATTTAATCT 177
Query 180 CTTGTGCTCAAAAGTTTCCTGCATC-TTTTCTTCTTGCAAGGTGTCTTAAAGAGGAGATT 238
||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 178 CTTGTGCTCAAAAGTTTCCTGCATCTTTTTTTTCTTGCAAGGTGTCGTAAAGAGGAGATT 237
Query 239 CTGTAA-CACATGTGGTTTTGATGATGATGCTTATATGATTTTATTTAGTAGTTGTGTGT 297
|||||| | || ||| | |||||||||||||| | |||||||| | || || ||
Sbjct 238 CTGTAATC-CAGGTGATGATGATGATGATGCTTCTGTGATTTTA--T--TACTTAAGT-A 291
Query 298 GTTTTATGGTCTTGTGTGGCTATGGA-GAAACTCTATTGTGGCATGCCGTTACTGCTTCT 356
||| | | || || ||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 292 GTTGTGT-GTGTT-TGTGGCTAT-GAGGAAACTCTTTTGTGGCATGCCATTATTGCTTCT 348
Query 357 GGTTCTGCTTTTAGCTTCCATTGATGGCTCTACACAGCTACAATCATCTCAATCTCAAAC 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 349 GGTTCTGCTTTTAGCTTCCATTGATGGCTCTACACAGCTTCAATCATCTCAATCTCAAAC 408
Query 417 CCTCTTGAGGCTGCAACAGCTTCTCTACTATCCCAAAGTGTTAAACAGCTGGAACAACTA 476
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 409 TCTCTTGAGGCTGCAACAACTTCTCTACTATCCCAAAGTGTTAAGCAGCTGGAACAACTT 468
Query 477 TACAGATTTCTGCAATTCTGAGCCAAGCCCTTCGCTAACCGTTGTGTGTTATGAAGATAG 536
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 469 TACTGATTTCTGCAATTCTGAGCCAAGCCCTTCGCTAACTGTTGTGTGTTATGAAGATAG 528
Query 537 TGTAACGCAGCTTCACATTATAGGAGACAATGGAACTCATATGTTACCAAAGAGTTTCTC 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 529 TGTAACGCAGCTTCACATTATAGGAGACAATGGAACTCATATGTTACCAAAGAGTTTCTC 588
Query 597 AATAAACTCGTTTGTTACTACTCTTGTTAAGCTCCCTGATGTTAAAGTTCTCACGTTTGT 656
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 589 AATAAACTCGTTTGTTACTACTCTTGTTAAGCTCCCTGATGTTAAAGTTCTCACCTTTGT 648
Query 657 GTCCCTTGGGTTATGGGGTTGGTTACCTCAGAAAATCAACCGTTTATCCTCTTTGGAGAT 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 GTCCCTTGGGTTATGGGGTTGGTTACCTCAGAAAATCAACCGTTTATCCTCTTTGGAGAT 708
Query 717 TCTCAATGTGAGTTCCAATTTCCTCTTTGGACCAATCCCTCATGAACTCTCGTCGCTTGC 776
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 709 TCTCAATGTGAGTTCTAATTTCTTCTTTGGACCAATCCCTCATGAACTCTCATCGCTCGC 768
Query 777 TA-CTCTTCAGACGCTTATACTCGACGAGAATATGTTTTCTGGTGAGTTACCGGATTGGA 835
|| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 769 TAGC-CTTCAGACGCTTATACTCGATGAGAATATGTTTTCTGGTCAGTTACCGGATTGGA 827
Query 836 TTGATTCTTTGCCGAGTTTAGCTGTGTTGAGCTTGAGAAAGAACGTGCTTAATGGGTCAT 895
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 828 TCGGTTCTTTGCCGAGTTTAGCTGTGTTGAGCTTGAGAAAGAACGTGTTTAATGGGTCAT 887
Query 896 TGCCTTCTTCTTTGAGTAGCTTGTCAGGTCTTAGAGTTCTTGCTTTAGCTAATAACCGGT 955
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 888 TGCCTTCTTCACTGAGTAACTTGTCAGGTCTTAGAGTTCTTGCTTTAGCTAATAACCGCT 947
Query 956 TTAATGGAGCTTTGCCTGATTTAAGCCATTTGACAAACCTTCAAGTGCTTGATCTTGAAG 1015
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 TTAATGGAGCTTTACCTGATTTAAGCCATTTGACAAACCTTCAAGTGCTTGATCTTGAAG 1007
Query 1016 GAAACTCTTTTGGACCGTTGTTTCCTCGGTTAAGTAACAAGCTGGTTACTCTTATACTCA 1075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1008 GAAACTCTTTTGGACCGTTGTTTCCTCGGTTAAGTAACAAGTTGGTTACTCTTATACTCA 1067
Query 1076 GCAAGAACAAGTTTAGATCTGCAGTTTCAGCTGAAGAAGTAAGTTCTCTGTATCAGCTTC 1135
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1068 GCAAGAACAAGTTTAGATCTGCAGTTTCAGCTGAAGAAGTGAGTTCTTTGTATCAGCTTC 1127
Query 1136 AACATTTGGATCTTTCCTACAATACATTCGTTGGTCCATTTCCTACTTCCTTGATGTCTC 1195
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 AGCATTTGGATCTTTCCTACAATACATTCGTTGGTCCATTTCCTACTTCCTTGATGTCTC 1187
Query 1196 TTCCCGCGATAACTTACTTGAACATTTCACACAACAAACTCACCGGGCGGCTTTCAGCAA 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 TTCCCGCGATAACTTACTTGAACATTTCACACAACAAACTCACCGGGCGGCTTTCAGCAA 1247
Query 1256 ATCTTTCTTGCAACTCACAGCTGATGTTTGTAGATATGTCATCAAATCTTCTTACCGGAA 1315
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1248 ATCTTTCTTGCAACTCACAGCTGATGTTTGTCGATATGTCGTCAAATCTTCTTACGGGAA 1307
Query 1316 GTTTGCCTACTTGCCTTAAACCGAGTTCCGGCACTAGCAGAGATGTTGTCTATGCAAGCA 1375
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 GTTTGCCTACTTGCCTTAAACCGAGTTCCGGTACTAGCAGAGATGTTGTCTATGCAAGCA 1367
Query 1376 ACTGTTTGGCTACTACGAATGAAGATCAACGTCCAGTTTCTTTTTGTAGTAATGAAGCTC 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1368 ACTGTTTGGCTACTACGAATGAAGATCAACGTCCAGTTTCATTTTGTAGCAATGAAGCTC 1427
Query 1436 TTGCTGTTGGAATCCTACCACAGAGGAGGAACAAAGTTTCCAAAGTGGGTATTGCTTTAG 1495
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 TTGCTGTTGGAATCCTACAACAGAGGAGGAACAAAGTTTCCAAAGTGGGTATTGCTTTAG 1487
Query 1496 GTGTAACCGCAAGCATTCTCGGGGTACTTCTCCTCGCCGGTGCCTTATTTGTGGTTCTTA 1555
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 GCGTAACCGCAAGCATTCTCGGGGTAATTCTCCTCGCCGGTGCCTTATTTGTGGTTCTTA 1547
Query 1556 GGAGATTAAATGCTAAGAAAACAGTGACGAAATCTTCCCCAAGATTGATTAGAGAGAATG 1615
||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1548 GGAGATTAAATGCGAAGAGAACAGTGACAAAATCTTCCCCAAGATTGATAAGAGAGAATG 1607
Query 1616 CTTCAATGGGGTACACATCGAAACTACTATCAGATGCAAGGTATATCTCTCAAACAATGA 1675
|||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1608 CTTCAATGGGCTACACATCAAAATTACTATCAGATGCAAGGTATATATCTCAAACAATGA 1667
Query 1676 AGCTAGGAGGGCTCGGTCTTCCAGCTTACAGGACATTCTCACTGGAGGAGCTCGAGTATG 1735
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1668 AGCTAGGAGCGCTTGGTCTTCCAGCTTACAGGACATTCTCACTGGAAGAGCTCGAGTATG 1727
Query 1736 CAACAAATAACTTTGAATCCTCTGCTTTCATGGGTGAAGGTTCTCAAGGACAGATTTATA 1795
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 CGACAAATAACTTCGAATCCTCTGCTTTCATGGGCGAAGGTTCTCAAGGACAGATTTATA 1787
Query 1796 GAGGGAGATTGAAAGATGGATCCTTTGTGGCAATTAGGTGTCTGAAAATGAAGAAAAGTT 1855
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1788 GAGGGAGACTGAAAGATGGATCCTTTGTGGCAATTAGATGTTTGAAAATGAAGAAAAGTT 1847
Query 1856 GCAGCACACAAAACTTGATGCATCACATTGAGCTCATCGCTAAACTGCGGCACCGTCACT 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1848 GCAGCACACAAAACTTGATGCATCACATTGAGCTCATCGCTAAACTGAGGCACCGTCACT 1907
Query 1916 TGGTTAGTGTGCTCGGGCACTGCTTCGAGTGCTACTTGGATGATTCAACAGTCAGCAGAA 1975
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 TGGTTAGTGTGCTCGGGCATTGCTTCGAGTGCTACTTGGATGATTCAACAGTCAGCAGAA 1967
Query 1976 TGTTCTTTGTCTTTGAGTATGTCCCAAATGGAGAACTCAGGACCTGGATTTCTGATGGGC 2035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |
Sbjct 1968 TGTTCTTTGTCTTTGAGTATGTCCCAAATGGAGAACTCAGAAGCTGGATTTCTGATGGTC 2027
Query 2036 ACATGGGAAGATTGCTTACTTGGGAACAACGCATAAGCGTAGCGATAGGTGTAGCAAAAG 2095
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2028 ACATGGAAAGATTGCTTACTTGGGAACAACGCATATGCGTAGCAATAGGTGTAGCTAAAG 2087
Query 2096 GGATCCAGTTCTTGCATACCGGTATTGTGCCTGGTGTTTATGATAACAACCTTAAAATGA 2155
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2088 GGATCCAGTTCTTGCATACTGGTATTGTGCCTGGTGTTTATGATAACAATCTTAAAATAA 2147
Query 2156 CAGACATTTTGCTTGACAATAACCTTGCGGCGAAACTCAGTAGCTATAATCTTCCATTGC 2215
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2148 CAGACATTTTGCTTGACAATAACCTCGCGGCGAAAATCAGTAGCTATAATCTTCCATTAC 2207
Query 2216 TTGTGGAAGGTCTTGGAAAGGTGGGGCAAGTAGGATCTCGGAGCGGACCTAAAGGCACTC 2275
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||
Sbjct 2208 TTGTGGAAGGTCTTGGAAAGGTGGGACAAGTAGGATCTCGAAGCGGACCCAAAGGCAATC 2267
Query 2276 CAAGCATCAAA-GACGAAGATAAAATCGATATCTATGATTTTGGAGTGATATTGCTTGAA 2334
||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2268 CAAGCATAAAAAG-CGAAGATAAAATCGATATCTATGATTTTGGAGTGATCTTGCTTGAA 2326
Query 2335 CTTATAGTGGGAAGACCATTGAGAGCAAAGAGTCAAGTCGATGTTCTAAAAGAGCAGTTA 2394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 CTTATAGTGGGAAGACCATTGAGAGCAAAGAGTCAAGTTGATGTTCTAAAAGAGCAGTTA 2386
Query 2395 CAAGCAAGCATTTCAGCGGATGATGGAGCACGTAGGAGCATGGTGGATCCAACGGTCCAT 2454
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2387 CAAGCAAGCATTTCAGCAGATGATGGAGCGCGTAGGAGCATGGTGGATCCAACGGTACAT 2446
Query 2455 AGAGCTTGTTCAGACCAATCACTGAAGACAATGATGGAGATATGTGTAAGGTGTCTCCTT 2514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447 AGAGCTTGTTCAGACCAATCACTGAAGACAATGATGGAGATATGTGTAAGGTGTCTCCTT 2506
Query 2515 AAAGACCCTTTAGAACGTCCTTCCATTGAAGATGTCCTGTGGAATCTTCAGTTTGCTTCT 2574
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507 AAAGACCCTATAGAACGTCCTTCAATTGAAGATGTCATGTGGAATCTTCAGTTTGCTTCT 2566
Query 2575 CAAGTTCAAGAAGGTTGGCTACAAAACAGCAATCCCTCGAGCAATCTCGGCTCGCCTTCT 2634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2567 CAAGTTCAAGAAGGTTGGCTACAAAACAGCAATCCCTCGAGCATTCGCGGCTCGCCTTCT 2626
Query 2635 CCTGCTGCTTCCTCTCTTCCTCCTCCCTCTCGTTTACACGTAACAACACTCGAATCTCCC 2694
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 CCGGCTGCTTCCTCTCTTCCTCCTCCCTCTCGTTTACACGTAACAACACTCGAATCTCCC 2686
Query 2695 CGAGATTCAGGATGTGAAGAACATGAGAGGTAGAGAGACGAGGGTTTTTGTTTGGTC 2751
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2687 CGAGATTCAGGATGTGAAGAACATGAGAGGTAGAGAGACGAGAGTTTTTGTTTGGTC 2743
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109280912905
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5