BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G03810.1
Length=2867
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477634 jgi|Araly1|477634|fgenesh2_kg.3__335__AT3G03810.1 4590 0.0
> Ahg477634 jgi|Araly1|477634|fgenesh2_kg.3__335__AT3G03810.1
Length=2838
Score = 4590 bits (2485), Expect = 0.0
Identities = 2750/2872 (96%), Gaps = 41/2872 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 GAGTTCATAATATTGTGCAGAGTTTGTCTGTTAACAAAGCAACCCTCGTCGCAGGAAAAA 61
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 GAGTTCATAATATTGTGCAGAGTTTGTCTGTTAACAAAGCAACCCTCGTCGCAGGAAAGA 60
Query 62 TCATAAATAAATTTGCGTTCTTCGATTTCTGGAAAATCTGTCAGTGAGTCTTGTCTCCTA 121
| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || | |
Sbjct 61 T-ATATATAAAATTCCGTTCTTCGATTTCTGGAAAATCTGTCAGTGA-----GT-T--T- 110
Query 122 TAAGTCTCCTTCTCTCTTCCTCTTGATCTGACTCTGAATTAAATTCAACTACTTCCTCCT 181
| | |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 111 T--G------TCTC-C-T-CTCTTGATCTGACTCTGAATTAAATTCAACTAC-T--TGCT 156
Query 182 CTGCCTGGCACGGGTTTTTTGTTTGTTTTCTCCTGGAAAGTTCGAAGATGCGAGAAATCT 241
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 157 CTGCCT-GCACGGGTTTTTTGTTTGTTTTCTCCTGGAAAGTTCG-A-TTGCGAGAAATCT 213
Query 242 CCAGTTTTTTAATCAGATCCTAAGCGTGCTTCGTTTCGAGGCTCTTTCAGTGATCATTTA 301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 214 CCAGTTTTTTAATCAGATCCTAAGCGTGCTTCGTTTCGAGGCTCTTTCACTGATAATTTA 273
Query 302 CCTCGTTTGACCCTGGATCTCGCCTTGATTTGGGGTTCTTTAGCTGGGGAAAGAGCTCGA 361
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 274 CCTCGTTTGACCCTGGATCTCGCCTTGAATTGGGGTTCTTTAGCTGGGGAGAGAGCTCGA 333
Query 362 TTTCGGGCTGGTGGAAGATGGTGTTTAAATCTAGAATAAAATGGATTGCGCTATTTGTGT 421
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 334 TTTCGGGCTGGTGGAAGATGGTGTTCAAATCTAGAATAAAATGGATTGCGCTTTTTGTGT 393
Query 422 TGATCTTATCAATGGGATCTCTGGTTGTTCATCTTTCCATGACGAAGTCTTCAGGTGTAC 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 394 TGATCTTATCAATGGGATCTCTGGTTGTTCATCTTTCCATGACCAAGTCTTCAGGTGTAC 453
Query 482 AGTTGGCGTATTCTGCAAGAGATAACCTTTGGCAGGATTTTGATTCTTTGTTAGGTGCAC 541
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 454 AGTTGGCGTATTCTGCAAGAGATAACCTTTGGCAAGATTTTGATTCTTTGTTAGGCGCAC 513
Query 542 AGGATTTTAGAAATAAGCACTTATGGCGGCCTGTCAAATCGTTAGAGACCTTGCAGCCTT 601
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 514 AGGATTTTAGAAATAAGCACTTATGGCGGCCTGTCAAATCGTTAGAGACCTTACAGCCTT 573
Query 602 ATGCCAATCCAAGAAATAGTTATCCTGCGCCCAGTTCGAA-AAACAATGGTTTCATTTAT 660
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||
Sbjct 574 ATGCCAATCCAAGAAATAGTTATCCTGCACCCAGTTC-AACAAACAATCGTTTCATTTAT 632
Query 661 GCAAAGATATTTGGTGGATTTGACAAGATTAGATCTTCTATATGTGATCTTGTCACCATA 720
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 633 GCAAAGATATTTGGTGGATTTGACAAGATAAGATCTTCTATATGTGATCTTGTCACCATA 692
Query 721 TCCAGGCTTCTAAATGCTACTCTTGTCATTCCAGAGCTTCAAGAAAGTCTTCGCTCAAAA 780
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 693 TCCAGGCTTCTTAATGCTACTCTTGTCATTCCAGAGCTTCAAGAAAGTCTTCGCTCAAAA 752
Query 781 GGCATTAGCAACAAGTTCAAGAGTTTCTCCTATCTTTATGATGAAGAGCAGTTTATAGCC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 753 GGCATTAGCAACAAGTTCAAGAGTTTCTCCTATCTTTATGATGAAGATCAGTTTATAGCC 812
Query 841 TTTCTTAAAAATGATGTTATAGTTATGAAGACCCTCCCTGAGAGCTTGAAAGCCGCAAGA 900
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 TTTCTTAAAAATGATGTTATAGTTACGAAGACCCTTCCTGAGAGCTTGAAAGCCGCAAGA 872
Query 901 AAAAGGAATGAGTTCCCTCTTTTTAAGCCCAAAAACTCTGCGTCACCAAAATTTTACCTC 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 873 AAAAGGAATGAGTTCCCTCTTTTTAAGCCCAAAAACTCTGCATCACCAAAATATTACCTC 932
Query 961 GAGGATGTGTTGCCAAAGTTAAAGAAAGCTAATGTTATTGGATTGATCGTCTCTGATGGG 1020
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 933 GAGGATGTATTGCCAAAGTTAAAGAAAGCTAATGTTATTGGATTGATCGTCTCTGATGGA 992
Query 1021 GGATGCTTGCAGTCAGCTTTGCCCGCTTCAATGCCTGAACTTCAAAGATTAAGGTGTAGA 1080
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 993 GGATGCTTGCAGTCAACTTTGCCCGCTTCAATGCCTGAACTTCAAAGATTAAGGTGTAGA 1052
Query 1081 GTTGCCTTCCATGCCCTCCAGCTTCGTCCAGAAATTCAGGTGCTGGCCAAGGAGATGGTT 1140
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1053 GTTGCCTTCCATGCCCTCCAGCTTCGTTCAGAAATCCAGGTGCTGGGCAAGAAGATGGTT 1112
Query 1141 GACAGGTTACGTAAATCAGGTCAACCTTTCCTAGCTTATCATCCTGGCTTAGTAAGGGAG 1200
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1113 GACAGGTTACGTAAATCAGGTCAACCTTTCTTAGCTTATCATCCTGGCTTAGTAAGGGAG 1172
Query 1201 AAATTGGCATATCATGGTTGTGCTGAGCTTTTCCAGGATATTCACAGTGAACTCATCCAA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1173 AAATTGGCATATCATGGTTGTGCTGAGCTTTTCCAGGATATTCACAGTGAACTCATCCAA 1232
Query 1261 TATCGGCGTGCTCAGATGATCAAGCAGAGGTTTATTTTAGAAGAACTTATTGTAGACTCG 1320
|||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233 TATCGGCGGGCTCAGATGATCAAGCAGAAGTTTATTTTAGAAGAACTTATTGTAGACTCA 1292
Query 1321 CGCTTGCGCAGGGATAATGGCTTATGTCCTCTCATGCCAGAAGAGGTTGGAATTCTTTTG 1380
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1293 CGCTTGCGCAGGGACAATGGCTTATGTCCTCTCATGCCAGAAGAGGTTGGAATTCTTTTG 1352
Query 1381 AAAGCATTGGGTTATTCTCAAAAAGCGATCATATACTTGGCTGGTTCTGAAATATTTGGC 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1353 AAAGCATTGGGTTATTCTCAAAAAGCGATCATATACTTAGCTGGTTCTGAAATGTTTGGC 1412
Query 1441 GGCCAACGGGTTTTGATCCCTCTACGTGCCATGTTCCCTAATTTAGTGGATCGGACTTCT 1500
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1413 GGCCAACGGGTTTTGATCCCTCTGCGTGCCATGTTCCCTAATTTAGTGGATCGGACTTCT 1472
Query 1501 TTATGCAGCACGGAGGAATTATCAGAATTGGTTGGTCCTGAGACACCTCTTCCAGAGAAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1473 TTATGCAGCACGGAGGAATTATCAGAATTGGTTGGTCCTGAGACACCTCTTCCAGAGAAT 1532
Query 1561 ACATATAAAATGCCTCCTCGAAAAAGCGATAAGCAGCTCAAGGAAGAGTGGAACAAGGCA 1620
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1533 ACATTTAAAATGCCTCCTCGAAAAAGCGATAAGCAACTCAAAGAAGAGTGGAACAAGGCA 1592
Query 1621 GGTCCTCGACCTCGACCTCTACCTCCTCCTCCAGACAGACCTATCTACCAGCACGAAAAA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1593 GGTCCTCGACCTCGACCTCTACCTCCTCCTCCAGATAGACCTATCTACCAGCATGAAAAA 1652
Query 1681 GAAGGATGGTATGGTTGGCTTACAGAGAATGACACAGAACCAAGCCCTTCGCCTATGGAT 1740
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1653 GAAGGATGGTATGGTTGGCTGACAGAGAATGACACAGAACCAAGCCCTTCACCTATGGAT 1712
Query 1741 CTTAGGAATCAAGCACACAGGTTACTGTGGGATGCCCTTGATTTTGCTGTTTCTGTAGAA 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1713 CTTAGGAATCAAGCACACAGGTTACTGTGGGATGCCCTCGATTTTGCTGTTTCTGTAGAA 1772
Query 1801 GCTGATGTGTTCTTCCCTGGGTTCAACAACGATGGTAGTGGATGGCCAGATTTTTCAAGT 1860
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1773 GCTGATGTGTTCTTCCCTGGTTTCAACAACGATGGTAGTGGGTGGCCAGATATTTCAAGT 1832
Query 1861 TTGGTGATGGGTCAAAGGCTCTATGAAAGACCCTCTTCACGAACATATAGACTGGACAGG 1920
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 TTGGTGATGGGTCAGAGGCTCTATGAAAGACCCTCTTCACGAACATATAGACTGGACAGG 1892
Query 1921 AAAGTTATTCAAGAACTTTTCAACATTACTCGTGAGGACATGTACCATCCCAACCGTAAC 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1893 AAAGTTATTCAAGAACTTTTCAACATTACTCGTGAGGACATGTACCATCCCAACCGTAAC 1952
Query 1981 TGGACACTTCGTGTGAGGAAACATCTTAACTCAAGTTTGGGTGAAAGTGGGCTTATCAGG 2040
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953 TGGACACTTCGTGTGAGGAAACATCTTAACTCGAGTTTGGGTGAAAGTGGGCTTATCAGG 2012
Query 2041 CAGTCTATGTTGTCGAAACCTAGGTCGTTCCTTTCGCATCCACTTCCTGAATGCTCATGC 2100
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2013 CAGTCTATGTTGTCAAAACCTAGGTCGTTCCTTTCGCATCCACTTCCTGAATGCTCATGC 2072
Query 2101 AGAACCTCAGCCCTTGAGGATTCCAGGCAAATACAGAGTGATGATGGTAGATTTCTCTAT 2160
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 AGAACCTCGGCCCTTGAGGATTCCAGGCAAATACGGAGTGATGATGGTAGATTTCTCTAT 2132
Query 2161 GGAGGTGAGGATGAATGCCCTAAATGGATAAAATCAGCGGGAGTGGAAAAGAGTAAAACT 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2133 GGAGGTGAGGATGAATGCCCTAAATGGATAAAATCAGCGGGAGTGGAAAAGAGTAAAACT 2192
Query 2221 GATGATGGTGATCAGCCTGATTATGACCATGACCTTCTCGCTGAACAGTCAGAAACTGAA 2280
|| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2193 GACGATAGTGATCAGCCTGATTATGAACATGACCTTCTCACTGAACAGTCAGAAACTGAA 2252
Query 2281 GAAGAATTTGCAAAAAGTAAGGTAGCTTCAGCTTTTGACCAAGATGAAGAGTGGGATCCT 2340
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2253 GAAGAATTTGCAAAAAGTAAGGTAGCTTCAGCTTTTGACCAAGATGAAGAATGGGATCCT 2312
Query 2341 AATGACTAGCGTGACTACTATGCAAATTCTGCTGTGAGGTGTTATTTGATTTTACCCAGA 2400
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2313 AATGACTAGCGTGACAACTATGCAAATTCTGTTGTGAGGTGCCATTTGATTTTTCCCAGA 2372
Query 2401 TTCTTTCAGGAAAGGCGAAGAAGCAAACATACAGAGGttttttttattgttttttacagt 2460
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||
Sbjct 2373 TTCTTTCAGGAAAGGCGAAGAAGCAAACATACGGAGGTTTTTTTT-TTATTT---ACAGT 2428
Query 2461 tcccggcttttttt---ccctttCTGAGAATAAGCTTTTAGTATTATTCTTTTGTTAGTA 2517
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2429 TCCCGGCTTTTTTTTTTCCCTTTCTGAGAATAAGCTTTTAGTGTTATTCTTTTGTTAGTA 2488
Query 2518 GCTCCTTGCAAGTTAGTTGCATACTCTTTATACGTCAGACCTTCTCAAAGATATCGGTAT 2577
|||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489 GCTCCTCGCAAGTTAGTTGCAAACTCTTTATACATCAAACCTTCTCAAAGATATCGGTAT 2548
Query 2578 TGCCTCCGGACGCCCTTATGCATCGAAGGACGGACAACTGATGCAGCAAAGGATGTCCGT 2637
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2549 TGCCCCCGGACGCCCTTATGCATCGAAGGACGGACAACTGATGCAGCAAAGGATGTCCGT 2608
Query 2638 TATGCTTCATCCTTCTCTGAGGGCTTCCCTTGAAGCAAATTTGAAGCTGGAGGTATCTTT 2697
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2609 TATGCTTCATCCTTCTCTGAGGTCTTCCCTTGAAGCAAATGTGAAGCTGGAGGTATCTTT 2668
Query 2698 TGCTCTTCTTTTTCTCATCATTGTAAATCTGATTAAAGGTTCATATTCAGATTCTTT-AT 2756
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2669 TGCTCTTCTTTTTCCCATCATTGTAAATCTGATTAA-GGTTCATATTCAGATTCTTTTAT 2727
Query 2757 CCCTTTTTCTCCAATAGtttttttCTGGATTTGTTTTGACACACTACAGATA-AAA-GAT 2814
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2728 CCCTTTTTCTCCAATAGTTTTTT-CTGGATTTGTTTTGACACACTACAGATATAAAAGAT 2786
Query 2815 AAAGGTATATTTCAACAGAATTTTAATATAAACTTGCTGTGTCCTGATTCAT 2866
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2787 AAAGGTATATTTCAACAGAATATTAATATACACTTGCTGTCTCCTGGTTCAT 2838
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108214386045
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5