BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G04130.1
Length=2225
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477674 jgi|Araly1|477674|fgenesh2_kg.3__375__AT3G04130.2 2743 0.0
> Ahg477674 jgi|Araly1|477674|fgenesh2_kg.3__375__AT3G04130.2
Length=2266
Score = 2743 bits (1485), Expect = 0.0
Identities = 1720/1832 (94%), Gaps = 21/1832 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 CAGTTGAAGAACCCTGTTCTGGGTTTTAGATTTAATGTCTTGGCTTATTCAAAATCGCAT 84
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Sbjct 1 CAGTTGAAGAACCCTGTTCTGGGTTTTAGATTTGATGTCTTGGCTTATTCAAAATCGCAT 60
Query 85 TGGAAACACCTTGTTACGCCTTAATCCTTCTTCGTCTTCTATCGCTATTTTCTCTACGTT 144
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Sbjct 61 TGGAAACACCTTGTTACGCCTTAAACCTTCTTCGTCTTCTATCGCTATTACCTCTACGTT 120
Query 145 TATCAAGAATCTCTCTACTGCTTCGGAGCAATTACCTGAGACACTTGATGAATATTCACA 204
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Sbjct 121 CATCAAGAATCTTTCTACAGCCTCGGAGCAATTACCT------CTTGATGAATCTTCACA 174
Query 205 GTCTGAGGAGATATGGAATGTTATTGTAGGTAGAGACGGTGATAGAGATAGTGAAGATGA 264
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Sbjct 175 GTCTGAGGAGATATGGAATGTTATCGTAGGTAGAGACGGTGATAGAGATAGTGAAGATGA 234
Query 265 TGTTTTTAAACGTCTATCTAGCGATGAAATCTGTAAAAGAGTCAATCTTTCTGATGGTTT 324
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Sbjct 235 TGTGTTTAAACGTCTATCTAACGATGAGATATGTAACAGAGTTAATCTCTCTGATGGTTT 294
Query 325 GGTTCATAAGCTGCTTCATAGGTTTAGAGATGACTGGAGATCTGCGCTTGGTATTTTGAA 384
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Sbjct 295 GGTTTATAAGCTGCTTCATAGGTTTAGAGATGATTGGAAATCTGCGCTTGGTGTTTTGAA 354
Query 385 ATGGGCTGAGTCTTGTAAAGGGCATAAACATTCGAGTGATGCTTATGATATGGCTGTGGA 444
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Sbjct 355 ATGGGCTGAGTCTTGTAAAGGGCATAAACATTCGAGTGATGCTTATGATATGGCGGTGGA 414
Query 445 TATTCTCGGCAAGGCGAAGAAATGGGATCGGATGAAGGAGTTTGTGGAGAGAATGAGAGG 504
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Sbjct 415 TATTCTCGGCAAGGCGAAGAAATGGGATCGGTTGAAGGTGTTTGTTGAGAGAATGAGAGG 474
Query 505 AGATAAACTTGTTACTTTGAATACAG-TTGCTAAGATCATGAGGAGATTTGCTGGTGCAG 563
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Sbjct 475 AGATAAGCTTGTTACTTTGAATAC-GATTGCTAAGATCATGAGGAGATTTGCTGGTGCAG 533
Query 564 GGGAGTGGGAAGAAGCTGTGGGAATATTTGATAGGTTGGGTGAATTTGGATTGGAGAAGA 623
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Sbjct 534 GGGAATGGGAAGAAGCTGTGGGGATATTTGATAAGTTGGGTGAATTTGGATTGGAGAAAA 593
Query 624 ACACGGAGTCGATGAACTTACTGCTCGATACGCTTTGCAAGGAGAAAAGAGTGGAGCAGG 683
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Sbjct 594 ACACGGAGTCGATGAATTTGTTGCTTGATACACTTTGCAAGGAGAAAAGAGTTGAGCAGG 653
Query 684 CCCGAGTAGTTTTGCTACAGCTGAAGTCACATATTACACCAAATGCTCATACGTTTAATA 743
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Sbjct 654 CTCGAGTAGTTTTGCTAGAGCTTAAGTCACACATTACACCAAATGCTCATACGTTTAATA 713
Query 744 TCTTCATTCATGGTTGGTGTAAGGCAAATAGAGTTGAGGAAGCTCTTTGGACGATCCAAG 803
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Sbjct 714 TCTTCATTCACGGTTGGTGTAAGGCAAATAGAGTTGAGGAAGCTCTTTGGACGATCCAAG 773
Query 804 AGATGAAAGGTCATGGTTTTCGTCCTTGTGTTATTAGCTATACGACGATTATAAGGTGTT 863
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Sbjct 774 AGATGAAAGGCCATGGATTTCGTCCTTGTGTTATTAGCTATACGACGATTATAAGGTGTT 833
Query 864 ATTGCCAGCAGTTTGAGTTTATTAAGGTCTATGAAATGCTAAGTGAGATGGAAGCTAATG 923
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Sbjct 834 ATTGCCAGCAGTCCGAGTTTGTCAAGGTCTATGAGATGCTAAGTGAAATGGAAGCAAATG 893
Query 924 GGTCTCCTCCGAATTCTATTACTTACACAACTATTATGTCTTCTCTTAATGCACAGAAAG 983
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Sbjct 894 GGTCTCCTCCAAATTCTATTACTTACACAACTATTATGTCTTCTCTTAATGCACAGAAAG 953
Query 984 AGTTTGAGGAGGCTTTACGGGTTGCTACAAGGATGAAAAGATCCGGCTGTAAACCCGATT 1043
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Sbjct 954 AGTTTGAGGAGGCTTTACGGGTAGCTACAAGGATGAAAAGATCTGGTTGTCAACCCGATT 1013
Query 1044 CTCTTTTCTACAACTGTTTGATTCACACGCTTGCTCGAGCTGGTCGGTTAGAAGAAGCTG 1103
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Sbjct 1014 CTCTTTTCTACAACTGTTTGATTCACACTCTTGCTCGATCTGGTCGGTTAGAAGAAGCTG 1073
Query 1104 AGCGGGTTTTCAGAGTCGAGATGCCAGAGCTTGGTGTTTCCATTAATACATCTACCTATA 1163
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Sbjct 1074 AGCGGGTTTTCAGAGTCGAGATGCCAGAGCTTGGTGTTTCCATTAATACATCCACCTACA 1133
Query 1164 ACTCTATGATTGCTATGTATTGTCATCACGATGAGGAAGATAAGGCGATTGAGCTTCTCA 1223
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Sbjct 1134 ACTCCATGATTGCTATGTATTGTCATCATGATGAGGAAGATAAGGCGATTGAGCTTCTCA 1193
Query 1224 AGGAAATGGAAAGTTCAAACCTTTGTAATCCCGATGTTCATACGTATCAACCCCTGCTGA 1283
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Sbjct 1194 AGGAAATGGAAAGTTCAAACCTTTGTAATCCCGATGTTCATACGTATCAACCCCTGCTGA 1253
Query 1284 GATCTTGTTTTAAGAGAGGAGATGTTGTTGAGGTTGGGAAACTATTGAAAGAGATGGTGA 1343
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Sbjct 1254 GATCTTGTTTTAAGAGAGGAGATGTTGTTGAGGTTGGGAAATTATTGAAAGATATGGTGA 1313
Query 1344 CTAAACATCATCTCAGCCTCGATGAGTCGACTTATACTTTTCTGATACAGAGGTTATGCA 1403
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Sbjct 1314 CTAAACATCATCTCAGCCTTGATGAATCGACTTATACTTTTCTGATACAGAGGTTATGCA 1373
Query 1404 GAGCTAATATGTGTGAGTGGGCGTATTGTCTATTCGAAGAGATGATTAGCCAAGATATCA 1463
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Sbjct 1374 GAGCTAATATATGTGAGTGGGCGTATTGTCTATTCGAAGAGATGATTAGCCAAGATATCA 1433
Query 1464 CGCCGAGGCACCGCACTTGTTTGCTGCTCTTGGAAGAGGTCAAGAAGAAGAATATGCATG 1523
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Sbjct 1434 CGCCGAGGCACCGGACTTGTTTGCTGCTTTTGGAAGAGGTCAAGAAGAAGAATATGCATG 1493
Query 1524 AATCAGCTGAGAGAATCGAACACATTATGAAGACTGTGAAACTTACTGCACCTGTAAAGT 1583
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Sbjct 1494 AATCCGCTGAGAGAATCGAACACATCATGAAGACTGTGAAACTTACTGCCCCTGTAAAGT 1553
Query 1584 GAGGTTTATTAGTTATTATGACGACTTGACTGTTACTT-CGCAGATTGGGATGAGAAGTG 1642
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Sbjct 1554 GAGGTT-ATTAGTTATTACAATGGCTTGACTGTTGCTTAC-CAGATTGTGATGAGAAGTG 1611
Query 1643 GTCTCTTCATGCTTGCGAAAGAAGACAAGACCAGATCATGCATAAAGATGTTCATTGTGT 1702
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Sbjct 1612 GTCTCTTCCTGCTTGAGAAAGAA-ACAAGACCGGACCATGCATAAAGATGGTCATTGTGT 1670
Query 1703 TGTTTATTCAACCACATTGTAGTGTAGATTTCAAGTTCGTTGGTCAATGGATATGGACAA 1762
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Sbjct 1671 TGTTTATTCAAGCACATTGTAGTGTAGATTTCAAGTTCTTTGGTCAATGCATA---A--- 1724
Query 1763 GAAACTTGGACTTCGTATTCATGAAAAGTTGTTAAGATT-GGAACTCTGGAGTTGATTGA 1821
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Sbjct 1725 GAAACTCGGACTTCGAATTCAAGAAGAGTTGTTAAGATTTGGAACTCTGGAGTTGATTGA 1784
Query 1822 T-CTGACACATTCTTGATGATAAGAGGCTTAT 1852
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Sbjct 1785 TTCTGACACAATCTTGATGATAAGAAG-TTAT 1815
Score = 472 bits (255), Expect = 7e-132
Identities = 340/377 (90%), Gaps = 22/377 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1845 AGGCTTATTCACATCAAGACTAATTTATGGGAGAGTTTACACAAGTGTGGGATCCAAGAG 1904
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Sbjct 1899 AGGATTATTCACATCAAGACTAATTTAT-GG-GAGTGTACATAA--GTGGGATCCAAGA- 1953
Query 1905 CATAtttttttttGTAATGAGCATTGAGTTTATGGACAAATACATGTGCATTTGGATGCG 1964
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Sbjct 1954 -TTTTTTTTTTTTTTAATGAGCATTGAGTTTATAGACAAATACATGTGCATTAAGATGCG 2012
Query 1965 TCCACACTTCACAGTTCACACCGACAGAAAGGTAGATCCATATTACCCCAAACAAAACAA 2024
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Sbjct 2013 TCCACACTTCACAGTTCACACCGAC--ATAGGTAGATCCATATTACCCCAAACAAAACAA 2070
Query 2025 AATATAT-TTTTTGGGATATTTTTG-AA--ATTATT--AAT---AGAAAATAAATTTGAG 2075
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Sbjct 2071 AATTTATAGTTTTGGG-TATTTTTGAAATTATTATTAAAATAAAATAAAATAAAATTGAG 2129
Query 2076 TAGTCTTCTTCAACTTCATAA-GATGGTTAAGCTTTAACTACGAATTATTGATTAGATAT 2134
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Sbjct 2130 TAGTCTTCTTCAACTTCATAATGATGGTTAAGCTTTAACTACGAATTATTGATTAGATAT 2189
Query 2135 TATTA-T--TAAGGGCCCTCAAATGTTAGCTGCCACAAGTGGGCACTTTTTCTTTGGTCT 2191
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Sbjct 2190 TATTAATAATAAGGGCCCTCAAATGTTAGCTGCCACAAGTGGGCACTTTTTCTTTGGTCT 2249
Query 2192 ACATTGTTCGAAATTTA 2208
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Sbjct 2250 ACATTATTCGAAATTTA 2266
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83760448755
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5