BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G04240.1
Length=3337
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927966 jgi|Araly1|927966|scaffold_300423.1 5084 0.0
> Ahg927966 jgi|Araly1|927966|scaffold_300423.1
Length=2975
Score = 5084 bits (2753), Expect = 0.0
Identities = 2900/2973 (98%), Gaps = 2/2973 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 134 AATTTCATTAAGACGCGATGATCTCGTCCAAAAACGGAGCTGCCATGATCTCCCGACCTG 193
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 4 AATTTCATTAAGAAGCGATGATCTCGTCGAAAAACGGAGCTGCGATGATCTCTCGACCTG 63
Query 194 TCTTTCTTTCCGATCGAGTTGATGAAGTCTTCTCTAGAAAGCTTGATTTGTCTGTCTCTT 253
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 64 TGTTTCTTTCGGATCGAGTTGATGAAGTCTTCTCTAGAAAGCTTGATTTGTCTGTTTCTT 123
Query 254 CTTCGTCTTCTTCGAGCCTCCTCCAGCAGTTCAATAAGACTCATGAAGGTGATGATGACG 313
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 124 CTTCGTCTTCTTCGAGTCTCCTCCAGCAGTTCAATAAAACTCATGAAGGGGATGATGACG 183
Query 314 CACGCCTGGCTCTTGCTCATCAGCTATACAAAGGAGGCGATTTCAAACAAGCCCTGGAGC 373
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 184 CACGCCTGGCTCTTGCTCATCAGCTGTACAAAGGAGGAGATTTCAAACAAGCCCTAGAGC 243
Query 374 ACAGCAACATGGTTTACCAGAGAAACCCATTACGCACTGATAATCTTCTTCTAATTGGTG 433
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 244 ACAGCAACATGGTTTACCAGAGAAACCCATTACGTACTGATAATCTTCTTCTGATTGGTG 303
Query 434 CTATTTATTACCAGCTTCAAGAGTATGATATGTGCATAGCTCGAAATGAAGAAGCTCTTC 493
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 304 CTATTTATTACCAGCTCCAAGAGTATGATATGTGCATAGCTAGAAATGAAGAAGCTCTTC 363
Query 494 GTATTCAACCTCAGTTTGCTGAGTGTTATGGAAACATGGCAAACGCGTGGAAGGAAAAAG 553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 364 GTATTCAACCTCAGTTTGCTGAGTGTTATGGAAACATGGCAAACGCGTGGAAGGAAAAAG 423
Query 554 GGGACACTGATCGTGCAATCCGCTACTATTTAATTGCAATTGAGCTGAGGCCCAATTTTG 613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 424 GGGACACTGATCGTGCAATCCGCTACTATTTAATTGCAATTGAGCTGAGGCCCAACTTTG 483
Query 614 CTGATGCTTGGTCGAACTTGGCAAGTGCATACATGCGAAAGGGAAGACTCAGTGAGGCAA 673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 CTGATGCTTGGTCGAACTTGGCAAGTGCATACATGCGAAAGGGAAGACTCAGTGAGGCAA 543
Query 674 CACAATGCTGTCAGCAGGCCCTCTCATTGAATCCACTTCTGGTTGACGCACATAGTAATC 733
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 544 CACAATGCTGTCAGCAGGCCCTTTCATTGAATCCACTTCTGGTTGACGCACATAGTAATC 603
Query 734 TGGGGAATCTGATGAAGGCTCAAGGATTGATTCATGAAGCATACAGTTGTTACCTTGAAG 793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 604 TGGGGAATCTGATGAAGGCTCAAGGATTGATTCATGAAGCATACAGTTGTTACCTTGAAG 663
Query 794 CTGTTCGTATACAACCAACATTTGCTATTGCATGGTCGAATCTTGCTGGTCTTTTCATGG 853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 664 CTGTTCGTATACAACCAACATTTGCTATTGCATGGTCGAATCTTGCTGGTCTTTTCATGG 723
Query 854 AGTCAGGTGATCTCAACAGAGCCCTTCAATACTACAAGGAAGCTGTGAAGTTGAAACCTG 913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 AGTCAGGTGATCTCAACAGAGCCCTTCAATACTACAAGGAAGCTGTGAAGTTGAAACCTG 783
Query 914 CATTCCCTGATGCATATTTAAATTTAGGAAACGTGTATAAGGCCCTCGGGAGACCTACTG 973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |
Sbjct 784 CATTCCCTGATGCATATTTAAATTTAGGAAACGTGTATAAGGCTCTTGGAAGACCTACAG 843
Query 974 AAGCGATCATGTGTTATCAGCATGCCTTACAGATGCGGCCAAATTCTGCAATGGCATTTG 1033
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 844 AAGCTATCATGTGTTATCAGCATGCCTTACAGATGCGGCCAAATTGTGCAATGGCATTTG 903
Query 1034 GGAATATAGCCAGTATATACTATGAGCAAGGTCAACTAGATTTAGCAATTCGACACTACA 1093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 GGAATATAGCCAGTATATACTATGAGCAAGGTCAACTGGATTTAGCAATTCGACACTACA 963
Query 1094 AGCAGGCTCTCTCCCGGGATCCACGATTTTTGGAGGCTTACAATAACTTGGGTAATGCAT 1153
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 964 AGCAGGCTATCTCCCGGGATCCACGATTTTTGGAGGCTTATAATAACTTGGGTAATGCAT 1023
Query 1154 TGAAGGATATTGGGCGAGTTGATGAAGCAGTTCGGTGTTATAATCAATGTCTTGCTTTAC 1213
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 TGAAGGATATTGGGCGAGTTGATGAAGCAATTCGGTGTTATAATCAATGTCTTGCTTTAC 1083
Query 1214 AACCAAATCATCCACAAGCCATGGCTAATCTTGGAAACATTTATATGGAGTGGAATATGA 1273
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 AACCAAATCATCCACAAGCAATGGCTAATCTTGGAAATATTTATATGGAGTGGAATATGA 1143
Query 1274 TGGGTCCTGCTTCCTCATTATTCAAGGCTACTCTGGCTGTAACTACAGGGCTATCTGCTC 1333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 TGGGTCCTGCTTCCTCATTATTCAAGGCTACTCTGGCTGTAACTACAGGGCTATCTGCTC 1203
Query 1334 CGTTCAATAACCTTGCTATAATTTACAAGCAACAGGGAAATTACTCGGATGCTATATCCT 1393
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 CGTTCAATAACCTTGCTATAATTTATAAGCAACAGGGAAATTACTCGGATGCTATATCCT 1263
Query 1394 GCTATAATGAGGTTCTTCGTATTGACCCATTGGCAGCTGACGCTCTGGTTAATAGAGGGA 1453
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1264 GCTATAATGAGGTTCTTCGTATTGACCCATTGGCAGCTGACGCTCTGGTTAATAGAGGCA 1323
Query 1454 ATACTTACAAAGAGATCGGGAGGGTAACTGAAGCAATTCAGGATTACATGCATGCTATAA 1513
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1324 ATACTTACAAAGAGATCGGGAGGGTAACTGAAGCTATTCAGGATTACATGCATGCTATTA 1383
Query 1514 ACTTCCGGCCTACAATGGCTGAAGCTCACGCAAACCTGGCCTCAGCTTACAAGGATAGTG 1573
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 ATTTCCGGCCTACAATGGCTGAAGCTCATGCAAACCTGGCCTCAGCTTACAAGGATAGTG 1443
Query 1574 GGCATGTAGAAGCTGCCATTACGAGCTATAAGCAGGCCTTGCTTCTACGACCAGACTTCC 1633
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1444 GGCATGTGGAAGCTGCCATTACGAGCTATAAGCAGGCCTTGCTACTACGACCAGACTTCC 1503
Query 1634 CAGAAGCAACGTGCAACCTTCTACACACCTTACAGTGTGTATGCTGTTGGGAGGACCGTA 1693
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1504 CAGAAGCAACGTGCAACCTTCTGCACACCTTACAGTGTGTATGCTGTTGGGAAGACCGTA 1563
Query 1694 GCAAAATGTTCGCTGAAGTTGAAAGCATTATTAGGAGGCAAATAAATATGTCGGTCCTTC 1753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 GCAAAATGTTCGCTGAAGTTGAAAGCATTATTAGGAGGCAAATAAATATGTCGGTCCTTC 1623
Query 1754 CAAGTGTCCAGCCCTTCCATGCAATAGCATATCCTATTGACCCTATTCTTGCCCTTGAAA 1813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 CAAGTGTCCAGCCCTTCCATGCAATAGCATATCCTATTGACCCTATTCTTGCCCTTGAAA 1683
Query 1814 TCAGTCGTAAATACGCTGCACACTGCTCCATAATCGCTTCTCGTTTTGGACTACCTCCTT 1873
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 TCAGTCGTAAATATGCTGCACACTGCTCCATAATCGCTTCTCGTTTTGGACTACCTCCTT 1743
Query 1874 TTACCCATCCAGCTGGGCTCCCTGTAAAACGTGAGGGAGGATTTAAGAGATTAAGGATTG 1933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744 TTACCCATCCAGCTGGGCTCCCTGTAAAACGTGAGGGAGGATTTAAGAGATTAAGGATTG 1803
Query 1934 GATACGTGAGCAGTGATTTTGGTAACCATCCGTTGTCACACCTCATGGGATCAGTGTTTG 1993
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1804 GATATGTGAGCAGTGATTTTGGTAACCATCCATTGTCACACCTCATGGGATCAGTGTTTG 1863
Query 1994 GGATGCACAACAGAGAAAACGTTGAGGTTTTCTGCTATGC-TCTGAGTGCAAATGATAAT 2052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||
Sbjct 1864 GGATGCACAACAGAGAAAACGTTGAGGTTTTCTGCTACGCAT-TGAGTGCAAATGATAAT 1922
Query 2053 ACTGAGTGGAGACAGCGAATCCAGTCAGAAGCCGAGCATTTCCTGGACGTTTCTGCTATG 2112
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1923 ACTGAGTGGAGACAGCGTATCCAATCAGAAGCCGAGCATTTCCTGGACGTTTCTTCTATG 1982
Query 2113 TCATCTGATGCTATCGCCAAAATTATAAACCAAGACAAAATCCAGATCCTCATCAATCTA 2172
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TCATCTGATGCTATCGCCAAAATTATAAATGAAGACAAAATCCAGATCCTCATCAATCTA 2042
Query 2173 AACGGTTATACCAAGGGGGCTAGAAATGAAATATTTGCCATGCAGCCTGCTCCGATCCAG 2232
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2043 AACGGTTATACCAAGGGGGCTAGAAATGAAATATTTGCCATGCAGCCTGCACCGATCCAG 2102
Query 2233 GTTTCATATATGGGCTTCCCGGGTACCACTGGAGCAACCTATATTGACTATCTAGTGACT 2292
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 GTTTCATATATGGGCTTCCCAGGTACAACTGGGGCAACCTATATTGACTATCTAGTGACT 2162
Query 2293 GATGAGTTCGTGTCTCCTCTGCAATATGCACATATTTACTCAGAGAAGCTGGTCCACCTT 2352
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2163 GATGAGTTCGTGTCTCCTCTGCAATATGCACATATTTACTCAGAGAAGCTGGTCCATCTT 2222
Query 2353 CCCCATTGCTACTTTGTCAATGATTACAAGCAGAAAAATCAGGATGTGTTGGATCCAAAT 2412
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2223 CCCCATTGCTACTTTGTCAATGATTACAAGCAGAAAAATCAGGATGTGTTAGATCCAAAT 2282
Query 2413 TCGAAGCCCAAGCGATCAGACTATGGACTTCCTGAAGACAAATTCATATTTGCATGCTTC 2472
|| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 TCTAAGCCCAAGAGATCAGACTATGGACTTCCTGAAGACAAATTCATATTTGCATGCTTC 2342
Query 2473 AACCAACTGTACAAAATGGATCCTGAGATCGTTAATACTTGGTGCAACATTCTTAAACGA 2532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 AACCAACTGTACAAAATGGATCCTGAGATCGTTAATACTTGGTGCAACATTCTTAAACGA 2402
Query 2533 GTACCCAACAGTGCTCTTTGGCTTCTCCGTTTTCCAGCAGCCGGAGAGATGAGGTTTCGC 2592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 GTACCCAACAGTGCTCTTTGGCTTCTCCGTTTTCCAGCAGCCGGAGAGATGAGGTTTCGC 2462
Query 2593 ACATATGCTGCTGCCCAAGGTGTACAGCCTGATCAAATTATCTTCACTGATGTTGCCATG 2652
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 ACATATGCTGCTGCCCAAGGTGTACAGTCTGATCAAATTATCTTCACTGATGTTGCCATG 2522
Query 2653 AAGAGTGAACATATCAGGCGAAGTGTCCTTGCCGATGTAATCCTCGACACGCCCCTGTGC 2712
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2523 AAGAGTGAACATATCAGGCGAAGTGTCCTTGCTGATGTAATCCTCGACACGCCTCTGTGC 2582
Query 2713 AATGGACACACAACAGGAACAGATGTACTGTGGGCTGGTGTACCAATGATAACGTTACCA 2772
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2583 AATGGACACACAACAGGAACAGATGTGCTGTGGGCTGGTGTACCGATGATAACATTACCA 2642
Query 2773 CTTGAGAAAATGGCAACTCGAGTGGCTGGATCACTCTGCCTTGCAACTGGTCTGGGCCAT 2832
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 CTTGAGAAAATGGCAACTCGAGTGGCTGGATCACTCTGTCTTGCAACTGGTCTGGGCCAT 2702
Query 2833 GGGATGATTGTTAACAGCTTGGAGGAGTACGAAGAGAAGGCTGTCTCTTTGGCACTGAAC 2892
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 GAGATGATAGTTAACAGCTTGGAGGAGTACGAAGAGAAGGCTGTCTCTTTGGCACTGAAC 2762
Query 2893 AAGCCAAAACTTCAGGCACTGACTAAGGAATTGAGGGCTAGCCGCTTAACCTGTCCTCTA 2952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763 AAGCCAAAACTTCAGGCACTGACTAAGGAATTGAGGGCTAGCCGCTTAACCTGTCCTCTA 2822
Query 2953 TTCGACACCATGCGTTGGGTGAAGAATCTGGAGAGGTCATACTTCAAAATGTGGAACCTC 3012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 TTCGACACCATGCGTTGGGTGAAGAATCTGGAGAGGTCGTACTTCAAAATGTGGAACCTC 2882
Query 3013 CATTGCTCTGGGCAGCAGCCACAACACTTCAAGGTGTTGGAAAACGACCTAGAATTCCCA 3072
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 CATTGCTCTGGACAGCAGCCACAACACTTCAAGGTGTTGGAAAACGACCTAGAATTCCCA 2942
Query 3073 CATGACAGATAAACAAGGAGGGAAAGACAACTG 3105
|||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 2943 CATGACAGATAAACAACGAGGGAAAGAAAACTG 2975
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125970566630
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5