BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G04490.1
Length=3687
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg317312 jgi|Araly1|317312|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000328 2340 0.0
Ahg903266 jgi|Araly1|903266|Al_scaffold_0003_394 200 6e-50
> Ahg317312 jgi|Araly1|317312|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000328
Length=3372
Score = 2340 bits (1267), Expect = 0.0
Identities = 1356/1400 (97%), Gaps = 2/1400 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 247 ATGCGCGCGATTGAACTTGCTTGCTCTTACATTCAGATTAATAGTAATCCAGTTGCTGCT 306
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCGCGCGATTGAACTTGCTTGCTCTTACATTCAGATAAATAGTAATCCAGTTGCTGCC 60
Query 307 GAGGCAACCATTTTGTCGCTTCACCAATCCCCACAGCCGTATAAGGCGTGTAGATATATT 366
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAGGCTACCATTTTGTCGCTTCACCAGTCCCCACAGCCGTATAAGGCGTGTAGATATATT 120
Query 367 CTTGAAAATTCTCAGGTGGCAAATGCTAGGTTTCAAGCTGCTGCAGCTATTCGAGAATCA 426
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 121 CTTGAAAATTCTCAGGTGGCAAATGCTAGGTTTCAAGCTGCTGCAGCTATACGAGAAGCA 180
Query 427 GCTATCAGGGAATGGAGCTTTCTTGCCACCGATGATAAAGGGGGCTTGATTAGCTTCTGC 486
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 181 GCTATCAGGGAATGGAGCTTTCTTGCCACAGATGATAAAGGGGGTTTGATTAACTTCTGC 240
Query 487 CTTGGCTATGTCATGCAGCATGCTAATTCATCTGAGGGATATGTGCTTTCAAAAGTATCT 546
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTGGCTATGTCATGCAGCATGCTAATTCATCCGAGGGATATGTGCTTTCAAAAGTATCT 300
Query 547 TCTGTGGCTGCACAGCTGATGAAAAGAGGCTGGCTTGAGTTTACTCCAGCCCAGAAGGAA 606
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 301 TCTGTGGCAGCACAGCTGATGAAAAGAGGCTGGCTTGAGTTTACTCCAGCCGAGAAGGAA 360
Query 607 GTCTTTTTCTATCAGATCAACCAGGCTATTCTTGGTTCTCATGGCTTAGATGTGCAGTTC 666
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTCTTTTTCTATCAGATCAACCAAGCTATTCTTGGTTCTCGTGGCTTAGATGTGCAGTTC 420
Query 667 ATTGGTGTAAATTTTCTTGAATCATTGGTATCTGAATTCTCACCCTCTACTTCAAGTGCC 726
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATCGGTGTAAATTTTCTTGAATCATTGGTATCTGAGTTCTCACCCTCTACTTCAAGTGCC 480
Query 727 ATGGGTCTCCCTAGGGAATTTCATGAAAATTGCCGCAAGTCACTAGAGCAAAACTTTTTG 786
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATGGGTCTCCCTAGGGAATTTCATGAAAATTGTCGCAAGTCACTAGAGCAAAACTTTTTG 540
Query 787 AAGAGTTTCTATCAGTGGGCACAAGATGCTGCTTTGAGTGTTACAAGCAAGATTATTGAA 846
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 541 AAGACTTTCTATCAGTGGGCACAAGATGCTGCTTTGAGTGTTACAAACAAGATTATCGAA 600
Query 847 TCTCATTCTAGTGTCCCTGAGGTTAAGGTTTGCAATGCTACACTGCGATTAATGCATCAA 906
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCACATTCTAGTGTCCCTGAGGTTAAGGTTTGCAATGCTACACTGCGATTAATGCATCAA 660
Query 907 ATACTAAATTGGGAGTTTCCTTACAGCAAAGGTGGCACAAGAGCCAGCATTAATGTATTC 966
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATACTAAATTGGGAGTTTCGTTACAGCAAAGGTGGCACAAGAGCCAGCATTAATGTATTC 720
Query 967 TCTGACGGAATTAGACCTGATAATGCATTATCAAGAAAGACAGAATGTGTAATAGTTCAG 1026
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCTGACGGAATTAGAGCTGATAATGCATTTTCAAGAAAGACAGAATGTGTAATAGTTCAG 780
Query 1027 CCTGGAGCTTCATGGTGTGATGTTTTGCTTTCAAGCTCACATGTTGGTTGGCTGATAAAT 1086
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 781 CCTGGAGCTTCGTGGTGTGATGTTTTGCTTTCAAGCTCACATGTTGGATGGCTGATAAAT 840
Query 1087 TTCTATTCTTCGGTGAGGCAGAAGTTTGATCTTGAAGGTTATTGGCTAGATTGTCCTGTT 1146
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTATATTCGTCGGTGAGGCAGAAGTTTGATCTTGAAGGCTATTGGCTAGATTGTCCTGTT 900
Query 1147 GCAGTCTCTGCTCGGAAACTTATCGTGCAATTGTGCTCCTTGGCAGGGGAAATATTTCCA 1206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GCAGTCTCTGCTCGGAAACTTATCGTGCAATTGTGCTCCTTGGCAGGGGAAATATTTCCA 960
Query 1207 T-CGAACAATGTGCAGATGCGTGATCAACATCTGCTCCTCCTGCTGACGGGTGTGTTGCC 1265
| || |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 961 TCCG-ACAATGGGCAGATGCAAGAGCAACATCTGCTCCTCCTGCTGTCGGGTGTGTTGCC 1019
Query 1266 CTGGATTGATCCTCCTGATGTCATTTCAAAGGAAATTGAAGAAGGAAGGAGTGGAAGTGA 1325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTGGATTGATCCTCCTGATGTCATTTCAAAGGAAATTGAAGAAGGAAGGAGTGGAAGTGA 1079
Query 1326 GATGATTGATGGTTGCCGCGCATTGTTATCTATTGGGACTGTTACTACTCCTGTTGTCTT 1385
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GATGATTGATGGTTGTCGCGCATTGTTATCTATTGGGACTGTTACTACTCCTGTTGTCTT 1139
Query 1386 TGACCAACTCTTGCGATCATTAAGGCCCTTTGGCACCCTTACACTCTTATCTATGTTAAT 1445
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGACAAACTCTTGCGATCATTAAGACCCTTTGGCACCCTTACACTCTTATCTATGTTAAT 1199
Query 1446 GGGTGAAGTTGTCAAAGTACTAATGGCGAATAGTACTGATGAAGAGACTTGGAGCTATGA 1505
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1200 GGGTGAAGTTGTCAAAGTACTAATGGCAAATAGTACTGATGAAGAGACCTGGAGCTATGA 1259
Query 1506 GGCACGCGATATCTTGCTAGATACCTGGACCACACTCCTTACTTCAATGGATGGTTCTGG 1565
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GGCACGCGATATCTTGCTAGATACCTGGACCACACTCCTTGCTTCAATGGATGGTTCTGG 1319
Query 1566 GGGTAATGCGTGGCTACCACCTGAGGGGATACATGCTGCAGCTAGTCTCTTTTCATTGAT 1625
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGGTAATGCGAGGCTACCACCTGAGGGGATGCATGCTGCAGCTAGTCTCTTTTCATTGAT 1379
Query 1626 TGTGGAATCTGAACTAAAAG 1645
||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TGTGGAATCTGAACTAAAAG 1399
Score = 1773 bits (960), Expect = 0.0
Identities = 1002/1023 (98%), Gaps = 0/1023 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1702 GCCATGGACGAAAGACTAGGCTCTTATGCTCTCATTGCAAGGGCAGCAGTCGATGCTACA 1761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 GCCATGGACGAAAGACTAGGCTCTTATGCTCTCATTGCAAGGGCAGCAGTCGATGCTACA 1458
Query 1762 ATTCCATTTTTAGCAAAACTTTTCTCTGATCATGTTGCACGCCTCCATCAGGGCAGGGGC 1821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 ATTCCATTTTTAGCAAAACTTTTCTCTGATCATGTTGCACGCCTCCATCAGGGCAGGGGC 1518
Query 1822 ACTGTTGATCCGACTGAAACTTTGGAAGAGGTCTACTCTTTGCTGCTAATAATCGGCCAT 1881
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1519 ACTGTTGATCCGACGGAAACTTTGGAAGAGGTCTACTCTTTGCTGCTAATAATCGGTCAT 1578
Query 1882 GTACTTGCAGATGAAGGGGAAGGGGAGACTGCCTTGGTTCCTGATGCTTTGCAATCTCAT 1941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 GTACTTGCAGATGAAGGGGAAGGGGAGACTGCCTTGGTTCCTGATGCTTTGCAATCTCAT 1638
Query 1942 TTTGTGGATGTTGTAGAGGCAAACAACCACCCTGTCGTGGTACTCTCAAGCTCAATAATA 2001
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 TTTGTGGATGTTGTTGAGGCAAACAACCACCCTGTCGTGGTACTCTCAAGCTCAATAATA 1698
Query 2002 AAATTTGCCGAGCAATGTTTGGATGCAGAAATGAGATCATCGATCTTTAGTCCTCGGCTA 2061
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 AAATTCGCCGAGCAATGTTTGGATGCAGAAATGAGATCATCGATCTTTAGTCCTCGGCTA 1758
Query 2062 ATGGAGGCTGTCATATGGTTCCTTGCAAGATGGTCTTTCACATATCTATTGCTCGTTGAA 2121
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1759 ATGGAGGCAGTCATATGGTTCCTTGCAAGATGGTCTTTCACATATCTAATGCTCGTTGAA 1818
Query 2122 GAGTGCAATTTGGGTAGCAACAAGCTTCAGTCTCTACCTTCAAGAGCATGTTTATTTACG 2181
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1819 GACTGCAATTTGGGTAGCAACCAGCTTCAGTCTCTACGTTCAAGAGCATGTTTATTCACG 1878
Query 2182 TATTTCAACGAACACAATCAGGGGAAGTTTGTCCTTGATATAATTGTCCGGATCTCCTTG 2241
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 TTTTTCAACGAACACAATCAGGGGAAGTTTGTCCTTGATATAATTGTCCGGATCTCCTTG 1938
Query 2242 ACATCGCTCACATCTTACCCTGGTGAAAAGGACTTGCAGGAGTTAACATGTTTTCAGTTA 2301
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1939 ACATCGCTCATGTCTTACCCTGGTGAAAAGGACTTGCAGGAGTTAACATGTTTTCAATTA 1998
Query 2302 CTGCATGCACTTGTTCGACGAAGAAATATTTGTTTTCACCTTCTATCACTGGACTCCTGG 2361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 CTGCATGCACTTGTTCGACGAAGAAATATTTGTTTTCACCTTCTATCACTGGACTCCTGG 2058
Query 2362 CGTAACCTGGCAAATGCTTTTGCAAATGACAAAACATTGTTTTTACTAAATAGTGTTAGT 2421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 CGTAACCTGGCAAATGCTTTTGCAAATGACAAAACATTGTTTTTACTAAATAGTGTTAGT 2118
Query 2422 CAGCGTTCATTGGCTCAAACCCTTGTTCTTTCTGCTTATGGAATGCGAAGTTCAGATGCA 2481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 CAGCGTTCATTGGCTCAAACCCTTGTTCTTTCTGCTTATGGAATGCGAAGTTCAGATGCA 2178
Query 2482 TCAAATCAATATGTGAAGGACCTCATGGCTCATATGACATCATCTCTAGTGGACTTGTCC 2541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2179 TCAAATCAATATGTGAAGGACCTCATGGCTCATATGACATCATCTCTAGTGGACTTGTCC 2238
Query 2542 AATAGTAGTGACCTTAAAAATTTGGCTCAACAACCTGATATTATCATGCTGGTGAGTTGT 2601
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2239 AATAACAGTGACCTAAAAAATTTGGCTCAACAACCTGATATTATCATGCTGGTGAGTTGT 2298
Query 2602 GTGTTAGAGCGGCTTCGAGGAGCGGCAAGTGCCACTGAACCCCGAACACAGAGAGCAATA 2661
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2299 GTGTTAGAGCGGCTTCGAGGAGCGGCAAGTGCCACCGAACCCCGGACACAGAGAGCAATA 2358
Query 2662 TATGAGATGGGATTGTCTGTCATGAATCCTGTACTCCGTCTTCTCGAGGTTTACAAACAT 2721
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2359 TATGAGATGGGATTGTCTGTCATGAATCCTGTACTTCGTCTGCTCGAGGTTTACAAACAT 2418
Query 2722 GAG 2724
|||
Sbjct 2419 GAG 2421
Score = 1395 bits (755), Expect = 0.0
Identities = 791/809 (98%), Gaps = 0/809 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2723 AGATATCATTGTCTCTCTCTAGTACCTTGCTTAATGAAGCAAAAACCGAAAAGTATAAGG 2782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 AGATATCATTGTCTCTCTCTAGTACCTTGCTTAATGAAGCAAAAACCGAAAAGTATAAGG 2623
Query 2783 ATTTACGCGCTCTGCTTCAGCTACTTTCCCATTTGTGCTCGAAAGATATGGTTGATTTTT 2842
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2624 ATTTACGCGCTCTGCTTCAGCTACTTTCCCATCTATGCTCAAAAGATATGGTTGATTTTT 2683
Query 2843 CATCTGATAGTATTGAGACACAAAGTACAAATATTTCCCAGGTGGTGTACTTTGGTCTCC 2902
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684 CATCGGATAGTATTGAGACACAAAGCACAAATATTTCCCAGGTGGTGTACTTTGGTCTCC 2743
Query 2903 ATATAATCACTCCACTTATAACTTTGGAACTCCTCAAATACCCCAAGCTTTGCTTCGACT 2962
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2744 ATATAATCACTCCACTTATAACTTTGGAACTCCTCAAATACCCCAAGCTTTGTTTCGATT 2803
Query 2963 ATTTCTCGCTCATTTCACATATGCTCGAGGTTTACCCCGAGACGCTCGCACAACTCAACA 3022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 ATTTCTCGCTCATTTCACATATGCTCGAGGTTTACCCTGAGACGCTCGCACAACTCAACA 2863
Query 3023 ATGACGCATTTAGCCATGTACTTACAACAGTTGACTTTGGTCTTCATCAGCAGGATGTAG 3082
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2864 ATGACGCATTTAGCCATGTAGTTACAACAGTTGACTTTGGTCTTCATCAGCAGGATGTCG 2923
Query 3083 ATATAGTCACAATGTGCCTGAGAGCTCTAAAGGCTCTTGCTTCATATCACTACAAAGAGA 3142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2924 ATATAGTCACAATGTGCCTGAGAGCTCTAAAGGCTCTTGCTTCATATCACTACAAAGAGA 2983
Query 3143 AAAATGCTGGCAACTCGGGTTTGGGTTCACACGCTGCTGGACACACAGATCCAAATGGAG 3202
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 AAAATACTGGCAACTCGGGTTTGGGTTCTCACGCTGCTGGACACACAGATCCAAATGGAG 3043
Query 3203 TATTCCATGAAGGAATATTGAGTCGATTCCTTCGTACATTGCTTCACTTCCTTCTTTTTG 3262
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3044 TATTCCATGAAGGAATACTGAGTCGATTCCTTCGTACATTGCTTCACTTCCTTCTTTTTG 3103
Query 3263 AGGATTACAGTACCGACCTAGTCAGTACAGCAGCAGATGCCTTGTTCCCTCTTATTCTCT 3322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3104 AGGATTACAGTACCGACCTAGTCAGTACAGCAGCAGATGCCTTGTTCCCGCTTATTCTCT 3163
Query 3323 GTGAACCAAATCTTTACCAGGGATTGGGCAACGAACTGATTGAGAAGCAGGCGAATCCGA 3382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3164 GTGAACCAAATCTTTACCAGGGATTGGGCAACGAACTGATTGAGAAGCAGGCGAATCCGA 3223
Query 3383 ACTTTAAAACTAGGCTAGCAAACGCGCTTCAGGTGCTCACAACGTCAAACCAGCTATCCT 3442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224 ACTTTAAAACTAGGCTAGCAAACGCGCTTCAGGTGCTCACAACGTCAAACCAGCTATCCT 3283
Query 3443 CATCGTTGGACCGTCTCAACTACCAAAGATTCAGAAAGAACCTCAACAACTTCCTTGTCG 3502
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3284 CATCCTTGGACCGTCTCAACTACCCAAGATTCAGAAAGAACCTCAACAACTTCCTTGTTG 3343
Query 3503 AAGTTCGTGGGTTTCTGAAAACTAGGTGA 3531
|||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3344 AAGTTCGTGGGTTTCTCAAAACTAGGTGA 3372
> Ahg903266 jgi|Araly1|903266|Al_scaffold_0003_394
Length=234
Score = 200 bits (108), Expect = 6e-50
Identities = 173/200 (87%), Gaps = 21/200 (11%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTCCGCCATTTCACACTGCTCAACGCCGCCActttccttcttcgatcgactcttcatctc 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |
Sbjct 41 CTCCGCCATTTCACACTGCTCAACGCCGCCACTTTCTTTCTTCGATCGAATCTTCA--T- 97
Query 61 cttctccttcttcttctttacactttccAATCAACTCGATCAGA----T----TTTTTCT 112
| | | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 98 C-T-T-CTTATTCTTC---ACACTTTCCAATCAACTCGATCAGATTTTTCAGATTTTTCT 151
Query 113 ACTTGGAAAGCGACGAGACTGTTGATTTTTCCGGCTGCCGGAATCAGCGCTTC-G--AGG 169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||
Sbjct 152 ACTTGGAAAGCGACGAGACTGTTGATTTTTCCGGCTGCCGGAATCGGTGCTTCAGGGAGG 211
Query 170 -AGAAGATGTTAGGGTTTTC 188
|| ||||||||||||||||
Sbjct 212 GAGGAGATGTTAGGGTTTTC 231
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139290717180
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5