BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G04580.1
Length=3104
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477715 jgi|Araly1|477715|fgenesh2_kg.3__416__AT3G04580.1 2396 0.0
> Ahg477715 jgi|Araly1|477715|fgenesh2_kg.3__416__AT3G04580.1
Length=2757
Score = 2396 bits (1297), Expect = 0.0
Identities = 1460/1534 (95%), Gaps = 29/1534 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1573 CTTCGAGCAAAACAGAACGCGATGATGGCAAGTCAAGCGAGGAACACTTGCCAGAAAGTG 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1251 CTTCGAGCAAAACAGAACGCGATGATGGCAAGTCAAGCGAGGAACACCTGCCAGAAAGTG 1310
Query 1633 ATGAGTCATGGAATGAGGAGACCAATGCACACAATTCTTGGTCTACTCTCCATGTTTCAG 1692
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1311 ATGAGTCATGGAATGAGGAGACCAATGCACACAATTCTTGGTCTCCTCTCCATGTTTCAG 1370
Query 1693 TCCGAAAGTATGAGTCTTGACCAGAAAATCATCGTTGATGCGCTCATGAAAACAAGCACA 1752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 TCCGAAAGTATGAGTCTTGACCAGAAAATCATCGTTGATGCGCTCATGAAAACAAGCACA 1430
Query 1753 GTTCTCTCAGCTTTAATCAACGACGTGATTGACATTTCGCCTAAAGATAACGGGAAATCT 1812
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 GTTCTCTCTGCTTTAATCAACGACGTGATCGACATTTCGCCTAAAGATAACGGGAAATCT 1490
Query 1813 GCATTAGAGGTTAAACGGTTCCAGCTACATTCCTTGATAAGAGAAGCCGCTTGTGTTGCT 1872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1491 GCATTAGAGGTTAAACGGTTCCAGCTACATTCCTTGATAAGAGAAGCTGCTTGCGTTGCT 1550
Query 1873 AAATGCTTAAGCGTTTACAAAGGTTACGGTTTTGAGATGGATGTTCAAACGCGGTTGCCT 1932
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 AAATGCTTGAGCGTTTACAAAGGTTACGGTTTCGAGATGGATGTTCAAACGCGGTTGCCT 1610
Query 1933 AATTTAGTAGTAGGAGATGAAAAGAGAACGTTTCAGCTTGTGATGTATATGCTTGGGTAT 1992
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 AATTTAGTAGTGGGAGATGAAAAGAGAACGTTTCAGCTTGTGATGTATATGCTTGGGTAT 1670
Query 1993 ATCTTGGATATGACTGATGGAGGCAAAACCGTTACGTTCCGAGTTATCTGTGAAGGTACT 2052
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1671 ATCTTGGATATGACTGATGGGGGCAAAACCGTTACATTCCGAGTTATCTCTGAAGGTACT 1730
Query 2053 GGAACAAGTCAGGACAAGAGCAAAAGAGAAACTGGAATGTGGAAGTCCCATATGTCCGAT 2112
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1731 GGAACTAGTCAGGACAAGAGCAAAAGAGAGACTGGAATGTGGAAATCGCATATGTCCGAT 1790
Query 2113 GATTCCCTCGGTGTGAAATTTGAAGTTGAGATTAATGAGATTCAGAATCCTCCATTGGAT 2172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 GATTCCCTCGGTGTGAAATTTGAAGTTGAGATTAATGAGATTCAGAATCCTCCATTGGAT 1850
Query 2173 GGTTCGGCTATGGCTATGAGACATATTCCGAACAGAAGATATCATAGCAATGGGATTAAG 2232
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1851 GGTTCAGCTATGGCAATGAGACATATTCCGAACAGAAGGTATCATAGCAATGGAATTAAG 1910
Query 2233 GAAGGCTTGAGCTTAGGCATGTGTAGAAAACTTGCACAGATGATGCAAGGAAACATATGG 2292
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 GAAGGTTTGAGCTTAGGCATGTGTAGAAAACTTGCACAGATGATGCAAGGAAACATATGG 1970
Query 2293 ATATCACCTAAATCGCATGGACAAACACAGAGTATGCAATTAGTTCTGAGGTTTCAGACA 2352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 ATATCACCTAAATCGCATGGACAAACACAGAGTATGCAATTAGTTCTGAGGTTTCAGACA 2030
Query 2353 AGACCATCGATTAGGAGATCAATCTTAGCAGGAAATGCTCCAGAGCTTCAACATCCGAAT 2412
||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 AGACCTTCGATTAGGAGATCAATTTTAGCAGGCAATGCTCCAGAGCTTCAACATCCGAAT 2090
Query 2413 TCAAATTCCATTCTTCGTGGTCTAAGAATCACTCTAGCAGACGATGATGATGTCAACAGA 2472
|||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 TCAAATTCGATTCTTCGGGGTTTAAGAATCACTCTAGCAGACGATGATGATGTCAACAGA 2150
Query 2473 ACCGTGACTAAGAGACTTCTTGAGAAACTCGGCTGCGAAGTAACTGCTGTCTCGTCTGGA 2532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2151 ACCGTGACTAAGAGACTTCTTGAGAAACTCGGCTGCGAAGTGACTGCTGTCTCGTCTGGT 2210
Query 2533 TTTGAGTGTTTGAATGCGTTGTCAAATGTGGAAATGTCGTATAGAGTTGTGATTTTGGAT 2592
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 TTTGAGTGTTTGAGTGCATTGTCAAATGTGGAAATGTCGTATAGAGTTGTGATTTTGGAT 2270
Query 2593 CTGCAGATGCCGGAGATGGATGGTTTCGAAGTAGCAATGAAGATAAGGAAGTTTTGTGGA 2652
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 CTGCAGATGCCGGAGATGGATGGTTTCGAAGTAGCTATGAAGATAAGGAAGTTTTGTGGA 2330
Query 2653 CATCATTGGCCATTGATTATAGCTTTGACTGCTAGTACTGAAGATCATGTTAGGGAAAGA 2712
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 CATCATTGGCCATTGATTATAGCTTTGACTGCGAGTACTGAAGATCATGTTAGGGAAAGA 2390
Query 2713 TGTTTGCAAATGGGGATGAATGGTATGATCCAGAAACCGGTTCTTTTGCATGTTATGGCT 2772
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2391 TGTTTGCAAATGGGGATGAATGGTATGATTCAGAAACCGGTGCTTTTGCATGTTATGGCT 2450
Query 2773 TCTGAGCTTAGACGGGCTTTGCAGACCGCGAGCGAGTGATTCGAGCTCAGAGAAGGAAGC 2832
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2451 TCTGAGCTTAGACGGGCTTTGCAGAGCGCAAGCGAATGAAGCGAGCTCAGAGAAGGAAGC 2510
Query 2833 AGATATCAATGAATCTTGAAAAGCAAAAATCTTGAAACGAAGAAAAGCAGAGTGAGGATT 2892
|| ||||| || | || |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2511 AG--------GAATC---AA--G-AA---TCTTGAAA--AAGAAAAGCAGAGTGAGGATT 2551
Query 2893 CTTTGAAGATGTGAAGCAT-AGAGACACCTCTCTGGGGAAAtgtttttgttgttgttgtt 2951
||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||| ||| ||| |||||||||||
Sbjct 2552 CTTTGAAGATGTGAAGCATCA-AGAC-C-TCTCTGGGGA--TGTGTTT-TTGTTGTTGTT 2605
Query 2952 gtCTCGGTTCTAC-AGTGATGAGAATTGAGTCAGTTTTCTCTATTTAGCCTAGTTTGGAG 3010
||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2606 GTCTCAGTTCTACGA-TGATGAGAATTGAGTCAGTTTTCTCCATTTAGCCTAGTTTGGAG 2664
Query 3011 ATTGGTTGGTTCGAAACTATTTATACGTAATGATTTCGCATTTTTAGCGAAAAAATAACA 3070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2665 ATTGGTTGGTTCGAAACTATTTATACGTAATGATTTCGCATTTTTAGCGGAAAA-TAACA 2723
Query 3071 TAAGTTTATTAGATTTAATAATAATTAATTTTAT 3104
||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2724 TAATTTTATTAGATTTAATAATAATTAATTTTAT 2757
Score = 1663 bits (900), Expect = 0.0
Identities = 1020/1075 (95%), Gaps = 20/1075 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 221 TTTTCTCTGATTACCTTCCCCTGGAA-TTT------aaaaaaaaaaaaCTCAAAGGCGGT 273
||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1 TTTTCTCTGATTACCCTCCTCTGGAATTTTCCCGGAAAAAAAAAAAAACTTAAAGTCGGT 60
Query 274 TTCTTTTCTCAGTACTACGAATATCGAGGAACATAGATCTTGATTCCTTTGCCTTCTTCT 333
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 61 TTCTTTTCTCACTACTTCGAATATCGAGGAACATAGATCTTGA-----TT-CCTTCTTCT 114
Query 334 GGGTATGCGTGTTTGGAGTT-GTTTAATCTCATTGGTCTCTACGCGTTGTGGAAATCTAT 392
||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 GGGTATGCGTGTTTGAAGTTCG-TTAATCTCATTGGTGTCTACGCGTTGTGGAAATCTAT 173
Query 393 GAATACCAAGTCAGTTATGTTTAA-TTGGTTCATTGGATCTCAACTTGTAGAGAGCCTCA 451
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 GAATACCAAGTCAGTTATTTTTAATTTGGTTCATTGGATCTCAACTTGTAGAGAGCCTCA 233
Query 452 AGATTGTGGCTGGATTTGATTAGGGTTTTAGATAGAGAGATTAAAGATTGGATCAGAAGA 511
|| || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 AGGCTGAGACTGGATTTGATTAGGGTTTTAGAT--AGAGATTAAAGATTGGATCAGAAGA 291
Query 512 TGTTAAGATCTTTAGGTCTTGGATTGCTTCTGTTTGCTCTTCTTGCTCTGGTTTCTGGTG 571
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 TGTTAAGATCCTTAGGTCTTGGATTGCTTTTGTTTGCTCTTCTTGCTCTGGTTTCTGGTG 351
Query 572 ATAACGATTACGTGAGCTGTAATTGTGACGACGAAGGTTTCTTAAGTGTCCACACCATCT 631
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 ATAATGATTACGTGAGCTGTAACTGTGACGACGAAGGTTTCTTAAGTGTCCACACCATCT 411
Query 632 TAGAATGTCAAAGAGTGAGTGATCTCTTAATAGCCATTGCCTATTTCTCAATACCTCTCG 691
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 412 TAGAATGTCAAAGAGTGAGTGATCTCTTAATCGCCATTGCCTATTTCTCTATACCTCTCG 471
Query 692 AGCTTCTCTACTTCATTAGCTTCTCCAATGTTCCTTTCAAATGGGTTCTTGTTCAATTCA 751
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 AGCTTCTCTACTTCATTAGCTTCTCCAACGTTCCTTTCAAATGGGTTCTTGTTCAATTCA 531
Query 752 TTGCCTTTATTGTCCTATGTGGAATGACTCATTTGCTTAACGCTTGGACGTATTACGGAC 811
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 TTGCCTTTATTGTTCTCTGTGGAATGACTCATTTGCTTAACGCTTGGACGTATTACGGAC 591
Query 812 CACACTCTTTCCAGCTTATGCTT-TGGCTTACCATCTTTAAATTCCTCACGGCGCTTGTC 870
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 CACACTCTTTCCAGCTTATG-TTATGGCTTACCATCTTTAAATTCCTCACGGCGCTTGTC 650
Query 871 TCGTGTGCCACGGCTATCACGCTCTTGACTTTGATTCCGTTGCTGTTGAAATGGAAAGTT 930
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 651 TCGTGTGCCACGGCGATTACGCTCTTGACTTTGATTCCGTTGCTGTTGAAGTGGAAAGTT 710
Query 931 AGAGAGCTTTACTTGAAGCAGAATGTGTTGGAGCTTAATGAAGAGGTTGGATTGATGAAG 990
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 AGAGAGCTTTATTTGAAGCAGAATGTGTTGGAGCTTAATGAAGAGGTTGGATTGATGAAG 770
Query 991 AGGCAGAAGGAAATGAGTGTGCAGGTGAGAATGCTTACTCGGGAGATCAGGAAATCGCTC 1050
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 771 AGGCAGAAGGAAATGAGTGTGCACGTTAGAATGCTTACTCGGGAAATCAGGAAATCGCTC 830
Query 1051 GATAAGCATATGATTCTGCGGACTACTCTCGTTGAGCTATCCAAGATTCTTGATTTACAG 1110
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 GATAAGCATATGATTCTGCGGACTACTCTTGTCGAGCTATCCAAGATTCTTGATTTACAG 890
Query 1111 AACTCTGCTGTTTGGATGCCTAACGAGAACAGAACCGAGATGCATTTGACTCATGAGCTT 1170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 AACTCTGCTGTTTGGATGCCTAACGAGAACAGAACCGAGATGCATTTGACTCATGAGCTA 950
Query 1171 AGAGCGAATCCGATGAGGAGTTTCAGGGTAATCCCGATTAATGATCCCGATGTTGTTCAG 1230
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 951 AGAGCAAATCCGATGAGGAGTTTCCGGGTAATCCCGATTAATGATCCCGATGTTGTTCAG 1010
Query 1231 GTTAGGGAGACCAAAGTAGTGACAATTTTGAGGAAAAACTCTGTTCTTGCGGTTG 1285
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 GTTAGGGAGACCAAAGTAGTGACGATTTTGAGGAAAAACTCTGTTCTTGCGGTTG 1065
Score = 171 bits (92), Expect = 4e-41
Identities = 105/111 (95%), Gaps = 1/111 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1316 TTGGACCGGTTGCTGCAATTCGGATGCCGATGCTTCACGGATTGAATTTCAAAGGAGGCA 1375
|||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1063 TTGGTCCGGTTGCCGCAATTCGAATGCCGATGCTTCACGGATTGAATTTCAAAGGAGGAA 1122
Query 1376 CTCCCGAGTTTGTGGATACTCCTTATGCTATAATGGTTTTGGTACTTCCGA 1426
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1123 CTCCTGAGTTTGTGGATACTCCTTATGCTATAATG-TTTTGGTACTTCCGA 1172
Score = 115 bits (62), Expect = 2e-24
Identities = 66/68 (97%), Gaps = 0/68 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1462 GAGATAGCGGAAGTTGTTGCTGATCAAGTAGCGGTTGCTATCTCTCATGCCTCAGTTCTT 1521
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1176 GAGATAGCGGAAGTTGTTGCTGATCAAGTAGCAGTTGCTATCTCTCATGCCTCAGTTCTC 1235
Query 1522 GAAGAATC 1529
||||||||
Sbjct 1236 GAAGAATC 1243
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117241774110
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5