BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G04740.1
Length=5501
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477743 jgi|Araly1|477743|fgenesh2_kg.3__444__AT3G04740.1 8743 0.0
> Ahg477743 jgi|Araly1|477743|fgenesh2_kg.3__444__AT3G04740.1
Length=5445
Score = 8743 bits (4734), Expect = 0.0
Identities = 5247/5487 (96%), Gaps = 65/5487 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 30 TCTTCCCTGACCCCTTTCAATTTTAAACCCTTTTTCTCTGT-CTCTCTTGTCCGAATCAA 88
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTTCCCTGACCCCTTTCAATTGTAAACCC-TTTTCTCT-TCCTCTCTTGTCCGAATCAA 58
Query 89 ATCCGGTTG-CTGGAAAAGGGAAGCTTTGTGCTTTTGTCGTCGTGGTGGGGGAAGCGGAG 147
|||||| || ||||||||||||| || | | | |||||||||||||||
Sbjct 59 ATCCGG-TGTCTGGAAAAGGGAA-------GC-----T--T--T-GTGGGGGAAGCGGAG 100
Query 148 GATAAGAACCCTAATTTTTTACGAATCGTGAGATCTCCTAAGTTTCTGAATCGGGTGGTG 207
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 101 GATAAAAACCCTAATTTTTT-CGAATCGTGAGATCTCCTAAGTTTCTGAATCGGGTGGTG 159
Query 208 GCGATTTTGTTTCTTTCTCCGCGATGGCGGAATTAGGGCAACAGACGGTGGATTTCTCTG 267
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 160 GCGATTTTGTTTCTTTGTCCGCGATGGCGGAATTAGGGCAACAGACGGTGGATTTCTCCG 219
Query 268 CTCTTGTTGGTCGAGCCGCAGAGGAATCGTTCCTTTCTTTTAAGGAACTTGTGGATAAGT 327
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||
Sbjct 220 CTCTTGTTGGTCGAACCGCAGAGGAATCGTTCCTTTCTCTTAAGGAACTCGTAGAAAAGT 279
Query 328 CTAAGTCGACGGAGCTTTCTGATACTGAGAAGAAGGTTAGCCTCCTTAAGTATGTCGCTA 387
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 280 CTAAGTCGACGGAGCTTTCTGATAATGAAAAGAAGGTTAGCCTCCTTAAGTATGTTGCTA 339
Query 388 AGACTCAGCAACGGATGCTCCGCCTCAATGCCCTCGCCAAGTGGTGTAAACAGGTTCCTC 447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 340 AGACTCAGCAACGGATGCTCCGCCTCAATGCCCTCGCCAAGTGGTGTAAACAGGTTCCTC 399
Query 448 TTATAAACTACTTTCAAGACCTTGGGAGTACATTATCAGCTCATGACATATGCTTCACAC 507
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 400 TTATAAATTACTTTCAAGACCTTGGGAGCACATTATCAGCTCATGATATATGCTTCACAC 459
Query 508 AAGCTGCGGATTCGCTGTTTTTTATGCATGAAGGTCTACAGCAAGCTCGCGCTCCTGTCT 567
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 460 AAGCTGCGGATTCGCTGTTTTTTATGCATGAAGGTTTACAGCAAGCTCGCGCTCCTGTCT 519
Query 568 ATGACGTTCCCTCTGCTGTTGAGATTTTGCTGACAGGTTCTTATCAGCGCCTGCCAAAGT 627
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 520 ATGATGTTCCCTCTGCTGTTGAGATTTTGCTGACAGGTTCTTATCAGCGCCTGCCAAAGT 579
Query 628 GTCTAGATGATGTGGGCATGCAGAGCTCTTTGGATGAGCATCAACAGAAACCAGCTCTAA 687
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 580 GTCTAGACGATGTGGGGATGCAGAGCTCTTTGGATGAGCATCAACAGAAACCAGCTCTAA 639
Query 688 GAAAGCTGGAGGTACTTGTACGTTCCAAACTGCTTGAAATCACACTTCCAAAAGAAATAA 747
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 640 GAAAGCTGGAGGTTCTTGTACGTTCCAAACTACTTGAAATCACACTTCCAAAAGAAATAA 699
Query 748 CAGAGGTGAAAATTTCTAAAGGTACAGTTACCTTATCTGTCGATGGGGAATTTAAAGTTC 807
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 700 CAGAGGTGAAAATTTCTAAAGGTACAGTTACCTTTTCTGTCGACGGGGAATTTAAGGTTC 759
Query 808 TTGTTACTCTTGGTTACCGAGGGCACCTATCCATGTGGCGGATATTGCATTTGGATCTAC 867
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 760 TTGTTACTCTTGGTTACCGAGGGCATCTATCCATGTGGAGGATATTGCATTTGGATCTAC 819
Query 868 TTGTTGGTGAAAGAAGTGGCCCCATTAAACTTGAAGTGACAAGACGGCATATCCTTGGAG 927
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 820 TTGTTGGTGAAAGAAGTGGCCCCATTAAACTCGAAGTGACAAGACGGCATATCCTTGGAG 879
Query 928 ATGATTTAGAGCGTCGAATGTCCGTGGCAGAAAATCCATTCACAATTTTATATGCGGTGC 987
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 880 ATGATTTAGAGCGTCGAATGTCCGTGGCAGAAAATCCATTCACAATATTATATGCGGTGC 939
Query 988 TCCATGAGCTGTGCGTTGCCATTGTCATGGACACAGTCATAAGACAGGTCCGAGCTCTTC 1047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 940 TCCATGAGCTGTGCGTTGCCATTGTCATGGACACAGTCATAAGACAGGTCCGAGCTCTTC 999
Query 1048 TGCAGGGGAGATGGAAAGATGCAATTCGCTTCGACTTAATTTCAGATACTGGTACCACAC 1107
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1000 TCCAGGGGAGATGGAAAGATGCAATTCGCTTCGACTTAATTTCAGATACTGGCACCACAC 1059
Query 1108 CAGCGAACCAAGAAGGAGAGGCAGATTCTGTTAGTCTTCGAACGCCAGGAATGAAACTTT 1167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1060 CAGCGAACCAAGAAGGAGAGGCAGATTCTGTTAGTCTTCGAACGCCAGGAGTGAAACTTA 1119
Query 1168 TTTACTGGTCAGATTCTGATAAAAATTCTGGCCCATTTATTAAAATTGAACCAGGGTCAG 1227
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1120 TGTACTGGTCAGATTCTGATAAAAACTCTGGCCCATTCATTAAAATTGAACCAGGGTCAG 1179
Query 1228 ATCTCCAGATTAAATGTTCTCACAGCACATTTGTAATTGACCCACTTACTGGCAAGGAAG 1287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1180 ATCTCCAGATTAAATGTTCTCACAGCACATTTGTAATTGACCCACTTACTGGCAAGGAAG 1239
Query 1288 CTGAGTTTTCTCTCGACCAGAGCTGCATTGACGTGGAGAAGCTTCTGCTTAAAGCTATAT 1347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240 CTGAGTTTTCTCTCGACCAGAGCTGCATTGACGTGGAGAAGCTTCTGCTTAAAGCTATAT 1299
Query 1348 GCTGTAATAGATATACCCGTCTTCTTGAAATTCAGAAAGAGCTTTTGAGGAATACTCGTA 1407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1300 GCTGTAATAGATATACCCGTCTTCTTGAAATTCAGAAAGAGCTTTTGAGGAATGCTCGTA 1359
Query 1408 TTTGTCGAACTCCAAGTGATGTGATCCTTCAAGCCCTCCTGGATGAGCCTGGTATTGAGG 1467
|||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 TTTGTCGAGCTCCAAGTGATGTCATCCTTCAGGCCCTCCTGGATGAGCCTGGTATTGAGA 1419
Query 1468 GAGATAACATGGTAGACTCTAAAGAGCGAGTAGAGCCAGAGGTCTTACGAGTGCGAGCCT 1527
||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1420 GAGGTAACATGGTAGATTCTAAGGAACGAGTAGAGCCAGAGGTCTTACGTGTGCGAGCCT 1479
Query 1528 ATGGATCTTCATTTTTCACACTGGGGATAAATATAAGGACTGGTCGGTTTCTTCTACAGT 1587
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1480 ATGGATCTTCATTTTTCACACTCGGGATAAATATAAGGACTGGTCGGTTTCTTCTTCAGT 1539
Query 1588 CATCCAAGAGTATCTTGACCTCCTCCATCTTGGAGGAATTTGAAGATGCGTTAAACCAAG 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1540 CATCCAAGAGTATCTTGACCTCCTCCATCTTGGAGGAATTTGAAGATGCATTAAACCAAG 1599
Query 1648 GAAGTATATCTGCAGTTGATGCCTTTATCAACTTGAGAAGCAAAAGTATTTTGCAttttt 1707
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1600 GAAGTATATCTGCAGTTGATGCCTTTATCAACTTGAGAAGCAAAGGCATTTTGCATTTTT 1659
Query 1708 ttGCTGCTATTGGCAAATTTTTGGGTCTTGAGGTCTATGAACATGGTTTTGGTATAAACA 1767
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660 TTGCTGCCATTGGCAAATTTTTGGGTCTTGAGGTCTACGAACATGGTTTTGGTATAAACA 1719
Query 1768 AAGTTCCTAAAAGCCTCTTGGATGGGTCAAGCATTCTGACTTTGGGATTCCCTGACTGTG 1827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1720 AAGTTCCTAAAAGCCTCTTGGATGGGTCAAGCATTCTGACTTTGGGATTTCCTGACTGTG 1779
Query 1828 AAAGCTCTCACCTTTTGCTAATGGAGCTCGAAAAGGACTTCACACCATTGTTTAAATTAC 1887
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1780 AAAGCTCTCACCTTTTGCTCATGGAGCTCGAAAAAGACTTCACACCATTGTTTAAATTAG 1839
Query 1888 TGGAAACTCAGATGGATGGTTCGGGAAAACCTCAGTCTTTCAATGATCCAAGCAATATTT 1947
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1840 TGGAAACTCGGATGGATGGTTCGGGAAAACCTCAGTCTTTCAATGATCCAAGCAATATTT 1899
Query 1948 TGCGAGCTAAGAAAATTGATATAGGGCAGATACGGATTCTCGAAGATGATCTTAACTTGA 2007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1900 TGCGAGCTAAGAAAATTGATATAGGGCAGATACGGATTCTCGAAGATGATCTTAACTTGA 1959
Query 2008 TTACATCCGATGTGGTTAAATTTGTATCTTCATTCTCGGATGCTGAGGGCATAAATCAAG 2067
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1960 TTACATCCGATGTGGTTAAATTTGTATCTTCATCCTCAGATGCTGAGGGTATAAATCAAG 2019
Query 2068 CATCTGGACACCGTCAGCCTGGATTGGTTGACGAGGCTTTGACAGAAATGAGTGGAAGCC 2127
||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2020 TATCTGGACACCGTGATCCTGGATTGGTTGATGATGCTTTGACAGAAATGAGTGGAAGCC 2079
Query 2128 AGTTGAGTTTCTCTAGTGTCGTAGATGGAGTGTTTGGACTTCAGAAAGTGACATCTG-CT 2186
||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 2080 AGTTGAGTTTCTCCAGCATTGTAGATGAAGTGTTTGGACTTCAGAAAGAGACAT-TGGCT 2138
Query 2187 CTTATGTCAATTGATGGACATGGTTTAGTTCCCAAA-AATCTCTCTGCTGTTACCGGCCA 2245
||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 2139 CTTCTGTCAAGTGATGGGCATGGTTTAGTTCC-AAAGAATCTCTCTGCTGTTAACGGCCC 2197
Query 2246 TGGAAAAGCTCCAATGTTGACTAGCTATCATTCAGATTCCTTGTATAATCGACAGGGTCC 2305
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2198 TGGAAAAGCTCCAATGTTGACTAGCTACCATTCAGATTCCTTGTATAATCTACAGGGTCC 2257
Query 2306 CTTACAATCTAGCTCTTATAATATGTTATCATCTCCCCCTGGGAAGGGTTCAGCTATGAA 2365
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2258 CTTACAATCTAGCTCTTTTAATATGTTATCATCTCCCCCTGGGATGGGTTCAGCTATGAA 2317
Query 2366 GAAGATAGCCATCTCTAACTCTGACCAGGAGTTATCCCTGATACTGTCTCCATCCCTCTC 2425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2318 GAAGATAGCCATCTCTAACTCTGACCAGGAGTTATCCATGATACTGTCTACATCCCTCTC 2377
Query 2426 TACTGGGAATGGAGTCTCTGAGTCAGGCTCTAGACTGGTCACTGAATCCTCATTGTCACC 2485
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2378 TGCTGGGAACGGAGTCTCTGAGTCAGGCTCTAGACTGGTCACTGAATCCTCATTGTCAGC 2437
Query 2486 TCTTCCCCTATCTCAAACAGCTGATCTTGCAACATCATCTGCTGGTCCTTTGTTAAGGAA 2545
|||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || ||
Sbjct 2438 TCTTCCTCAATCTCAAACAGCTGATCTTGCAACAACATCTGTTGGTCCTTTGTTGAGAAA 2497
Query 2546 AGATCAGAAGCCCCGGAAACGTTCAGCTTCAGATTTGCTAAGATTGATCCCATCCCTCCA 2605
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498 AGATCAGAAGCCCCGGAAACGTTCAGCTTCAGATTTACTAAGATTGATCCCATCCCTCCA 2557
Query 2606 GGTAGTGGAAGGTGTTGCTAGTCCCAATAAGAGAAGAAAAACCTCTGAACTGGTACAGAG 2665
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558 GGGAGTGGAAGGTGTTGCTAGTCCCATTAAGAGAAGAAAAACCTCTGAACTGGTACAGAG 2617
Query 2666 TGAATTAGTGAAGAGTTGGAGCCCTGCATCACAGACCTTATCCACTGCCGTGTCAACATC 2725
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 2618 TGAATTAGTGAATAGTTGGAGCCCTGCATCACAGACCTTATCCAC--C-GTGGCAACATC 2674
Query 2726 AACAAAAACTATAGGATGCAGCTATGGGAATCTCATAGCTGAAGCAAACAAGGGGAATGC 2785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2675 AACAAAAACTATAGGATGCAGCTATGGGAATCTCATAGCTGAAGCAAACAAGGGGAATGC 2734
Query 2786 ACCTTCAAGCGTTTTTGTTTATGCTCTTCTCCATGTGGTCAGGCATTCTTCGTTGTCCAT 2845
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735 ACCTTCAAGCGTTTTTGTCTATGCTCTTCTCCATGTTGTCAGGCATTCTTCGTTGTCCAT 2794
Query 2846 AAAGCATGCCAAACTAACTAGTCAGATGGAGGCATTGGATATTCAATATGTTGAGGAAAT 2905
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2795 AAAGCATGCCAAACTAACTAGTCAGATGGAGGCACTGGATATTCAATATGTTGAGGAAAT 2854
Query 2906 GGGACTAAGAGATGCATTTTCAGATATATGGTTCAGGCTTCCATTTGCTCAAAATGATTC 2965
||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2855 GGGACTAAGTGATGCATTTTCAGATATATGGTTCCGTCTTCCATTTGCTCAAAATGATTC 2914
Query 2966 CTGGCAACATATATGCTTGCAGCTTGGTAGACCTGGAAGCATGTGTTGGGATGTGAAAAT 3025
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2915 CTGGCAACATATATGCTTGCAGCTTGGTAGACCTGGAAGCATGTGTTGGGATGTGAAAAT 2974
Query 3026 AAATGACCAACACTTTAGGGATCTCTGGGAACTTCAAAAGGGAAGTAAAACCACACCATG 3085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2975 AAATGACCAACACTTTAGGGATCTCTGGGAACTTCAAAAGGGAAGTAAAACCACACCATG 3034
Query 3086 GGGTTCTGGAGTTCACATTGCGAATTCATCTGATGTTGATTCTCATATCCGTTATGACCC 3145
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3035 GGGATCTGGAGTTCACATTGCGAATTCTTCTGATGTTGATTCCCATATCCGTTATGACCC 3094
Query 3146 TGAAGGTGTTGTTCTGAGCTATCAGTCTGTGGAAGCCGATAGTATAAAGAAGCTTGTGGC 3205
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3095 TGAAGGTGTAGTTCTGAGCTATCAGTCTGTGGAAGCTGATAGTATAAAGAAGCTTGTGGC 3154
Query 3206 CGACATACAAAGGCTTTCAAATGCTAGAATGTTCTCCCTTGGTATGCGGAAACTACTTGG 3265
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3155 CGACATACAGAGGCTGTCAAATGCTAGAATGTTCTCCCTTGGTATGCGGAAACTACTTGG 3214
Query 3266 CATAAAGCCAGATGAAAAAACAGAAGAGTGCAGTGCTAATTCCACTATGAAAGGATCTAC 3325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 3215 CATAAAGCCAGATGAAAAAACAGAAGAGTGCAGTGCTAATTCCACTATTAAAGGATCTGC 3274
Query 3326 TGGAGGAAAAGGCAGTGGTGAGCCAGTAGATAGGTGGAGAGCTTTCAAGATTGAGGCTGT 3385
||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3275 TGGTGGGAAAGGCAGTGGTGAGCCAGTAGATAGATGGAGAGCTTTCAAGATTGAGGCAGT 3334
Query 3386 GGGATTAACAAGCCTGTGGTTTAGCTTTGGTTCAGGCGTTTTGGCGCGTTTTGTTGTCGA 3445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3335 GGGATTAACAAGCCTGTGGTTTAGCTTTGGTTCAGGCGTTTTGGCGCGTTTTGTTGTCGA 3394
Query 3446 GTGGGAATCAGGTAAAGATGGATGCACCATGCATGTCTCTCCTGACCAACTATGGCCACA 3505
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3395 ATGGGAATCAGGTAAAGATGGATGCACCATGCATGTCTCTCCTGACCAACTATGGCCACA 3454
Query 3506 TACAAAGTTCTTGGAGGATTTCATAAACGGAGCAGAGGTAGAATCCCTTTTGGATTGCAT 3565
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3455 TACAAAGTTCTTGGAAGATTTCATAAATGGAGCAGAGGTAGAATCTCTTTTGGATTGCAT 3514
Query 3566 TCGCCTTACTGCTGGGCCTTTGCATGCATTAGCTGCCGCTACTCGCCCTGCCCGAGCTAG 3625
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3515 CCGCCTTACTGCTGGGCCTTTGCATGCATTAGCTGCTGCTACTCGCCCTGCCCGAGCTAG 3574
Query 3626 TACTGCCACTGGCATGCCTGTTGTACCTGCTACAGCGTCTTCAAGACAATCAAATCAGAT 3685
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3575 TACTGCCACTGGTATGCCTGTCGTACCTGCTACAGCGTCTTCAAGACAACCAAATCAGAT 3634
Query 3686 ACAACAAACTCAAGGAATCATTGCCCCTTCAACTTTAGCAGCTCCTAATGCTACTGGCCA 3745
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3635 ACAACAAACTCAAGGAATTGTTGCCCCTTCAACTTTAGCAGCTCCTAATGCTACTGGCCA 3694
Query 3746 GTCTGCCTCAGCAACTTCAGGAAATACTGTTGCTTCTTCTGCTCCAAGCCCACTTGGTGG 3805
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3695 GTCTGTCTCAGCAACTTCAGGAAATACTGTTGCTTCTTCTGCTCCAAGCCCACTCGGTGG 3754
Query 3806 AGGTTTCCATGGAGTTGCAATGCTAGCAGCTGCAGGGAGAAGCGGACCTGGCATCGTTCC 3865
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3755 AAGTTTCCATGGAGTTGCAATGCTAGCAGCTGCAGGCAGAAGCGGACCTGGCATCGTTCC 3814
Query 3866 AAGCTCTCTCTTGCCCATCGATGTCTCTGTAGTACTCCGTGGACCCTATTGGATAAGGAT 3925
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3815 AAGCTCTCTCTTGCCCATCGATGTCTCTGTAGTACTCCGTGGACCCTATTGGATAAGGAT 3874
Query 3926 CATATACCGTAAACGTTTTGCAGTAGACATGAGATGTTTTGCTGGAGATCAAGTCTGGTT 3985
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3875 CATATACCGTAAACGTTTTGCAGTGGACATGAGATGTTTTGCTGGAGATCAAGTCTGGTT 3934
Query 3986 GCAGCCAGCAACTCCACCCAAGGGTGGTGCTTCTATTGGAGGCTCCTTGCCATGTCCCCA 4045
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3935 GCAACCAGCAACTCCACCCAAGGGTGGTGCTTCTATTGGAGGCTCCTTGCCATGTCCCCA 3994
Query 4046 ATTCAGACCTTTCATCATGGAGCATGTTGCTCAAGAATTGAACGGTTTAGAACCAAATTT 4105
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3995 ATTCAGACCTTTCATCATGGAGCATGTTGCTCAAGAATTGAACGGTTTAGAACCGAATTT 4054
Query 4106 GACAGGTAGCCAAGGAGCAACAAATCCCAACAGTGGAAACCCAACTGTTAACGGTGTGAA 4165
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4055 GACAGGTAGCCAAGGAGCAACAAATCCCAACAGTGGAAACCCAACTGTTAACGGTGGGAA 4114
Query 4166 CAGAGTTAACTTTTCCCCTTCTAGTGCAA-G--A-G--CTGCAATGAATCGAGTAGCCAG 4219
||||||||||||||||||||||||||||| | | | | || |||||||| ||||||||
Sbjct 4115 CAGAGTTAACTTTTCCCCTTCTAGTGCAATGTCAAGAGCCGCCATGAATCGTGTAGCCAG 4174
Query 4220 TGTTGCTTCAGGATCTTTAGTGGTTAGCTCAGGATTGCCTGTGCGTAGAACACCAGGCAC 4279
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4175 TGTTGCTTCAGGATCTCTAGTGGTTAGCCCAGGATTGTCTGTGCGTAGAACACCAGGCAC 4234
Query 4280 TGCTGTACCAGCGCATGTAAGAGGTGAATTAAACACAGCGATAATCGGTTTAGGTGATGA 4339
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 4235 TGCTGTACCAGCACATGTAAGAGGCGAATTAAACACAGCGATTATCGGGTTAGGTGATGA 4294
Query 4340 CGGTGGCTATGGCGGAGGATGGGTTCCTCTTGTGGCTCTTAAAAAGGTTTTGCGTGGTAT 4399
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4295 TGGTGGCTATGGCGGAGGATGGGTTCCTCTTGTGGCTCTTAAAAAGGTTTTGCGTGGTAT 4354
Query 4400 CCTTAAATATCTTGGAGTACTGTGGCTATTTGCTCAGTTACCAGATCTCTTAAGAGAGAT 4459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4355 CCTTAAATATCTTGGAGTACTGTGGCTATTTGCTCAGTTACCAGATCTCTTAAGAGAGAT 4414
Query 4460 CTTGGGTTCCATCTTGAAGGATAACGAAGGCGCTCTCTTGAATTTAGACCAAGAACAACC 4519
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4415 CTTAGGTTCAATCTTGAAGGATAACGAAGGCGCTCTCTTGAATTTAGACCAAGAACAACC 4474
Query 4520 AGCCTTACGCTTCTTTGTCGGTGGCTATGTGTTTGCGGTGAGTGTCCATAGAGTTCAGCT 4579
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4475 AGCCTTACGCTTCTTTGTTGGTGGCTATGTATTTGCAGTGAGTGTCCATAGAGTTCAGCT 4534
Query 4580 CCTTCTTCAAGTCCTTAGCGTAAGGCGATTCCATCACCAAGCA-CAACAAAATGGTTCTT 4638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 4535 CCTTCTTCAAGTCCTTAGCGTAAGGCGATTCCATCACCA-GCAGCAACAAAATGGTTCTT 4593
Query 4639 CTGCTGCGGCTCAAGAGGAGTTAACCCAATCCGAGATTGGAGAAATCTGCGATTATTTCA 4698
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4594 CCGCTGCTGCTCAAGAGGAGTTAACCCAATCCGAGATTGGAGAAATCTGCGATTATTTCA 4653
Query 4699 GCCGCCGTGTCGCATCAGAACCGTATGATGCCTCAAGAGTTGCCTCTTTCATAACACTCC 4758
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4654 GCCGCCGTGTCGCATCAGAACCGTATGATGCTTCAAGAGTTGCCTCTTTCATAACACTCC 4713
Query 4759 TCACGTTACCCATATCGGTCTTGAGAGAGTTTCTGAAACTGATAGCTTGGAAAAAAGGAT 4818
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4714 TCACGTTACCCATATCGGTCCTGAGAGAGTTTCTGAAACTGATAGCTTGGAAAAAAGGAT 4773
Query 4819 TATCCCAATCACAACAAGCTGGAGAGATTGCTCCTGCACAGAGACCTCGAATCGAGCTAT 4878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4774 TATCCCAATCACAACAAGCTGGAGAGATTGCTCCTGCACAGAGACCTCGAATCGAGCTAT 4833
Query 4879 GTCTAGAGAACCATTCTGGTACAGATTTAGACAACAATTGTGCAGCTAAAAGCAATATCC 4938
|||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4834 GTCTAGAGAATCATTCCGGTACAGATATAGACAACAATTGTGCAGCTAAAAGCAATATCC 4893
Query 4939 ATTACGACCGGCCGCACAACACGGTTGACTTTGCGCTAACCGTTGTTCTTGATCCTGTGC 4998
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4894 ATTACGACCGGCCACACAACACGGTTGACTTTGCGCTAACCGTCGTTCTTGATCCTGTGC 4953
Query 4999 ACATACCCCATATAAACGCGGCTGGAGGAGCAGCATGGTTGCCTTACTGTGTATCAGTTA 5058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4954 ACATACCCCATATAAACGCGGCTGGAGGAGCAGCATGGTTGCCTTACTGTGTATCGGTTA 5013
Query 5059 GGTTAAGATACACATTTGGCGAAAATCCTAGCGTGACGTTTCTTGGAATGGAAGGAAGTC 5118
||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5014 GGTTAAGATACACGTTTGGCGAAAATCCTAGTGTGACGTTTCTTGGAATGGAAGGAAGCC 5073
Query 5119 ATGGAGGTCGAGCTTGTTGGCAGCGAGTGGACGATTGGGAGAAATGTAAACAGAGAGTGA 5178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5074 ATGGAGGTCGAGCTTGTTGGCAGCGAGTGGACGATTGGGAGAAATGTAAACAGAGAGTGA 5133
Query 5179 GCCGTACAGTGGAAGTCAACGGTTCTGCTGCAGGAGATTTGACTCAGGGAAAACTCAAGT 5238
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5134 GTCGTACAGTGGAAGTCAACGGTTCTGCTGCAGGAGATTTGACTCAAGGAAAACTCAAGT 5193
Query 5239 TGGTTGCAGATAGTGTCCAGAGAACATTGCATCTATGTCTTCAAGGTCTGAGAGAAGGTG 5298
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5194 TGGTTGCAGATAGTGTCCAAAGAACATTGCATCTATGTCTTCAAGGTCTGAGAGAAGGT- 5252
Query 5299 GTAATAATAATAACAACACTCATCAAAAGGAATTTACCATATAGAGAGAGGTCAAACTCT 5358
||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 5253 --AATAACAA---CAACAGTCTTCAAAAGGAATTTACCATATAGAGAG-G-TCAAACTCT 5305
Query 5359 TG-TCAGTTTTGGGAA-TCGT-A-AT------GTGTACATACGTATTCTGCTG-tttttt 5407
| ||||||||||||| | || | || ||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 5306 TAATCAGTTTTGGGAAATTGTTATATCTTAATGTGTACATACGTATTATGCTGATTTTTT 5365
Query 5408 ttttctttttcttttACTATTGGGACTTGGAAGAAACATGTTGTGTAGCCTTTGAATTTT 5467
|||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5366 TTTT-TTTTTCTTT--CTATTGGGACTT--A-GAAACATGTTGT--AGCCTTTGAATTTT 5417
Query 5468 CCAGTGCAAAGAGGTTTTGCCTCAATT 5494
||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 5418 CCAGTATAAAGAGGTTTTGCCTCGATT 5444
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 208327154602
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5