BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G04760.1
Length=2304
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928035 jgi|Araly1|928035|scaffold_300492.1 2892 0.0
> Ahg928035 jgi|Araly1|928035|scaffold_300492.1
Length=1837
Score = 2892 bits (1566), Expect = 0.0
Identities = 1755/1846 (95%), Gaps = 14/1846 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 165 ATCGAAACTTTGTCTACAAATAATGACTCCGTTATCCTCTGAACTCGTTGGTTTCACTAT 224
||||||||||| |||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATCGAAACTTTATCTA-GAA-AATGACTCCATTCTCCTCTGAACTCGTTGGTTTCACTAT 58
Query 225 CCCTTTCTACTCCAAAACTCAGAAACCCTATTCAAATTCTTCTCACGGACTCCTACTATC 284
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 59 CCCTTTCTACTCCAAAACTCAGAAACACTATTCAAATTCTTCTCACGG------ACTATC 112
Query 285 TCACAATCGAAGCTCCCTCTTAACCTTCTCAAACTCTAACCCTAACAACGACAATGGTAG 344
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 113 TCACAATCGAAG---CCTCTTAACCTTCTCAAACTCTAACCCTAACCACGACAATGGAAA 169
Query 345 ATCCTTTTCATCTTCAGGAGCAAGAAACCTTCAAACCACTACCACAACAGACGCAACACT 404
||||||||||||||||||||||||||||| || || | | ||||||||||||||| || |
Sbjct 170 ATCCTTTTCATCTTCAGGAGCAAGAAACC-TCCAAGC-C-ACCACAACAGACGCAGCAAT 226
Query 405 CCCCACAGAACGAAGACAACAACATTCACAATCTCTCGGATTTAGAGATACACAGATGCT 464
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 227 TCCCACAGAACGAAGACGACAGCATTCACAATCTCTCGGATTTAGAGATACCCAGATGCT 286
Query 465 CAAAATCTTCCATCGATCATGCCGTTCAGGGAATTACATCGAATCTCTACACTTACTCGA 524
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 287 TAAAATCTTCCATCGATCATGCCGTTCAGGGAATTACATCGAATCTCTACACTTACTTGA 346
Query 525 GACCATGGTACGCAAAGGTTACAATCCTGATGTGATACTCTGCACTAAGCTCATTAAAGG 584
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 347 GACCATGGTACGTAAAGGATACAATCCTGATGTGATTCTCTGCACTAAGCTCATTAAAGG 406
Query 585 GTTCTTCACTCTAAGAAACATCCCTAAAGCTGTTAGGGTTATGGAGATTCTCGAGAAATT 644
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 407 GTTCTTCACTCTAAGAAACATCCCAAAAGCTGTTAGGGTTATGGAGATTCTCGAGAAATT 466
Query 645 CGGACAGCCTGATGTGTTTGCTTACAACGCTCTGATTAATGGGTTTTGTAAGATGAATCG 704
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 CGGACAGCCTGATGTTTTTGCTTACAACGCTTTGATTAATGGGTTTTGTAAGATGAATCG 526
Query 705 AATCGATGATGCTACGAGAGTTCTTGATAGGATGAGAAGTAAAGATTTTTCACCAGATAC 764
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 527 GATCGATGATGCTACGAGAGTTCTTGATAGGATGAGAAGTAAAGATTTTTCACCAGATAC 586
Query 765 CGTGACTTACAACATAATGATTGGTAGTTTGTGTAGTAGAGGTAAACTTGATCTTGCTTT 824
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 TGTTACTTACAACATAATGATTGGTAGTTTGTGTAGCAGAGGTAAACTTGATCTTGCTTT 646
Query 825 GAAGGTTTTAAATCAGTTGTTAAGTGATAATTGCCAACCTACTGTCATTACTTACACGAT 884
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 647 GAAGGTTTTAGATCAGTTGTTAAGTGATAATTGCCAACCGACTGTGATTACTTACACGAT 706
Query 885 TTTGATCGAAGCTACGATGCTCGAAGGCGGAGTTGATGAAGCGTTGAAGCTTATGGATGA 944
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 707 TTTGATCGAAGCTACGATGCTCGAAGGCGGAGTTGATGAAGCGTTGAAGCTTTTGGATGA 766
Query 945 GATGTTGTCTAGAGGGTTAAAACCTGATATGTTTACTTATAACACAATCATTAGAGGAAT 1004
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 GATGTTGTCTAGAGGGTTAAAACCGGATATGTTTACTTATAACACAATCATTAGAGGAAT 826
Query 1005 GTGTAAAGAAGGGATGGTGGACCGCGCGTTTGAGATGGTTCGGAATTTGGAATTGAAAGG 1064
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||
Sbjct 827 GTGTAAAGAAGGGATGGTGGATCGCGCGTTTGAGATGATTCGGAATTTAGAATTGAGAGG 886
Query 1065 TTGTGAGCCTGATGTGATCTCTTATAACATCTTGCTTCGTGCTCTTTTGAATCAAGGGAA 1124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 TTGTGAGCCTGATGTGATCTCTTATAACATCTTGCTTCGTGCTCTTTTGAATCAAGGGAA 946
Query 1125 ATGGGAAGAAGGTGAGAAGCTAATGACTAAGATGTTTTCAGAGAAGTGTGATCCTAATGT 1184
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 947 ATGGGAAGAAGGAGAGAAGCTAATGACTAAGATGTTTTCGGAGAAGTGTGATCCTAATGT 1006
Query 1185 TGTGACTTATAGCATTTTGATTACTACTCTATGTCGCGATGGAAAGATCGAAGAAGCGAT 1244
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1007 TGTTACTTATAGCATTTTGATTACTACTCTATGTCGCGATGGAAAGATTGAAGAAGCGAT 1066
Query 1245 GAATCTTCTTAAGCTTATGAAGGAAAAAGGGTTAACTCCTGATGCTTATAGCTATGATCC 1304
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 GAATCTGCTTAAGCTTATGAAGGAAAAAGGGTTAACACCTGATGCTTATAGCTATGATCC 1126
Query 1305 TTTGATAGCTGCGTTTTGTAGAGAAGGTAGGTTAGATGTTGCTATTGAGTTCTTGGAAAC 1364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 TTTGATAGCTGCGTTTTGTAGAGAAGGTAGGTTAGATGTAGCTATTGAGTTCTTGGAAAC 1186
Query 1365 TATGATCTCTGACGGATGTTTACCGGACATAGTTAACTACAACACGGTTTTAGCTACGTT 1424
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 TATGATCTCCGACGGATGTTTACCGGACATAGTTAACTACAACACGGTTTTAGCTACGTT 1246
Query 1425 GTGTAAGAACGGGAAAGCAGACCAAGCGTTGGAGATTTTTGGGAAACTAGGAGAAGTTGG 1484
||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1247 GTGCAAGAACGGGAAAGCGGATCAAGCGTTGGAGATCTTCGGGAAACTAGGAGAAGTGGG 1306
Query 1485 CTGCTCACCGAACTCTAGTTCTTACAACACGATGTTTAGCGCGTTATGGAGCAGTGGAGA 1544
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||
Sbjct 1307 CTGCTCACCGAACTCGAGTTCTTACAACACGATGTTCAGTGCCTTATGGAGCAGCGGGGA 1366
Query 1545 TAAAATCAGAGCGTTACATATGATATTAGAGATGATGAGTAACGGGATAGATCCTGATGA 1604
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1367 TAAAATCAGGGCGTTACATATGATATTAGAGATGGTGAGTAACGGGATAGATCCAGATGA 1426
Query 1605 GATCACATATAACTCGATGATATCGTGTCTGTGCAGAGAAGGAATGGTAGATGAAGCTTT 1664
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1427 GATCACATATAACTCGATGATATCGTGTCTATGCAGAGAAGGAATGGTGGATGAAGCTTT 1486
Query 1665 TGAGTTATTGGTTGATATGAGGAGCTGTGAGTTTCATCCATCGGTTGTTACATACAACAT 1724
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 TGAGTTATTGGTTGACATGAGGAGCTGTGAGTTTCATCCATCGGTTGTTACATACAACAT 1546
Query 1725 TGTTCTTTTGGGATTCTGCAAAGCTCATAGGATCGAGGACGCGATCAATGTTTTGGAATC 1784
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||
Sbjct 1547 TGTTCTTTTAGGATTCTGCAAAGCTCATAGGATCGAGGACGCTATCGATGTTTTGGATTC 1606
Query 1785 AATGGTGGGAAATGGATGTAGGCCTAATGAAACTACTTATACTGTGCTCATTGAAGGGAT 1844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1607 AATGGTGGGAAATGGATGTAGGCCTAATGAAACTACTTATACTGTGCTCATTGAAGGCAT 1666
Query 1845 TGGGTTTGCTGGATATAGAGCAGAAGCAATGGAGTTAGCAAATGATTTGGTTCGCATCGA 1904
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 1667 TGGATTTGCTGGATATAGAGCAGAAGCAATGGAGTTAGCAAATGATCTGGTTCGAATAAA 1726
Query 1905 TGCCATTTCGGAGTACTCGTTCAAGAGGTTGCATAGGACTTTCCCTTTACTTAATGTTTT 1964
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 TGCCATTTCTGAGTACTCGTTCAAGAGATTGCATAGGACTTTCCCTTTACTTAATGTTTT 1786
Query 1965 ACAGAGATCTTCTCAGACATTTGGTTATTAAGTGAAAGTCGAGAAC 2010
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1787 ACAGAGATCTTCTCAGACATTTGGTCATTAAGTGTAAGTCGAGAAC 1832
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86769578110
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5