BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G04870.1
Length=1999
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477758 jgi|Araly1|477758|fgenesh2_kg.3__459__AT3G04870.2 3097 0.0
> Ahg477758 jgi|Araly1|477758|fgenesh2_kg.3__459__AT3G04870.2
Length=1965
Score = 3097 bits (1677), Expect = 0.0
Identities = 1836/1912 (96%), Gaps = 14/1912 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 95 AGCGATTGCTCTTATCTCAGTTGATTGGCCATGGCTTCTTCAGTCGTCTT---CG----- 146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 55 AGCGATTGCTCTTATCTCAGTTGATTGGCCATGGCTTCTTCAATCGTCTTCGCCGCAACT 114
Query 147 -CGGCAACTGGGTCTCTCTCCGTTCCTCCATTGAAGTCTCGGAGATTCTATGTTAATTCT 205
|||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 115 CCGGCTACTGGGTTTCTCTCCGTTCCTCCTTTGAAGTCTCGGAGATTTTATGTTAATTCT 174
Query 206 TCACTCGACTCCGATGTTTCCGACATGAGTGTTAACGCTCCAAAGGGGTTATTTCCTCCA 265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 TCACTCGACTCCGATGTTTCCGACATGAGTGTTAACGCTCCAAAGGGGTTATTTCCTCCA 234
Query 266 GAGCCTGTACCATACAAGGGACCTAAGCTGAAAGTAGCCATTATAGGAGCTGGACTTGCA 325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 235 GAGCCTGTACCATACAAGGGACCTAAGCTGAAAGTAGCTATCATAGGAGCTGGACTTGCA 294
Query 326 GGCATGTCGACTGCTGTAGAGCTTCTGGATCAGGGTCACGAGGTGGATATATATGATTCG 385
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 GGCATGTCAACTGCTGTAGAGCTTCTCGATCAGGGTCACGAGGTGGATATATATGATTCT 354
Query 386 AGGACATTCATTGGTGGCAAAGTGGGTTCTTTTGTAGATAGACGTGGGAACCATATTGAA 445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 AGGACATTCATTGGTGGCAAAGTGGGTTCTTTTGTAGATAGACGTGGGAACCATATTGAA 414
Query 446 ATGGGATTACATGTTTTCTTCGGATGCTACAACAATCTCTTCCGTTTGATGAAAAAGGTG 505
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 415 ATGGGATTACATGTATTCTTCGGATGCTACAACAATCTCTTCCGCTTGATGAAGAAGGTG 474
Query 506 GGTGCTGAGAAAAACCTTCTAGTCAAAGACCATACTCATACATTTATAAACAAAGACGGC 565
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 GGTGCTGATAAAAACCTTCTTGTCAAAGACCATACTCATACATTTATAAACAAAGACGGG 534
Query 566 ACAATTGGAGAGCTTGATTTTCGGTTTCCTGTTGGAGCTCCAATCCATGGTATTCGCGCA 625
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 535 ACAGTTGGAGAGCTTGATTTTCGGTTTCCTGTTGGAGCTCCAATTCATGGCATTCGCGCA 594
Query 626 TTTTTGGTCACAAATCAACTCAAGCCCTATGACAAACTAAGGAATTCACTGGCTCTTGCA 685
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 TTTTTGGTCACAAATCAACTCAAGCCCTATGATAAACTAAGGAATTCACTGGCTCTTGCA 654
Query 686 TTAAGCCCTGTTGTTAAAGCTCTTGTCGACCCCGATGGAGCAATGAGAGACATTCGCAAC 745
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 TTAAGCCCAGTTGTTAAAGCTCTCGTCGACCCCGATGGAGCAATGAGAGACATTCGCAAT 714
Query 746 CTTGACAGCATAAGTTTCTCGGATTGGTTCCTGTCAAAAGGTGGGACACGGGCAAGTATC 805
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 CTTGACAGCATAAGTTTCTCGGATTGGTTCCTGTCGAAAGGTGGGACACGGGCAAGTATC 774
Query 806 CAGAGAATGTGGGATCCTGTTGCTTATGCTCTAGGTTTCATAGACTGCGATAACATGAGT 865
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 CAGAGAATGTGGGATCCTGTTGCTTATGCACTCGGTTTCATAGACTGCGATAACATGAGT 834
Query 866 GCGCGATGCATGCTTACAATATTCTCATTATTCGCTACCAAAACAGAAGCTTCTCTGTTG 925
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 835 GCGCGATGTATGCTTACCATATTCTCATTATTCGCCACCAAAACAGAAGCTTCTTTGTTG 894
Query 926 CGTATGCTCAAGGGCTCTCCTGATGTTTACTTGAGTGGTCCTATCAAACAATATATCACA 985
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CGTATGCTAAAGGGCTCGCCTGATGTTTACTTGAGTGGTCCTATCAAACAATATATCACA 954
Query 986 GATAGAGGTGGCAGAATCCATCTAAGGTGGGGTTGCAGGGAGATACTTTATGATAAATCA 1045
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GATAGAGGTGGCAGAATCCATCTAAGGTGGGGTTGTAGGGAGATACTTTATGATAAATCA 1014
Query 1046 GCAGATGGAGAAACTTATGTCACTGGACTAGCAATTTCTAAGGCTACGAACAAGAAGATT 1105
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 GCAGATGGAGAAACCTATGTCACTGGACTAGCAATTTCTAAGGCTACGAACAAGAAGATT 1074
Query 1106 GTGAAAGCTGATGTATATGTTGCAGCATGTGATGTGCCGGGAATCAAAAGGTTACTTCCA 1165
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1075 GTGAAAGCTGATGTGTATGTTGCAGCATGTGATGTGCCGGGAATCAAAAGATTACTTCCA 1134
Query 1166 AAAGAATGGAGGGAATCTCGGTTTTTCAACGATATATATGAACTCGAGGGAGTACCTGTG 1225
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 AAAGAATGGAGGGAATCTCGGTTTTTCAACGATATATATGAACTCGAGGGAGTACCTGTT 1194
Query 1226 GTTACAGTACAGCTCAGATACAATGGTTGGGTCACGGAGTTACAAGACATTGAACTTGCT 1285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1195 GTTACAGTACAGCTCAGATACAATGGTTGGGTCACGGAGTTACAAGACATTGAACTTTCC 1254
Query 1286 AGGCAGTTGAAACGAGCGGTTGGCTTAGATAATCTTCTCTACACTCCTGATGCTGATTTC 1345
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 AGGCAGTTGAAACGAGCGGTTGGCTTAGATAACCTTCTTTACACTCCTGATGCTGATTTC 1314
Query 1346 TCGTGCTTTGCGGATCTTGCACTAGCTTCGCCTGCAGATTATTACATCGAAGGACAAGGC 1405
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 TCGTGCTTTGCGGATCTTGCACTCGCTTCGCCTGCAGATTATTACATCGAAGGACAAGGC 1374
Query 1406 ACTTTACTTCAGTGCGTTCTAACACCAGGAGATCCGTATATGCGAATGCCAAATGATAAG 1465
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1375 ACTTTACTTCAGTGCGTTCTAACACCGGGAGATCCATACATGCGAATGCCGAACGATAAG 1434
Query 1466 ATCATAGAGAAAGTAGCGATGCAGGTCACTGAGTTGTTTCCATCGTCACG-AGGCCTAGA 1524
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1435 ATCATAGAGAAAGTAGCGATGCAGGTCACTGAGTTGTTTCCATCGTCACGGAG-CCTAGA 1493
Query 1525 AGTCACTTGGTCGTCGGTTGTAAAAATCGCTCAGTCTCTGTACCGTGAAGCACCCGGAAA 1584
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 AGTCACTTGGTCATCGGTTGTAAAAATCGCTCAGTCTCTGTACCGTGAAGCACCCGGAAA 1553
Query 1585 AGATCCATTCAGACCCGATCAGAAGACGCCCATAAAGAATTTCTTCCTCGCCGGTTCATA 1644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1554 AGATCCATTCAGACCCGATCAGAAGACGCCCATAAAGAATTTCTTCCTCGCTGGTTCATA 1613
Query 1645 CACAAAGCAGGATTACATAGATAGTATGGAAGGAGCAACATTATCAGGGAGACAAGCTTC 1704
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 CACAAAGCAGGATTACATAGATAGTATGGAAGGAGCGACATTATCAGGGAGACAAGCTTC 1673
Query 1705 GTCATACATCTGTGATGCTGGTGAAGAACTAGCAGAGCTAAACAAGAAGCTTTCTTCTTC 1764
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 GTCATACATCTGTGATGCCGGTGAAGAACTAGCAGAGCTAAACAAGAAGCTTTCTTCTTC 1733
Query 1765 TGCAACTGCAGTTCCTGATGAGCTAAGTCTGGTCTAATGATGA-AAAATGTTTGAAAGTA 1823
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1734 TGCAACTGCAGTTCCTGATGAGCTAAGTCTGGTCTAATGATGGGAAAATGTTTGAAAGTA 1793
Query 1824 GTTACCAATGGCTAATTGATGAAGATTTGAGACACTATGGGTACATGAAGAAGAAGCATA 1883
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1794 GTTCCCAATGGCTAATTGATGAAGATTTGAGACACTATGGGTACATGAAGAAGAAACATA 1853
Query 1884 TGTAGAAA--CCCTTTATATAGTGTTCATAAGAGAAAGTATTTGTAATATTACACCATCT 1941
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||
Sbjct 1854 TGTAGAAAAACCCTTTATATAGTGTTCATAAGAGAAAGCATTTGTATTATGACACAATCT 1913
Query 1942 TTTGAAATCAAAGATTCTTACAAAGTACATCAATTTAAGAAAGTTTACTCTC 1993
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1914 TTTGAAATCAAACATTCTTACAAAGTACATCAATTCCAGAAAGTTTATTCTC 1965
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75152053385
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5