BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G05040.1
Length=3919
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477786 jgi|Araly1|477786|fgenesh2_kg.3__487__AT3G05040.1 6453 0.0
> Ahg477786 jgi|Araly1|477786|fgenesh2_kg.3__487__AT3G05040.1
Length=3918
Score = 6453 bits (3494), Expect = 0.0
Identities = 3788/3928 (96%), Gaps = 27/3928 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TAAACCCCAAAACCCAAAGCCAAATC--AGAGATTCTGCAAGACGAGTTGCAGAAGAAAG 62
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2 TAAACCCCAAAACCCAAAGCCAAGCCAGAGAGATTCTGCAAGACGA---G--GAAGAAAG 56
Query 63 TGTGGGAATCTCTACTTTTGGT-AATTATTCGTCGCAAGTAATGGAAGATAGCAACTCCA 121
|||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 57 TGTGGGAATCTCTACTTTTGGTAAAGT-TTCATCGCAAGTAATGGAAGATAGCAGCTCCA 115
Query 122 CGGCAAGTAATGTGGCTCGAGCGATTCTCGCCGTCGTCGATT-TCAGCTCCACGTCCGAC 180
|||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 116 CGGCGAGTAATGTGGCCCGAGCTATTCTCGCCGTCGTCGATTAT-AGCTCCACGTCCGAC 174
Query 181 ACTCGCAAATCGGCGGTCCAATTCCTGGATTCTGTAAAATCTGGAGATGTCAGGGTTTTG 240
|||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 175 ACTCGCAAATCGGCGGTCGAATTCCTGGATTCTATCAAATCTGGAGATGTCAGAGTTTTG 234
Query 241 GCAAAGACTTCTTTTCATCTTGTGAAAAAAGAGTGGTCTTCAGAAATTCGTCTCCATGCT 300
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 GCAAATACTTCTTTTCATCTTGTGAAAAAAGAGTGGTCTTCAGAAATTCGTCTCCATGCT 294
Query 301 TTTAAGATGCTACAGCATTTGGTTAGACTACGATGGGACGAATTAAGTCCTCCGGAGTGC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 TTTAAGATGCTACAGCATTTGGTTAGACTACGATGGGACGAATTAAGTCCTCCGGAGTGC 354
Query 361 AGGGGTCTTGTTAATCTTTCTATCGAACTAATGTCAGAGGTTGCTAATGCAAGCGAGAAT 420
|||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 355 AGGGATCTTGTTAATGTTTCTGTTGAACTAATGTCAGAGATTGCTAATGCATGCGAGAAT 414
Query 421 TGGCCTCTTAAGAGTCAGTCTGCTGCCCTTGTAGCTGAGATTGTTAGAAGAGAAGGCCCT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 415 TGGCCTCTTAAGAGTCAGTCTGCTGCCCTTGTAGCTGAGATAGTTAGAAGAGAAGGCCCT 474
Query 481 GATCG-TTGGCAAGAGATATTTACTTTATTAACTTCATTGTCTGCTCAGGGCCCCTTACA 539
||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 475 GAT-GTTTGGCAAAAGATATTTACTTTATTAACTTCATTGTCTACTCAGGGTCCCTTACA 533
Query 540 AGCTGAATTGGTATTGATGACTCTTAGATGGCTTCCTGAAGATATTACAATTTACAATGA 599
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 AGCTGAATTGGTCTTGATGACGCTTAGATGGCTTCCTGAAGATATTACAATTTACAATGA 593
Query 600 CGACTTGGAAGGTGACAGGCGTAGGCTATTGTTGCGGGGACTTACTCAATCGT-TGCCTG 658
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 594 TGACTTGGAAGGTGACAGGCGTAGGCTATTGTTGCGGGGACTTACTCAATC-TCTGCCTG 652
Query 659 AGATTTTGCCTTTATTGTATAATCTTCTTGAGAGACACTTTGGAGCTGCAATGAGTGAAG 718
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 653 AGATTTTACCTTTATTGTATAATCTTCTTGAGAGACACTTTGGAGCTGCAATGAGTGAAG 712
Query 719 CTGGTATGCAGCACTTTGACTTGGCAAAACAGCATGCAGATGTAGTTATAGCTTGCTTGA 778
|||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 713 CTGGTAGGCAGCAGTATGACTTGGCAAAACAGCATGCAGATGTGGTTATAGCTTGCTTGA 772
Query 779 ATGCCATCGTTGCATACACTGAGTGGGCTCCTGTTCCAGATCTTGCCAGATATGGAATTC 838
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 ATGCCATCATTGCATACACTGAGTGGGCTCCTGTTCCAGATCTTGCCAGATATGGAATTC 832
Query 839 TTAGTGGGTGCAGCTTCTTACTTTCTTCTTCTGACTTCCGTCTTCATGCTTGTGAGGTTT 898
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 TTAGTGGTTGCAGCTTCTTACTTTCTTCTCCTGACTTCCGTCTTCATGCTTGTGAGGTTT 892
Query 899 TCAAACTCGTCTGCTCAAGAAAAAGACCCAGTGATGCTTCTACTGCAGAGTTCGATTCTG 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 893 TCAAACTCGTCTGCTCAAGAAAAAGACCCAGTGATGCTTCTAATGCAGAGTTCGATTCTG 952
Query 959 CAATTAGCAATTTGTTTCAGATTCTGACGAATGCCTCCAGAGAATTCTTATGTAGATCCT 1018
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 953 CAATTAGCAATTTGTTTCAGATCCTGACGAATGCCTCGAGAGAATTATTATGTAGATCCT 1012
Query 1019 CCTCAAGTTCTAGCGTTATAGATGACAATGATTATGATTTTGCTGTATGCATGTGTGAGA 1078
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1013 CCTCAAGTTCTAGCGTTATAGATGAAAATGATTATGATTTTGCTGTATGCTTGTGTGAGA 1072
Query 1079 GTATGGCCTCTTTAGGCTCAACTAACTTGCAAAGCATCTCTTCTGATGGTGGTGTTATGG 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 GTATGGCCTCTTTAGGCTCAACTAACTTGCAATGCATCTCTTCTGATGGTGGTGTTATGG 1132
Query 1139 CTGTTTATCTTCAGCAGATGCTTGGCTTTTTCCAACACTTCAAGTTGGGCCTTCACTTCG 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 CTGTTTATCTTCAGCAGATGCTTGGCTTTTTCCAACACTTCAAGTTGGGCCTTCACTTCG 1192
Query 1199 AGGCACTTCTCTTTTGGCTGTCACTGATGCGGGATTTACTTCCAAAACCCAAGGCTGCGA 1258
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1193 AGGCACTTCTCTTTTGGCTGTCATTGATGCGGGATTTACTTCCAAAGCCTAAGGCTGCGG 1252
Query 1259 CTTATCCAAGTGGTGGGGGATCATCAACTGGCGGTGAT-GATAGTTCAAGCCAGGTTGAT 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 CTTATCCAAGTGGTGGGGGATCATCAACTGGCGGTG-TGGATAGTTCAAGCCAGGTTGAT 1311
Query 1318 AGTGAAAAGAAAAAGACTTTAAGTCTTATTAATGATGACATCTCGAGCGCTATACTGGAC 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1312 AGTGAAAAGAAAAAGACTTTAAGTCTTATTAATGATGACATCTCTAGCGTTATACTGGAT 1371
Query 1378 GTATCTTTCCAGCGGATGCTCAAGAAAGAAAAAGTTCCTACTGGAATTGCTCTTTCGCTT 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GTATCTTTCCAGCGGATGCTCAAGAAAGAAAAAGTTCCTATTGGAATTGCTCTTTCGCTT 1431
Query 1438 GGGCCCCTAGAACTCTGGAGTGATGAATTTGAAGGGAAGGGAGACTTTGGCCCGTACCGA 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1432 GGGCCCCTAGAACTCTGGAGTGATGAATTTGAAGGGAAGGGGGACTTTGGCCCGTACCGA 1491
Query 1498 TCAAAGCTTCTAGAATTGATCAAGCTTACTGCTTCTCACAAGCCTCTCATCTCCAGTACC 1557
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 TCAAAGCTTCTAGAGTTGATCAAGCTTACTGCTTCTCACAAGCCTCTCATCTCCAGTACC 1551
Query 1558 AAAATATCTGAAAGGGTGATTACACTCATTAAGCACCTATTGGCTTCTCCAGCTCCTCTT 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1552 AAAATATCTGAAAGGGTGATTACACTCATTAAGCACCTATTGGCTTCTCCAGCACCTCTT 1611
Query 1618 CAGCATGTAGCAGTGATGGACAGCCAGCAATTAGCACTTGACTGTATTGTGGCAACGCTT 1677
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 CAGGATGTAGCAGTGATGGACAGCCAGCAGTTAGCACTTGACTGTATTGTGGCAACGCTT 1671
Query 1678 TTTGATGGATCAAATGAGTTTGCTGGTGGAAGTTCTGAAGTTCATTATGCATTACGTGGA 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 TTTGATGGATCAAATGAGTTTGCTGGTGGAAGTTCTGAAGTTCATTATGCATTACGTGGA 1731
Query 1738 ATATTTGAGGGATTGCTTCAGCAGCTTCTCTCTTTGAAATGGAATGAACCAGAACTTATG 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 ATATTTGAGGGATTGCTTCAGCAGCTTCTCTCTTTGAAATGGAATGAACCAGAACTTATG 1791
Query 1798 AAAGTGCATGTCCACTATCTGGATGCAATGGGTCCCTTTCTCAAGTATTTTCCAGATGCA 1857
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 AAAGTGCATGTGCACTATCTGGATGCAATGGGTCCCTTTTTCAAGTATTTTCCAGATGCA 1851
Query 1858 GTTGGAAGTCTCATCAATAAATTATTTGAGCTTCTCACCTCTCTTCCACACGTTGTGAAG 1917
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 GTTGGAAGTGTCATCAATAAATTATTTGAGCTTCTCACCTCTCTTCCACACGTTGTGAAG 1911
Query 1918 GATCCAGCTACTAGTACATCTAGAGCTGCAAGATTGCAGATTTGCACATCTTTCATAAGA 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 GATCCAGCTACTAGTACATCTAGAGCTGCAAGATTGCAGATTTGCACATCTTTCATAAGA 1971
Query 1978 ATAGCCAAAGCTGCAGAAAAAAGTGTTCTGCCTCACATGAAGGGTATTGCTGATACAATG 2037
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 ATAGCCAAAGCTGCAGAGAAAAGTGTTTTGCCTCACATGAAGGGTATTGCTGATACAATG 2031
Query 2038 GGGTACTTGGCAAAAGAAGGAACTTTACTCCGTGGGGAGCATAACATTCTGGGTGAAGCA 2097
||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GGGTATTTGACAAAAAAAGGAACTTTACTCCGTGGGGAGCATAACATTCTGGGTGAAGCA 2091
Query 2098 TTTCTTGTTATGGCTTCCTCAGCAGGAGCTCAACAGCAGCAAGAAGTTCTGGCTTGGTTA 2157
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2092 TTTCTTGTTATGGCTTCCTCAGCAGGAGCTCAACAGCAGCAAGAAGTTCTAGCTTGGTTA 2151
Query 2158 TTGGAACCATTGAGTCAACAGTGGATCCAACCAGAGTGGCAGAACAATTATCTATCAGAC 2217
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 TTGGAACCATTGAGTCAACAGTGGATCCAGCCAGAGTGGCAGAACAATTATCTATCAGAC 2211
Query 2218 CCGATGGGTCTTGTTCGTTTATGCTCCAACACATCCTTCATGTGGTCCATATACCACACT 2277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2212 CCGATGGGTCTTGTTCGTTTATGCTCCAACACATCCTTCATGTGGTCCATATTCCACACT 2271
Query 2278 GTTACATTCTTTGAGAAAGCACTCAAGCGAAGTGGATACAGAAAAAGCAATTTGAACACG 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 GTTACATTCTTTGAGAAAGCACTCAAGCGAAGTGGATACAGAAAAAGCAATTTGAACACG 2331
Query 2338 ACCTCTGCGACAACTCCAGCTTCACATCCTATGGCTCATCATCTTTCTTGGATGTTGCCA 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 ACCTCTGCGACAACTCCAGCTTCACATCCTATGGCTCATCATCTTTCTTGGATGTTGCCA 2391
Query 2398 CCCCTCTTAAAACTACTCCGTGTTCTTCATTCCCTTTGGTCTCCCTCTGTATTTCAAACA 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2392 CCCCTCTTAAAACTACTCCGTGTTCTTCATTCCCTTTGGTCTCCCTCTGTATTTCAAACA 2451
Query 2458 TTACCCCCAGAAATGAGGGCGGCAATGACAATGACTGATGCTGAGCGATACAGTCTCCTT 2517
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2452 TTACCCCCAGAACTGAGGGCAGCAATGACAATGACTGATGCTGAGCGATGCAGTCTCCTT 2511
Query 2518 GGTGAAGCAAATCCTAAATTGTCAAAAGGCGTATCGGTTTATGCTGATGGGTCATTCGAA 2577
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2512 GGTGAAGCAAATCCTAAATTGTCAAAAGGTACATCGGTTTATGCTGATGGGTCATTCGAT 2571
Query 2578 GGAACTAAGGAAGGACAAGCCGAGGCAAGTGAATCTGATATACGAAATTGGTTGAAAGGT 2637
|||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572 GGAAATAAGGAAGGACAGGTCGAGGCAAGTGAATCTGATATACGAAATTGGTTGAAAGGT 2631
Query 2638 ATCCGAGATTGTGGATACAACGTGTTGGGCCTATCAACAACCATCGGAGAGACATTCTTT 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632 ATCCGAGATTGTGGATACAACGTGTTGGGCCTATCAACAACCATCGGAGAGACATTCTTT 2691
Query 2698 AAATGCTTAGATGCTAACTATGTTGCAATGGCACTCATGGAAAATTTGCAGTCGATGGAA 2757
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2692 AAATGCTTAGATCCTAACTATGTTGCGATGGCACTCATGGAAAATTTGCAGTCGATGGAA 2751
Query 2758 TTCAGGCACATTCGGCTGTTTATTCATACCTTTATAACTTATATAGTCAAATCTTGTCCG 2817
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2752 TTCAGGCACATTCGGCTGTTCATTCATACCTTTATAACTTATATAGTCAAATTTTGTCCG 2811
Query 2818 GCGGATATGTGGGAGTCATGGCTGGGAGTGCTTCTGCACCCATTGTTTATACACTGTCAG 2877
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2812 GCGGATATGTGGGAGTCATGGCTCGGAGTGCTTCTGCACCCATTGTTTATTCACTGTCAG 2871
Query 2878 CAAGCTCTCAGCTCCGCCTGGCCAGGTCTTCTACAAGAGGGCAGAGCAAAGGTTCCGGAC 2937
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2872 CAAGCTCTCAGCTCCGCCTGGCCTGGTCTTCTACAAGAGGGCAGAGCAAAGGTTCCGGAC 2931
Query 2938 TTGTTTGGCATACAAAGTGGATCAGACATGAAACTTGAAGTGATGGAGGAAAAACTGTTA 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 TTGTTTGGCATACAAAGTGGATCAGACATGAAACTTGAAGTGATGGAGGAAAAACTGTTA 2991
Query 2998 AGAGATCTAACTCGGGAGATTGCGACTCTCTTTTCAACAATGGCTTCTCCTGGACTAAAC 3057
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 AGAGATTTAACTCGGGAGATTGCGACTCTCTTTTCAACAATGGCTTCTCCTGGACTAAAC 3051
Query 3058 ACAGGAGTTCCAGTTTTGGAACATTCAGGACATGTTGGTCGTGTGGACATGTCCACTCTC 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3052 ACAGGAGTTCCAGTTTTGGAACATTCAGGACATGTTGGTCGTGTGGACATGTCTACTCTC 3111
Query 3118 ACGGATTTGCATGCGTTCAGATCCAACTCTATGGTGGGTTTCCTCTTGAATCACAAAAGC 3177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3112 ACGGATTTGCATGCGTTCAGATCCAACTCTATGGTGGGTTTCCTCCTGAATCACAAAAGC 3171
Query 3178 GTAGCTCTACCAGCACTGCAGATCTGTTTAGAAA-CTTTTACCTGGACAGATGGAGAAGC 3236
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 3172 GTAGCTCTACCAGCACTGCAGATATGTTTAGAAGTCTTT-AGCTGGACAGATGGAGAAGC 3230
Query 3237 GACCACCAAAGTCTGTTACTTTTGTGGTGTTGTTGTTCTTCTAGCTAAACTAACAAATAA 3296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3231 GACCACCAAAGTCTGTTACTTTTGTGGTGTTGTTGTTCTTCTAGCTAAACTAACAAATAA 3290
Query 3297 CGTGGAGCTCCGAGAATTTGTTTCAAAAGATATGTTCTCGGCAGTCATTCGTGGCTTGGG 3356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||
Sbjct 3291 CGTGGAGCTCCGAGAATTTGTTTCAAAAGATATGTTCTCTGCAGTCATCCGCGGCTTAGG 3350
Query 3357 CATGGAGTCCAATGCCATTAACAGCCCTGATTTAGTTAATATATGCCGTGAAATATTTAT 3416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3351 CATGGAGTCCAATGCCATTAACAGCCCTGATTTAGTTAATATATGCCGTGAAATATTTAT 3410
Query 3417 CTATCTCTCTGACAGAGACCCAGCTCCTCGCCAGGTTTTGCTTTCGCTCCCGTGTCTCAC 3476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3411 CTATCTCTCTGACAGAGACCCAGCTCCTCGCCAGGTTTTGCTTTCGCTCCCGTGTCTCAC 3470
Query 3477 TCCCAACGACTTGCATGCTTTTGAAGAAGCTACAGCCAAAACTAGCAGCCCCAAAGAACA 3536
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3471 TCCCAACGACTTGCATGCTTTTGAAGAAGCTGCAGCCAAAACTACCAGCCCCAAAGAACA 3530
Query 3537 AAAGCAGCTTATGAGGAGCTTGTTGTTGCTAGGTACTGGGAACAACTTAAAAGCACTTGC 3596
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3531 AAAGCAGCTTATGAGGAGCTTGTTGTTGTTAGGTACTGGGAACAACTTAAAAGCACTTGC 3590
Query 3597 TGCTCAAAAAAGTCAGAATGTTATCACCAATGTCACAGCAAGAACGCGGCTACCCGCAAG 3656
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3591 TGCTCAAAAAAATCTGAATGTTATCACCAATGTCACAGCAAGATCGCGGCTACCCGCAAG 3650
Query 3657 CGCTCCAGAAACAATTGGAGCGGGTGTTTTGTGGGATGAAGAGTTCGTACAATGATTAAA 3716
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||
Sbjct 3651 CGCTTCAGAAACAATTGGAGCGGGTGTTTTGTGGGAGGAAGAGCTCTTACAATGATTAAA 3710
Query 3717 GAATCGTACATAGTATAAACAGAATTTATTTGAGATGCCATGTAATAGTAGAGAAGCAGA 3776
|| | ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3711 GAGTTGTACAGAGTATAAATAGAGTTTATTTGAGATGCCATGTAATAGTAGAGAAGCAGG 3770
Query 3777 TTTCTGTTTATGTCCTTACCTT--TAC-TT-----GTTAAATTCATAGGTAGAAAGAAAG 3828
|||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3771 TTTCTGTTTATGTCCTTACCTTAATACCTTTACTTGTTAAATTCATAGGTAGAAAGAAGG 3830
Query 3829 AACCTCTAACCAAAGCTTCCATGTCATAAGCAAAGTTTTTGTGATTTTCGATTTTGTTCT 3888
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3831 AACCTCTTACCAAAGCTTCCATGTGATAAGCAAAGTTTTTGTAATTTTCGATTTTGTTCT 3890
Query 3889 TTATCAGTATTTAAACAATCGGTCAATT 3916
||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3891 TTATCAGTATTTAAACAATCGGTGAATT 3918
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 148120074116
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5