BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G05090.1
Length=2966
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477791 jgi|Araly1|477791|fgenesh2_kg.3__492__AT3G05090.2 4034 0.0
> Ahg477791 jgi|Araly1|477791|fgenesh2_kg.3__492__AT3G05090.2
Length=3029
Score = 4034 bits (2184), Expect = 0.0
Identities = 2447/2567 (95%), Gaps = 46/2567 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 CTGATTTTACCAAGTCTCGCTCGAGAGCCTTTGAGAG-A-AGAG-TTTGT-GTTT-CTT- 57
|||||||||||||| | ||| ||||||||||||| | |||| ||||| |||| |||
Sbjct 1 CTGATTTTACCAAG--T--CTC--GAGCCTTTGAGAGAAGAGAGTTTTGTGGTTTCCTTG 54
Query 58 AAGG-aaaaaaaaaCACttttttttttttGTttcttcttcttcttcgtcttcttcttcCA 116
|||| ||||||||| || |||||||||| | |||||| | || ||||||||||
Sbjct 55 AAGGAAAAAAAAAAAAC-ACTTTTTTTTTG----GT-TTCTTC-T--TCATCTTCTTCCA 105
Query 117 ATTCTCCAAACGCCATCACGCCTTTGG-AAAAAGGCTGCTCTTTTTTGTTTGTCCTTCTT 175
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 106 ATTCTCCAAACGCCATCACGCCTTTGGAAAAAAGGCTGCTC---TTTGTTTGTCCGTCTT 162
Query 176 GACTCTTAAATTAAATTTTGCTCATAATTTCCAAATTTGTGCTAAAAACTTTCGACTTTC 235
||||||| |||| || | || |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 163 GACTCTTCAATT-AA------TAAT-TTTTCCAAATTTGTGCT---AACTTTCGACTTTC 211
Query 236 TAGATCAATCCGATTCCCAAATCTCGTTATTCACTCCCGCCCCCAACGAGCGATTCTAGG 295
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 212 TAGATCAATCCGATTCCCAAATCTCGTTATTCACTCCCGCGCCCAACGATCGATTCTAGG 271
Query 296 GTTTCTCTCTGTGTGTTTTGGGTTGCTGAATCACCTTGTTACTATCATCGATTTCATCTG 355
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 GTTTCTCTGTGTGTGTTTTGGGTTGCTGAATCACGTTGTTACTATCATCGATTTCATCTC 331
Query 356 AAGTTGAGATTTTTAAAGGCTTTCAGAATAATTTGAAATGCACCGGGTTGGAAGTGCCGG 415
||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 AAGTTCAGATTTTTAAAGCCTTTCAGGATACTTTGAAATGCACCGGGTTGGAAGTGCCGG 391
Query 416 CAGTAATGGCGGTTCTGTTCGCACTCGCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGA 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 392 CAGTAATGGCGGTTCTGTTCGCACTCGCAAAGAGAAAAAGCTTACCTATGTATTAAATGA 451
Query 476 TGCCAACGATACAAAGCATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGT 535
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 452 TGCCAACGACACAAAGCATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTAT 511
Query 536 TTCTAATGATCAAAGCTACCTCTTCACTGGAAGTCGTGATGGTACACTCAAGAGATGGGC 595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 TTCTAATGATCAAAGCTACCTCTTCACTGGAAGTCGTGATGGTACACTCAAGAGATGGGC 571
Query 596 ATTTGACGAGGATGCGACCTTCTGCTCAGCTACATTTGAGTCTCATGTTGACTGGGTGAA 655
||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 ATTTGACGAGGATGCAACCTTTTGCTCAGCTACGTTTGAGTCTCATGTTGACTGGGTGAA 631
Query 656 CGACGCTGCTCTGGCTGGTGAGAGCACTCTTGTTTCTTGTTCTTCAGACACTACGGTCAA 715
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 632 CGACGCTGCTCTGGCTGGTGAAAGCACTCTTGTTTCTTGTTCTTCAGACACTACGGTCAA 691
Query 716 GACATGGGACGGTTTATCAGATGGAGTCTGTACGAGGACTCTCCGTCAGCATTCTGACTA 775
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 692 GACATGGGACAGTTTATCAGATGGAGTCTGTACGAGGACCCTCCGTCAGCATTCTGACTA 751
Query 776 TGTTACTTGTTTGGCAGTTGCGGCAAAAAATAATAATGTTGTTGCATCTGGTGGCCTTGG 835
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 752 TGTTACTTGTTTGGCAGTTGCTGCAAAAAATAGTAATCTTGTTGCATCTGGTGGCCTTGG 811
Query 836 TGGGGAGGTTTTTATATGGGATATTGAAGCTGCTTTGTCACCAGTTACCAAACCTAATGA 895
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 812 TGGGGAGGTTTTTATATGGGATATCGAAGCTGCTTTGTCACCAGTTACAAAACCTAATGA 871
Query 896 CGCTAATGAAGATAG---TTCTTCAAATGGTGCAAATGGT-CCTGTTACAAGTTTAAGAA 951
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 872 TGCTAATGAAGATAGTTCTTCTTCAAATGGTGCAAAT-GTACCTGTTACAAGTTTAAGAA 930
Query 952 CTGTTGGTTCAAGCAACAATATCTCTGTGCAGTCATCTCCATCTCATGGGTACACACCAA 1011
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 CTGTTGGTTCGAGCAACAATATTTCTGTGCAGTCATCTCCATCTCATGGGTACACACCAA 990
Query 1012 CAATTGCGAAAGGCCATAAGGAGTCTGTGTATGCTTTGGCGATGAATGATACCGGAACGA 1071
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 991 CAATTGCCAAAGGCCATAAGGAGTCTGTGTATGCTTTGGCGATGAATGATACCGGAACGA 1050
Query 1072 TGCTCGTTTCTGGTGGAACAGAAAAGGTTTTACGTGTCTGGGACCCTAGAACCGGTTCAA 1131
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 TGCTCGTCTCTGGTGGAACAGAGAAGGTTTTACGTGTCTGGGACCCTAGAACCGGTTCAA 1110
Query 1132 AGAGTATGAAGCTGAGAGGGCATACAGATAATGTTAGAGTGCTGCTTCTGGACTCAACTG 1191
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 AGAGTATGAAGCTGAGGGGGCATACAGATAATGTCAGAGTGCTGCTTCTGGACTCAACTG 1170
Query 1192 GCAGGTTTTGCTTGTCTGGGTCGTCTGATTCTATGATAAGACTATGGGATCTAGGTCAGC 1251
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171 GCAGGTTTTGCTTGTCTGGGTCCTCTGATTCTATGATAAGACTATGGGATCTAGGTCAGC 1230
Query 1252 AGCGATGTCTTCATACCTATGCGGTGCATACAGATTCTGTTTGGGCGCTTGCATGCAAC- 1310
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1231 AGCGTTGTCTTCATACCTATGCGGTGCATACAGATTCTGTTTGGGCGCTTGCATGC-ACT 1289
Query 1311 CCATCATTTAGTCATGTTTATAGCGGTGGAAGAGACCAATGTTTATACTTGACAGACTTG 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 CCATCATTTAGTCATGTTTATAGCGGTGGAAGAGACCAATGTTTATACTTGACAGACTTG 1349
Query 1371 GCAACAAGGGAGAGTGTTTTGCTGTGCACTAAGGAACATCCAATTCAACAATTAGCGTTG 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1350 GCAACAAGGGAGAGTGTTTTGCTGTGCACTAAGGAACATCCAATTCAGCAATTAGCGTTG 1409
Query 1431 CAAGATAATAGTATATGGGTTGCAACTACAGACTCCTCTGTAGAGAGATGGCCTGCCGAA 1490
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1410 CAAGATAATAGTATATGGGTTGCAACTACAGACTCCTCTGTAGAGAAATGGCCTGCCGAA 1469
Query 1491 GTACAGAGTCCT-AAAACGGTCTTTCAACGAGGTGGCTCCTTCTTGGCTGGGAATTTGTC 1549
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 GTACAGAGTCCTCAAAA-GGTCTTTCAACGAGGTGGCTCTTTCTTGGCTGGGAATTTGTC 1528
Query 1550 TTTTAATAGGGCGAGGGTATCTTTGGAAGGACTAAATCCAGCCCCTGCATACAAGGAGCC 1609
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1529 TTTTAATAGGGCGAGGGTGTCTTTGGAAGGGCTAAATCCACCCCCTGCCTACAAGGAGCC 1588
Query 1610 GTCAATAACTGTCCCAGGAACTCACCCGATTGTGCAACATGAGATTTTGAATAATAAAAG 1669
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1589 GTCAATAACTGTTCCAGGAACTCACCCGATTGTGCAACATGAGATTTTGAATAATAAAAG 1648
Query 1670 GCAAATTTTAACCAAGGACGCAGCTGGCTCAGTGAAACTATGGGATATAACTAGGGGTGT 1729
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1649 GCAAATTTTAACCAAGGACGCAGCTGGCTCAGTGAAACTATGGGATATGACTAGGGGTGT 1708
Query 1730 TGTGGTAGAGGACTATGGAAAGATTTCATTTGAAGAGAAGAAAGAAGAACTGTTTGAGAT 1789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1709 TGTGGTAGAGGACTATGGAAAGATTTCATTTGAAGAGAAGAAAGAAGAACTGTTTGAGAT 1768
Query 1790 GGTAAGCATTCCATCGTGGTTTACTGTGGATACACGACTTGGATGCTTATCTGTACATTT 1849
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1769 GGTAAGCATTCCATCATGGTTTACTGTGGATACACGACTTGGATGCTTATCTGTACATTT 1828
Query 1850 GGAGACTCCACAATGCTTCTCTGCTGAAATGTATTCAGCAGACCTTAAAGTTTCTGGGCG 1909
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1829 GGAGACTCCACAATGCTTCTCTGCTGAGATGTATTCAGCAGACCTCAAAGTTTCTGGGCG 1888
Query 1910 ACCTGAAGATGATAAGATTAATCTAGCTCGTGAAACACTGAAAGGCCTGCTGGGTCACTG 1969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1889 ACCTGAAGATGATAAGATTAATCTAGCTCGTGAAACACTGAAAGGTCTGCTGGGTCACTG 1948
Query 1970 GCTGGCAAAGAAGAAACACAAACCAAAACCCCAAGTTCTTGCCTCTGGAGATACTTTATC 2029
||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1949 GCTGGCAAAAAAGAAGCACAAACCCAAACCCCAAGTTCTTACCTCTGGAGATACTTTATC 2008
Query 2030 TGTAAAAGATACCaaaaaaaaTCTAAGTGCATCAAAAACTGAAGAGAGTAGTGCTGCAAG 2089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |
Sbjct 2009 TGTAAAAGATACCAAAAAAAATCTAAGTGCATCAAAAGCTGAAGACAGTAGTGCTGCATG 2068
Query 2090 TGATCCGGTGTATCCTCCATTCGAGTTTTCTTCCGTCTCCCCTCCTTCCATCATAACTGA 2149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2069 TGATCCGGTGTATCCTCCATTCGAGTTTTCTTCCGTCTCCCCTCCTTCCATCATAACCGA 2128
Query 2150 GGGTTCTCAAGGAGGACCATGGAGGAAGAAGATAACCGAGTTTACTGGAACTGAAGATGA 2209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2129 GGGTTCTCAAGGAGGACCATGGAGGAAGAAGATAACCGAGTATACTGGAACTGAAGATGA 2188
Query 2210 GAAGGACTTCCCATTGTGGTGCTTGGACGCTGTCTTGAACAATCGGCTTCCACCTAGAGA 2269
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2189 GAAGGACTTCCCATTGTGGTGCTTGGATGCTGTCTTGAACAATCGTCTTCCACCTAGAGA 2248
Query 2270 AAATACAAAATTAAGCTTCTTCCTGCATCCATGTGAAGGTTCATCGGTGCAGGTGGTTAC 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2249 AAATACAAAATTAAGCTTCTTCCTGCATCCATGTGAAGGTTCATCTGTGCAGGTGGTTAC 2308
Query 2330 ACTAGGGAAACTTAGTGCACCCCGGATCTTAAGAGTTCACAAGGTTACCAATTACGTTGT 2389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 ACTAGGGAAACTTAGTGCACCCCGGATCTTAAGAGTTCACAAGGTTACCAATTACGTTGT 2368
Query 2390 GGAAAAGATGGTCCTTGACAATCCGTTGGATAGTCTAGCTATTGATGCAGCAAGTGTTTC 2449
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||
Sbjct 2369 GGAAAAGATGGTCCTTGACAATCCGTTGGACAGTCTAGCTCTTGATGGAACAAGTGTTTC 2428
Query 2450 AGGAGGACAACCTCAGCCACTGTTTTCAGGAAATGGATTGTTACAGTCTGGATTAAAGCC 2509
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 AGGAGGACAACCTCAGCCACTGTTTGCAGGAAATGGATTGTTACAGTCTGGATTAAAGCC 2488
Query 2510 TTGGCAGAAACTTAGACCTTCCATTGAGATCTTATGTAATAGCCAGG 2556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2489 TTGGCAGAAACTTAGACCTTCCATTGAGATCTTATGTAATAACCAGG 2535
Score = 182 bits (98), Expect = 2e-44
Identities = 104/107 (97%), Gaps = 0/107 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2556 GTCTTATCTCCAGATATGAGTTTAGCAACTGTACGGGCATATGTATGGAAGAAACCTGAG 2615
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2568 GTCTTGTCTCCAGATATGAGTTTAGCAACTGTACGGGCATATATATGGAAGAAACCTGAG 2627
Query 2616 GATCTGATTCTCAACTACAGAGTGGCTATAGCTAGATAACTTTTGAG 2662
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2628 GATCTAATTCTCAACTACAGAGTGGCTATAGCTAGATAACTTTTGAG 2674
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111985320300
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5