BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G05180.1
Length=1363
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928101 jgi|Araly1|928101|scaffold_300558.1 1982 0.0
> Ahg928101 jgi|Araly1|928101|scaffold_300558.1
Length=1263
Score = 1982 bits (1073), Expect = 0.0
Identities = 1202/1264 (95%), Gaps = 9/1264 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 AAATTATATTGTTTTGAGCCATGGAAACTCTTTTCCACACTCTTCTTAGATTATTACTAT 62
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Sbjct 4 AAAATACATTG-TTTGAGCCATGGAAACTCTTTTCCACACTCTTCTTACATTATTACTAT 62
Query 63 TCGTAGCCATCTCTCATACTCTGTCC-CCTCTCGCCGGTTCTTTCCGGATTTCTAATGAC 121
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Sbjct 63 TCGTAGCCATCTCTCATACTCT-ACCTCCTCTCGCCGGTTCTTTCCCGATTTCTAAT-AT 120
Query 122 TTT-CCGGCGGTTTTCAACTTCGGAGACTCTAACTCTGACACCGGAGAACTTAGCTCGGG 180
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Sbjct 121 TTTCCCGGCGGTTTTCAACTTCGGAGACTCTAACTCCGACACCGGAGAACTTAGCTCCGG 180
Query 181 TCTTGGATTCCTTCCACAACCTTCCTATGAAATAACCTTCTTTAGATCTCCAACTTCCGG 240
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Sbjct 181 TCTTGGATTTCTTCCACAGCCTTCCTATGAAAAAACCTACTTCAGATCTCCAACTTCCGG 240
Query 241 AAGATTCTGCAATGGACGTCTTATCGTCGATTTTCTAATGGAAGCAATTGATCGACCATA 300
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Sbjct 241 AAGATTCTGCAATGGACGTCTTATCGTCGATTTTCTAATGGAAGCAATTGATCGGCCCTA 300
Query 301 TTTGAGGCCTTATTTAGATTCGATAAGTCGACAAACTTACCGAAGAGGCTGCAATTTTGC 360
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Sbjct 301 TTTGAGGCCTTATTTAGATTCGATAAGTCGACAAAGTTACCGGAGAGGCTGCAATTTTGC 360
Query 361 TGCGGCTGCGTCAACGATTCAGAAGGCAAATGCTGCATCCTATAGCCCCTTTGGTTTTGG 420
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Sbjct 361 GGCGGCTGCGTCAACGATTCAGAAGGCGAATGCTGCATCCTATAGTCCCTTTGGTTTTGG 420
Query 421 TGTTCAAGTCTCTCAATTCATCACCTTTAAGTCCAAAGTCCTTCAATTGATACAACAAGA 480
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Sbjct 421 TGTTCAAGTTTCTCAATTCATCACCTTTAAGTCCAAAGTCCTTCAATTGATACAACAAGA 480
Query 481 TGAAGAGCTCCAAAGATACTTACCGTCCGAATAtttttttAGTAATGGATTGTATATGTT 540
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Sbjct 481 TGAAGAGCTCGGAAGATACTTACCGTCTGAATATTATTTCAAAAAAGGATTATATATGTT 540
Query 541 TGATATCGGACAAAATGATATTGCCGGAGCATTTTACACCAAGACAGTAGATCAAGTTCT 600
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Sbjct 541 TGATATCGGACAAAATGATATTGCCGGAGCATTTTACACCAAGACATTTGATCAAGTTCT 600
Query 601 TGCTCTGGTTCCTATAATCTTAGATATATTTCAAGATGGAATAAAGAGATTATATGCAGA 660
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Sbjct 601 TGCTCTGGTTCCTACAATCTTAGATATATTTCAAGATGGAATAAAGAGATTATATGCAGA 660
Query 661 GGGGGCAAGAAACTATTGGATACACAACACAGGACCACTTGGGTGTTTAGCACAAGTTGT 720
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Sbjct 661 AGGGGCAAGAAACTATTGGATACACAACACAGGACCACTTGGGTGTTTAGCACAAGTTGT 720
Query 721 GTCAATT-TTTGGGGAAGACAAATCAAAGCTTGATGAGTTTGGTTGTGTCAGTGACCATA 779
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Sbjct 721 GTCA-TTATTTGGGAAAGACAAATCAAAGCTTGATGAGTTTGGTTGTGTCAGTGACCATA 779
Query 780 ACCAAGCTGCTAAGCTTTTCAATTTGCAGCTTCATGGTCTTTTCAAAAAACTCCCTCAAC 839
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Sbjct 780 ACCAAGCCGCTAAACTTTTCAATTTGCAGCTTCATGATCTTTTCAAAAAACTCCCTCACC 839
Query 840 AATATCCCAATTCCCGTTTCACATACGTAGATATCTTCTCTATCAAATCCGACCTCATCC 899
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Sbjct 840 AATATCCCGATTCCCGCTTCACATACGTAGATATCTTCTCTATCAAATCCGACCTCATCC 899
Query 900 TGAATCATTCCAAATATGGTTTTGATCATTCGATAATGGTATGTTGTGGAACCGGAGGAC 959
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Sbjct 900 TGAATCCTTCCAAATATGGTTTTGATCATTCGATAATGGTATGTTGTGGAACGGGAGGAC 959
Query 960 CACCACTGAACTACGATGATCAGGTTGGTTGCGGTAAGACAGCAAGATCAAATGGTACGA 1019
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Sbjct 960 CGCCATTAAACTACGATGATCAGGTTGGTTGCGGTAAGACAGCAAGATCAAATGGTACGA 1019
Query 1020 TCATAACCGCCAAACCTTGTTATGATAGTTCCAAATATGTTAACTGGGACGGCATTCATT 1079
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Sbjct 1020 TCAAAACCGCCAAACCTTGTTATGATAGTTCCAAATATGTCAACTGGGACGGCATTCATT 1079
Query 1080 ACACTGAAGCTGCAAATCGGTTTGTTGCACTACACATTCTCACCGGTAAATACTCTGAGA 1139
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Sbjct 1080 ACACTGAAGCTGCAAATCGGTTTGTTGCGCTACACATTCTCACCGGTAAATACTCTGAGA 1139
Query 1140 CGGCGTCATCTTTGAATCTTTAGCAATGTAACAAAGAAAGTTACATTATCACTTTCTTTA 1199
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Sbjct 1140 CGGCGTCGTCTTTGAATCTTTAGCAATGTAACAAAGAAAGTTACATTATCATTTTCTTTA 1199
Query 1200 TGGATTACATATAT--ATTTAGTTGTATGTTAACTGGTTTATTTATGATTATATGAATAA 1257
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Sbjct 1200 TTGATTACATATATCTATTTAGTTGTATGTTAACTGGTTTATTTATGAGTATATGAATAA 1259
Query 1258 TTTC 1261
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Sbjct 1260 TTTC 1263
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 51008462946
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5