BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G05240.1 Length=1698 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg317389 jgi|Araly1|317389|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000405 1467 0.0 > Ahg317389 jgi|Araly1|317389|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000405 Length=1644 Score = 1467 bits (794), Expect = 0.0 Identities = 924/988 (94%), Gaps = 4/988 (0%) Strand=Plus/Plus Query 713 GCTTTGATCCATATTTTCAGTCCAAAGTTGGATTCAATGTGATTTTGGCTACAAGTCTCA 772 ||||||||||||| | ||| || ||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 659 GCTTTGATCCATACTGTCAATCAAAATTTGAATTTAATGTGATCTTGGCTACAAGTCTCA 718 Query 773 TTGATATGTATGCTAAATGTGGAGATC-TGAGAACTGCGAGGTATCTGTTCGATGGAATG 831 ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 719 TTGATATGTATGCAAAATGTGGAGA-CATGAGAACTGCAAGGTATCTGTTCGATGGAATG 777 Query 832 CCTGAGAGAACCTTGGTTTCTTGGAACTCCATCATTACAGGGTATAGTCAGAACGGTGAT 891 |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 CCTGAGAGAAACTTGGTTTCTTGGAACTCTATCATCACAGGGTATAGTCAGAACGGTGAT 837 Query 892 GCAGAGGAAGCACTGTGTATGTTTTTGGATATGCTTGATTTGGGTATAGCTCCTGATAAA 951 |||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 GCAGAGGAAGCAATGTGTATGTTTTCGGACATGCTTGATTTGGGTATAGCTCCTGATAAA 897 Query 952 GTAACCTTTTTGAGTGTTATCAGAGCTTCCATGATCCAAGGATGTTCACAATTGGGACAA 1011 ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 898 GTAACTTTTTTTAGTGTGATTAGAGCTTCGATGATTCAAGGATGTTCACAGTTGGGGCAA 957 Query 1012 TCGATTCACGCTTATGTATCGAAAACCGGCTTTGTGAAGGATGCTGCCATAGTTTGTGCA 1071 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 ACGATTCACGCTTATGTATCGAAAACCGGCTTTGTGAAGGATGCTGCCATAGTTTGTGCA 1017 Query 1072 CTTGTAAATATGTATGCTAAAACCGGTGATGCTGAGAGCGCaaa-aaaaGCGTTTGAAGA 1130 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||| Sbjct 1018 CTTGTAAATATGTATGCTAAAACCGGTAATGCTGAGAGCGCGAAGAAAAT-GTTTGAAGA 1076 Query 1131 TCTGGAGAAGAAAGATACAATAGCTTGGACCGTTGTGATCATTGGGTTAGCCAGTCACGG 1190 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1077 TCTGGAGAAGAAAGATACAATAGCTTGGACCGTTGTGATCATTGGGTTAGCCAGTCACGG 1136 Query 1191 CCACGGGAATGAAGCATTGAGTATATTCCAGAGGATGCAAGAGAAAGGTAATGCTACACC 1250 ||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1137 CCATGGGAATAAAGCATTGAGTATATTTCAGAGAATGCAAGAGGAAGGTAATGCTACACC 1196 Query 1251 TGATGGAATCACATATCTCGGGGTCTTATATGCGTGTAGCCACATAGGTTTAGTTGAGGA 1310 |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| Sbjct 1197 AGATGGAATCACATATCTCGGGGTCTTATATGCATGCAGCCACATAGGTTTGGTCGAGGA 1256 Query 1311 AGGACAGAGATACTTTGCAGAAATGAGAGATCTTCACGGCTTAGAACCAACAGTTGAACA 1370 |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1257 AGGACAAAGATACTTTGCAGAAATGAGAGACCTTTACGGCTTAGAGCCAACGGTTGAACA 1316 Query 1371 CTATGGATGTATGGTTGATATCTTGAGCCGTGCTGGTCGTTTTGAAGAGGCAGAGAGATT 1430 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1317 CTATGGATGTATGGTTGATATCTTGAGCCGTGCTGGTCGTTTTGAAGAGGCAGAGAGATT 1376 Query 1431 GGTAAAGACTATGCCGGTAAAACCCAATGTTAATATATGGGGTGCATTGTTAAATGGTTG 1490 ||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1377 GGTAAAGACTATGCCAGTACAACCCACTGCTAATATATGGGGTGCATTGTTAAATGGTTG 1436 Query 1491 TGATATACATGAAAATCTCGAGCTCACTGATCGGATAAGATCCATGGTTGCTGAGCCAGA 1550 ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 1437 TGAGATACATGAAAATCTCGATCTCGCTGATCGGATAAGATCCATGGTTTCTGAATCAGA 1496 Query 1551 AGAACTTGGTAGCGGAATCTATGTTCTTCTATCTAATATATACGCCAAAGCTGGCCGATG 1610 |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 1497 AGAACTCGGTAGTGGAATCTATGTTCTTCTATCTAATATTTACGCCAAAGCTGGCCGGTG 1556 Query 1611 GGCTGATGTTAAGCTAATTAGAGAATCCATGAAGAGCAAAAGGGTAGATAAAGTTTTAGG 1670 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1557 GGCCGATGTTAAGCTAATTAGAGAATCCATGAAGAGCAAAAGGGTAGATAAACTTTTAGC 1616 Query 1671 TCATAGTTCTGTTGAAACAATGTTCTAA 1698 |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1617 TCATAGTTCTGTTGAAACAATGTTCTAA 1644 Score = 1046 bits (566), Expect = 0.0 Identities = 628/659 (95%), Gaps = 0/659 (0%) Strand=Plus/Plus Query 4 ATGAAGAAGCACTACAAACCAATTCTCTCTCAGCTAGAGAATTGCAGATCATTGGTGGAA 63 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1 ATGAAGAAGCACTACAAACCAATTCTCTCTCAGCTAGAGAATTGCAGATCAATGGTGGAG 60 Query 64 CTGAATCAACTCCATGGTTTAATGATCAAATCCTCAGTTATCAGAAACGTCATTCCTCTA 123 ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CTGAATCAACTCCATGGCCTGATGATCAAATCTTCAGTTATCAGAAACGTCATTCCTCTA 120 Query 124 AGCCGACTCATAGATTTCTGCACTACTTGTCCTGAGACTATGAATCTCAGCTACGCGAGA 183 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 AGCCGACTAATAGATTTCTGCACTACTTGTCCTGAGACTATGAATCTCAGCTACGCGAGA 180 Query 184 TCAGTTTTCGAAAGTATCGATTGTCCAAGTGTTTATATATGGAACTCTATGATCAGAGGC 243 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TCAGTTTTCGAAAGTATCGATTGTCCAAGCGTGTATATATGGAACTCTATGATCAGAGGC 240 Query 244 TACTCAAACAGTCCAAATCCAGATAAAGCATTGATCTTTTACCAAGAAATGCTTCGAAAA 303 |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 241 TACTCAAATAGTCCAAACCCAGACAAAGCATTGATCTTTTACCAAGAAATGCTACGAAAA 300 Query 304 GGTTATTCTCCGGATTATTTCACTTTTCCTTATGTTCTTAAGGCTTGTTCTGGGTTAAGG 363 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| Sbjct 301 GGTTATTCTCCGGATTACTTCACTTTTCCTTATGTGCTCAAGGCTTGTTCTGGTTTAAGG 360 Query 364 GATATTCAATTCGGGAGTTGTGTTCATGGGTTTGTTGTGAAAACTGGGTTTGAAGTGAAT 423 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GATATTCAATTTGGGAGTTGTGTTCATGGGTTTGTTGTGAAAACTGGGTTTGAAGTGAAT 420 Query 424 ATGTATGTTTCTACTTGCTTGCTTCATATGTATATGTGTTGTGGAGAAGTGAATTATGGT 483 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 421 ATGTATGTTTCTACTTGCTTGCTTCATATGTATATGTGTTGTGGAGAAGTGAATTGGGGT 480 Query 484 TTGAGAGTTTTTGAGGATATTCCTCAGTGGAACGTTGTTGCTTGGGGAAGTTTGATTTCT 543 ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 481 TTGAGGGTTTTTGAGGATATTCCAAAGTTGAACGTTGTTGCTTGGGGAAGTTTGATCTCT 540 Query 544 GGTTTTGTGAATAACAATCGGTTTAGTGACGCTATTGAGGCGTTTAGGGAGATGCAGAGT 603 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GGGTTTGTGAATAACAATCGGTTTAGTGATGCTATTGAAGCGTTTAGGGAGATGCAGAGT 600 Query 604 AATGGTGTGAAGGCAAATGAGACAATAATGGTGGATCTTTTGGTTGCTTGTGGTAGATG 662 | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 601 ATTGGTGTGAAGCCAAATGAGACAATAATGGTGGATCTTCTGGTTGCTTGTGGTAGATG 659 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 63686889640 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5