BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G05240.1
Length=1698
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg317389 jgi|Araly1|317389|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000405 1467 0.0
> Ahg317389 jgi|Araly1|317389|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000405
Length=1644
Score = 1467 bits (794), Expect = 0.0
Identities = 924/988 (94%), Gaps = 4/988 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 713 GCTTTGATCCATATTTTCAGTCCAAAGTTGGATTCAATGTGATTTTGGCTACAAGTCTCA 772
||||||||||||| | ||| || ||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 659 GCTTTGATCCATACTGTCAATCAAAATTTGAATTTAATGTGATCTTGGCTACAAGTCTCA 718
Query 773 TTGATATGTATGCTAAATGTGGAGATC-TGAGAACTGCGAGGTATCTGTTCGATGGAATG 831
||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TTGATATGTATGCAAAATGTGGAGA-CATGAGAACTGCAAGGTATCTGTTCGATGGAATG 777
Query 832 CCTGAGAGAACCTTGGTTTCTTGGAACTCCATCATTACAGGGTATAGTCAGAACGGTGAT 891
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 CCTGAGAGAAACTTGGTTTCTTGGAACTCTATCATCACAGGGTATAGTCAGAACGGTGAT 837
Query 892 GCAGAGGAAGCACTGTGTATGTTTTTGGATATGCTTGATTTGGGTATAGCTCCTGATAAA 951
|||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GCAGAGGAAGCAATGTGTATGTTTTCGGACATGCTTGATTTGGGTATAGCTCCTGATAAA 897
Query 952 GTAACCTTTTTGAGTGTTATCAGAGCTTCCATGATCCAAGGATGTTCACAATTGGGACAA 1011
||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 898 GTAACTTTTTTTAGTGTGATTAGAGCTTCGATGATTCAAGGATGTTCACAGTTGGGGCAA 957
Query 1012 TCGATTCACGCTTATGTATCGAAAACCGGCTTTGTGAAGGATGCTGCCATAGTTTGTGCA 1071
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 ACGATTCACGCTTATGTATCGAAAACCGGCTTTGTGAAGGATGCTGCCATAGTTTGTGCA 1017
Query 1072 CTTGTAAATATGTATGCTAAAACCGGTGATGCTGAGAGCGCaaa-aaaaGCGTTTGAAGA 1130
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||||
Sbjct 1018 CTTGTAAATATGTATGCTAAAACCGGTAATGCTGAGAGCGCGAAGAAAAT-GTTTGAAGA 1076
Query 1131 TCTGGAGAAGAAAGATACAATAGCTTGGACCGTTGTGATCATTGGGTTAGCCAGTCACGG 1190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TCTGGAGAAGAAAGATACAATAGCTTGGACCGTTGTGATCATTGGGTTAGCCAGTCACGG 1136
Query 1191 CCACGGGAATGAAGCATTGAGTATATTCCAGAGGATGCAAGAGAAAGGTAATGCTACACC 1250
||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1137 CCATGGGAATAAAGCATTGAGTATATTTCAGAGAATGCAAGAGGAAGGTAATGCTACACC 1196
Query 1251 TGATGGAATCACATATCTCGGGGTCTTATATGCGTGTAGCCACATAGGTTTAGTTGAGGA 1310
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||
Sbjct 1197 AGATGGAATCACATATCTCGGGGTCTTATATGCATGCAGCCACATAGGTTTGGTCGAGGA 1256
Query 1311 AGGACAGAGATACTTTGCAGAAATGAGAGATCTTCACGGCTTAGAACCAACAGTTGAACA 1370
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1257 AGGACAAAGATACTTTGCAGAAATGAGAGACCTTTACGGCTTAGAGCCAACGGTTGAACA 1316
Query 1371 CTATGGATGTATGGTTGATATCTTGAGCCGTGCTGGTCGTTTTGAAGAGGCAGAGAGATT 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CTATGGATGTATGGTTGATATCTTGAGCCGTGCTGGTCGTTTTGAAGAGGCAGAGAGATT 1376
Query 1431 GGTAAAGACTATGCCGGTAAAACCCAATGTTAATATATGGGGTGCATTGTTAAATGGTTG 1490
||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GGTAAAGACTATGCCAGTACAACCCACTGCTAATATATGGGGTGCATTGTTAAATGGTTG 1436
Query 1491 TGATATACATGAAAATCTCGAGCTCACTGATCGGATAAGATCCATGGTTGCTGAGCCAGA 1550
||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1437 TGAGATACATGAAAATCTCGATCTCGCTGATCGGATAAGATCCATGGTTTCTGAATCAGA 1496
Query 1551 AGAACTTGGTAGCGGAATCTATGTTCTTCTATCTAATATATACGCCAAAGCTGGCCGATG 1610
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1497 AGAACTCGGTAGTGGAATCTATGTTCTTCTATCTAATATTTACGCCAAAGCTGGCCGGTG 1556
Query 1611 GGCTGATGTTAAGCTAATTAGAGAATCCATGAAGAGCAAAAGGGTAGATAAAGTTTTAGG 1670
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1557 GGCCGATGTTAAGCTAATTAGAGAATCCATGAAGAGCAAAAGGGTAGATAAACTTTTAGC 1616
Query 1671 TCATAGTTCTGTTGAAACAATGTTCTAA 1698
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TCATAGTTCTGTTGAAACAATGTTCTAA 1644
Score = 1046 bits (566), Expect = 0.0
Identities = 628/659 (95%), Gaps = 0/659 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 ATGAAGAAGCACTACAAACCAATTCTCTCTCAGCTAGAGAATTGCAGATCATTGGTGGAA 63
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1 ATGAAGAAGCACTACAAACCAATTCTCTCTCAGCTAGAGAATTGCAGATCAATGGTGGAG 60
Query 64 CTGAATCAACTCCATGGTTTAATGATCAAATCCTCAGTTATCAGAAACGTCATTCCTCTA 123
||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTGAATCAACTCCATGGCCTGATGATCAAATCTTCAGTTATCAGAAACGTCATTCCTCTA 120
Query 124 AGCCGACTCATAGATTTCTGCACTACTTGTCCTGAGACTATGAATCTCAGCTACGCGAGA 183
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCCGACTAATAGATTTCTGCACTACTTGTCCTGAGACTATGAATCTCAGCTACGCGAGA 180
Query 184 TCAGTTTTCGAAAGTATCGATTGTCCAAGTGTTTATATATGGAACTCTATGATCAGAGGC 243
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCAGTTTTCGAAAGTATCGATTGTCCAAGCGTGTATATATGGAACTCTATGATCAGAGGC 240
Query 244 TACTCAAACAGTCCAAATCCAGATAAAGCATTGATCTTTTACCAAGAAATGCTTCGAAAA 303
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 241 TACTCAAATAGTCCAAACCCAGACAAAGCATTGATCTTTTACCAAGAAATGCTACGAAAA 300
Query 304 GGTTATTCTCCGGATTATTTCACTTTTCCTTATGTTCTTAAGGCTTGTTCTGGGTTAAGG 363
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 GGTTATTCTCCGGATTACTTCACTTTTCCTTATGTGCTCAAGGCTTGTTCTGGTTTAAGG 360
Query 364 GATATTCAATTCGGGAGTTGTGTTCATGGGTTTGTTGTGAAAACTGGGTTTGAAGTGAAT 423
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GATATTCAATTTGGGAGTTGTGTTCATGGGTTTGTTGTGAAAACTGGGTTTGAAGTGAAT 420
Query 424 ATGTATGTTTCTACTTGCTTGCTTCATATGTATATGTGTTGTGGAGAAGTGAATTATGGT 483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 ATGTATGTTTCTACTTGCTTGCTTCATATGTATATGTGTTGTGGAGAAGTGAATTGGGGT 480
Query 484 TTGAGAGTTTTTGAGGATATTCCTCAGTGGAACGTTGTTGCTTGGGGAAGTTTGATTTCT 543
||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 TTGAGGGTTTTTGAGGATATTCCAAAGTTGAACGTTGTTGCTTGGGGAAGTTTGATCTCT 540
Query 544 GGTTTTGTGAATAACAATCGGTTTAGTGACGCTATTGAGGCGTTTAGGGAGATGCAGAGT 603
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGGTTTGTGAATAACAATCGGTTTAGTGATGCTATTGAAGCGTTTAGGGAGATGCAGAGT 600
Query 604 AATGGTGTGAAGGCAAATGAGACAATAATGGTGGATCTTTTGGTTGCTTGTGGTAGATG 662
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATTGGTGTGAAGCCAAATGAGACAATAATGGTGGATCTTCTGGTTGCTTGTGGTAGATG 659
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 63686889640
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5