BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G05390.1
Length=1684
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477828 jgi|Araly1|477828|fgenesh2_kg.3__529__AT3G05390.1 2527 0.0
> Ahg477828 jgi|Araly1|477828|fgenesh2_kg.3__529__AT3G05390.1
Length=1665
Score = 2527 bits (1368), Expect = 0.0
Identities = 1574/1669 (94%), Gaps = 31/1669 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 AAAAACAAACTCATGAATCTCTTCTACTTTTCCTCGAGACACCAGAGACGAAAGGTTTCC 75
|||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAAACAATCTCATGAGTCTCTTAGACTTTTCCTCGAGAAACCAGAGACGAAAGGTTTCC 60
Query 76 ATCAAAACATCAAGG-A-G-CATC-TCTTCT-T--AATTCTTA--TC-----T-GAACCA 120
||||||||||||||| | | | || |||||| | ||||||| || | ||||||
Sbjct 61 ATCAAAACATCAAGGAACGTC-TCTTCTTCTCTGGTATTCTTATGTCAAGATTAGAACCA 119
Query 121 ATAACTGAAAG-------A--TTTGGTCAAGAAGAGGAAATGGGAAGAACATGTTTGCCG 171
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 120 ATAACTGAAAGATAATATATTTTTGGTCAAGAAGAGGAAATGGGAAGAGCATGTTTACCG 179
Query 172 AGATGGCGATTAGGAAGACTAATGGCAGGATTACAAGTCATCTTAGGATTACTGGTGATC 231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 180 AGATGGCGATTAGGAAGACTAATGGCAGGATTACAAGTAATCTTGGGATTACTGGTGATC 239
Query 232 ACTGTGAGCCTCTCATGTCTCTACCGATTCCATTCCG-TGGGTTACTTCTTGCAAAACGA 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||
Sbjct 240 ACTGTGAGCCTCTCATGTCTCTACCGATTCCATTCCGCT-GGTTACTTCTTGCACAACGA 298
Query 291 AGACACTTGCAACAATATCTACACAATCAAAGAAGTCAGCAGCGAAGGATTCGACCTAAA 350
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 299 AGACGTTTGCAACAATATCTACACAATCAAAGAAGTCAGCAACGAAGGATTCGACATAAA 358
Query 351 GGCGCTGCACGATCGTGTTGATGAAGTACTAGAAAAGATGGACAACTTGTACGAGAAGCT 410
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 GGCGCTGCATGATCGCGTTGATGAAGTACTAGAAAAGATGGACAACTTGTACGAGAAGCT 418
Query 411 AGAGAAGACGGTAAAAGATATGGAGAAGAGCAAAGACGGAAGCAAAAAGGAGATGAAGAA 470
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TGAGAAGACGGTAAAAGAGATGGAGAAGAGCAAAGACGGAAGCAAAAAGGAGATGAAGAA 478
Query 471 GTTTCTTGAAGATGAAGTGATGAAGCCATTTTATTATGCTCATATCGGATTAAGGCAAAT 530
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GTTTCTTGAAGATGAAGTGATGAAGCCATTCTATTATGCTCATATCGGATTAAGGCAAAT 538
Query 531 CCGGTTGCCAAAACCCGAAGGAATCAGAAACTCAACGGAAAAGGAAGAGCCTTTGATCAA 590
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CCGGTTACCAAAACCCGAAGGAATCAGAAACTCGACGGAAAAGGAAGAGCCTTTGATCAA 598
Query 591 TAAGTTTCTCATTGAAGAGATAAGGCAGTACATTACACCAAAGGAGAATCGTGTTGGGAA 650
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||
Sbjct 599 TAAGTTTCTCATTGAGGAGATAAGGCAGTACATTACACCGAAGAAGAATCGGGTTGGGAA 658
Query 651 GATAAACATGTTTGGAACAGAGAGAGTTTACAACACTATTGGTCATGCTTGTGCGTTGAT 710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GATAAACATGTTTGGAACAGAGAGAGTTTACAACACTATTGGTCATGCTTGTGCGTTGAT 718
Query 711 GAAGATGGAGCTAGAGAAGTATATGGATTATGACGTTGGAGCGTATTGCGATGATGATTG 770
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GAAGATAGAGCTAGAGAAGTATATGGATTATGACGTTGGAGCGTATTGCGATGATGATTG 778
Query 771 GAACTTAGCACAGAAGCTGATGCTTAACGGGTGTGATCCGTTACCTAGAAGACGATGCTT 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GAACTTAGCACAGAAGCTGATGCTTAACGGGTGTGATCCATTACCTAGAAGACGATGCTT 838
Query 831 GACAAGAGCATCAATGACTTACCAAAAACCTTATCCGATCAATGAGTCACTGTGGAAGCT 890
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 839 GACAAGAGCATCGATGACTTACCAGAAACCTTATCCGATCAACAAGTCATTGTGGAAGCT 898
Query 891 TCCTGATGATAGAAATGTAAGATGGGGAAATTATCAATGCAGGAACTTCGCGTGCTTATC 950
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 899 TCCTGATGATAGAAATGTAAGATGGGGAAATTACCAATGCAGGAATTTCGCGTGCTTATC 958
Query 951 AAGCAAGAACCCGAAAAGGGGTTACACGAAATGCAGC-GGATGTTTTGAAATGGAGAAAG 1009
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AAGCAAGAACCCGAAAAGGGGTTACACGAAATGCA-CTGGATGTTTTGAAATGGAGAAAG 1017
Query 1010 AGAAAGATAAATGGGTCAAGAACAGTAGTTTGTTAGTTGATTTTATGATTGAAGATGTTC 1069
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1018 AGGGTGATAAATGGGTCAAGAACAGTACTTTGTTAGTTGATTTCATGATTGAGGATGTTC 1077
Query 1070 TGAGAGTGAAGCCAAGTGAGATCAGGATTGGATTGGATTATGGTGTTGGGACAGGAACAT 1129
|||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1078 TGAGAGTGAAGCCAGGTGAGATTAGGATTGGACTGGATTATGGTGTCGGGACAGGGACAT 1137
Query 1130 TTGCAGCAAGAATGAGAGAGAAGAATGTGACTATTGTCACAACAGCTTTGAATTTGGGAG 1189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1138 TTGCAGCAAGAATGAGAGAGAAGAATGTGACTATTGTCACAACTGCTTTGAATTTGGGAG 1197
Query 1190 CTCCTTTCAATGAGATGATTGCTTTGAGAGGTTTGATCCCATTGTACATATCTTTGAACC 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CTCCTTTCAATGAGATGATTGCTTTGAGAGGTTTGATCCCATTGTACATATCTTTGAACC 1257
Query 1250 AGAGGCTACCGTTCTTCGATAATACAATGGATATGATTCACACTACCGGGTTAATGGATG 1309
||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1258 AGAGGCTGCCGTTCTTCGACAACACAATGGATATGATTCACACTGCCGGGTTAATGGATG 1317
Query 1310 GTTGGATCGATCTTCTTCTGATGGATTTCGTGTTATATGATTGGGACCGAGTGCTGAGAC 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GTTGGATCGATCTTCTTCTGATGGATTTCGTGTTATATGATTGGGACCGAGTGCTGAGAC 1377
Query 1370 CGGGAGGGTTACTGTGGATTGATAGATTCTTCTGTAAAAAGAAGGATCTTGATGATTACA 1429
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1378 CGGGTGGGCTACTGTGGATTGATAGATTCTTCTGTAAAAAGAAGGATCTTGATGATTATA 1437
Query 1430 TGTACATGTTCCTGCAGTTTAGGTACAAGAAACACAAGTGGGCTATTTCACCTAAATCCA 1489
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1438 TGTACATGTTTCTGCAATTTAGGTACAAGAAACACAAGTGGGCTGTTTCACCTAAATCAA 1497
Query 1490 AGGATGAGGTTTATCTCTCTGCATTGCTTGAGAAACCTCCTCGTGCAATTTAAGGATTAC 1549
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 AGGATGAGGTTTATCTCTCTGCATTGCTCGAGAAACCTCCTCGTGCAATTTAAGGATTAC 1557
Query 1550 AATATGAAGTTTAAGCTTCAATGTTTGTAATTGACATTCTTACTCATTTGGTTGTCTAAT 1609
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1558 ATTATTAAGTTTAAGCTTCAATGTTTGTAATTGACATTCTTACTCATTTGATTGGCTAAT 1617
Query 1610 CCTTGTTCT-AGTTTGAATACAACAGAGGTTTTCAGCTCTGTTTCACTT 1657
|||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 CCTTGT-CTTAGTTTGAATACAACAGAGATTTTCAGCTCTGTTTCACTT 1665
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 63153626210
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5