BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G05680.2
Length=6904
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928168 jgi|Araly1|928168|scaffold_300625.1 4098 0.0
> Ahg928168 jgi|Araly1|928168|scaffold_300625.1
Length=6220
Score = 4098 bits (2219), Expect = 0.0
Identities = 2361/2432 (97%), Gaps = 0/2432 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 330 GGGCAACTTCACCTCCTTCATTTGCGTTGGAAGTGTTCGTTCGATGTGAAGGAGAATCAA 389
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 GGGCAACTTCACCTCCTTCATTTGCATTGGAAGTGTTCGTTCGATGTGAAGGAGAATCAA 123
Query 390 AGTTTAAGCGACTTTGTAATCCTTTTCTTTACACTCCTTCAGCGCCCTACCCTTTGGAAG 449
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 124 AATTTAAGCGACTTTGTAATCCTTTTCTTTACACTCCTTCAGCGCCCTACCCATTGGAAG 183
Query 450 TGGAGGCTGTTGTAACAAACCATCTGGTGGTCAGAGGTAGCTATCGAAGTTTGAGCTTGA 509
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 184 TGGAGGCTGTTGTAACAAACCATCTGGTGGTTAGAGGCAGCTATCGAAGTTTGAGCTTGA 243
Query 510 TCGTCTATGGGAACATCGTCAAAGATTTGGGGCAGTACAATATCATTCTTGAAGGTCGTT 569
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 TCGTCTATGGGAACATCGTGAAAGATTTGGGGCAGTACAATATCATTCTTGAAGGTCGTT 303
Query 570 CTGTAACTGATATTGTGAGTTCCACTGAGGGTAATCTTGAGGACTTGCCATTGGTATTGC 629
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 304 CTGTAACTGATATTGTGAGTACCACTGAGGGTAATCTTGAGGACTTGCCATTGGTACTGC 363
Query 630 ACTCAGTTAACAGAACAATAGAGGAATGTCTATCCTCTCTAGACATAGTATCTCTCCCCC 689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 364 ACTCAGTTAACAGAACAATAGAGGAATGTCTATCCTCTCTAGACATAGTATCTCTCCCCC 423
Query 690 TGGCTGCTGTAGATTTGCCGGTGGAAGTAAAGCGATTGTTGCAGCTGCTGCTAAAAATCT 749
| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 424 TCGCTACTGTAGATGTGCCTGTGGAAGTAAAGCGATTGTTGCAGCTGCTGCTAAAAGTCT 483
Query 750 TTGATAAGCTAGCTACTAATGATGTAGTAAATAAATTTGTGGATACGGTAGTGTCTGGGG 809
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 TTGATAAGCTAGCTACTAGTGATGTAGTAAATAAATTTGTGGATACGGTAGTGTCTGGGG 543
Query 810 TCTCCTCGTATGTCACAGACAATGTAGATTTCTTTTTAAAGAATAAGAATTGTTCGGCTG 869
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 544 TCTCGTCTTATGTCACAGACAATGTAGATTTCTTTTTAAAGAATAAGAATTGTCCGGCCG 603
Query 870 TGACCAGTTCCCTAGATTCTGGGTTATTCCATGATATAGTTGACAGGGTTAAGGAAGATA 929
|| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||| |
Sbjct 604 TGGCCAGTTCCGTAGATTCTGGGTTATTTCATGATATAATTGACAAGGTTAAGAAAGAAA 663
Query 930 TTCTTGATCTCAATGAAATTCAAGAATCAGATGTGGCACTTGGATTGTTCAGCTTTCTTG 989
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||
Sbjct 664 TTCTTGATCTCAATGAAATTCAAGAATCAGATGTGGCACTAGGAGTGTTCAGTTTTCTTG 723
Query 990 AATCAGAGACTTATTTGGCTACTTCCCAACAATTGGTTGTTATGTTGAGCCCATATATTC 1049
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 724 AATCAGAGACTTGTTTGGCTACTTCACAACAATTGGTTGATATGTTGAGCCCATATATTC 783
Query 1050 AGTTTGAAAGAGATTCCTTATGTACTGTCCTTCCAAAACTTTCAAAGGGGAAAGCCACTC 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 784 AGTTTGAAAGAGATTCCTTATGTACTGTCCTTCCACAGCTTTCAAAGGGAAAAGCCACTC 843
Query 1110 TTTTAGGTTTAAGTTTGGCCTTCTTATTATGCTCTGGCCGAGAAGGCTGCCTCCAATTTG 1169
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 844 TTTTGGGTTTAAGTTTGGCCTTCTTATTATGCTCTGGCCGAGAAGGCTGCCTCCAATTTG 903
Query 1170 TCAATTCGGGTGGGATGGATCAACTTGTATATTTGTTTGGTCATGATGGTCAGAATTCTA 1229
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 904 TCAATTCCGGTGGGATGGATCAACTTGTATATTTGTTTGGTCATGATGTTCAGAATTCTA 963
Query 1230 CCACCATTACTTTGCTGTTGCTTGGAGTTGTTGAGCAGGCTACACGCCATTCAGTTGGGT 1289
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 CCACCATTACATTGTTGTTGCTTGGAGTTGTTGAGCAGGCTACACGCCATTCAGTTGGGT 1023
Query 1290 GTGAAGGATTTTTAGGTTGGTGGCCTCGTGAGGATGGAAGTATCCCATCTGGTAAGAGTG 1349
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1024 GTGAAGGATTTTTAGGTTGGTGGCCTCGTGAGGATGGAAGTATCCCATCTGGGAAGAGTG 1083
Query 1350 AGGGCTACTGTCTTCTGTTGAAATTACTTATGCAGAAACCATGCCATGAGATTGCCTCTC 1409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 AGGGCTACTGTCTTCTGTTGAAATTACTTATGCAGAAACCATGCCATGAGATTGCCTCTC 1143
Query 1410 TTGCAATTTATATTCTTCGTCGTTTGAGAATTTACGAGGTTATATCAAGATATGAGTTTG 1469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 TTGCAATTTATATTCTTCGTCGTTTGAGAATTTACGAGGTTATATCAAGATATGAGTTTG 1203
Query 1470 CAGTGTTGTCAGCACTGGAAGGTCTCTCTAATTCTCATGGGGCTGCAACTCATAATCTGA 1529
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1204 CAGTGTTGTCAGCATTGGAAGGTCTCTCCAATTCTCATGCGGCTGCAACTCATAATCTGG 1263
Query 1530 ATATGCTATCTGATGCTAAGTCACAACTTCAAAAGCTCCAGAACCTGATGAAGTCACTTG 1589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 ATATGCTATCTGATGCTAAGTCACAACTTCAAAAGCTCCAGAACCTGATGAAGTCACTTG 1323
Query 1590 GATCAGTTGAAGATCCCTCACCATCAGCCTACGCAGAAAGAAGTTTGGTTTCTGATCATT 1649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 GATCAGTTGAAGATCCCTCACCATCAGCCTACGCAGAAAGAAGTTTGGTTTCTGATCATT 1383
Query 1650 CTGAAGGGTGGTTGTCATACAAAGCCACAAGTAAACTAACTTCTTCATGGACATGTCCCT 1709
| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |
Sbjct 1384 CGGAAGGCTGGTTGTCATACAAAGCCACGAGTAAACTAACTGCTTCATGGGCATGTCCGT 1443
Query 1710 TTTATAGCTCTGGAATTGATTCGCACATATTGGCACTTCTGAAGGAGCGGGGTTTTCTTC 1769
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1444 TTTATAGCTCTGGAATTGATTCGCACATGTTGGCACTTCTGACGGAGCGGGGTTTTCTTC 1503
Query 1770 CTTTGTCAGCAGCGCTTCTCTCAATGCCTGAATTGCATTCTAAAGTTGGAGATATTATGG 1829
||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1504 CTTTGTCAGCAGCACTTCTCTCAATGCCTGGATTGCATTCTAAAGTTGGAGACATTATGG 1563
Query 1830 ATGTCTTTACTGATATCGCAATGTTTATTGGGAACATAATTCTTTCATTTATGTTTTCAC 1889
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1564 ATGTCTTTACTGATATCGCAATGTTTATTGGCAACATAATTCTTTCATTGATGTTTTCAC 1623
Query 1890 GCACAGGATTGAGCTTTTTGCTACATCATCCTGAACTGACTGCTACAATAATACAATCTC 1949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 GCACAGGATTGAGCTTTTTGCTACATCATCCTGAACTGACTGCTACAATAATACAATCTC 1683
Query 1950 TGAAGGGATCCGTCGATCTGAACAAGGAGGAGTGTGTCCCCCTCCACTATGCTTCAATTT 2009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 TGAAGGGATCCGTCGATCTGAACAAGGAGGAGTGTGTCCCCCTCCACTATGCTTCAATTT 1743
Query 2010 TAATATCCAAGGGTTTTACTTGCAGCTTACTGGAAATTGGAATAAATCTTGAGATGCATT 2069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744 TAATATCCAAGGGTTTTACTTGCAGCTTACTGGAAATTGGAATAAATCTTGAGATGCATT 1803
Query 2070 TGAGGGTGGTGAGTGCAGTAGATCGTTTGCTCAAGTCGATACAGCAAACAGAAGAATTTC 2129
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1804 TGAGGGTGGTGAGTGCGGTAGATCGTTTGCTCAAGTCGACACAACAAACAGAAGAATTTC 1863
Query 2130 TATGGATTTTATGGGAGTTGCGTGATGTTTCTAGGTCTGATTGTGGGCGTGAAGCTTTAT 2189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 TATGGATTTTATGGGAGTTGCGTGATGTTTCTAGGTCTGATTGTGGGCGTGAAGCTTTAT 1923
Query 2190 TGACGTTAGGTGTTTTTCCAGAGGCTTTAGCAGTCTTGATTGAAGCTTTGCATTCAGCTA 2249
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1924 TGACGTTAGGTGTTTTTCCAGAGGCTTTAGTAGTCTTGATTGAAGCTTTGCATTCAGCCA 1983
Query 2250 AGGATATGGAGCCGGCAGTTGAAAATAGTGGAATTTCACCGCTTAATCTAGCAATATGTC 2309
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984 AGGATATGGAGCCAGCAGTTGAAAATAGTGGAATTTCACCGCTTAATCTAGCAATATGTC 2043
Query 2310 ACTCAGCTGCTGAGATTTTTGAGGTCATAGTCTCTGACTCAACTGCATCATGCTTGCATG 2369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 ACTCAGCTGCTGAGATTTTTGAGGTCATAGTCTCTGACTCAACTGCATCATGCTTGCATG 2103
Query 2370 CTTGGATTGAACATGCCCCAGTCCTTCATAAGGCCTTGCATACTTTGTCACCGGGTGGTT 2429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 CTTGGATTGAACATGCCCCAGTCCTTCATAAGGCCTTGCATACTTTGTCACCGGGTGGTT 2163
Query 2430 CTAATCGAAAAGATGCTCCTTCACGATTACTTAAATGGATTGATGCGGGTGTGGTTTATC 2489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 CTAATCGAAAAGATGCTCCTTCACGATTACTTAAATGGATTGATGCGGGTGTGGTTTATC 2223
Query 2490 ACAAACATGGCGTAGGTGGCCTTTTACGTTATGCTGCTGTCTTGGCTTCTGGAGGGGACG 2549
|||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 ACAAGCATGGTGTAGTTGGCCTTTTACGTTATGCTGCTGTCTTGGCTTCTGGAGGGGACG 2283
Query 2550 CCCAATTATCATCATCAAGCATCCTTGCACTCGATTTAACACCGGCTGAGAATGGTGCTG 2609
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2284 CCCAATTATCATCATCAAGCATCCTTGCACTGGATTTAACACAGGCTGAGAATGGTGCCG 2343
Query 2610 GAGAATCAACAAATGTCTCTGAGATGAACGTCCTAGATAATCTTGGAAAAGTTATCTTTG 2669
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 GAGAATCAACAAATGTCTCTGAGATGAACGTCCTCGATAATCTTGGAAAAGTTATCTTTG 2403
Query 2670 AGAAATCTTTTGAAGGTGTTAACCTTTCTGATTCATCAATTTCACAGTTGACAACAGCAC 2729
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2404 AGAAATCTTTCGAAGGTGTTAACCTTTCTGATTCATCAATTTCACAGTTGACAACAGCAC 2463
Query 2730 TTCGAATTTTAGCGCTGATTTCAGATAATTCA 2761
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2464 TTCGAATTTTAGCGCTGATTTCAGATAATTCA 2495
Score = 3616 bits (1958), Expect = 0.0
Identities = 2191/2303 (95%), Gaps = 18/2303 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4355 AAGGTTGCAGCACTAAAATCTCTTTTTGGCCTTCCAAGTGAGTTTAGTGGTACAGACACT 4414
|||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3924 AAGGTTGCAGGACTAAAATCCCTCTTTGGCCTTCCAAGTGAGTTTAGTGGTACAGACACT 3983
Query 4415 TTTAGAGAGGAAAACATTGGTTTGATTGAACAGATGGTGACACTGTTGAGTTCAATGACT 4474
|||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 3984 TTTAGAGAGGAAAATATTGGTTTTATTGAACAAATGGTGACATTGTTGAGTTCAACGACT 4043
Query 4475 TCGGGGTCTGATAGTTCCGCAACAGCTGAGATGAAACCCTATTTGCATGAGGCATCTCAG 4534
|| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4044 TCTGGATCTGATAGTTCCGAAACAGCTGAGATGAAGCCCTATTTGCATGAGGCATCTCGG 4103
Query 4535 TCGTTGCTGTCGTTGCTAAAAGACGGGAATATTGATGATATTATCTCCTGCAAAGGTGTT 4594
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4104 TCGTTGCTGTCGTTGCTAAAAGATGGGAATATTGATGATATTATCTCCTGCAAAGGTGTT 4163
Query 4595 TTTGTTTCTCCTGGGAATCTTGATATGGATGA-TTTG-GTTTCTAGAAACATTGAAGATG 4652
||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| | ||||||||| || |
Sbjct 4164 CTTGTTTCTCCTGGGAATTTTGATATGGATGATTTTGACTTT-GA-AAACATTGAGGACG 4221
Query 4653 ATCTCTATCAAAGAGGACTTGAAGACAAGTTCTGGTGGGAATGTCCAGAAACATTACCTG 4712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4222 ATCTCTATCAAAGAGGACTTGAAGACAAGTTCTGGTGGGAATGTCCAGAAACATTACCTG 4281
Query 4713 AGCGTCTGCCCCAGTCATCTCTCCCTGCGAAAAGGAAACTACCAACTTTGGAGAGCTCTA 4772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4282 AGCGTCTGCCCCAGTCATCTCTCCCTGCGAAAAGGAAACTACCAACTTTGGAGAGCTCTA 4341
Query 4773 GCAGGCGTGCTAAAGGCGAAAACTCTTCTGTTGACATACCTACCCAAAATTCAATTCAAC 4832
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
Sbjct 4342 GCAGGCGTGCTAAAGGCGAAAACTCTTCTGTTGACATACCGACCCAAAATTCAGTTCACC 4401
Query 4833 GGG-GAATGGGTTCTGTATCCCTTCCTCCTGCTCCTACACGTAGAGATGCCTTTAGGCAG 4891
||| | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4402 GGGCG-CTGGGTTCTTTATCCCTTCCTCCTGCTCCCACACGTAGAGATACCTTTAGGCAG 4460
Query 4892 CGCAAGCCGAATACCAGCAGGCCTCCCTCTATGCATGTAGATGATTATGTTGCTAGGGAA 4951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4461 CGCAAGCCGAATACCAGCAGGCCTCCCTCTATGCATGTAGATGATTATGTTGCTAGGGAA 4520
Query 4952 AGAAGTGTTGATACAGCTGGTAATTCTAATGCAATAACCATTTCACGAGCAGGATCTAGC 5011
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4521 AGGAGTGTTGATACAGCTGGTAATTCTAATGCAATAACCATTTCACGAGCAGGATCTAGC 4580
Query 5012 AGTGGTAGACCTCCATCTATTCATGTTGATGAGTTTATGGCCAGACAGAGAGAACGAGGC 5071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4581 AGTGGTAGACCTCCATCTATTCATGTTGATGAGTTTATGGCCAGACAGAGAGAACGAGGC 4640
Query 5072 CAAAATCCCTCCACCATTGTGGTTGGAGAGGCTGTTGTGCAAGTGAAAAATCCTACTCCT 5131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4641 CAAAATCCCTCCACCATTGTGGTTGGAGAGGCTGTTGTGCAAGTGAAAAATCCTACTCCT 4700
Query 5132 GCTAGAGATACTGAAAAAGTTGCAGGTAAACCTAAACAATTCAAAGCCGATCCTGATGAT 5191
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4701 GCTAGAGATTCTGAAAAAGTTGCAGGTAAACCTAAACAATTCAAAGCCGATCCTGATGAT 4760
Query 5192 GATCTACAAGGAATAGATATAGTTTTTGATGGTGAGGAATGTGAAGGACCTGATGACAAG 5251
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4761 GATCTACAAGGAATAGATATAGTGTTTGATGGTGAGGAGTGTGAAGGACCTGATGACAAG 4820
Query 5252 TTGCCCTTTCTTCAGCCCGATGAGAACCTTATGCAGCCTGCTCCTGTCATGGTTGAACAA 5311
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4821 TTGCCCTTTCTTCAGCCAGATGAGAACCTTATGCAGCCTGCTCCTGTCATGGTTGAACAA 4880
Query 5312 AACTCTCCTCACTCTATTGTTGAAGAAACTGAGAGTGATGCAAATGGAAGTAGTCAATTC 5371
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4881 AACTCTCCTCACTCCATTGTTGAAGAAACCGAGAGTGATGCAAATGGAAGTAGTCAATTC 4940
Query 5372 TCTCACATGGGCACACCAGTGGCATCTAATGTTGACGAAAACGCTC-AGAGTGAATTTTC 5430
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||
Sbjct 4941 TCTCACATGGGCACACCAGTGGCATCTAATATTGACGAAAACG-TCCAGAGCGAATTTTC 4999
Query 5431 ATCAAGGATTTCAGTTTCACGCCCTGAGATGTCGTTGATTCGGGAACCAAGCATTTCTTC 5490
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5000 ATCAAGGATTTCAGTTTCACGCCCTGATATGTCGTTGATTCGGGAACCAAGCATTTCTTC 5059
Query 5491 AGACAGAAAATTTGTTGAGCAAGCAGACGAAGCAAAGAAAATGGCCCCTCTAAAGAGTGC 5550
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5060 AGACAGAAAATTTGTTGAGCAAGCAGACGAATCAAAGAAAATGGCCCCTCTAAAGAGTGC 5119
Query 5551 CGGCATATCTGAATCTGGGTTTATACCTGCTTATCA-CATGCCAGGATCTTCAGGACAAA 5609
||||||||||||||| | |||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5120 CGGCATATCTGAATCCGTGTTTGTACCTGCTTA-CAACATGCCAGGATCTTCAGGACAAA 5178
Query 5610 ATTCAATTGATCCTAGAGTGGGTCCTCAGGGTTTCTATTCAAAGAGTGGTCAGCAACATA 5669
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 5179 ATTTGATTGATCCTAGAGTGGGTCCTCAGGGCTTCTATTCAAAGAGTAGTCAGCAACACA 5238
Query 5670 CGGGCCATATTCATGGTGGATTCAGTGGTCGGGGGGTTTATGAACAGAAAGTGATGCCAA 5729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5239 CGGGCCATATTCATGGTGGATTCAGTGGTCGGGGGGTATATGAACAGAAAGTGATGCCAA 5298
Query 5730 ACCAACCTCCTTTACCCTTAGTGCCACCTCCATCAGTCTCACCTGTGATACCACATTCTT 5789
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5299 ACCAGCCTCCTTTACCCTTAGTGCCACCTCCATCAGTCTCACCTGTGATACCACATTCCT 5358
Query 5790 CTGATTCTCTTTCTAATCAATCCTCCCCGTTTATTAGTCATGGAACACAATCTTCAGGAG 5849
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5359 CTGATTCTCACTCTAATCAATCCTCCCCGTTTATTAGTCATGGAACACAATCTTCAGGAG 5418
Query 5850 GACCCACCCGGCTTATGCCACCGCTCCCTTCAGCAATTCCTCAGTACTCATCTAACCCAT 5909
|||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 5419 GACCCATCCGGCTTACGCCACCCCTCCCTTCAGCAATGCCCCAGTACTCATCTAACCCAT 5478
Query 5910 ATGCATCTTTACCACCAAGGACATCTACAGTTCAATCTTTTGGATACAACCACGCAGGCG 5969
|||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||
Sbjct 5479 ATGCCTCGTTACCACCAAGGACATCTACAACTCAATCTTTTGGATACAGCCAGGCCGGCG 5538
Query 5970 TAGGTACCACTGAACAACAACAGAGTGGCCCAACCATTGATCATCAGTCTGGCAATCTAT 6029
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5539 TAGGTACCACTGAACAACAACAGAGTGGGCCAGTCATTGATCATCAGTCTGGCAATCTAT 5598
Query 6030 CTGTT--A----CCGGAATGACGTCTTACCCTCCCC-CAAATTTAATGCCATCCCATAAT 6082
||||| | |||||||||| ||||||||||||| || ||||||| || ||||||||
Sbjct 5599 CTGTTTCAGGTACCGGAATGACCTCTTACCCTCCCCACAC-TTTAATGTCAGCCCATAAT 5657
Query 6083 TTTAGCAGGCCATCATCTCTCCCTGTGCCATTCTATGGAAATCCTTCGCATCAAGGAGGT 6142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5658 TTTAGCAGGCCATCATCTCTCCCTGTGCCATTCTATGCAAATCCTTCGCATCAAGGAGGT 5717
Query 6143 GATAAGCCGCAAACTATGTTGTTGGTTCCTTCCATTCCTCAATCACTCAATACACAGTCC 6202
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5718 GATAAGCCGCAAACTATGTTGTCGGTTCCCTCCATCCCTCAATCACTCAATCCACAGTCC 5777
Query 6203 ATCCCTCAGCTGCCATCGATGCAGCTTTCACAATTACAACGCCCTATGCAGCCTCCTCAG 6262
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5778 ATCCCTCAGCTGCAATCGATGCAGCTTTCACAGTTACAACGCCCTATGCAGCCTCCTCAG 5837
Query 6263 CACGTTAGACCACCCATACAGATATCTCAACCATCAGAGCAAGGAGTATCAATGCAAAAC 6322
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5838 CATGTTAGACCACCCATACAGATATCTCAACCATCAGAGCAAGGAGTATCAATGCAAAAC 5897
Query 6323 CCATTTCAGATTCCAATGCATCAGATGCAGCTGATGCAACAGACGCAAGTCCAGCCTTAC 6382
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5898 CCATTTCAGATTCCAATGCATCAAATGCAGATGATGCAACAGACGCAAGTCCAGCCGTAC 5957
Query 6383 TATCACCCTCCTCAACAACAAGAGATCTCCCAGGTGCAGCAACAGCAACAGCATCATGCT 6442
|||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5958 TATCACACTCCTCAACAGCAAGATCTCTCTCAGGTGCAGCAACAGCCACAGCATCATGCT 6017
Query 6443 GTTCAAGGTCAGCAAGGAGCTGGGACTTCCCAGCAACAAGAATCTGGAATGTCATTACAT 6502
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6018 GTTCAAGGTCAGCAAGGAGCTGGGACTTCTCAGCAACAAGAATCTGGAATGTCATTACAT 6077
Query 6503 GATTACTTCAAGTCCCCTGAAGCCATTCAGGCTCTATTAAGTGACCGTGACAAGCTGTGT 6562
|||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6078 GATTACTTCAAGTCTCCAGAAGCCATTCAGTCTCTATTAAGTGACCGTGACAAGCTGTGT 6137
Query 6563 CAGCTACTGGAACAACATCCAAAGTTAATGCAGATGCTTCAGGAAAAACTTGGGCAGCTA 6622
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6138 CAGCTTCTGGAACAACATCCAAAGTTAATGCAGATGCTTCAGGAAAAACTTGGGCAGCTA 6197
Query 6623 TGAGAAGAGAGAGACTTGTCAGC 6645
|||| |||||||||||| |||||
Sbjct 6198 TGAGGAGAGAGAGACTTTTCAGC 6220
Score = 2191 bits (1186), Expect = 0.0
Identities = 1264/1302 (97%), Gaps = 4/1302 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2995 GGGAACTAAGGAGCAGTACAGAAACACCAAATTGATGAAGGCACTCCTAAGGCTACATCG 3054
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2606 GGGAACTAAGGAGCAGTATAGAAACACCAAACTGATGAAGGCACTCCTAAGGCTACATCG 2665
Query 3055 GGAAGTCAGCCCGAAGCTAGCTGCTTGTGCAGCTGACTTGTCCTCCCATTATCCAGACTC 3114
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2666 GGAAGTCAGCCCGAAGCTAGCTGCTTGTGCAGCTGACTTGTCCTCCCATTATCCGGACTC 2725
Query 3115 TGCTCTTGGCTTTGGAGCAGTGTGCCACCTCATTGTGTCCGCCCTTGTCTGCTGGCCAGT 3174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726 TGCTCTTGGCTTTGGAGCAGTGTGCCACCTCATTGTGTCCGCCCTTGTCTGCTGGCCAGT 2785
Query 3175 TTATGGATGGATTCCTGGGCTATTCCACACTCTTCTTTCGGGTGTCCAGACGTCCTCTGT 3234
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2786 TTATGGATGGATTCCTGGACTATTCCACACTCTTCTTTCGGGTGTCCAGACGTCCTCTGT 2845
Query 3235 TCCTGCCTTGGGTCCAAAGGAGACCTGTAGCTTCCTCTGCATTCTAAGCGATATTCTCCC 3294
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2846 TCCTGCCTTGGGTCCAAAGGAGACCTGTAGTTTCCTCTGCATTCTAACCGATATTCTCCC 2905
Query 3295 CGAAGAAGGAGTCTGGTTTTGGAAGAGTGGCATGCCCTTATTAAGTGGTCTAAGAAAGTT 3354
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2906 TGAAGAAGGAGTCTGGTTTTGGAAGAGTGGCATGCCCTTATTAAGTGGTCTCAGAAAGTT 2965
Query 3355 GGCGGTTGGGACATTGATGGGTCCACAGAAGGAGAAACAGATCAACTGGTATCTGGAGCC 3414
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2966 GGCGGTTGGGACATTGATGGGTCCACAGAAGGAGAAACAGATCAACTGGTATCTGGAGGC 3025
Query 3415 TGGTCCACTTGAAAAGCTGATAAACCATTTGACACCTAATCTTGACAAGATTGCAAAGAT 3474
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3026 TGGTCCTCTTGAAAAGCTGATAAACCATTTGACACCTAATCTTGAAAAGATTGCAAAGAT 3085
Query 3475 TATCCAACATCATGCAGTATCTGCATTGGTGGTCATTCAGGATATGCTTCGGGTTTTCAT 3534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3086 TATCCAACATCATGCAGTATCTGCATTGGTGGTCATTCAGGATATGCTTCGGGTTTTCAT 3145
Query 3535 TGTTCGTATTGCATGTCAAAGGGTTGAACATGCTTCTATCCTTCTGAGGCCCATATTTTC 3594
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3146 AGTTCGTATTGCATGTCAAAGGGTTGAGCATGCTTCTATCCTTCTGAGGCCCATATTTTC 3205
Query 3595 ATCTATCAGAGATGGAATTTTGGATCAGTCATCAACAAGAGACACTGAAGCTTATATGGT 3654
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3206 ATCTATCAGAGATGGTATTTTGGATCAGTCATCAACAAGAGACACTGAAGCTTATATGGT 3265
Query 3655 CTACCGATATCTTAATTTTCTGGCTAGTTTATTAGAGCATCCGCATGCTAAGGGATTACT 3714
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3266 CTACAGATATCTTAATTTTCTGGCTAGTTTATTAGAGCACCCGCATGCTAAGGGATTACT 3325
Query 3715 GTTAGAGGAGGGTATTGTTCAACTGCTTGTGGAAGTTCTGGAAAGATGTTATGATGCCAC 3774
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3326 CTTAGAGGAGGGTATTGTTCAACTGCTTGTGGAAGTTCTGGAAAGATGTTATGATGCCAC 3385
Query 3775 TTATCCAAGTGAAAACAGGGTTCTAGAGTATGGAATTGTGTCCGCGTCTAGTGTGATTCA 3834
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3386 TTATCCAAGTGAAAACAGGGTTCTAGAGTATGGAATTGTGTCCGAGTCTAGTGTGATTCA 3445
Query 3835 GTGGTGTATTCCAGCTTTCAGATCGATCTCACTGCTATGCGATTCACAAGTGCCTCTCTT 3894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3446 GTGGTGTATTCCAGCTTTCAGATCGATCTCACTGCTATGTGATTCACAAGTGCCTCTCTT 3505
Query 3895 GTGCTTTCAGAAAAAAGAGCTATTGGCCAGTCTGAGTGCAAAAGATTGTGCATTGATATT 3954
|||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3506 GTGCTTTCAGAAGAAAGAGCTATTGGCCAGTTTGAGTGCAAAAGATTGTGCATTGAT-TT 3564
Query 3955 T-CCCTTTGTGCTGAAGTTCTGCCAGGTGTTGCCTGTTGGCAATGAGCTATTATCTTGTC 4013
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3565 TACCCTTTGTGCTGAAGTTCTGCCAGGTCTTGCCTGTTGGCAATGAGCTATTATCTTGTC 3624
Query 4014 TTGGCGCTTTCAAAGACCTGAGCTCATGTGGTGAAGGTCAAGATGGTCTGGTTTCACTTT 4073
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3625 TCGGCGCTTTCAAAGACCTGATCTCATGTGGTGAAGGTCAAGATGGTCTGGTTTCACTTT 3684
Query 4074 TGTTTCA-TCTGTTTTCTGGTACCGAAGAATCTGTATCTGAAAGGTGGTGTGACACTAAT 4132
||||||| | || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3685 TGTTTCAAT-TGCTTTCTGGTGCCGAAGAACCTGTATCTGAAAGGTGGTGTGACACTCAT 3743
Query 4133 AGTCTCAGTCTCGATCAACTAGATATGAAGAAAAATCCCCCTTTTCTGTCTTGCTGGATC 4192
| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3744 AATTTGAGTCTCGATCAACTAGAAATGAAGAAAAATCCCCCTTTTCTGTCTTGCTGGATC 3803
Query 4193 AAGTTATTGAACTCAATTAATTCAAAAGATGGTTTGTCTAGTCTTGCAATGAAGGCAGTA 4252
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3804 AAGTTATTGAACTCAATTAATTCAAAAGGTGGTTTGTCTAGTCTTGCAATTAAGGCAGTA 3863
Query 4253 AACGTTCTGAGCGTGGGCTCCATCAGATTATGCCTTGATGGT 4294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3864 AACGTTCTGAGCGTGGGCTCCATCAGATTATGCCTTGATGGT 3905
Score = 108 bits (58), Expect = 7e-22
Identities = 58/58 (100%), Gaps = 0/58 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2762 ACTGTTGCTGCTGCTTTATATGACGAGGGTGCGGTTACAGTTGTGTATGCTATCTTGG 2819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2550 ACTGTTGCTGCTGCTTTATATGACGAGGGTGCGGTTACAGTTGTGTATGCTATCTTGG 2607
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 261721929521
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5