BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G05970.1
Length=2354
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477894 jgi|Araly1|477894|fgenesh2_kg.3__595__AT3G05970.1 3770 0.0
> Ahg477894 jgi|Araly1|477894|fgenesh2_kg.3__595__AT3G05970.1
Length=2323
Score = 3770 bits (2041), Expect = 0.0
Identities = 2253/2350 (96%), Gaps = 36/2350 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 11 TCTTTCGGATCATTCTC-TC-CTCTGATTCCGAATCGGGTAA--ATTATTATGGATTCTT 66
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||
Sbjct 4 TCTTTCGGATCATTCTCTTCTCTCTGATTCCGAATCGGTTAATTATTATTATGGA---TT 60
Query 67 CTTCTTCGTCTTCCTCCGCCGCCGCACGCCGCCGTATCAACGCTATCCACTCTCACCTCG 126
|||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 CTTC-T--TCTTCCTCCGCCGCCGCACGCCGCCGCATCAACGCTATCCACTCTCATCTCG 117
Query 127 TCACCTCTTCTCGCTCTTCCCCTCTCCTCCGCTCCAATCCCACCGCCGGCGAGTTCTGTC 186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TCACCTCTTCTCGCTCTTCCCCTCTCCTCCGCTCCAATCCCACCGCCGGCGAGTTCTGTC 177
Query 187 TTGATAATGGCTATAGTGTTGTTCTTCCCGAGAAACTGAATACTGGCAGTTGGAACGTCT 246
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 178 TTGATAATGGCTACAGTGTTGTTCTTCCCGAGAAATTGAATACTGGCAATTGGAACGTCT 237
Query 247 ACAGATCTGCAAAATCTCCGTTCAAGCTCGTTAGCAGATTCCCAGATCATCCTGACATCG 306
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 ACAGATCTGCAAAGTCTCCGTTCAAGCTCGTTAGCAGATTCCCAGATCATCCTGACATCG 297
Query 307 CTACTCTCCATGACAATTTTGAGCATGCTGTTCATGATTTTCGAGATTACAAGTATTTAG 366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 298 CTACTCTCCATGACAATTTTGAGCATGCTGTTCATGATTTTCGGGATTACAAGTATTTAG 357
Query 367 GAACTCGTGTTCGTGTCGACGGAACTGTTGGAGACTACAAATGGATGACATATGGAGAAG 426
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 GAACTCGTGTTCGTGTTGACGGAACTGTTGGAGACTACAAATGGATGACATATGGAGAAG 417
Query 427 CTGGTACAGCAAGAACTGCTTTAGGTTCTGGTTTGGTTCATCACGGAATCCCCATGGGAT 486
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CTGGTACAGCAAGAACTGCTTTAGGTTCGGGTTTAGTTCATCACGGAATCCCCATGGGAT 477
Query 487 CTTCTGTTGGAATTTACTTCATCAATCGCCCAGAGTGGCTCATTGTTGATCATGCTTGTT 546
| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CATCTGTTGGAATTTACTTTATCAACCGCCCAGAGTGGCTCATTGTTGATCATGCTTGTT 537
Query 547 CTTCTTATTCTTATGTGTCTGTTCCTTTGTATGATACTCTTGGTCCTGATGCTGTGAAAT 606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 538 CTTCTTATTCTTATGTGTCTGTTCCTTTGTATGATACTCTTGGCCCTGATGCTGTAAAAT 597
Query 607 TTATTGTCAATCATGCAACTGTGCAAGCCATATTTTGTGTGGCAGAGACTTTAAACTCTT 666
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 598 TTATTGTCAATCATGCAACTGTCCAAGCCATATTTTGTGTGGCAGAGACTTTGAACTCTT 657
Query 667 TACTTAGCTGTTTGTCTGAGATGCCAAGTGTACGCCTGGTGGTGGTTGTTGGAGGGTT-A 725
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 658 TACTTAGCTGTTTGTCTGAGATGCCAAGTGTACGCCTGGTAGTGGTTGTTGGAGGGTTGA 717
Query 726 ATTGAATCTTTACCCTCGCTTCCCTCATCATCAGGAGTGAAAGTTGTATCCTATTCGGTG 785
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 718 A-TGAATCTTTACCCTCGCTTCCCTCATCAACAGGAGTGAAAGTTGTATCATATTCAGTG 776
Query 786 TTACTGAATCAGGGTCGTAGTAACCCTCAGCGATTTTTTCCACCAAAACCCGATGATGTT 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TTACTGAATCAGGGTCGTAGTAACCCTCAGCGATTTTTTCCACCAAAACCCGATGATGTT 836
Query 846 GCAACCATATGCTATACAAGCGGAACAACTGGGACACCCAAGGGAGTCGTATTAACTCAT 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 837 GCAACCATATGCTATACAAGCGGAACAACTGGGACACCCAAGGGAGTCGTACTAACCCAT 896
Query 906 GCAAACTTGATTGCCAATGTTGCTGGCTCCAGCTTTAGTGTGAAGTTTTTCTCTTCAGAT 965
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 897 GCAAACTTGATTGCAAATGTTGCTGGCTCCAGCTTTAGTGTGAAATTTTTCTCTTCAGAT 956
Query 966 GTTTACATTTCGTATCTTCCACTT-GCTCACATTTACGAACGAGCTAATCAGATCCTAAC 1024
||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GTTTACATTTCGTATCTTCCA-TTGGCACACATTTACGAACGAGCTAATCAGATCCTAAC 1015
Query 1025 AGTGTACTTTGGAGTTGCTGTTGGATTCTACCAAGGGGACAATATGAAACTACTGGATGA 1084
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GGTGTACTTTGGAGTTGCTGTTGGATTCTACCAAGGGGACAATATGAAACTACTGGATGA 1075
Query 1085 TTTGGCTGCTCTGAGACCTACTGTATTTAGCAGTGTCCCTCGATTATACAATAGAATATA 1144
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TTTGGCTGCTCTGAGACCTACTGTATTCAGCAGTGTCCCTCGATTATACAATAGAATATA 1135
Query 1145 TGCTGGTATCATTAATGCAGTAAAAACCTCTGGTGGTCTGAAAGAGAGACTCTTCAATGC 1204
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TGCTGGTATCATTAATGCAGTAAAAACCTCTGGTGGGCTGAAAGAGAGACTCTTCAATGC 1195
Query 1205 TGCCTATAATGCAAAGAAGCAGGCTCTCTTGAATGGAAAGAGTGCTTCTCCCATATGGGA 1264
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TGCCTATAATGCAAAGAAACAGGCTCTCTTGAATGGAAAGAGTGCTTCTCCCATATGGGA 1255
Query 1265 CAGGTTGGTATTTAATAAAATAAAGGACAGACTTGGAGGGCGGGTTCGTTTTATGACGTC 1324
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1256 CAGGTTGGTATTTAATAAGATAAAGGACAGGCTTGGAGGGCGTGTTCGTTTTATGACGTC 1315
Query 1325 TGGTGCTTCACCTCTCTCTCCTGAAGTGATGGAATTTTTGAAAGTATGCTTTGGAGGAAG 1384
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1316 TGGTGCTTCACCTCTGTCTCCTGAAGTGATGGAATTTTTGAAAATATGCTTTGGAGGAAG 1375
Query 1385 GGTAACAGAGGGATATGGAATGACTGAAACATCTTGTGTTATAAGTGGAATGGACGAGGG 1444
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GGTGACAGAGGGATATGGAATGACTGAAACATCTTGTGTTATAAGTGGAATGGACGAGGG 1435
Query 1445 TGATAACCTCACTGGACATGTTGGCTCTCCTAATCCAGCTTGTGAAGTAAAGCTTGTGGA 1504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TGATAACCTCACTGGACATGTTGGCTCTCCTAATCCAGCTTGTGAAGTAAAGCTTGTGGA 1495
Query 1505 TGTCCCAGAAATGAACTATACATCAGCGGATCAGCCCCATCCCCGTGGCGAAATATGTGT 1564
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TGTCCCGGAAATGAACTATACATCAGTGGATCAGCCCCATCCCCGTGGCGAAATATGTGT 1555
Query 1565 TAGGGGTCCTATCATTTTTACAGGCTATTACAAAGATGAAATTCAAACGAAAGAGGTGAT 1624
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TAGGGGTCCTATCATTTTTAGAGGCTATTACAAAGATGAAGTTCAAACGAAAGAGGTGAT 1615
Query 1625 TGATGAAGATGGATGGCTTCACACTGGAGATATAGGTCTGTGGCTGCCGGGAGGACGTCT 1684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TGATGAAGATGGATGGCTTCACACTGGAGATATAGGTCTATGGCTGCCGGGAGGACGTCT 1675
Query 1685 AAAAATTATTGACAGAAAGAAGAACATCTTCAAATTGGCGCAGGGGGAGTATATAGCTCC 1744
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1676 AAAAATTATTGACAGGAAGAAGAACATCTTCAAACTGGCGCAGGGCGAGTATATAGCTCC 1735
Query 1745 AGAGAAAATTGAAAACGTCTATGCCAAATGCAAATTTGTGGGCCAGTGCTTCATATATGG 1804
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1736 AGAGAAAATTGAAAACGTCTATGCTAAATGCAAATTTGTGGGCCAGTGCTTTATATATGG 1795
Query 1805 TGATAGCTTTAATTCATCATTGGTAGCTGTTGTATCGGTTGATCCAGATGTGCTGAAAAG 1864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TGATAGCTTTAATTCATCATTGGTAGCTGTTGTATCGGTTGATCCAGATGTGCTGAAAAG 1855
Query 1865 CTGGGCAGCTTCAGAAGGCATTAAGGGAGGAGATCTGAGAGAATTGTGTAATAATCCGAG 1924
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1856 CTGGGCTGCTTCAGAAGGCATTAAGGGAGGTGATCTGAGAGAATTGTGCAATAACCCGAG 1915
Query 1925 AGTGAAAGCAGCAGTACTATCTGACATGGACACTGTTGGAAGAGAAGCTCAGTTGAGAGG 1984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 AGTGAAAGCAGCAGTACTATCTGACATGGACACTGTTGGAAGAGAAGCTCAGTTGAGAGG 1975
Query 1985 CTTCGAGTTTGCAAAGGCTGTGACATTGGTGCTGGAACCATTTACTCTGGAAAATGGCTT 2044
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CTTTGAGTTTGCAAAGGCTGTGACATTGGTGCTGGAACCATTTACTCTGGAAAATGGCTT 2035
Query 2045 GTTGACTCCGACGTTCAAGATTAAGAGACCACAAGCAAAGGAATATTTCGCAGAAGCAAT 2104
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 GTTGACTCCGACATTCAAGATAAAGAGACCACAAGCAAAGGAATATTTCGCAGAAGCAAT 2095
Query 2105 AACAAACATGTACAAGGAGCTTGGTGCTTCTGATCCCTCTGCTAATAGAGGTTTGTGATG 2164
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || | |||||||||
Sbjct 2096 AACAAACATGTACAAGGAGCTTGGTGCTTCTG--------G-TAA-AG-G-TTTGTGATG 2143
Query 2165 ATGGTATAATCGTGTGATTAATAAAAAGCCTACGCAAAAGTTGTTTCTCCCACAAATTGT 2224
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2144 ATGGTATAATCGTGTGATTAATAAAAAGCCTATTCAAAAGTTGTTTTTCCTACAAATTGT 2203
Query 2225 ATTCTTTTTTGTTTTCTTGCTACATATTTATTGAATAGTAAAGGTAATAAAGGTGCTACA 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 ATTCTTTTTTGTTTTCTTGCTACATATTTATTGAATAGTAAAGGTAATAAAGGTGCTACA 2263
Query 2285 TTACATTAATGAAACTTTCTTACAGTACAATGTTTTCCCTCTGTAATAAAAAGGCAAAAC 2344
||| || |||||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2264 TTA-AT----GAAACTCT-TT----TACAATGTTTTCCCTGTGTAATAAAAAGGCAAAAC 2313
Query 2345 ATTCCCAATT 2354
|||| |||||
Sbjct 2314 ATTCACAATT 2323
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88674090360
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5