BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06290.1
Length=5175
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477928 jgi|Araly1|477928|fgenesh2_kg.3__629__AT3G06290.1 8035 0.0
> Ahg477928 jgi|Araly1|477928|fgenesh2_kg.3__629__AT3G06290.1
Length=5128
Score = 8035 bits (4351), Expect = 0.0
Identities = 4888/5144 (95%), Gaps = 50/5144 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTTTAGGCCTTTCGGGAAGGACTTAGGT-C--CGATGAGCTCTAAGCCAGCGCCG 57
||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| || |||||| |||||
Sbjct 1 ATGGCGTTTAGGCCTTTCGGGAAGGACGTAGGTCCGTCGATGAGTTCCAAGCCATCGCCG 60
Query 58 TTTACACCGTTCGGTGCTTCTTCAACCACTA-GATTGTAC-CTTTCTTTTTTATTCTTAC 115
||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||| ||||| |||| || | ||
Sbjct 61 TTTACACCGTTCGGTGCTTCTGCTCCCACTAGGTTTGTACTCTTTC-TTTTAATAC-TA- 117
Query 116 ACACTGCGAATGTTGGA-TTTGCTTGTAGTGATTCAT-CAATTCAACCACCGGCGTCTCA 173
||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||
Sbjct 118 ACACTGCGAGTTTTGGATTTTCCTTGTAGTGATTC-TCCAATTCAACCACCGTCTTCTCA 176
Query 174 AAACCATTCAGCCTTTGCAGGACAATCTTTTGGACCTGGTGGAATTCGAAGTGGTCCTTC 233
||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |
Sbjct 177 AAACCCTTCAGCCTTAGCAGGACAATCTTTTGGACCAGGTGGAATTCAAAGTGGTCCTCC 236
Query 234 AATTCAGCGAGCACCACCT-CTGTCGGCTTCTCAAAACCCT-CAGCTCTCTATAGGGAAA 291
| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| || | |||||||||||||
Sbjct 237 AGTTCAGCGAGCACCACCTCCT-TTGGCTTCTCAAAACCCTCCA-CCCTCTATAGGGAAA 294
Query 292 CCTTACCGACCAGGTGGGGTTCAAAGTGTTCCTCCAATTAATAGAATACCATCTCCGTCG 351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |
Sbjct 295 CCTTACCGACCAGGTGGGGTTCAAAGTGTTCCTCCAATTAATCGAACACCATCTCCGTTG 354
Query 352 GCTTTTCAAAATCCATCACCCTCCTCAGGACAACCTTACCAACCTGGTGGAATTCAAAGG 411
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GCTTTTCAAAATCCCTCACCCTCCTCAGGACAACCTTACCAACCTGGTGGAATTCAAAGG 414
Query 412 ATCCCAGAACCTTTCAATGGAATAGCATGGGGTCCAGAAGC--TT-CACGTACAAGCCCC 468
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||
Sbjct 415 TTCCCAGAACCTTTCAATGGAATAGCATGGGGTTCAGAAGCTTTTCCACGTCCAAGCCCC 474
Query 469 TCTGTGAGACCTTACCAATTTCCTGGAGTTCAGAGGCCTAATTTAAATCCTCAATATGGG 528
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 475 TCTGTGAGACCTTACCAATTTCCTGGAGTTCAAAGGCCTGCTTTAAATCCTCAATTTGGG 534
Query 529 CACGATGGATCAAGGAATTTCTTGAAAGATCATGGTGAACATAGTCGAGCCACGTCTCCA 588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 535 CACGATGGATCAAGGAATTTCTTGAAAGATCATGGTGAACATAGTCGAGCCACATCTCCA 594
Query 589 CCTGCTACATCTCACATTCTTTCCAGAATGGGAACTGATGCTGTTGAGATTGGTCGATCA 648
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 595 CCTGCTACATCTCACATTCTTTCCAGAATGGGAACTGATGCTGTTGAGATAGGTCGATCA 654
Query 649 CAAGATTCAAAAAGAAAAAGTCGGTCAGATATTCTTCCTGACCAGAATATGGGGTTTTCT 708
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||
Sbjct 655 CAAGATTCAAAAAGAAAAAGTCGGTCAGATATTCTTCCGGATCAGACTATGGGGTTTTCT 714
Query 709 CGAAGAAATCAATCGCCAGTATCAGGTTTTGAGAATGGAAACTTGGTAGATGGTTTTCAG 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 715 AGAAGAAATCAATCGCCAGTATCAGGTTTTGAGAATGGGAACTTGGTAGATGGTTTTCAG 774
Query 769 CCACTTTCTAGCCGAACTTGGATGCGCTCTCCGTCTTCTGCGGAGAATAATCCGGTGAGG 828
|||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 775 CCACCTTCTAGCCAAACTTGGATGCGCTCTCTGTCTTCTGCGGAGAATAATCCCGTGAGG 834
Query 829 TCGAGGAGCAATCCCAATCAGTTGATTCATCAAGAACAAACCGGAAACTCGTCATTCCCC 888
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 835 TCGAGGAGCAATCCCAATCGGTTGATTCATCAAGAACAAACCCGAAACTCGCCATTCCCC 894
Query 889 TATGCACATGAAGTAGCTGAAATTCAGGAAGCTACTAGAAGAAAGTCTTCGGCTGTAGCA 948
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 895 TATGCACATGAAGTAGCTGAAATTCAGGAAGCTACAAGAAGAAAGTCTTCGGCTATAGCA 954
Query 949 CCTTCTGATAAACCCCTTGGAGATGACCCCATATTGTCTCAACATGACTCTCAAAGGTTT 1008
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 CCTTCTGATAAACCCCTCGGAGATGACCCCATATTGTCTCAACATGACTCTCAAAGGTTT 1014
Query 1009 TCGACATCTCCACCTACGTCAGGCACAAAGTCATATACACTTTCAAGAAGTTCAGATTCT 1068
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TCGACATCTCCTCCTACGTCAGGCACAAAGACATATACGCTTTCAAGAAGTTCAGATTCT 1074
Query 1069 CAATTTCCTGGACAGCCCTCCTCTGTAAATAGTTTCAATAATGCGCGTAAGACAAACAGT 1128
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1075 CAATTTCCTGGGCAGCCCTCCTCTCTAAATAGTTTCAATAATGCGGGTAAGACAAGCAGT 1134
Query 1129 TCACCTGCAACAAAAAGGACGAGATCTCCACCTGTATATCCAATTGAAGAGGATATCCCG 1188
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1135 TCACCTGCAACAAAAAGGACGAGATCTCCACCTGTATATCCAGTTGAAGAGGATATCCAG 1194
Query 1189 CGAAACTCTTTCCCTTCTCAAGATTGTACAGAAGGAGAAGAGCAAGCCAGGGCAAAGAGA 1248
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 CGAAACTCTTTTCCTTCTCAAGATTGTACGGAAGGAGAAGAGCAAGCCAGGGCAAAGAGA 1254
Query 1249 CTGGCCCGCTTCAAGGGTGAACTGGAGCCTATTGCAGACCGACCTGTTGATATTCAACTT 1308
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1255 CTGGCCCGCTTCAAGGGTGAACTGGAGCCTATTGCAGACCGACCTGTTGATACTCAACTT 1314
Query 1309 ACTAAATCACCTGTAAATAAAACTATGAAGCCTCTGGACAACAAACAAACATTCAATTCG 1368
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 ACTAAATCACCTGTAAATAAAACTATGAAGCCTCTGGACAACAAACAAACATTCAATTCA 1374
Query 1369 CTTGAATCAAGTAGGGATGCCCTGAAGGGAGATGCCTTGCCTGATTATGAAAACTCGGAG 1428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1375 CTTGAATCAAGTAGGGATGCCCTGAAGGGAGATGCCTTGCCTGATTATGAAAGCTCGGAG 1434
Query 1429 CAGCCCTCTCTTATCATTGGAGTATGCCCTGACATGTGTCCTGAGTCAGAACGGGGGGAG 1488
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 CAGCCCTCTCTTATCATTGGATTATGCCCTGACATGTGTCCTGAGTCAGAACGGGGGGAG 1494
Query 1489 CGTGAGAGGAAGGGTGACTTGGACCATTATGAGCGTGTGGATGGAGATAGGAACCAGACA 1548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 CGTGAGAGGAAGGGTGACTTGGACCATTATGAGCGTGTGGATGGAGATAGGAACCAGACA 1554
Query 1549 AGCAAATCCCTTGCTGTGAAGAAATATACTAGGACGGCGGAGCGAGAAGCAATTTTGATA 1608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AGCAAATCCCTTGCTGTGAAGAAATATACTAGGACGGCGGAGCGAGAAGCAATTTTGATA 1614
Query 1609 CGACCAATGCCAATCCTGCAAAATACAATGGAATATTTGCTGAGTTTGCTAGACCGACCT 1668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 CGACCAATGCCAATCCTGCAAAATACAATGGAATATTTGCTGAGTTTGCTAGACCGACCT 1674
Query 1669 TACAATGAAAACTTTCTTGGCATGTACAATTTCTTATGGGATAGGATGAGAGCTATACGT 1728
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1675 TACAATGAAAACTTTCTTGGCATGTACAATTTCTTATGGGATAGGATGAGAGCTATTCGT 1734
Query 1729 ATGGATCTAAGAATGCAACATATTTTCAACCAAGAAGCTATTACTTTGCTGGAGCAAATG 1788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 ATGGATCTAAGAATGCAACATATTTTCAACCAAGAAGCTATTACTTTGCTGGAGCAAATG 1794
Query 1789 ATTAGACTTCACATCATTGCAATGCATGAGCTATGTGAATATACTAAAGGAGAGGGCTTT 1848
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1795 GTTAGACTTCACATCATTGCAATGCATGAACTATGTGAATATACGAAAGGAGAGGGCTTT 1854
Query 1849 TCGGAGGGGTTTGATGCACACCTGAATATTGAGCAGATGAACAAGACATCTGTTGAGTTG 1908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TCGGAGGGGTTTGATGCACACCTGAATATTGAGCAGATGAACAAGACATCTGTTGAGTTG 1914
Query 1909 TTTCAAATGTATGATGATCACAGGAAGAAAGGAATAACTGTTCCTACAGAAAAAGAGTTT 1968
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 CTTCAAATGTATGATGATCACAGGAAGAAAGGAATAACTGTTCCTACAGAAAAAGAGTTT 1974
Query 1969 CGTGGCTATTATGCCCTTCTCAAACTCGACAAGCATCCTGGCTATAAGGTTGAACCTTCA 2028
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 CGTGGCTATTATGCCCTTCTCAAACTCGACAAACATCCGGGCTATAAGGTTGAACCTTCA 2034
Query 2029 GAACTTTCTCTTGATCTTGCCAATATGACTCCAGAAATAAGGCAAACTTCAGAAGTTCTC 2088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GAACTTTCTCTTGATCTTGCCAATATGACTCCAGAAATAAGGCAAACTTCAGAAGTTCTC 2094
Query 2089 TTTGCCCGCAATGTAGCCAGAGCTTGCAGAACTGGCAACTTCATCGCCTTCTTTCGCCTT 2148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 TTTGCCCGCAATGTAGCCAGAGCTTGCAGAACTGGCAACTTCATCGCCTTCTTTCGCCTT 2154
Query 2149 GCACGGAAAGCAAGCTATCTTCAAGCATGTCTAATGCATGCTCATTTTTCGAAACTAAGA 2208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 GCACGGAAAGCAAGCTATCTTCAAGCATGTCTAATGCATGCTCATTTTTCGAAACTAAGA 2214
Query 2209 ACTCAGGCGCTTGCCTCTCTGCACTCGGGTCTCCAAATTAATCAGGGTCTCCCAGTTTCA 2268
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 ACTCAGGCACTTGCCTCTCTGCACTCGGGTCTCCAAATTAATCAGGGTCTCCCAGTTTCA 2274
Query 2269 GATATGTCAAATTGGATAGGGATGGAGGAAGAGGACATAGAAGCCCTGTTGGAGTACCAT 2328
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GATACGTCAAAGTGGATAGGGATGGAGGAAGAGGACATAGAAGCCCTGTTGGAGTACCAT 2334
Query 2329 GGGTTTTCGATAAAGGTTTTTGAAGAGCCATACATGGTAAAAAATGACCTATTTCTCCAT 2388
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 GGGTTTTCGATAAAGGTGTTTGAAGAGCCATACATGGTAAAAAATGACCTATTTCTCCAT 2394
Query 2389 GCTGATAAGGATTACAAAACAAAATGCTCAAAACTTGTTCACATGAAAAAGTCAAGAACC 2448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2395 GCTGATAAGGATTACAAAACAAAATGCTCAAAACTTGTTCACATGAAGAAGTCAAGAACC 2454
Query 2449 ATAGTGGAAGATGTTTCTGCTCCCACAGTAGTGGAAGATGTTTCTACTCCCTTTCCATTG 2508
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2455 ATAGTGGAAGATGTTTCTGCTCCCTCAGTAGAGGAAGATGTTTCTACTCCCTCTCCATTG 2514
Query 2509 CCTTCCTTGATCACAGAAGCAACTATCGGAAATCAACAGTGTATTACCGCCCATAAACAC 2568
|||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 CCTTCCTTGATCACAGAAACAACTAACAGAAATCAACAGTGTATTACCGCCCATAAACAG 2574
Query 2569 GAAATGCCGCCTGCGAGAAGTCTTAAGAAACAAACATCAATGCGTCTATTTGATAAAGAA 2628
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 GAAATGCCGCCTGCCAGAAGTCTTAAGAAACAAACATCAATGCGTCTATTTGATAAAGAA 2634
Query 2629 GTGGCTGACTCCAAGACTTCCCTCTTAGCAGAGGAGGACAAGCCAATGGGGACATTTGTT 2688
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || || ||||| ||
Sbjct 2635 ATGGCTGACTCCAAGACTTCCCTCTCACCAGAGGAGGACAAGCCAGTGAGGCCATTTATT 2694
Query 2689 ATGAATCCACCAGGGCCATTCGTTATAAATCCAGTGGTGCATCAAGAGAAACAAAATGAC 2748
|| |||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2695 ATAAATCCAGCAGGGCCATCCTTTATAAATCCAGTTGTGCATCAACAGAAACAAAATCAC 2754
Query 2749 CTTACATCAGCTGGTGGATTTCATTCTCCCGTGAAGCTATATTCTCCTTTTGGTTCCCCT 2808
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2755 CTTACATCAGCTGGTGGATTTCATTCTCCCGTGAAGCTATATTCTCCTATTGTTTCCCCT 2814
Query 2809 AAATTTCCTCAAACTAAATCGTCGAATTTGGAGAAACAACCTAATGACGATCGCATCGGT 2868
| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2815 AGATTTCCTCAAACTAAATCCTTGAATTTGGAGAAACAACCTAATGACGGTCGCATTGGT 2874
Query 2869 ATGTCTCCTGGGGAAATTAAATTTTCAATCATAGGGGATGTATATACGAATCATGTGCCT 2928
|||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2875 ATGTCTCCTGGGGAAATTAAATTTCCATTTGCAGGGGATGTACATACGAATCATGTGCCT 2934
Query 2929 GGACCAGCTTTGCAACAAAGTCCGAAGTCTATGCCAATGGAGATTATGCCTGTAACTACC 2988
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 GGACCAGCTTTGCAACAAAGTCTGAAGTCTATGCCAATGGAGATTATGCCTGTAACTACC 2994
Query 2989 ATTGCAGAGTGTCCGACAAGTGTAGAAAACAAATATGCTTTGGAAGAATCAGTACCGGAG 3048
|||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2995 ATTGCAGAGTCTCCGAC---TGTAGAAAACAAATATGCTTTGGAAGAATCCGTACCTGAA 3051
Query 3049 GCTGCAATGATTTGTACCTTGGAAAAGGAGTTCAATGACATTGACGAGGAAGACGAGGAT 3108
|||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 3052 GCTGCAATTATTTGTACCTTGGAAAAGGACTTCCATGACATTGACCAGGAAGATGAGGAT 3111
Query 3109 GAGGATGGGGTCATCTTAAATCAGTATGATGAGGAAGTGGCGAAAGCAAAACTCAAGTTG 3168
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3112 GAGAATGGGGTCATCTTAAATCAGTATGATGAGGAAGTGGCGAAGGCAAAACTCAAGTTG 3171
Query 3169 ATCATAAGATTATGGAAGCGGTGGTCTTCACGTCAAAGTGAATTGCGGGAGCGTCGACAG 3228
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 ATAATAAGATTATGGAAGCGGTGGTCTTCACGTCAAAGTGAATTGCGGGAGCGTCGACAG 3231
Query 3229 TTAGCAGCAGCTGCTGCACTGAATTCACTATCCCTGGGTACTCCTATCCGATTTAGCAAA 3288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3232 TTAGCAGCAGCTGCTGCACTGAATTCACTATCCCTGGGTACTCCTATCCGATTTAGCAAA 3291
Query 3289 ACTGATCAATCGAGGGCGTGTGGTGAGTTTAACATTGATCAAGCCATGAGGAGGAGATTT 3348
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3292 ACTGAGCAATCAAGGGCGTGTGGTGAGTTTAACATTGATCAAGCCATGAAGAGGAGATTT 3351
Query 3349 GAAGAACGTGAGAAATCATGGTCAAGGCTGAATATTTCTGATGTGATAGCTGATATACTA 3408
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3352 GAAGAACACGAGAAATCATGGTCAAGGCTGAATATTTCAGATGTGATAGCTGATATACTA 3411
Query 3409 GTTGGAAGGAATCCAGAATCAAAATGCATAAGCTGGAAGGTCGTCTTATGTACTCAGACT 3468
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3412 GTTGGAAGGAATCCAGAATCAAAATGCATATGCTGGAAGGTCATCTTATGTACTCAGACT 3471
Query 3469 AAATCAGTAAACTCATCATCTTCTGCAAGTCAGGTTACGCATTCAGCAGCCAGTCGATGG 3528
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3472 AAATCAGTAAACACAGCATCTTCTGCAAGTCAGGTTACACATTCAGCAGCCAGTCGATGG 3531
Query 3529 TTATCATCAAAGCTTATGCCTCATGCAGAACATAGTAGTCTCAACGATGATAATCTGCTG 3588
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 3532 TTATCATCAAAGCTTATGCCTCATGCAGAACATAGT---CTCAATGATGATAATCTGCTG 3588
Query 3589 TTTTCAGCTCCCGGCGTGTCTGTATGGAACAAATGGGTTGCAAATGGGTCTGATATAGAT 3648
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3589 TTTTCAGCTCCCGGTGTGTCGGTATGGAACAAATGGGTTGCAAATGGGTCTGACATAGAT 3648
Query 3649 TTCACATGCTGTCTCTCAGTAGCTAGGGATGTGGAGGCTGAGAATGATATGTGTGAAACA 3708
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3649 TTCACATGCTGTCTCTCAGTAGCTAGAGATGTGGAGGCTGAGAATGATATGTGTGAAACA 3708
Query 3709 ACATGTGGTGCAAGTGCAGTCCTTTTCCTTGCATCTGGAGGCCTCCCTTTGAATCTTCAG 3768
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3709 ACATGTGGTGCAAGTGCAGTCCTTTTCCTTGCATCTGGAGGCCTCCCTTTAAATCTTCAG 3768
Query 3769 AGAGAACAGCTTAACCTCATTCTTGAATCAGTACCCAACGGTTCAGTTCTTCCCCTTCTC 3828
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3769 AGAGAACAGCTTAACCGCATTCTTGAATCAGTACCCAACGGTTCAGTTCTTCCCCTTCTC 3828
Query 3829 GTAGTAATTAGCTCATGCAATGGGGAACACATGGAGCCTGATACCGA-CATTGTCTCGGG 3887
|||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 3829 GTAGTAATCAGCTCATGCAATGGGGAACATACGGAGCCTGATACCGATC-TCGTCTCGGG 3887
Query 3888 ATTAGGCCTCCATGATATTGACAAGTCAAAGATAGCAAGCTTTTCCATCGTTTCTATTGC 3947
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3888 ACTAGGCCTCCATGATATTGACAAGTCAAAGATTGCAAGCTTTTCCATCGTTTCTATTGC 3947
Query 3948 TAATAAGTCCCAAAAGGGGCAGGAAGTTCATTTTTTCAATGATTCACGGCTAAGAGATGG 4007
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3948 TAATAAGTCGCAAAAGGGGCAGGAAGTTCGTTTTTTCAACGATTCACGGCTAAGAGATGG 4007
Query 4008 GTTTAAATGGCTAGCAAGCAATTCACCTCTGCAACCAAATCTTCATCATGTTAAACTCCG 4067
| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4008 GATTAAATGGCTGGCGAGCAATTCACCACTGCAACCAAATCTTCATCATGTTAAACCCCG 4067
Query 4068 GGAACTGTTTCTGACCCATTTCAGTTTTTCCTTGGAGTTGCTTAAGCAGATGCCAGATCA 4127
||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4068 GGAACTGGTTCTGACTCATTTCAGTTTTTCCCTGGAGTTGCTTAAGCAGATGCCAGATCA 4127
Query 4128 GGAGGTTGGTCCTAACATCTGCATATCAGCCTTCAACGACGCATTGGAAACATCACGAAG 4187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4128 GGAGGTTGGTCCTAACATCTGCATATCAGCCTTCAACGACGCATTGGAAACATCACGAAG 4187
Query 4188 AAACATCACTTCTGCTGCTGAAGCAAATCCCATCGGTTGGCCTTGCC-CTGAGAC-AATG 4245
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| || |
Sbjct 4188 AAACATCACTTCTGCTGCTGAAGCAAATCCAATCGGTTGGCCTTGCCAC-GAGACGAA-G 4245
Query 4246 TTGCTCGAGGATAATAGAAAAGAATGTTTAATGGTCAAGCGGTATCTTCCCAACCTGGAC 4305
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4246 TTGCTCGAGGATAATAGAAAAGAACGTTTAATGGTGAAGCGGTATCTTCCCAACCTGGAC 4305
Query 4306 TGGAGCAGTGCAGAGAACGTCGAACTACTCAGTTCCGTGCTAGAGAATTGTAAGCTCCCA 4365
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4306 TGGAGCAGTGCAGAGAACGTCGAACCACTCAACTCCGTGCTAGAGAATTGTAAGCTCCCA 4365
Query 4366 GATTTTGAAGATGATTTGACATGGCTAACCGTAGGATGTGCTTCTGGTGCTGAGATAGAG 4425
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4366 TATTTTGAAGATGATTTGACATGGTTAACCGTAGGATGTGCTTCTGGTGCTGAGATAGAG 4425
Query 4426 AACCACACGCAAAGGCTTGAGGGATGCTTAATTGAGTACTTAACACAGAGAAGCAATCTT 4485
||||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4426 AACCATACGCAACGGCTCGAGGGATGCTTAGTTGAGTACTTAACACAGAGAAGCAATCTT 4485
Query 4486 ATGGGAGTCTCATTAGCTACTAAAGAAACAGGAGTGATGCTAGAAAGAAACACTAGACTC 4545
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4486 ATGGGAGTCTCATTAGCTACCAAAGAAACAGGAGTGATGCTAGAAAGAAACACTAGACTC 4545
Query 4546 GAACTCCATAACTCAAGCCGCTACCATATCACCCCGAGATGGATTGGTATCTTCCAGAGG 4605
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4546 GAACTCCATAACTCAAGCCGCTACCATATCATCCCAAGATGGATTGGTATCTTCCAGAGG 4605
Query 4606 ATCTTCAACTGGCGGATAATGGGTTTGTTTGATGCATCATCTTCCTCAGCTTACGTACTG 4665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4606 ATCTTCAACTGGCGGATAATGGGTTTGTTTGATGCATCGTCTTCCTCAGCTTACGTACTG 4665
Query 4666 AAGTCTGATCTCAACATGTCAACTTCAAGCTATGCAGATAAATTCTTGGCTGAAGATGCA 4725
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4666 AAGTCTGATCTCACCATGTCAACTTCAAGCTATGCAGATAAATTCTTGGCTGAAGATGCA 4725
Query 4726 TCATACCCATCTTGTCCTCCAAATCTTCCATTGCTTCATGAAATGATAGAAATCAGCTGC 4785
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4726 TCATACCCATCTTCTCGTCCAAATCTTCCATTGCTTCATGAAATGATACAAATCAGCTGC 4785
Query 4786 AGCCCCTTGAAGTCGCCTCCTCCATATGATGACAAAGCCCAGAGAGTTGT----T-G--- 4837
|||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |
Sbjct 4786 AGCCCCTTCAAGTCGTCTCCTCGATATGATCACAAAGCCCAGAGAGTTGTCGAATCGGTT 4845
Query 4838 -AGACAGGAATGCTCATCGATGATCATAGAGATATAGAGGAATCGA-TGTTGGAAAAGAA 4895
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| || || | | ||||| ||||
Sbjct 4846 GAGACAGAAATGGTCATCGATGATCATAGAGATATAGACGAGTCTACT-TTGGAGAAGAG 4904
Query 4896 CAGAGAAGCTTGTCGAGGTATTGATCTGATGATAACTGAGGATGATGAGTTAGGCga-g- 4953
||| ||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 4905 CAGCGAAGCTTATAGAGGGACGGATCTGATGATAACTGAGGATGATGAGTTAGCCGATGG 4964
Query 4954 a---gat----catggagaagtaaaggtagagaagcggcagagaagaagacgatagagaa 5006
| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4965 AACCGATAGATCATGGAGAAGTAAAGGTAAAGAAGCGGCAGAGAAGAAGACGATAGAGAA 5024
Query 5007 gagagagagtgagagattagaTGAATTGTTGGAAAAATGTAACATGGTACAGAATAGCAT 5066
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 5025 GCGAGAGAGTGAGAGATTAGATGAATTGTTGGAGAAATGTAACTTGGTACAGAGTAGCAT 5084
Query 5067 AGCCGAGAAGCTCTGTATTTACTTCTGATTTTCGTCAGCCCTTT 5110
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 5085 AGCCGAGAAGCTCTGTATTTACTTCTGATTTTCTTCAACCCTTT 5128
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 195920385804
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5