BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06350.1
Length=2096
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477938 jgi|Araly1|477938|fgenesh2_kg.3__639__AT3G06350.1 2915 0.0
> Ahg477938 jgi|Araly1|477938|fgenesh2_kg.3__639__AT3G06350.1
Length=1920
Score = 2915 bits (1578), Expect = 0.0
Identities = 1782/1881 (95%), Gaps = 12/1881 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 TCTCAATGGCAGCTTCTTCAACTAATGCTCGTCTCACCAACCCTCCTCGTCTACTCTCCA 113
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 23 TCTCAATGGCAGCTTCTTCAACTAATGCTCGTCTCACCAACCCTCCTCATGTACTCTCCA 82
Query 114 AACCCCGACTTTCACCTACCTCCGTCGCCAATCTCCGTTTTCCAGCCGCCGATTTCTCC- 172
|||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 83 AACCCCGACTCTCACCAACCTCCGTCGTGAATCTCCGTTTTCCAGCCGCCGATTTC-CCT 141
Query 173 ACT-CGCTTCTTTGCCGATTCTTCGTCCCCGCGGCTAAGGAGTGTACCGTTTCCGGTGGT 231
| | ||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 142 A-TCCGCTTATCTGCCGGTTCTTCGTTCCCGCAACTAAGGAGTGTGCCGTTTCCGGTGGT 200
Query 232 ATTTTCCGATCAAAGGCGCCGGCGAAGCATGGAACCTAGCAATGTCTATGTGGCTTCAAA 291
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 ATTTCCCGATCGAAGGCGCCGGCGAAGCATGGAACGTAGCAATGTCTATGTGGCTTCAAA 260
Query 292 TTCCACGGAAATGGAGATCGGAAGTCATGATATCGTGAAGAATCCGAGCTTGATCTGTGC 351
|||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 TTCCACGGAAATGGAGATTGGAAGTCAAGATATTGTGAAGAATCCGAGCTTGATCTGTGC 320
Query 352 TCCAGTGATGGCGGATTCAATAGACAAGATGGTGATTGAAACGAGT-AAAGCCCATGAAT 410
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 321 TCCAGTGATGGCGGATTCAATTGACAAGATGGTGATTGAAACG-TTCAAAGCCCATGAAT 379
Query 411 TGGGTGCAGACTTGGTTGAAATTCGATTAGATTGGCTAAAGGACTTCAATCCTCTTGAGG 470
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 380 TGGGTGCTGACTTGGTTGAAATTCGATTAGATTGGCTAAAGGATTTCAACCCTCTTGAGG 439
Query 471 ATCTAAAAACCATTATTAAGAAATCTCCTCTACCCACTTTATTCACCTACAGACCAAAAT 530
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 440 ATCTCAAAACCATTATTAAGAAATCTCCTCTGCCCACTCTCTTCACCTACAGACCAAAAT 499
Query 531 GGGAAGGTGGTCAGTATGAAGGTGATGAAAATGAGAGACGGGATGTGCTTCGTCTGGCCA 590
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 500 GGGAAGGTGGTCAATATGAAGGTGATGAAAACGAGAGACAGGATGTGCTTCGTCTGGCCA 559
Query 591 TGGAGTTGGGAGCTGATTATATTGATGTTGAACTTCAGGTGGCAAGTGAGTTCATCAAAT 650
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 TGGAGTTGGGAGCTGATTACATTGATGTTGAACTTCAGGTGGCAAGTGAGTTCATCAAAT 619
Query 651 CTATTGACGGAAAGAAGCCTGGAAAG-TTCAAAGTAATTGTTTCATCGCACAACTATCAG 709
|||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 620 CTATTGACGGAAAGAAGCCT-GAAAGTTTCAGAGTAATTGTTTCATCGCACAACTATAAG 678
Query 710 AATACCCCTTCTGTTGAGGACCTTGATGGCCTTGTTGCAAGAATACAACAGACTGGAGCC 769
||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 679 AATACTCCTTCTGTTGAGGATCTCAATGACCTTGTTGCAAGAATACAACTGACTGGAGCC 738
Query 770 GACATTGTTAAGATTGCTACTACTGCTGTGGACATTGCAGATGTTGCTCGCATGTTCCAT 829
||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 739 GACATAGTGAAGATTGCTACTACTGCTGTGGACGTTGCAGATGTTGCTCGCATGTTCCAT 798
Query 830 ATAACCTCAAAAGCTCAAGTTCCCACAATTGGACTTGTTATGGGTGAAAGAGGTTTGATG 889
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||
Sbjct 799 ATAACCTCAAATGCTCAAGTTCCTACAATTGGACTTGTTATGGGCGAGCGAGGTTTAATG 858
Query 890 TCTCGGATTCTTTGTTCGAAATTTGGTGGTTATTTGACCTTTGGCACCTTAGATTCTAGT 949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 859 TCTCGGATTCTTTGTTCGAAATTTGGTGGTTATTTGACCTTTGGCACCTTAGATTCTGGG 918
Query 950 AAAGTTTCTGCGCCAGGTCAACCAACGATCAAGGATCTGTTGGATCTTTACAACTTTAGA 1009
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 919 AAAGTTTCTGCACCAGGTCAACCAACGATCAAGGATCTGTTGGAGCTTTACAACTTTAGA 978
Query 1010 AGAATTGGTCCTGACACAAAGGTATATGGAATTATTGGCAAGCCTGTCAGCCACAGCAAA 1069
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 979 AGAATTGGTCCTGACACAAAGGTGTATGGAATTATTGGCAAGCCTGTCAGTCACAGCAAA 1038
Query 1070 TCACCTATTGTTCACAATCAAGCTTTCAAATCAGTTGATTTTAATGGAGTATATGTCCAC 1129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 TCACCTATTGTTCACAATCAAGCTTTCAAATCAGTTGATTTTAATGGAGTATATGTCCAC 1098
Query 1130 CTGTTAGTTGATAATCTTGTAAGCTTTCTTCAAGCATACTCATCCTCTGATTTCGCTGGA 1189
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 CTGTTAGTTGATAATCTTGCAAGCTTTCTTCAAGCATACTCATCCTCTGATTTCGCTGGA 1158
Query 1190 TTCAGCTGTACAATTCCGCACAAAGAAGCTGCATTGCAATGTTGTGATGAAGTTGATCCA 1249
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1159 TTCAGCTGCACAATTCCTCACAAAGAAGCTGCATTGCAATGTTGTGATGAGGTTGATCCA 1218
Query 1250 TTGGCAAAGTCTATAGGAGCTGTGAACACTATACTAAGGAGAAAAAGTGACGGAAAGTTG 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1219 TTGGCAAAGTCTATAGGAGCTGTGAACACTATACTAAGGAGAAAAAGCGACGGAAAGTTG 1278
Query 1310 TTGGGTTACAACACAGATTGTATTGGTTCCATTTCTGCTATTGAGGATGGCCTACGAAGT 1369
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 TTGGGTTATAACACAGATTGTATTGGTTCCATATCTGCTATTGAGGATGGCCTACGAAGA 1338
Query 1370 TCAGGTGATCCAAGCAGTGTACCTTCTTCTTCTTCGCCATTGGCCAGTAAAACAGTGGTG 1429
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1339 TCAGGTGATCCAAGCAGTGGACCTTCTTCTTCTTCGCCATTAGCCGGTAAAACAGTGGTG 1398
Query 1430 GTTATTGGTGCTGGTGGAGCAGGCAAGGCTCTTGCTTATGGTGCAAAAGAAAAGGGGGCC 1489
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 GTTATTGGTGCTGGTGGAGCTGGCAAGGCACTTGCTTATGGTGCAAAAGAAAAGGGGGCC 1458
Query 1490 AAAGTTGTAATTGCTAATC-GAACTTACGAACGAGCACTAGAACTCGCAGAAGCAATAGG 1548
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1459 AAAGTTGTAATTGCTAA-CAGAACTTACGAACGAGCACTAGAACTCGCGGAAGCAATCGG 1517
Query 1549 AGGCAAAGCGTTATCTCTGACAGATTTAGATAACTATCACCCAGAAGATGGCATGGTTTT 1608
||| | |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 AGGGAGAGCGTTATCTCTCACAGATTTAGACAACTTTCACCCAGAAGATGGCATGGTTTT 1577
Query 1609 GGCAAACACAACATCTATGGGTATGCAACCAAATGTTGAGGAGACTCCAATTTCTAAGGA 1668
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1578 GGCCAACACCACATCTATGGGTATGCAACCAAATGTTGACGAGACTCCAATTTCTAAGCA 1637
Query 1669 TGCATTGAAGCACTATGCACTGGTCTTTGATGCGGTATACACTCCGAGAATCACCAGACT 1728
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1638 TGCATTGAAGCACTACGCACTGGTCTTTGATGCGGTCTACACTCCGAGAATCACCCGACT 1697
Query 1729 GTTGAGGGAAGCAGAAGAAAGTGGAGCCATAACTGTCTCAGGGTCAGAGATGTTTGTCAG 1788
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1698 GTTGAGGGAAGCAGAAGAAAGTGGAGCCATAACTGTCTCAGGCTCAGAGATGTTTGTCAG 1757
Query 1789 GCAGGCTTACGAGCAGTTTGAGATCTTCACCGGTTTACCCGCTCCAAAGGAACTCTACTG 1848
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 GCAGGCTTATGAGCAGTTTGAGATTTTCACCGGTTTACCCGCTCCAAAGGAACTCTACTG 1817
Query 1849 GCAAATAATGTCAAAGTACTGAGACATAGCTTAAgtgtgtgtgtgtgtACTTCCATGAAA 1908
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 GCAAATAATGTCAAAGTACTGAGACATAGCCTAAGTGTGTGTGTGTGTACTTCCATGAAA 1877
Query 1909 AGTCGTCGATTCAATAAAGCT 1929
|||| ||||||||||||||
Sbjct 1878 AGTCA--GATTCAATAAAGCT 1896
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78846807150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5