BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06430.1
Length=1769
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928272 jgi|Araly1|928272|scaffold_300729.1 2475 0.0
> Ahg928272 jgi|Araly1|928272|scaffold_300729.1
Length=1501
Score = 2475 bits (1340), Expect = 0.0
Identities = 1444/1495 (97%), Gaps = 4/1495 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 40 AGGTGTGAAGGAAGAAGACGATGGCGTCAATGTCTCTCTCCTTTTCTTCTTCGCTATGTT 99
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGGTGTGAAGGAAGAAGACGATGGCGTCAATGTCTCTCTCCTTTTCTTCTTCGCTATGTT 60
Query 100 CATC-CAGAATCCCCGAAGGTAAGCGTAGGTTTCGTCACAGAGATGTGGGCATCGTTA-G 157
| || | |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || ||| || |
Sbjct 61 CGTCTC-GAATTCCCGAAGGAAAGCGTAGGTTTCTTCACAGAGATGTGAGCTTCG-TACG 118
Query 158 ATGCGTTTTGGCTGCTTCGAAATCTTCTCCGGGAAGTGTTACGAAGAAGAGGCTTTGGAA 217
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 ATGCGTTTTGGCTGCTTCTAAATCTTCTCCGGGAAGTGTTACGAAGAAGAGGCTTTGGAA 178
Query 218 AGACGGCGAATTCCCCGGAATCACGGAGCCGGTTAATCAGAGAAGAACTCCGATAAAGAA 277
|||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 179 AGACGGCGAATTTCCCGGAATCACGGAACCTGTTAATCCGAGAAGAACTCCGATTAAGAA 238
Query 278 TGTGAAGAAGAAACTTGACAGGAGAAGCAAAGCTAACGGATGGGTTAACACCGTCACTGA 337
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 239 TGTGAAGAAGAAACTTGACAGGAGAAGCAAAGCTAACGGATGGGCTAACACCGTCACTGA 298
Query 338 AACTTTGTCCGATCTCATCGCCAAAAAGCAGTGGTTACAAGCTCTCGAGGTTTTTGATAT 397
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 299 AACTTTGGCCGATCTCATCGCCAAAAAGCAGTGGTTACAAGCTCTTGAGGTTTTTGATAT 358
Query 398 GTTGAGGGAACAAACATTTTATCAACCAAAGGAAGGAACTTACATGAAGCTGCTTGTTCT 457
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 GTTGAGGGAACAAACGTTTTATCAACCAAAGGAAGGAACTTACATGAAGCTGCTTGTTCT 418
Query 458 TCTCGGTAAATCTGGTCAACCCAATCGTGCACAGAAGCTGTTCGACGAAATGCTTGAAGA 517
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TCTGGGTAAATCTGGTCAACCCAATCGTGCACAGAAGCTGTTCGACGAAATGCTTGAAGA 478
Query 518 AGGACTTGAACCAACTGTTGAACTCTACACTGCTCTTCTCGCTGCTTACACTCGCAGCAA 577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AGGACTTGAACCAACTGTTGAACTCTACACTGCTCTTCTCGCTGCTTACACTCGCAGCAA 538
Query 578 TCTCATCGACGATGCTTTTTCAATTCTTGATAAAATGAAAAGCTTTCCTCAATGCCAACC 637
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 539 TCTCATCGACGATGCTTTTTCAATTCTTGATACAATGAAAAGCTTGCCTCAATGCCAACC 598
Query 638 TGATGTTTTCACGTACAGCACTCTGCTCAAGGCTTGTGTGGATGCTTCTCAGTTTGACTT 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TGATGTTTTCACGTACAGCACTCTGCTCAAGGCTTGTGTGGATGCTTCTCAGTTTGACTT 658
Query 698 GGTGGATTCGTTATACAAGGAAATGGACGAGCGTTTGATAACTCCAAACACTGTGACCCA 757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GGTGGATTCGTTATACAAGGAAATGGACGAGCGTTTGATAACTCCAAACACTGTGACCCA 718
Query 758 GAACATAGTTTTAAGTGGGTACGGTAGGGTCGGAAGGTTTGATCAGATGGAGAAAGTTTT 817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 719 GAACATAGTTTTAAGTGGGTACGGTAGGGTCGGAAGGTTTGATCAAATGGAGAAAGTGTT 778
Query 818 GTCTGATATGTTGGTGAGTACTGCTTGCAAACCCGATGTGTGGACTATGAATATCATCCT 877
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GTCTGATATGCTGGTGAGTACTGCTTGCAAACCCGATGTGTGGACTATGAATATCATCCT 838
Query 878 TAGTGTGTTTGGAAACATGGGTAAGATAGACATGATGGAGAGCTGGTACGAAAAGTTCAG 937
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TAGTGTGTTTGGGAACATGGGTAAGATAGACATGATGGAGAGCTGGTACGAAAAGTTCAG 898
Query 938 GAACTTTGGGATTGAGCCAGAGACTCGGACTTTCAATATTTTGATTGGTTCTTATGGGAA 997
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GAACTTCGGGATTGAGCCAGAGACTCGGACTTTCAATATTTTGATTGGTTCTTATGGGAA 958
Query 998 GAAGAGAATGTATGATAAGATGTCGTCTGTCATGGAATACATGCGAAAGCTAGAGTTTCC 1057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 959 GAAGAGAATGTATGATAAGATGTCGTCTGTCATGGAATACATGCGAAAGCTTGAGTTTCC 1018
Query 1058 GTGGACAACATCAACCTACAACAATATCATCGAGGCGTTTGCGGATGTTGGTGATGCAAA 1117
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1019 ATGGACAACATCGACCTACAACAATATCATCGAGGCGTTTGCAGATGTTGGTGATGCGAA 1078
Query 1118 GAACATGGAGTTGACATTTGATCAGATGCGTAGCGAAGGTATGAAAGCAGACACAAAGAC 1177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GAACATGGAGTTGACATTTGATCAGATGCGTAGCGAAGGTATGAAAGCAGACACAAAGAC 1138
Query 1178 CTTTTGCTGTCTCATAAACGGATATGCCAATGCCGGTCTTTTCCACAAGGTGATAAGTAG 1237
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1139 CTTTTGCTGTCTCATAAATGGATATGCCAATGCCGGTCTTTTCCACAAGGTCATAAGTAG 1198
Query 1238 TGTTCAGTTGGCTGCTAAGTTTGAGATACCCGAGAATACTGCCTTTTACAACGCGGTGAT 1297
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1199 TGTCCAGTTGGCTGCTAAGTTTGAGATACCCGAGAATACTGCCTTTTACAACGCAGTTAT 1258
Query 1298 ATCAGCGTGTGCTAAAGCAGATGATCTGATAGAGATGGAAAGAGTGTACATAAGAATGAA 1357
| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1259 AGCAGCGTGCGCTAAAGCCGATGATCTGATAGAGATGGAAAGAGTGTACACAAGAATGAA 1318
Query 1358 GGAGAGACAATGCGTATGCGATTCAAGAACGTTTGAGATCATGGTCGAGGCGTATGAAAA 1417
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1319 GGAGAGACAGTGCGTATGTGATTCAAGAACGTTTGAGATCATGGTCGAGGCATATGAAAA 1378
Query 1418 AGAAGGTATGAATGATAAGATCTATTACTTGGAACAAGAGAGGCAAAAGCTTATGGATCG 1477
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGAAGGTATGAATGATAAGATATATTACTTGGAACAAGAGAGGCAAAAGCTTATGGATCG 1438
Query 1478 CACTGTTGCTACAAAAGAGATGGAGAATCTTCCGGCAGGATGATTGCGGTTTGTG 1532
| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 CGCTGTAGCTACAAAAGAGATGGAGAATCTTCCAGCAGGATGATTGCCGTTTGTG 1493
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 66391297035
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5