BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G06450.1 Length=2595 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg477950 jgi|Araly1|477950|fgenesh2_kg.3__651__AT3G06450.1 3882 0.0 > Ahg477950 jgi|Araly1|477950|fgenesh2_kg.3__651__AT3G06450.1 Length=2442 Score = 3882 bits (2102), Expect = 0.0 Identities = 2341/2456 (95%), Gaps = 17/2456 (1%) Strand=Plus/Plus Query 100 GCAGTAGTTTTTAACTGATAAAAAATCTCCCACGGCTCTTGTATAGAGACTAGAGAGGTC 159 |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | | |||||||||| Sbjct 3 GCAGCAGTTTTTAACTGATAAAAAATCTCCCACAGCTCTT-T-T----A-TAGAGAGGTC 55 Query 160 AAGCCTAGAAAACGAAAGCTATTTTCTCTCAGTCTTCTAAAGTTGTGTTCCTTTAGTCAT 219 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||| ||| ||||| Sbjct 56 AAGCCTAGAAAACGAAAGCTCTTTTCTCTCAGTCTTATTAAGTTGTCTTCTTTTGGTCAT 115 Query 220 TTTGAGCTGATTTGTCTCTGGACACTGAAAACTTGAACACACCAAATCTACATGGACGAA 279 |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 116 TTTGAGCTGATTTGTCTCTGTACATTGAAAACTTGAACACACCAAATCTACATGGACAAA 175 Query 280 GCAGAGAGCTTTGTCCCGTTTCAGGGTATAAAGAAAGATGTCAAAGGGAGACTCAACTGC 339 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 176 GCAGAAAGCTTTGTCCCGTTTCAGGGCATAAAGAAAGATGTCAAAGGGAGACTCAAATGC 235 Query 340 TACAAGCAAGATTGGATCAGTGGTCTCAGAGCTGGATTTAGGATTCTGGCACCAACAACT 399 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 236 TACAAGCAAGATTGGATCAGTGGTCTCAGAGCTGGATTTAGGATTCTGGCACCAACAACT 295 Query 400 TACATATTCTTTGCATCCGCTATTCCGGTGATTACATTTGGAGAACAGTTGGAAAGAGAT 459 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 296 TACATATTCTTTGCATCCGCTATTCCGGTGATTACTTTTGGAGAACAGTTGGAAAGAGAT 355 Query 460 ACTGATGGGAAGATTACCGCTGTTCAAACCTTAGTTTCGACTGCATTATGTGGAGTGATA 519 |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 356 ACTGGTGGGAAGATTACGGCTGTTCAAACCTTAGTTTCGACAGCATTGTGTGGAGTGATT 415 Query 520 CATTCCATTATTGGTGGACAACCATTGTTGATTCTTGGTGTTGCAGAGCCTACTGTTATA 579 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 416 CACTCCATTATTGGTGGACAACCATTGTTGATTCTTGGTGTTGCAGAGCCTACTGTTATA 475 Query 580 ATGTACACCTTCATGTTCAATTTTGCTAAAAGTAGAACGGATTTGGGCTCTAATCTCTTT 639 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 476 ATGTACACCTTCATGTTCAATTTCGCTAAAAGTAGAACGGATTTGGGCTCTAATCTCTTT 535 Query 640 CTAGCGTGGACCGGATGGGTTTGCTTGTGGACGGGGCTGTTGTTGTTCTTGTTAGCTGTA 699 || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 536 CTCGCGTGGACCGGATGGGTTTGCTTGTGGACGGGACTGTTGTTGTTCTTGTTAGCTGTG 595 Query 700 TTAGGCGCTTGCACCTTCATCAATCGATTCACTCGACTTGCTGGGGAACTGTTTGGTATT 759 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 596 TTAGGCGCTTGCACCTTCATCAGTCGATTCACTCGACTTGCCGGGGAACTGTTTGGTATC 655 Query 760 CTAATAGCCATGCTTTTCATGCAAGAAGCCATTAGAGGCATTGTGGATGAGTTTGGTGTC 819 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 656 CTAATAGCCATGCTTTTCATGCAAGAAGCCATTAGAGGCATTGTGGATGAGTTTGGTGTT 715 Query 820 CCCGGAAGAACAAATCCAAGATCAGCTGAGTTTCAACCTGCTTGGGTGTTTGCAAATGGA 879 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 716 CCCGGAAGAACAAATCCAAGATCATCTGAGTTTCAACCTGCTTGGGTATTTGCAAATGGA 775 Query 880 ATGTTCGGTTTGGTTTTGTCTTCTGGACTTCTCTATACTGGACTAAAAAGCCGAAAAGCA 939 ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| Sbjct 776 ATGTTTGGTTTGGTTTTGTCTTCTGGACTTCTGTATACTGCACTGAAAAGCCGAAAAGCG 835 Query 940 AGGTCTTGGAGATTTGGTGCTGAATGGTTACGTGGGTTTATAGCAGATTATGGTGTTCCA 999 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 836 AGGTCTTGGAGATTTGGTGCTGAATGGTTACGCGGGTTTGTAGCAGATTATGGTGTTCCA 895 Query 1000 GTAATGGTGGTAGTGTGGACTTGTATATCATACATACCTTGGAAAAGTGTTCCTCAAGGG 1059 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 896 GTGATGGTGGTAGTGTGGACTTGTATATCATACATACCTTGGAAAAGTGTTCCTCAAGGG 955 Query 1060 ATACCAAGACGTCTTGTTAGTCCTAATCCATGGTCTCCTGGTGCATATCAGAATTGGACT 1119 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 956 ATACCAAGACGTCTTGTTAGTCCTAATCCATGGTCTCCTGGTGCATATGAGAATTGGACT 1015 Query 1120 GTCATTAAGGAGATGGTGGATGTACCTGTGCTTTACATTCTTTTAGCGGTTGTTCCAGCG 1179 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 GTCATTAAGGAGATGGTGGATGTGCCTGTGCTTTACATTCTTTTAGCGGTTGTTCCAGCG 1075 Query 1180 TCAATGATTGCGGTTCTTTACTACTTTGACCATAGTGTAGCCTCGCAGCTCGCACAGCAG 1239 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1076 TCAATGATTGCGGTTCTTTACTACTTTGACCATAGTGTAGCTTCGCAGCTCGCACAGCAG 1135 Query 1240 GAAGATTTCAATCTGAGAAAGCCTCCTGCTTACCATTATGATCTGTTTCTTCTAGGTTTC 1299 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1136 GAAGATTTCAATCTGAGAAGGCCTCCTGCTTACCATTATGATCTGTTTCTTCTAGGTTTC 1195 Query 1300 TTGACAATCCTTTGCGGTCTCATCGGAATTCCTCCATCCAATGGTGTCATCCCTCAGTCT 1359 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1196 TTGACAATCCTTTGCGGTCTCATCGGGATTCCTCCATCCAATGGTGTCATCCCTCAGTCT 1255 Query 1360 CCAATGCACACAAAAAGCTTGGCAACACTGAATCACCAGTTACTTCGAAACAAACTCGTG 1419 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 CCAATGCACACAAAAAGCTTGGCAACTCTGAATCACCAGTTACTTCGAAACAAACTCGTG 1315 Query 1420 GCAGCTGCGCGTAAATGCATCAGAAACAATGCAACAATTGGAGAAGTCTATGGAAGCATG 1479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| Sbjct 1316 GCAGCTGCGCGTAAATGCATCAGAAACAATGCAACAATAGGAGAAGTCTATGTAAGCATG 1375 Query 1480 GAAGAAGCTTACCAACAAATGCAGAGCCCTCTGATACACCAAGAGCCTTCTCGGATTCAA 1539 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1376 GAAGAAGCTTACCAACAAATGCAGAGCCCTCTGATACACCAAGAGCCTTCTCGGATTCAG 1435 Query 1540 GGACTCAAGCAGTCACATATTCAAAAGGCTTCAAACGCCGATGCACTGGTCGATGAAACA 1599 || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| Sbjct 1436 GGGCTCAAACAGTCACATACTCAAAAGGCTTCAAACGCCGATGTACTTGTCGACGAAACA 1495 Query 1600 GTGTTCGATATAGAGACGGAAGTGGAGAATATTCTGCCAGTAGAAGTAAAAGAACAAAGA 1659 ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1496 GTGTTCGATATAGAGACGGAAGTCGAGAACATACTGCCAGTGGAAGTAAAAGAACAAAGA 1555 Query 1660 GTAAGCAACTTTCTTCAAGCTATGATGGTGGCTGGATGTGTTGCAGCAATGCCTTTGATC 1719 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1556 GTAAGTAACTTTCTTCAAGCTATGATGGTGGCTGGATGTGTTGCAGCAATGCCTTTAATC 1615 Query 1720 AAAAGAATCCCAAGCTCGGTTCTTTGGGGTTACTTCGCTTACATGGCAATCGAAAGCCTC 1779 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 AAAAGAATCCCAAGCTCGGTTCTTTGGGGTTACTTCGCTTACATGGCAATCGAAAGCCTC 1675 Query 1780 CCAGGGAATCAATTCTGGGAAAGGATCGTGCTTCTCTTCACTGCCCCAAGTAGAAGATTC 1839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1676 CCAGGGAATCAATTCTGGGAAAGGATCGTGCTTCTCTTCACTGCCCCAAGCAGAAGATTC 1735 Query 1840 AAAGTTCTTGAGGATAATCATGCTGTGTTTATTGAAACGGTTCCGTTTAAGACAATGGCG 1899 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 AAAGTTCTTGAGGATAATCATGCTGTGTTTGTTGAAACGGTTCCGTTTAAGACAATGGCG 1795 Query 1900 ATGTTTACTCTGTTTCAAACCGCTTACTTACTGGTCTGCTTTGGCATCACGTGGGTTCCG 1959 ||||||||| |||||||| | || ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| Sbjct 1796 ATGTTTACTTTGTTTCAAGCGGCGTACTTGCTGGTCTGCTTCGGGATCACGTGGGTTCCG 1855 Query 1960 GTGGCCGGAGTTTTGTTCCCGTTGATGATAATGTTTCTTGTTCCAGTTAGGCAATATGTG 2019 || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1856 GTAGCGGGAGTTTTGTTCCCGTTGATGATAATGTTTCTTGTTCCGGTTAGGCAATATGTA 1915 Query 2020 TTGCCTAATTTCTTCAAAGGAGCTCATCTTCAAGACTTGGATGCTGCAGAGTATGAAGAA 2079 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1916 TTGCCTAATTTCTTCAAAGGAGCTCATCTTCAAGACTTGGATGCTGCAGAGTATGAAGAA 1975 Query 2080 GCACCTGCTATCTTATCATTCAATCTCAAACCGGAAGGGGAAGTGAGCCGTGCGACGTCG 2139 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1976 GCACCTGCTATCTTATCATTCAATCTCAAACCGGAAGGGGAAGTGAGCCGTGCAACGTCG 2035 Query 2140 TTTGCGGATAGTGGAGAAGTGATGGACGGAATGTTTACGAGAAGCAGAGGAGAGATAAGG 2199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2036 TTTGCGGATAGTGGAGAAGTGATGGACGGAATGTTTACGAGAAGCAGAGGAGAGATAAGG 2095 Query 2200 AAAGTGAGCAGCTTGAAGCTAGGCGGTGGAGGAAGTGGATCGACGGTAGGTTCGCCGGCG 2259 ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2096 AAAGTGAGCAGCTTGAAACTCGGCGG---AGGAAGTGGATCGACGGGAGGTTCGCCGGCG 2152 Query 2260 GGAGGAGGAGTGGAGTTGATGAGAAGAGTGGTGAGTTTTCAGAATCCAAGGGTGTCGGAG 2319 ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2153 GGAGGAG---TGGAGTTGATGAGACGGGTGGTGAGTTTTCAGAATCCAAGAGTGTCGGAG 2209 Query 2320 AAAGTGTACATTCGGAGCTTAAGTGATTTCAGAGGAGGTGGAGAGATTAGTCCACGATCG 2379 ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 2210 AAAGTATATATCCGGAGCTTAAGTGATTTCAGAGGAGGAGGAGAGATTAGTCCACGGTCT 2269 Query 2380 TCCGCTGGAAGAGCTCCGTTCAGTCCACGATCCGCCACGGGTGGTGGAGGAGGAGAACAG 2439 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |||||||||||| Sbjct 2270 TCCGCTGGAAGAGCTCCGTTCAGTCCACGATCCGCTGCCGGAGG---AGGAGGAGAACAA 2326 Query 2440 AGACTTTCTAATTTAGGAAAGTCTGTTTAGTAAACAGTATAGTGTAGTCT-CTCTCTCTA 2498 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||| Sbjct 2327 AGACTTTCTAATTTAGGAAAGTCTGTTTAACAAACAGTACAGTGTAGTGTTCTCTCTCTA 2386 Query 2499 TTCATATTTGTTCTAACCAACCAATCCTATATAGCCAAGTTATTCCATTTGCCTGT 2554 |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| Sbjct 2387 TTCAGATTTGTTCTAACCAACCAATCCTATATAGCTAAGTTATTCCATTTGTCTGT 2442 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 97853839405 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5