BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06450.1
Length=2595
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477950 jgi|Araly1|477950|fgenesh2_kg.3__651__AT3G06450.1 3882 0.0
> Ahg477950 jgi|Araly1|477950|fgenesh2_kg.3__651__AT3G06450.1
Length=2442
Score = 3882 bits (2102), Expect = 0.0
Identities = 2341/2456 (95%), Gaps = 17/2456 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 100 GCAGTAGTTTTTAACTGATAAAAAATCTCCCACGGCTCTTGTATAGAGACTAGAGAGGTC 159
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | | ||||||||||
Sbjct 3 GCAGCAGTTTTTAACTGATAAAAAATCTCCCACAGCTCTT-T-T----A-TAGAGAGGTC 55
Query 160 AAGCCTAGAAAACGAAAGCTATTTTCTCTCAGTCTTCTAAAGTTGTGTTCCTTTAGTCAT 219
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||| ||| |||||
Sbjct 56 AAGCCTAGAAAACGAAAGCTCTTTTCTCTCAGTCTTATTAAGTTGTCTTCTTTTGGTCAT 115
Query 220 TTTGAGCTGATTTGTCTCTGGACACTGAAAACTTGAACACACCAAATCTACATGGACGAA 279
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 116 TTTGAGCTGATTTGTCTCTGTACATTGAAAACTTGAACACACCAAATCTACATGGACAAA 175
Query 280 GCAGAGAGCTTTGTCCCGTTTCAGGGTATAAAGAAAGATGTCAAAGGGAGACTCAACTGC 339
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 176 GCAGAAAGCTTTGTCCCGTTTCAGGGCATAAAGAAAGATGTCAAAGGGAGACTCAAATGC 235
Query 340 TACAAGCAAGATTGGATCAGTGGTCTCAGAGCTGGATTTAGGATTCTGGCACCAACAACT 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 TACAAGCAAGATTGGATCAGTGGTCTCAGAGCTGGATTTAGGATTCTGGCACCAACAACT 295
Query 400 TACATATTCTTTGCATCCGCTATTCCGGTGATTACATTTGGAGAACAGTTGGAAAGAGAT 459
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 TACATATTCTTTGCATCCGCTATTCCGGTGATTACTTTTGGAGAACAGTTGGAAAGAGAT 355
Query 460 ACTGATGGGAAGATTACCGCTGTTCAAACCTTAGTTTCGACTGCATTATGTGGAGTGATA 519
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 356 ACTGGTGGGAAGATTACGGCTGTTCAAACCTTAGTTTCGACAGCATTGTGTGGAGTGATT 415
Query 520 CATTCCATTATTGGTGGACAACCATTGTTGATTCTTGGTGTTGCAGAGCCTACTGTTATA 579
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 CACTCCATTATTGGTGGACAACCATTGTTGATTCTTGGTGTTGCAGAGCCTACTGTTATA 475
Query 580 ATGTACACCTTCATGTTCAATTTTGCTAAAAGTAGAACGGATTTGGGCTCTAATCTCTTT 639
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 ATGTACACCTTCATGTTCAATTTCGCTAAAAGTAGAACGGATTTGGGCTCTAATCTCTTT 535
Query 640 CTAGCGTGGACCGGATGGGTTTGCTTGTGGACGGGGCTGTTGTTGTTCTTGTTAGCTGTA 699
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 CTCGCGTGGACCGGATGGGTTTGCTTGTGGACGGGACTGTTGTTGTTCTTGTTAGCTGTG 595
Query 700 TTAGGCGCTTGCACCTTCATCAATCGATTCACTCGACTTGCTGGGGAACTGTTTGGTATT 759
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 596 TTAGGCGCTTGCACCTTCATCAGTCGATTCACTCGACTTGCCGGGGAACTGTTTGGTATC 655
Query 760 CTAATAGCCATGCTTTTCATGCAAGAAGCCATTAGAGGCATTGTGGATGAGTTTGGTGTC 819
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 CTAATAGCCATGCTTTTCATGCAAGAAGCCATTAGAGGCATTGTGGATGAGTTTGGTGTT 715
Query 820 CCCGGAAGAACAAATCCAAGATCAGCTGAGTTTCAACCTGCTTGGGTGTTTGCAAATGGA 879
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 716 CCCGGAAGAACAAATCCAAGATCATCTGAGTTTCAACCTGCTTGGGTATTTGCAAATGGA 775
Query 880 ATGTTCGGTTTGGTTTTGTCTTCTGGACTTCTCTATACTGGACTAAAAAGCCGAAAAGCA 939
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 776 ATGTTTGGTTTGGTTTTGTCTTCTGGACTTCTGTATACTGCACTGAAAAGCCGAAAAGCG 835
Query 940 AGGTCTTGGAGATTTGGTGCTGAATGGTTACGTGGGTTTATAGCAGATTATGGTGTTCCA 999
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 836 AGGTCTTGGAGATTTGGTGCTGAATGGTTACGCGGGTTTGTAGCAGATTATGGTGTTCCA 895
Query 1000 GTAATGGTGGTAGTGTGGACTTGTATATCATACATACCTTGGAAAAGTGTTCCTCAAGGG 1059
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 GTGATGGTGGTAGTGTGGACTTGTATATCATACATACCTTGGAAAAGTGTTCCTCAAGGG 955
Query 1060 ATACCAAGACGTCTTGTTAGTCCTAATCCATGGTCTCCTGGTGCATATCAGAATTGGACT 1119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 956 ATACCAAGACGTCTTGTTAGTCCTAATCCATGGTCTCCTGGTGCATATGAGAATTGGACT 1015
Query 1120 GTCATTAAGGAGATGGTGGATGTACCTGTGCTTTACATTCTTTTAGCGGTTGTTCCAGCG 1179
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GTCATTAAGGAGATGGTGGATGTGCCTGTGCTTTACATTCTTTTAGCGGTTGTTCCAGCG 1075
Query 1180 TCAATGATTGCGGTTCTTTACTACTTTGACCATAGTGTAGCCTCGCAGCTCGCACAGCAG 1239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TCAATGATTGCGGTTCTTTACTACTTTGACCATAGTGTAGCTTCGCAGCTCGCACAGCAG 1135
Query 1240 GAAGATTTCAATCTGAGAAAGCCTCCTGCTTACCATTATGATCTGTTTCTTCTAGGTTTC 1299
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GAAGATTTCAATCTGAGAAGGCCTCCTGCTTACCATTATGATCTGTTTCTTCTAGGTTTC 1195
Query 1300 TTGACAATCCTTTGCGGTCTCATCGGAATTCCTCCATCCAATGGTGTCATCCCTCAGTCT 1359
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TTGACAATCCTTTGCGGTCTCATCGGGATTCCTCCATCCAATGGTGTCATCCCTCAGTCT 1255
Query 1360 CCAATGCACACAAAAAGCTTGGCAACACTGAATCACCAGTTACTTCGAAACAAACTCGTG 1419
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CCAATGCACACAAAAAGCTTGGCAACTCTGAATCACCAGTTACTTCGAAACAAACTCGTG 1315
Query 1420 GCAGCTGCGCGTAAATGCATCAGAAACAATGCAACAATTGGAGAAGTCTATGGAAGCATG 1479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1316 GCAGCTGCGCGTAAATGCATCAGAAACAATGCAACAATAGGAGAAGTCTATGTAAGCATG 1375
Query 1480 GAAGAAGCTTACCAACAAATGCAGAGCCCTCTGATACACCAAGAGCCTTCTCGGATTCAA 1539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GAAGAAGCTTACCAACAAATGCAGAGCCCTCTGATACACCAAGAGCCTTCTCGGATTCAG 1435
Query 1540 GGACTCAAGCAGTCACATATTCAAAAGGCTTCAAACGCCGATGCACTGGTCGATGAAACA 1599
|| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||
Sbjct 1436 GGGCTCAAACAGTCACATACTCAAAAGGCTTCAAACGCCGATGTACTTGTCGACGAAACA 1495
Query 1600 GTGTTCGATATAGAGACGGAAGTGGAGAATATTCTGCCAGTAGAAGTAAAAGAACAAAGA 1659
||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GTGTTCGATATAGAGACGGAAGTCGAGAACATACTGCCAGTGGAAGTAAAAGAACAAAGA 1555
Query 1660 GTAAGCAACTTTCTTCAAGCTATGATGGTGGCTGGATGTGTTGCAGCAATGCCTTTGATC 1719
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1556 GTAAGTAACTTTCTTCAAGCTATGATGGTGGCTGGATGTGTTGCAGCAATGCCTTTAATC 1615
Query 1720 AAAAGAATCCCAAGCTCGGTTCTTTGGGGTTACTTCGCTTACATGGCAATCGAAAGCCTC 1779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 AAAAGAATCCCAAGCTCGGTTCTTTGGGGTTACTTCGCTTACATGGCAATCGAAAGCCTC 1675
Query 1780 CCAGGGAATCAATTCTGGGAAAGGATCGTGCTTCTCTTCACTGCCCCAAGTAGAAGATTC 1839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1676 CCAGGGAATCAATTCTGGGAAAGGATCGTGCTTCTCTTCACTGCCCCAAGCAGAAGATTC 1735
Query 1840 AAAGTTCTTGAGGATAATCATGCTGTGTTTATTGAAACGGTTCCGTTTAAGACAATGGCG 1899
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 AAAGTTCTTGAGGATAATCATGCTGTGTTTGTTGAAACGGTTCCGTTTAAGACAATGGCG 1795
Query 1900 ATGTTTACTCTGTTTCAAACCGCTTACTTACTGGTCTGCTTTGGCATCACGTGGGTTCCG 1959
||||||||| |||||||| | || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1796 ATGTTTACTTTGTTTCAAGCGGCGTACTTGCTGGTCTGCTTCGGGATCACGTGGGTTCCG 1855
Query 1960 GTGGCCGGAGTTTTGTTCCCGTTGATGATAATGTTTCTTGTTCCAGTTAGGCAATATGTG 2019
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1856 GTAGCGGGAGTTTTGTTCCCGTTGATGATAATGTTTCTTGTTCCGGTTAGGCAATATGTA 1915
Query 2020 TTGCCTAATTTCTTCAAAGGAGCTCATCTTCAAGACTTGGATGCTGCAGAGTATGAAGAA 2079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TTGCCTAATTTCTTCAAAGGAGCTCATCTTCAAGACTTGGATGCTGCAGAGTATGAAGAA 1975
Query 2080 GCACCTGCTATCTTATCATTCAATCTCAAACCGGAAGGGGAAGTGAGCCGTGCGACGTCG 2139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1976 GCACCTGCTATCTTATCATTCAATCTCAAACCGGAAGGGGAAGTGAGCCGTGCAACGTCG 2035
Query 2140 TTTGCGGATAGTGGAGAAGTGATGGACGGAATGTTTACGAGAAGCAGAGGAGAGATAAGG 2199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TTTGCGGATAGTGGAGAAGTGATGGACGGAATGTTTACGAGAAGCAGAGGAGAGATAAGG 2095
Query 2200 AAAGTGAGCAGCTTGAAGCTAGGCGGTGGAGGAAGTGGATCGACGGTAGGTTCGCCGGCG 2259
||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2096 AAAGTGAGCAGCTTGAAACTCGGCGG---AGGAAGTGGATCGACGGGAGGTTCGCCGGCG 2152
Query 2260 GGAGGAGGAGTGGAGTTGATGAGAAGAGTGGTGAGTTTTCAGAATCCAAGGGTGTCGGAG 2319
||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2153 GGAGGAG---TGGAGTTGATGAGACGGGTGGTGAGTTTTCAGAATCCAAGAGTGTCGGAG 2209
Query 2320 AAAGTGTACATTCGGAGCTTAAGTGATTTCAGAGGAGGTGGAGAGATTAGTCCACGATCG 2379
||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2210 AAAGTATATATCCGGAGCTTAAGTGATTTCAGAGGAGGAGGAGAGATTAGTCCACGGTCT 2269
Query 2380 TCCGCTGGAAGAGCTCCGTTCAGTCCACGATCCGCCACGGGTGGTGGAGGAGGAGAACAG 2439
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||||||||||
Sbjct 2270 TCCGCTGGAAGAGCTCCGTTCAGTCCACGATCCGCTGCCGGAGG---AGGAGGAGAACAA 2326
Query 2440 AGACTTTCTAATTTAGGAAAGTCTGTTTAGTAAACAGTATAGTGTAGTCT-CTCTCTCTA 2498
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||
Sbjct 2327 AGACTTTCTAATTTAGGAAAGTCTGTTTAACAAACAGTACAGTGTAGTGTTCTCTCTCTA 2386
Query 2499 TTCATATTTGTTCTAACCAACCAATCCTATATAGCCAAGTTATTCCATTTGCCTGT 2554
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 2387 TTCAGATTTGTTCTAACCAACCAATCCTATATAGCTAAGTTATTCCATTTGTCTGT 2442
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97853839405
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5