BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06550.2
Length=2329
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477961 jgi|Araly1|477961|fgenesh2_kg.3__662__AT3G06550.1 2820 0.0
> Ahg477961 jgi|Araly1|477961|fgenesh2_kg.3__662__AT3G06550.1
Length=2045
Score = 2820 bits (1527), Expect = 0.0
Identities = 1610/1650 (98%), Gaps = 6/1650 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 283 TCTCTGATCGGAAATGGCGAGTTCAAGCCCTGTTACACCTGGGCTAATGTCGGTGGTGT- 341
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 195 TCTCTGATCGGAAATGGCGATTTCAAGCCCTGTTACACCTGGGCTAATGTCGGTGGT-TC 253
Query 342 TCGGGATTGTGCCGGTGATCGTGGCTTGGCTATACTCTGAGTATCTGCACTATGCTAAAT 401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 254 TCGGGATTGTGCCGGTGATCGTGGCTTGGCTATACTCTGAGTATCTGCACTATGCTAAAC 313
Query 402 ACTCGGTCTCCGCCAAAACTAGGCACTCTGATGTCAATTTGGTGGAAATTGCGAAAGATT 461
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 314 ACTCGGTCTCCGCCAAAACTAGGCATTCTGATGTCAATTTGGTGGAAATTGCGAAAGATT 373
Query 462 TTGTTAAAGAAGATGACAAAGCTCTTTTAATAGAAGATGGAGGTGGTCTCCAATCAGCTT 521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 374 TTGTTAAAGAAGATGACAAAGCTCTTTTAATAGAAGATGGAGGTGGTCTTCAATCAGCTT 433
Query 522 CTCCTAGAGCCAAAGGCCCGACCACACATTCTCCTCTCATCAGGTTTGTCCTCTTGGATG 581
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 434 CTCCTAGAGCCAAGGGCCCAACCACACATTCTCCTCTCATCAGGTTTGTCCTCTTGGATG 493
Query 582 AGTCGTTCTTGGTTGAGAACAGGCTGACTTTAAGGGCAATAATTGAGTTTGCAG-TACTT 640
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||
Sbjct 494 AGTCGTTCTTGGTTGAGAACAGGCTGACTTTAAGAGCAATAATCGAGTTTGC-GCTACTT 552
Query 641 ATGGTATACTTTTACATATGTGACCGCACAGATGTCTTCAATTCATCAAAGAAGAGTTAC 700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 553 ATGGTATACTTTTACATATGTGACCGCACAGATGTCTTCAATTCATCAAAGAAGAGTTAC 612
Query 701 AACCGGGATCTCTTTCTGTTCCTTTACTTCCTTCTCATCATCGTTTCAGCGATAACTTCA 760
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 AACCGGGATCTCTTTCTGTTCCTTTACTTCCTTCTCATCATCGTTTCAGCGATAACTTCG 672
Query 761 TTCACGATACATACTGATAAATCACCATTCAGCGGAAAAGCCATCATGTACTTGAATAGG 820
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 673 TTCACGATACATAATGATAAATCACCATTCAGCGGAAAAGCCATCATGTACTTGAATAGG 732
Query 821 CATCAAACCGAGGAGTGGAAAGGCTGGATGCAGGTCCTTTTCTTGATGTACCACTACTTT 880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 733 CATCAAACCGAGGAGTGGAAAGGCTGGATGCAGGTCCTTTTCTTGATGTACCACTACTTT 792
Query 881 GCTGCTGCAGAGTACTATAATGCGATCCGTGTTTTCATTGCTTGCTATGTATGGATGACT 940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 GCTGCTGCAGAGTACTATAATGCGATCCGTGTTTTCATTGCTTGCTATGTATGGATGACT 852
Query 941 GGATTTGGGAATTTTTCTTATTATTACATTCGCAAGGACTTTAGCCTTGCAAGGTTTGCA 1000
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 853 GGATTTGGGAATTTTTCTTATTATTACATTCGCAAGGACTTTAGTCTTCCAAGGTTTGCA 912
Query 1001 CAGATGATGTGGCGGCTAAATTTCCTGGTCATA-TTCTCCTGCATCGTCCTCAACAACAG 1059
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 913 CAGATGATGTGGCGGCTAAATTTCCTGGTCATAGTT-TCCTGCATCGTCCTCAACAACAG 971
Query 1060 TTACATGCTATACTACATCTGCCCAATGCACACTCTGTTTACTCTAATGGTCTATGGGGC 1119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 972 TTACATGCTATACTACATCTGCCCAATGCACACTCTGTTTACTCTGATGGTCTATGGAGC 1031
Query 1120 ACTTGGTATTATGAGCAAGTATAATGAGATGGGTTCAGTCATAGCTGCCAAATTTTTTGC 1179
|||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 ACTTGGCATTCTGAACAAGTATAATGAGATGGGTTCAGTCATAGCTGCCAAATTTTTTGC 1091
Query 1180 CTGCTTCGTTGTTGTTATCATCGTTTGGGAAATTCCTGGCGTTTTTGAATGGATTTGGAG 1239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 CTGCTTCGTTGTTGTTATCATCGTTTGGGAAATTCCGGGCGTTTTTGAATGGATTTGGAG 1151
Query 1240 TCCATTTACACTCCTAATGGGTTACAATGATCCCGCAAAACCTCAGCTTCCCCTCTTGCA 1299
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1152 TCCTTTTACACTCCTAATGGGTTACAATGATCCCGCAAAACCACAGCTTCCCCTCTTGCA 1211
Query 1300 TGAGTGGCATTTCCGCTCTGGACTTGATCGGTACATATGGATAATCGGGATGCTATATGC 1359
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 TGAGTGGCATTTCCGCTCTGGCCTTGATCGGTACATATGGATAATCGGGATGCTATATGC 1271
Query 1360 ATACTACCACCCAACTGTTGAAAGTTGGATGGATAAACTGGAGGAAGCTGAGATGAAATT 1419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1272 ATACTACCACCCAACTGTTGAAAGTTGGATGGATAAACTGGAGGAAGCTGAGATGAAGTT 1331
Query 1420 CAGGGTGGCTATCAAAACATCTGTGGCACTGATAGCACTAACGGTGGGATATTTTTGGTA 1479
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 CAGGATGGCTATCAAAACAACTGTGGCACTGATAGCACTAACGGTGGGATATTTTTGGTA 1391
Query 1480 CGAGTATATATACAAGATGGACAAGTTAACTTACAACAAATATCATCCTTACACCTCTTG 1539
|||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 CGAGTACATATACAAGCTGGACAAGCTAACTTACAACAAATATCATCCTTACACCTCTTG 1451
Query 1540 GATTCCAATAACTGTTTATATCTGTCTCCGGAACATCACCCAGTCTTTCCGCGGCTACAG 1599
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 GATTCCAATAACTGTTTATATTTGTCTCCGGAACATCACCCAGTCTTTCCGCGGCTACAG 1511
Query 1600 TTTGACCCTTCTGGCGTGGCTTGGAAAGATAACACTGGAGACATATATCTCCCAGTTTCA 1659
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 TTTAACCCTTCTGGCGTGGCTTGGGAAGATAACACTGGAGACATATATCTCCCAGTTTCA 1571
Query 1660 TATATGGCTCAGATCTGGAGTTCCTGATGGTCAACCCAAATTACTACTATCTCTTGTCCC 1719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1572 TATATGGCTCAGATCTGGAGTTCCTGATGGTCAACCCAAATTACTACTATCTCTTATCCC 1631
Query 1720 GGATTACCCATTGTTGAACTTCATGCTCACTACTTCGATTTACGTCGCTATCTCTTATAG 1779
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 GGAGTACCCATTGTTGAACTTCATGCTCACTACTTCGATTTACGTCGCTATCTCTTATAG 1691
Query 1780 GCTCTTTGAGCTTACCAACACTTTGAAAACAGCCTTCATACCAACCAAGGACGACAAACG 1839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1692 GCTCTTTGAGCTTACCAACACTTTGAAAACAGCCTTCATACCAACAAAAGACGACAAACG 1751
Query 1840 CCTTGTCTACAACACGATCTCAGCACTCATAATCTGCACTTGTCTCTACTTTTTCTCATT 1899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 CCTTGTCTACAACACGATCTCAGCACTCATAATCTGCACTTGTCTCTACTTTTTCTCATT 1811
Query 1900 TATTCTTATCACAATTCCCCAAAAACTGGT 1929
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 TATTCTTATCACAATTCCCCAAAAACTGGT 1841
Score = 257 bits (139), Expect = 2e-67
Identities = 151/157 (96%), Gaps = 0/157 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2082 AAACAGGTGTGAAGCACTTCTGAACCGGACCAGAGTGGACTATTCGAATGAATTCATAGG 2141
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1834 AAACTGGTGTGAAGCACTTATGAACCGGACCAGAGTGGATTATTTGAATGAATTCATAGG 1893
Query 2142 AGTTGAACTACGCGATATGGTAGATATACGAAGATAGAAATCAGAGGTAGATGCATACAA 2201
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894 AGTTGAACTACGGGATATGGTAGATATACGAAGATAGAAATCAGAGGTAGATGCATACAA 1953
Query 2202 TGTTGCTGTAATGTCATCTTTCTGTATATTTATTTAT 2238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1954 GGTTGCTGTAATGTCATCTTTCTGTATATTTATTTAT 1990
Score = 67.6 bits (36), Expect = 4e-10
Identities = 42/45 (93%), Gaps = 0/45 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2273 TGTTCACGATGATGTTAAGACTTATTATTGTCTATTACAAGTTAA 2317
||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||
Sbjct 2001 TGTTCACGATGATGTTAAGACTTATTATTGTTTACTCCAAGTTAA 2045
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87721834235
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5